一种用于肺癌检测的组合标志物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于肺癌检测的组合标志物及其应用。本发明专利技术发现与早期肺癌诊断相关的基因为SHOX2、RASSF1、GRIK2、HOXA9和PTGER4，它们是从肺癌组织及癌旁正常组织提取的DNA和RNA，用全基因甲基化测序和表达分析法，经用另一组肺癌组织和正常人组织DNA进行筛选验证后原创结果，GRIK2是新发现的肺癌甲基化标志物。用人甲基化DNA标准品判断各靶基因甲基化状态，然后采用组合C

【技术实现步骤摘要】
一种用于肺癌检测的组合标志物及其应用


[0001]本专利技术属于生物医学领域，具体涉及一种用于肺癌检测的组合标志物及其应用。

技术介绍

[0002]肺癌从最初病变发展成癌浸润转移需要5
‑
10年时间，早期发现不仅治疗效果好，其医疗开支也低。但一旦突破这个阶段，随着病程变长，病变速度加快，治疗费用高，效果很差。因此，早期诊断和治疗是应对肺癌的最佳方法。由于肺癌早期没有特异性的临床表现，虽然有许多肿瘤早期信号出现，但是缺乏高敏感性和特异性的早期诊断技术，大多数患者确诊时已经是癌症晚期，如常见的磨玻璃为主的肺结节，它们的良恶性判断最主要就是基于胸部CT影像的表现，但是很难给予鉴别，最终诊断往往是在中晚期。
[0003]肿瘤的早期诊断通常取决于两个关键因素：检查指标的高灵敏度和无创、简便的检测方法。随着科技的快速发展，肿瘤标志物已经发展成为肿瘤诊断和治疗的新领域、新的挑战和希望。肿瘤标志物可在体液或组织中检测，可反映肿瘤的存在、分化程度、预后估计和治疗效果。
[0004]随着基因诊断技术的不断发展，国内外研究发现，液体活检ctDNA中基因甲基化DNA含量水平可用于早期诊断，其敏感性和特异性优于血清蛋白质中如CA199系列标志物，而且DNA甲基化几乎发生在所有肿瘤中，是出现在癌变的早期，可以在肿瘤临床症状出现前检测到的，它是肿瘤早期诊断、疾病风险预测、临床病程监测和疗效评价的潜在有用指标。作为一种新的分子标记，DNA甲基化在肿瘤诊断中受到越来越多的关注，其优点是：第一，在肿瘤形成过程中，启动子高甲基化频繁发生，甚至高于基因突变，其中有许多与肿瘤形成相关癌基因和抑癌基因的甲基化；其次，甲基化是肿瘤发生早期的重要事件；第三，DNA甲基化是稳定存在的，可以通过PCR扩增效应检测；第四，存在一定的组织特异性。因此，甲基化检测在肿瘤早期诊断中具有潜在的应用价值。
[0005]目前同一基因的异常甲基化DNA只占外周血总DNA的极小部分，约为0.1％～1％。这些未甲基化的DNA与甲基化的DNA只是略有不同，因此有必要从高度复杂的“背景”中检测出异常的甲基化DNA。此外，循环血液中的DNA通常是降解的(通常是几十到几百个碱基对)，血浆ctDNA半衰期只有2.5小时，因此，需要及时提取和优良的提取技术才能获得高回收率。由于癌症的发生是多因素、多基因、多步骤的，临床上也诊断为肺癌，其病因可能是吸烟引起，家属遗传因素，职业工种及生活方式等。这些患者的癌变机制完全不同病因。因此，需要提供一种多基因检测试剂盒，可以涵盖癌变机制的多个信号转导系统，包括各种吸烟、遗传和环境职业等致癌因子，因此需要可同时检测多个因素引起肺癌的相关基因的甲基化状态。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的为早期诊断肺癌。
[0007]本专利技术首先保护组合标志物在制备肺癌检测试剂盒中的应用；
[0008]所述组合标志物可由SHOX2基因、RASSF1基因、GRIK2基因、HOXA9基因和PTGER4基因组成；
[0009]SHOX2基因的GeneID为6474；
[0010]RASSF1基因的GeneID为11186；
[0011]GRIK2基因的GeneID为2898；
[0012]HOXA9基因的GeneID为3205；
