一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品制造技术

本发明专利技术属于基因测序标准品技术领域，提供一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，所述标准品包括PTC

【技术实现步骤摘要】
一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品


[0001]本专利技术属于分子生物学技术基因分型领域，具体公开了一种适用于多位点基因分型的标准品。

技术介绍

[0002]SNP(Single nucleotide polymorphism)即单核苷酸多态性，是基因组DNA中特定核苷酸位置的单个碱基的转化、转位、插入或缺失引起的点突变，导致群体和个体之间产生差异。随着测序技术和生信分析的快速发展，海量的基因组学数据为SNP分子标记奠定了基础，数以万计的SNP多态性位点正在被不断发掘，并广泛应用于遗传疾病诊断、致病候选基因研究、药物筛选研究、分子标记辅助育种、群体遗传研究等。因此对SNP标记的真实性验证、后续开发利用等变得尤为重要。
[0003]常见的SNP位点一般有两种等位基因，又称双等位基因。因此在群体中，每个个体的一个SNP位点一般存在3种基因型：突变前位点的基因型(纯合型1)、突变后位点的基因型(纯合型2)、突变前后位点基因型共存(杂合型)。通常通过SNP检测技术，确定每个个体的每个SNP位点的基因型属于以上三种基因型中的哪一种。常见的SNP的检测平台有3种：高通量测序平台，中通量基因芯片检测平台，底通量电泳检测平台、荧光定量PCR的检测平台、酶标检测平台等。其中低通量SNP检测平台应用最为广泛和普及。

技术实现思路

[0004]低通量SNP检测平台往往需要每个SNP位点的3种基因型的标准品做参考辅助SNP检测。常见的SNP检测标准品有两种：一种从已知基因型样本中筛选出3种基因型样本，做为标准品；另一种是合成已知基因型的基因序列，作为标准品。但这两种标准品面对多位点SNP检测时均存在其弊端：前者由于每个SNP位点需要3种基因型的标准品，导致多位点SNP的标准品，管数众多，存在存储困难，取用易出错等问题；且每一批次标准品使用完后，需重新采样，提取DNA制备标准品，可能存在样本重新获取困难的问题，且增加了DNA提取成本。后者基因合成成本高，尤其是多位点基因合成本更加高昂，标准品使用完后，需再次进行高成本基因合成。
[0005]本专利技术针对现有SNP标准品的不足，力求开发一种低成本，可用于多位点SNP分型，可持续使用的基因分型标准品，且该标准品一套只有3管，易于保存。
[0006]一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，包括PTC
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HEX、PTC
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FAM和PTC
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H；其中，PTC
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HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC
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FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC
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H的PCR产物包括PTC
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HEX，其中：
[0007]所述rs25487(G)的基因序列为：5'
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[HEX]CGGCTGCCCTCCCGGAGGTAAG[BHQ1]；
[0008]所述rs1042522(C)的基因序列为：5'
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[HEX]CTGCTCCCCCCGTGGCCCC[BHQ1]；
[0009]所述rs1048943(A)的基因序列为：5'
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[HEX]CGGTGAGACCATTGCCCGCT[BHQ1]；
[0010]所述rs25487(A)的基因序列为：5'
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[6FAM]CGGCTGCCCTCCCAGAGGTAAG[BHQ1]；
[0011]所述rs1042522(G)的基因序列为：5'
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[6FAM]CTGCTCCCCGCGTGGCCCC[BHQ1]；
[0012]所述rs1048943(T)的基因序列为：5'
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[6FAM]CGGTGAGACCGTTGCCCGCT[BHQ1]。
[0013]其中，所述rs25487(G)的浓度为52.2～65.3ng/μL，rs1042522(C)的浓度为59.5～74ng/μL，rs1048943(A)的浓度为47～82.1ng/μL，rs25487(A)的浓度为48.1～53.2ng/μL，rs1042522(G)的浓度为53.2～59.5ng/μL，rs1048943(T)的浓度为42.9～69.6ng/μL，PTC
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HEX的浓度为52.4～73.2ng/μL，PTC
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HEX的浓度为47.7～60ng/μL；
[0014]其中，所述基因分型标准品用于同时连续检测三个SNP位点，其名称分别为rs25487(G/A)、rs1042522(C/G)、rs1048943(A/G)。
[0015]有益效果
[0016]低通量SNP检测平台往往需要每个SNP位点的3种基因型的标准品做参考辅助SNP检测。常见的SNP检测标准品有两种：一种从已知基因型样本中筛选出3种基因型样本，做为标准品；另一种是合成已知基因型的基因序列，作为标准品。但这两种标准品面对多位点SNP检测时均存在其弊端：前者由于每个SNP位点需要3种基因型的标准品，导致多位点SNP的标准品，管数众多，存在存储困难，取用易出错等问题；且每一批次标准品使用完后，需重新采样，提取DNA制备标准品，可能存在样本重新获取困难的问题，且增加了DNA提取成本。后者基因合成成本高，尤其是多位点基因合成本更加高昂，标准品使用完后，需再次进行高成本基因合成。为了解决以上提及的现存问题，我们开发了一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品。该专利技术具有三大优势：其一：该专利技术基于标准品制备成本考虑，针对不同SNP位点数，给出了标准品，从而大大降低了标准品制备成本。其二：新型标准品一套只有3管，每管融合了每个SNP位点的一种基因型，易于保存，且适用于多位点SNP检测。其三：新型标准品经DNA结构改造，可通过单引物PCR扩增的方式进行标准品复制，从而使标准品可持续使用，且大大降低了标准品重新制备的成本。
附图说明
[0017]图1：实施例1标准品基因分型验证结果。
[0018]图2：Illumina平台测序常用接头序列。
[0019]图3：实施例2标准品基因分型验证结果。
具体实施方式
[0020]为了使本专利技术实现的技术手段、创作特征、达成目的与功效易于明白了解，下面结合具体，进一步阐明本专利技术。
[0021]本专利技术中所有的原料，对其来源没有特别限定，在市场上购买的或按照本领域技术人员熟知的常规方法制备的即可。本专利技术中所有的原料，对其纯度没有特别限定，本专利技术优选采用分析纯或复合材料领域使用的常规纯度。
[0022]实施例选用市面上“抑癌卫视”基因分型检测产品进行详细说明。“抑癌卫视”基因分型检测产品包含三个SNP位点，其名称(基因型)分别为rs25487(G/A)、rs1042522(C/G)、rs1048943(A/G)。
[00本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，其特征在于：所述标准品包括PTC
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HEX、PTC
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FAM和PTC
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H；其中，PTC
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HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC
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FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC
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H的PCR产物包括PTC
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HEX，其中：所述rs25487(G)的基因序列为：5'
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[HEX]CGGCTGCCCTCCCGGAGGTAAG[BHQ1]；所述rs1042522(C)的基因序列为：5'
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[HEX]CTGCTCCCCCCGTGGCCCC[BHQ1]；所述rs1048943(A)的基因序列为：5'
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[HEX]CGGTGAGACCATTGCCCGCT[BHQ1]；所述rs25487(A)的基因序列为：5'
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[6FAM]CGGCTGCCCTCCCAGAGGTAAG[B...

【专利技术属性】
技术研发人员：高轩，李西清，程亚双，徐龙慧，王丽达，路静，
申请(专利权)人：合肥元哉生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：