可用于胃癌HER2伴随诊断的基因甲基化标记物或其组合和应用制造技术

本发明专利技术涉及一种可用于胃癌HER2伴随诊断的甲基化标记物或其组合，所述甲基化标记物或其组合包括选自以下的任意一种或两种以上的组合：chr17:37879893、chr17:37881021、chr17:37886390、chr17:37893765、chr17:37860353。本发明专利技术还提供了上述甲基化分子标记物或其组合的检测试剂盒，以及检测方法。本发明专利技术获得了在胃癌HER2+及HER2

【技术实现步骤摘要】
可用于胃癌HER2伴随诊断的基因甲基化标记物或其组合和应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的基因甲基化标记物或其组合和应用。

技术介绍

[0002]胃癌(gastriccarcinoma GC)是常见的恶性肿瘤之一,近年来虽然全球范围内胃癌发病率有所下降,但其依然是癌症相关死亡的第二大常见肿瘤,据估计每年有930000新发病例,年死亡人数超过700000例,其发病率存在较大的地域差异,与饮食、生活方式、经济状况以及幽门螺旋杆菌感染流行相关,超过2/3 新发病例和死亡病例发生于发展中国家,其中东亚占42.4％(主要是中国)。
[0003]胃癌现有靶向治疗手段有限，其中HER2(人表皮生长因子受体2)是肿瘤靶向治疗中的关键靶点，HER2蛋白能够激活细胞生长与增殖相关信号传导通路，该蛋白的过度表达与乳腺癌、胃癌等肿瘤的发生有密切关系。随着精准治疗时代的到来，伴随诊断这一体外诊断技术日益受到广泛关注，该技术可用于检测生物标志物并与特定药物的使用相关联，是肿瘤精准诊治领域的重要一环。针对乳腺癌的HER2伴随诊断检测已广泛应用于乳腺癌患者的临床诊治之中，而胃癌由于病变组织具有较高的异质性且传统的组织活检、免疫组织化学染色法、原位杂交检测等方法对样本采集、样本量和处理要求较高，在多次取样对患者也会造成一定伤害，且在检测实践中的一些问题也不断显现，例如胃镜活检标本HER2检测未得到普及；原位杂交检测率低下，并由此导致大多数免疫组织化学染色(IHC)2+的胃癌病例未能最终明确HER2状态；部分单位HER2阳性率与国内外文献报道差异较大等等，因此胃癌患者的HER2检测一直是困扰胃癌临床诊疗的难题。
[0004]液态活检可通过体外无创抽血的方式获取肿瘤脱落在血液中循环的ctDNA 等，以此判断肿瘤的基因突变情况。因此通过液态活检代替组织活检对胃癌患者的HER2基因拷贝数进行检测，将有效缓解胃癌患者面临的组织采样伤害，并可通过多次血液样本采集排除组织异质性问题，提高HER2阳性胃癌检测的准确率与便利性。
[0005]cfDNA(cell
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free DNA)是外周血中游离的核酸小片段DNA，源自正常细胞或肿瘤细胞代谢与凋亡，包含体细胞突变和DNA甲基化等遗传信息。通过检测疾病特异性cfDNA片段，掌握疾病的发生、发展的技术，称为液体活检(LiquidBiopsy)，与传统的组织活检相比，其有着迅速、便捷、损伤性小、并可通过多次血液样本采集排除组织异质性问题，提高HER2阳性胃癌检测的准确率与便利性等众多优点。2014年，来自Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler团队的一份 640例各类肿瘤的研究发现，超过75％的晚期胰腺癌、卵巢癌、结直肠癌、膀胱癌、胃食管癌、黑色素癌、肝细胞癌以及头颈癌症的患者，都能检测到ctDNA 的存在。因而ctDNA是一种具有广泛适用性、敏感而特异的生物标志物，能够用于各式各样、多种不同类型癌症的临床和研究。2015年卢煜明教授通过cfDNA 全基因组甲基化测序证明了液体活检替代组织活检在技术上和理论上的可行性； 2017年张鹍教授团队利
用ctDNA的甲基化定量描述了肿瘤负荷以及肿瘤来源的 ctDNA图谱。2017年徐瑞华教授团队发现，通过对少量(4～5ml)外周血中循环肿瘤DNA(ctDNA)特定位点甲基化水平的检测，可以对肝癌进行准确的早期诊断及疗效和预后预测。最新有越来越多的临床研究表明，血浆ctDNA甲基化标志物可作为生物标志物应用在肿瘤早期诊断筛选、预测、治疗的反应，监测肿瘤大小和复发等。目前，国际上的研究方向是整合多组学/多种分子标志物、多基因/多位点来提高检测技术的灵敏度和特异性，以满足临床对检测产品的需求。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的之一是提供一种可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的血浆基因甲基化标记物和/或其组合。
[0007]实现上述目的的技术方案如下。
[0008]一种可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，所述甲基化标记物或其组合包括选自以下的任意一种或两种以上的组合：chr 17:37879893、chr17:37881021、chr17:37886390、chr17:37893765、 chr17:37860353、chr17:37843592。
[0009]本专利技术的另一目的是提供上述甲基化标记物或其组合和/或检测相关试剂在制备检测、筛查、预后监测、伴随诊断胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增的试剂盒中的应用。
[0010]本专利技术的另一目的是提供用于检测、筛查、预后监测、伴随诊断胃癌HER2 蛋白过表达或基因扩增的试剂盒。
[0011]所述试剂盒可用于伴随诊断胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增的用药指导。
[0012]本专利技术的另一目的是提供一种伴随诊断胃癌HER2的检测方法，包括以下步骤：获得待检测样本；
[0013]对检测样本进行所述甲基化标记物或其组合的检测。
[0014]本专利技术获得了在胃癌HER2+及HER2
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恶性患者甲基化修饰的基因组片段(甲基化标记物chr17:37879893、chr17:37881021、chr17:37886390、chr17:37893765、 chr17:37860353)，特别是在血浆中也明显异常(还包括chr17:37862986，chr17:37862178，chr17:37884314，chr17:37879819，chr17:37895887， chr17:37893999，chr17:37855528，chr3:38080799，chr17:37843863，chr17:37821433， chr17:37843592，chr17:37856695)，本专利技术所提供的甲基化标记物，对于组织和血浆，特别是血浆基因组片段的组合能够作为HER2R蛋白过表达或基因扩增的用药指导的伴随诊断诊断标记物，有利于胃癌的HER2的伴随诊断、无创检测、筛查以及检测预后监测，特别是指导用药。而且，进一步地，本专利技术还提供了多个组合的marker，例如chr17:37843592、chr17:37879893和chr17:37860353、 chr17:37843592、chr17:37879893和chr17:37860353以及chr17:37843592、 chr17:37862178用于IHC 2+GC患者的检测、筛查以及检测预后监测和指导用药。
附图说明
[0015]图1是实施例3中HER2+胃癌组织与HER2
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胃癌组织通过甲基化水平差异分析筛选出的生物标记物热图。
[0016]图2是实施例3中所有甲基化标志物模型在组织样本中测试集和验证集上的表现。
[0017]图3是实施例4中10个甲基化标志物模型在组织样本中测试集和验证集上的表现。