[0013]PTGER4基因的GeneID为5734。
[0014]本专利技术还保护一种肺癌检测试剂盒，可包括所述组合标志物的检测试剂。
[0015]所述试剂盒具体可由所述组合标志物的检测试剂组成。
[0016]上述任一所述的试剂盒中，所述组合标志物的检测试剂可包括用于检测SHOX2基因甲基化水平的引物探针组、用于检测RASSF1基因甲基化水平的引物探针组、用于检测GRIK2基因甲基化水平的引物探针组、用于检测HOXA9基因甲基化水平的引物探针组和用于检测PTGER4基因甲基化水平的引物探针组。
[0017]上述任一所述的试剂盒中，所述组合标志物的检测试剂具体可由用于检测SHOX2基因甲基化水平的引物探针组、用于检测RASSF1基因甲基化水平的引物探针组、用于检测GRIK2基因甲基化水平的引物探针组、用于检测HOXA9基因甲基化水平的引物探针组和用于检测PTGER4基因甲基化水平的引物探针组组成。
[0018]上述任一所述用于检测SHOX2基因甲基化水平的引物探针组可为引物探针组SHOX2
‑
1、引物探针组SHOX2
‑
2、引物探针组SHOX2
‑
3或引物探针组SHOX2
‑
4。
[0019]上述任一所述引物探针组SHOX2
‑
1由SEQ ID NO：1所示的引物SHOX2
‑
F1、SEQ ID NO：2所示的引物SHOX2
‑
R1和SEQ ID NO：3所示的探针SHOX2
‑
P1组成。
[0020]上述任一所述引物探针组SHOX2
‑
2由SEQ ID NO：4所示的引物SHOX2
‑
F2、SEQ ID NO：5所示的引物SHOX2
‑
R2和SEQ ID NO：6所示的探针SHOX2
‑
P2组成。
[0021]上述任一所述引物探针组SHOX2
‑
3由SEQ ID NO：7所示的引物SHOX2
‑
F3、SEQ ID NO：8所示的引物SHOX2
‑
R3和SEQ ID NO：9所示的探针SHOX2
‑
P3组成。
[0022]上述任一所述引物探针组SHOX2
‑
4由SEQ ID NO：10所示的引物SHOX2
‑
F4、SEQ ID NO：11所示的引物SHOX2
‑
R4和SEQ ID NO：12所示的探针SHOX2
‑
P4组成。
[0023]上述任一所述用于检测RASSF1基因甲基化水平的引物探针组可为引物探针组RASSF1
‑
1、引物探针组RASSF1
‑
2或引物探针组RASSF1
‑
3。
[0024]上述任一所述引物探针组RASSF1
‑
1由SEQ ID NO：13所示的引物RASSF1
‑
F1、SEQ ID NO：14所示的引物RASSF1
‑
R1和SEQ ID NO：15所示的探针RASSF1
‑
P1组成。
[0025]上述任一所述引物探针组RASSF1
‑
2由SEQ ID NO：16所示的引物RASSF1
‑
F2、SEQ ID NO：17所示的引物RASSF1
‑
R2和SEQ ID NO：18所示的探针RASSF1
‑
P2组成。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.组合标志物在制备肺癌检测试剂盒中的应用；所述组合标志物由SHOX2基因、RASSF1基因、GRIK2基因、HOXA9基因和PTGER4基因组成；SHOX2基因的GeneID为6474；RASSF1基因的GeneID为11186；GRIK2基因的GeneID为2898；HOXA9基因的GeneID为3205；PTGER4基因的GeneID为5734。2.一种肺癌检测试剂盒，包括权利要求1中所述组合标志物的检测试剂。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于：所述组合标志物的检测试剂包括用于检测SHOX2基因甲基化水平的引物探针组、用于检测RASSF1基因甲基化水平的引物探针组、用于检测GRIK2基因甲基化水平的引物探针组、用于检测HOXA9基因甲基化水平的引物探针组和用于检测PTGER4基因甲基化水平的引物探针组。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述用于检测SHOX2基因甲基化水平的引物探针组为引物探针组SHOX2
