一种用于鉴定凡纳滨对虾特定抗病品系的EST-SSR标记及其扩增引物和应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于鉴定凡纳滨对虾特定抗病品系的EST

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴定凡纳滨对虾特定抗病品系的EST
‑
SSR标记及其扩增引物和应用


[0001]本专利技术属于生物分子标记
，具体涉及一种用于鉴定凡纳滨对虾特定抗病品系的EST
‑
SSR标记及其扩增引物和应用。

技术介绍

[0002]凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)俗称南美白对虾，原种分布于中南美洲从墨西哥到智利的太平洋沿岸海域，是典型的热带性对虾。2020年我国凡纳滨对虾养殖年产量186万多吨，占全国对虾年产量的86％，虾苗生产量15000多亿尾，凡纳滨对虾养殖产业已成为我国渔业发展的支柱性产业。然而近年来，凡纳滨对虾的养殖业受到了各种病害的侵扰，给整个产业造成不可挽回的损失。因此凡纳滨对虾育种工作的重点聚焦在抗病育种方面，而抗病育种的关键就是选择具有高抗病力的个体进行后备亲虾种质群体，如何快速准确地鉴定高抗病力的品系是我们研究的目标。
[0003]随着现代生物技术和遗传学技术在水产领域的快速转化，以性状相关功能基因为基础的分子标记技术成为水产遗传育种的关键技术之一。表达序列标签(Expressed Sequence Tag，EST)是对cDNA文库随机选择的cDNA克隆进行大规模测序所获得的SSR序列，反应mRNA的信息。EST
‑
SSR标记的开发既可以节省传统SSR所需的人力物力，又可以结合功能基因的注释，从基因功能的角度开发标记。
[0004]因为EST
‑
SSR来自于转录组数据，保守性比较高，具有方便、快捷、多态性分布等特点，因此广泛应用在动植物的物种鉴定、遗传分化等方面。本专利技术主要利用转录组开发的凡纳滨对虾EST
‑
SSR标记，对抗病成活率表现不同的品系进行鉴定，对凡纳滨对虾的抗病育种具有重大的应用价值。传统的育种方法周期长、效率低。随着现代生物技术和遗传学技术在水产领域的快速转化，以性状相关功能基因为基础的分子标记技术成为水产遗传育种的关键技术之一。微卫星序列(简单重复序列Simple Sequence repeats，SSR；或称短串联重复序列short tandem repeats,STR)等分子标记技术为基础的分子标记辅助选育技术已成为当前水产育种的关键技术。目前基于抗菌EST(Expressed Sequence Tag)的SSR标记的开发较少。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于解决现有技术存在的问题，提供一种用于鉴定凡纳滨对虾特定抗病品系的EST
‑
SSR标记及其扩增引物和应用。
[0006]为实现上述专利技术目的，本专利技术利用团队构建的凡纳滨对虾幼苗，在哈氏弧菌Vibrio harveyi感染下构建的转录组文库数据，构建的测序文库在华大基因有限公司(华大基因，深圳)的Illumina HiSeq 4000平台(Illumina,San Diego,USA)进行测序。从数据库获得的凡纳滨对虾EST
‑
SSR序列，开发凡纳滨对虾高度多态性EST
‑
STR标记，并提供多态性引物，为凡纳滨对虾遗传多样性研究及优良品种的辅助选育提供高度多态性的分子标
记。
[0007]本专利技术从哈氏弧菌感染的凡纳滨对虾EST
‑
SSR数据库中根据功能预测和核心区重复差异的结果，选择了29对引物对凡纳滨对虾的基因组DNA进行PCR扩增，其中有9对引物能稳定扩增出目的条带。采用3730xl设备检测STR样本，并用Genemapper软件分析SSR数据，最终确定了9个引物结合可以用于特定凡纳滨对虾抗病品系的检测。
[0008]本专利技术的第一个目的是提供一种凡纳滨对虾EST
‑
STR标记，所述的EST
‑
STR标记编号为Lv
‑
Vp052、Lv
‑
Vp054、Lv
‑
Vp055、Lv
‑
Vp058、Lv
‑
Vp062、Lv
‑
Vp066、Lv
‑
Vp075、Lv
‑
Vp076、和Lv
‑
Vp077；
[0009]所述的Lv
‑
Vp052的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；
[0010]所述的Lv
‑
Vp054的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
[0011]所述的Lv
‑
Vp055的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；
[0012]所述的Lv
‑
Vp058的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
[0013]所述的Lv
‑
Vp062的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；
[0014]所述的Lv