[0018]图4本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物或其组合包括选自以下标记物中的任意一种或两种及以上的组合：chr17:37879893、chr17:37881021、chr17:37886390、chr17:37893765、chr17:37860353、chr17:37843592。2.根据权利要求1所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物或其组合包括chr17:37879893和/或chr17:37843592标记物。3.根据权利要求2所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物或其组合包括标记物chr17:37879893和chr17:37860353。4.根据权利要求1所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物或其组合还包括选自以下的至少一种：chr17:37862986，chr17:37862178，chr17:37884314，chr17:37879819，chr17:37895887，chr17:37893999，chr17:37855528，chr3:38080799，chr17:37843863，chr17:37821433，chr17:37856695，chr17:37926322标记物。5.根据权利要求4所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物组合包括chr17:37879893，chr17:37886390和chr17:37893999标记物。6.根据权利要求4所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的基因甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物或其组合包括chr17:37879893，chr17:37886390，chr17:37893765，chr17:37862178，和chr17:37893999标记物。7.根据权利要求2所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物组合包括chr17:37843592、chr17:37879893和chr17:37860353标记物。8.根据权利要求2所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物组合包括chr17:37843592、chr17:37893999和chr17:37860353标记物。9.根据权利要求2所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物组合包括chr17:37843592、chr17:37862178标记物。10.根据权利要求1
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8任一项所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物或其组合还包括选自以下标记物中至少一种：chr8:41309473，chr17:37843265，chr17:37843818，chr17:37843793，chr17:37886349，chr17:37886390，chr17:37820452，chr17:37820496，chr17:37968912，chr17:37968904，chr17:37893804，chr17:37894352，chr17:37893005，chr17:37894334，chr17:37893813，chr17:37894439，chr17:37894258，chr17:37894288，chr17:37886321，chr17:37926309，chr17:37894165，chr17:37894469，chr17:37873266，chr17:37894233，chr17:37894252，chr18:19745506，
chr17:37894413，chr17:37785459，chr17:37894403，chr17:37785442，chr17:37895880，chr18:19745476，chr18:19745494，chr17:37896175，chr17:37873304，chr17:37894485，chr18:19745514，chr17:37785429，chr17:37873326，chr18:19745472，chr17:37894482，chr18:19745487，chr17:37896050，chr18:19745442，chr17:37896074，chr17:37785426，chr17:37894347，chr18:19745458，chr3:38080799，chr2:27938352，chr17:37895919，chr18:19745509，chr17:37894397，chr2:27938360，chr17:37896203，chr17:37926366，chr18:19745504，chr19:36232197，chr17:37896165，chr17:37896063，chr1:26551710，chr1:26551791，chr6:167276600，chr1:26551681，chr1:26551782，chr17:38024048，chr18:19745530，chr18:19745445，chr1:28919250，chr17:37820516，chr19:50832069，chr2:157178147，chr2:157178249，chr2:27938342，chr6:167276599，chr1:28919276，chr17:37784733，chr6:167276619，chr2:157178298，chr6:43211253，chr1:46632751，chr1:26551788，chr11:94473568，chr1:46632737，chr19:50832047。11.根据权利要求10所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物组合包括chr17:37879893，chr17:37862178,chr17:37862986，chr17:37894352，chr17:37820452，chr17:37893765，chr17:37886349，chr17:37856695，chr17:37843793，chr17:37886390标记物。12.根据权利要求10所述的可用于胃癌HER2蛋白过表达或基因扩增伴随诊断的甲基化标记物或其组合，其特征在于，所述甲基化标记物组合包括chr17:37879893，chr17:37881021，chr17:37886390，chr17:37893765，chr17:37860353，chr17:37862986，chr17:37862178，chr17:37884314，chr17:37879819，chr17:37895887，chr17:37893999，chr17:37855528，chr8:41309473，chr17:37843592，chr17:37843863，chr17:37843265，chr17:37843818，chr17:37843793，chr17:37886349，chr17:37886390，chr17:37820452，chr17:37820496，chr17:37968912，chr17:37968904，chr17:3789...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘鑫，李慧，杨婷，陈志伟，范建兵，
申请(专利权)人：广州市基准医疗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：