‑
1、引物探针组SHOX2
‑
2、引物探针组SHOX2
‑
3或引物探针组SHOX2
‑
4；所述用于检测RASSF1基因甲基化水平的引物探针组为引物探针组RASSF1
‑
1、引物探针组RASSF1
‑
2或引物探针组RASSF1
‑
3；所述用于检测GRIK2基因甲基化水平的引物探针组为引物探针组GRIK2
‑
1、引物探针组GRIK2
‑
2或引物探针组GRIK2
‑
3；所述用于检测HOXA9基因甲基化水平的引物探针组为引物探针组HOXA9
‑
1、引物探针组HOXA9
‑
2、引物探针组HOXA9
‑
3或引物探针组HOXA9
‑
4；所述用于检测PTGER4基因甲基化水平的引物探针组为引物探针组PTGER4
‑
1、引物探针组PTGER4
‑
2或引物探针组PTGER4
‑
3；引物探针组SHOX2
‑
1由SEQ ID NO：1所示的引物SHOX2
‑
F1、SEQ ID NO：2所示的引物SHOX2
‑
R1和SEQ ID NO：3所示的探针SHOX2
‑
P1组成；引物探针组SHOX2
‑
2由SEQ ID NO：4所示的引物SHOX2
‑
F2、SEQ ID NO：5所示的引物SHOX2
‑
R2和SEQ ID NO：6所示的探针SHOX2
‑
P2组成；引物探针组SHOX2
‑
3由SEQ ID NO：7所示的引物SHOX2
‑
F3、SEQ ID NO：8所示的引物SHOX2
‑
R3和SEQ ID NO：9所示的探针SHOX2
‑
P3组成；引物探针组SHOX2
‑
4由SEQ ID NO：10所示的引物SHOX2
‑
F4、SEQ ID NO：11所示的引物SHOX2
‑
R4和SEQ ID NO：12所示的探针SHOX2
‑
P4组成；引物探针组RASSF1
‑
1由SEQ ID NO：13所示的引物RASSF1
‑
F1、SEQ ID NO：14所示的引物RASSF1
‑
R1和SEQ ID NO：15所示的探针RASSF1
‑
P1组成；引物探针组RASSF1
‑
2由SEQ ID NO：16所示的引物RASSF1
‑
F2、SEQ ID NO：17所示的引物RASSF1
‑
R2和SEQ ID NO：18所示的探针RASSF1
‑
P2组成；引物探针组RASSF1
‑
3由SEQ ID NO：19所示的引物RASSF1
‑
F3、SEQ ID NO：20所示的引物RASSF1
‑
R3和SEQ ID NO：21所示的探针RASSF1
‑
P3组成；引物探针组GRIK2
‑
1由SEQ ID NO：22所示的引物GRIK2
‑
F1、SEQ ID NO：23所示的引物GRIK2
‑
R1和SEQ ID NO：24所示的探针GRIK2
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P1组成；
引物探针组GRIK2
‑
2由SEQ ID NO：25所示的引物GRIK2
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F2、SEQ ID NO：26所示的引物GRIK2
‑
R2和SEQ ID NO：27所示的探针GRIK2
‑
P2组成；引物探针组GRIK2
‑
3由SEQ ID NO：28所示的引物GRIK2
‑
F3、SEQ ID NO：29所示的引物GRIK2
‑
R3和SEQ ID NO：30所示的探针GRIK2
...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡立夫，南熠郎，
申请(专利权)人：胡立夫，
类型：发明
国别省市：