一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用制造技术

本发明专利技术涉及分子生物技术领域，具体公开了一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用，所述7bp的InDel标记SiDmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为：CCGGAGC，扩增该InDel标记SiDmr6的引物为SiDmr6

【技术实现步骤摘要】
一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用


[0001]本专利技术涉及分子生物
，具体涉及一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用。

技术介绍

[0002]谷子(Setaria italica)是起源于我国黄河流域的古老作物，一万多年前由青狗尾草(Setaria viridis)驯化而来，如今在我国北方干旱、半干旱地区，仍然是重要粮食作物。并且谷子具有耐旱、耐贫瘠、适应性强等特点，被誉为“五谷之首”。另外，谷子种质资源具有丰富的遗传多样性，蕴藏着多种可利用的优异基因。
[0003]盐碱胁迫下谷子的特点之一是叶片颜色发生改变，主要由鲜绿色变为黄绿色，严重时产生失绿的情况。不同品种的谷子在盐碱胁迫下叶色变化也有差异，盐碱敏感型品种较耐盐碱品种变黄情况更为严重。因此叶色的变化可以作为谷子苗期耐盐碱性的一个鉴定指标。因此研究在盐碱胁迫下控制谷子苗期叶片颜色变化的基因及其位功能等，对培育耐盐碱品种，加快谷子育种进程，扩大可利用耕地面积，保证粮食安全具有深远意义。
[0004]目前筛选耐盐碱品种主要是在盐碱处理后根据多种生理指标进行初步划分，此过程干扰因素多且繁复，筛选结果易受多种因素的影响。随着分子标记辅助育种技术的发展，此技术已经逐步在选育品种中得到了广泛的应用。分子标记应用有简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)、单核苷酸多态性(SNP分子标记)和InDel多态性分子标记等。InDel分子标记在整个基因组中数量多，高密度分布，灵敏度高，突变频率较低，易于基因分型，是一种二态性标记，可以用于区分不同品种间的关系。虽然目前谷子中SSR分子标记应用更广泛但是在生物体基因组中的密度低，遗传稳定性也低。

技术实现思路

[0005]为解决上述技术问题，本专利技术提供了一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用，所述7bp的InDel标记SiDmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为“CCGGAGC”，InDel标记SiDmr6与谷子盐碱敏感度紧密连锁，InDel标记SiDmr6存在时，包含该InDel标记的谷子样本在盐碱胁迫下，其相应的性状表现为盐碱敏感状，InDel标记SiDmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为耐盐碱状。
[0006]本专利技术提供了一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6，所述7bp的InDel标记SiDmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为：CCGGAGC。
[0007]进一步地，所述InDel标记SiDmr6的核苷酸存在时，包含该InDel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏黄呈现盐碱敏感状且PCR引物可正常扩增。
[0008]进一步地，所述InDel标记SiDmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为叶色偏绿呈现耐盐碱状且PCR引物无法扩增。
[0009]本专利技术还提供了用于扩增InDel标记SiDmr6的引物对，所述引物对包括SiDmr6
‑
F和SiDmr6
‑
R；
[0010]所述SiDmr6
‑
F的序列如SEQ ID NO.1所示；
[0011]所述SiDmr6
‑
R的序列如SEQ ID NO.2所示。
[0012]本专利技术还提供了一种包含上述InDel标记SiDmr6的试剂盒。
[0013]进一步地，所述试剂盒还包括权利要求4所述的引物对，DNA提取试剂，PCR反应的必要试剂。
[0014]本专利技术还提供了一种检测上述InDel标记SiDmr6的方法，包括如下步骤：
[0015]S1，从待测谷子样本中制备DNA；
[0016]S2，扩增包含InDel标记SiDmr6的DNA序列；
[0017]S3，凝胶电泳跑胶验证。
[0018]本专利技术还提供了一种所述InDel标记SiDmr6在植物耐盐碱分子辅助育种中的应用。
[0019]进一步地，所述植株包括但不限于谷子和拟南芥。
[0020]本专利技术还提供了一种扩增InDel标记SiDmr6的引物对在谷子耐盐碱分子辅助育种中的应用。
[0021]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0022]1、本专利技术提供的InDel标记SiDmr6，其位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp的核苷酸由CCGGAGC突变为
–
，当InDel标记SiDmr6的核苷酸存在时(CCGGAGC)，包含该InDel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏黄呈现盐碱敏感状且PCR引物可正常扩增，而当InDel标记SiDmr6的核苷酸缺失时(
–
)，包含该InDel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏绿呈现耐盐碱状且PCR引物无法扩增。
[0023]2、本专利技术中与谷子盐碱敏感度紧密连锁的InDel标记SiDmr6，为耐盐碱谷子育种奠定了基础。
附图说明
[0024]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0025]图1为本专利技术实施例1中InDel标记变异位点在SiDmr6基因上的位置图；
[0026]图2为本专利技术实施例1中不同盐碱耐性的谷子材料基因组DNA电泳图；
[0027]M:maker的片段大小从下至上依次为100，250，500，750，1k，2k bp；
[0028]图3为本专利技术实施例1中盐碱敏感型谷子材料的扩增产物电泳图及盐碱胁迫后盐碱敏感型材料生长表型；
[0029]其中图A表示以盐碱敏感型材料的DNA为模版，SiDmr6为引物的PCR产物；
[0030]图B表示盐碱敏感型材料在100mmol/L的混合盐碱溶液胁迫后的整株生长情况；
[0031]图C表示盐碱敏感型材料在100mmol/L的混合盐碱溶液胁迫后的局部生长情况；
[0032]M:maker的片段大小从下至上依次为100，250，500，750，1k，2k bp；
[0033]图4为本专利技术实施例1中耐盐碱型谷子材料的扩增产物电泳图及盐碱胁迫后耐盐碱型材料生长表型；
[0034]其中，图A表示以耐盐碱型材料DNA为模版，SiDmr6为引物的中的PCR产物；
[0035]图B表示耐盐碱型材料在100mmol/L的混合盐碱溶液胁迫后的整株生长情况；
[0036]图C表示耐盐碱型材料在100mmol/L的混合盐碱溶液胁迫后的局部生长情况；
[0037]M:maker的片段大小从下至上依次为100，250，500，750，1k，2k bp；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6，其特征在于，所述7bp的InDel标记SiDmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为：CCGGAGC。2.根据权利要求1所述的与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6，其特征在于，所述InDel标记SiDmr6的核苷酸存在时，包含该InDel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏黄呈现盐碱敏感状且PCR引物可正常扩增。3.根据权利要求2所述的与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6，其特征在于，所述InDel标记SiDmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为叶色偏绿呈现耐盐碱状且PCR引物无法扩增。4.一种用于扩增权利要求1所述InDel标记SiDmr6的引物对，其特征在于，所述引物对包括SiDmr6
‑
F和SiDmr6
‑
R；所述SiDmr6

【专利技术属性】
技术研发人员：李旭凯，杨宇琭，程金金，郄倩茹，王兴春，
申请(专利权)人：山西农业大学，
类型：发明
国别省市：