‑
Vp066的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；
[0015]所述的Lv
‑
Vp075的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；
[0016]所述的Lv
‑
Vp076的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；
[0017]所述的Lv
‑
Vp077的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。
[0018]本专利技术的第二个目的是提供一种上述的凡纳滨对虾EST
‑
STR标记的扩增引物，所述的扩增引物包括：
[0019]针对Lv
‑
Vp052位点：
[0020]Lv
‑
Vp052
‑
F：5'
‑
GATACTGGTTCTTTGCAGTCTGG
‑
3'(SEQ ID NO.10)；
[0021]Lv
‑
Vp052
‑
R：5'
‑
AAGAAACAAGCAGAGATGGAAGA
‑
3'(SEQ ID NO.11)；
[0022]针对Lv
‑
Vp054位点：
[0023]Lv
‑
Vp054
‑
F：5'
‑
AAAGTAGAGTGCCAGAGTTGAGG
‑
3'(SEQ ID NO.12)；
[0024]Lv
‑
Vp054
‑
R：5'
‑
AGCGGCAGCAATAACAACA
‑
3'(SEQ ID NO.13)；
[0025]针对Lv
‑
Vp55位点：
[0026]Lv
‑
Vp55
‑
F：5'
‑
GGAAAAGGAAGAGAAGAATGGAA
‑
3'(SEQ ID NO.14)；
[0027]Lv...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种凡纳滨对虾EST
‑
STR标记，其特征在于，所述的EST
‑
STR标记编号为Lv
‑
Vp052、Lv
‑
Vp054、Lv
‑
Vp055、Lv
‑
Vp058、Lv
‑
Vp062、Lv
‑
Vp066、Lv
‑
Vp075、Lv
‑
Vp076和Lv
‑
Vp077；所述的Lv
‑
Vp052的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述的Lv
‑
Vp054的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述的Lv
‑
Vp055的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；所述的Lv
‑
Vp058的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；所述的Lv
‑
Vp062的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；所述的Lv
‑
Vp066的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；所述的Lv
‑
Vp075的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；所述的Lv
‑
Vp076的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；所述的Lv
‑
Vp077的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。2.一种权利要求1所述的凡纳滨对虾EST
‑
STR标记的扩增引物，其特征在于，所述的扩增引物包括：针对Lv
‑
Vp052位点：Lv
‑
Vp052
‑
F：5'
‑
GATACTGGTTCTTTGCAGTCTGG
‑
3'；Lv
‑
Vp052
‑
R：5'
‑
AAGAAACAAGCAGAGATGGAAGA
‑
3'；针对Lv
‑
Vp054位点：Lv
‑
Vp054
‑
F：5'
‑
AAAGTAGAGTGCCAGAGTTGAGG
‑
3'；Lv
‑
Vp054
‑
R：5'
‑
AGCGGCAGCAATAACAACA
‑
3'；针对Lv
‑
Vp55位点：Lv
‑
Vp55
‑
F：5'
‑
GGAAAAGGAAGAGAAGAATGGAA
‑
3'；Lv
‑
Vp55
‑
R：5'
‑
TTTCCGTATTTTGTGTGTCAATG
‑
3'；针对Lv
‑
Vp58位点：Lv
‑
Vp58
‑
F：5'
‑
AGGATAAAGGAAAAGAAAGGGGA
‑
3'；Lv
‑
Vp58
‑
R：5'
‑
TTTCAAGGTAATAACTTCGGGGT
‑
3'；针对Lv
‑
Vp62位点：Lv
‑
Vp62
‑
F：5'
‑
ACACCACAGAGAGTGAACAGTCA
‑
3'；Lv
‑
Vp62
‑
...

【专利技术属性】
技术研发人员：王艳红，陈廷，罗鹏，胡超群，任春华，江晓，张鑫，
申请(专利权)人：中国科学院南海海洋研究所，
类型：发明
国别省市：