与鸡低温耐受相关的分子标记、引物组合及相应的选育方法技术

本发明专利技术提供了一种鉴定鸡低温耐受品种的分子标记、引物组成及相应的选育方法，分子标记位点位于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第Z号染色体第16134664核苷酸处的A>G突变与鸡低温耐受相关，能够用于家禽低温耐受品种的筛选，其鉴定效率及准确率高。其鉴定效率及准确率高。其鉴定效率及准确率高。

【技术实现步骤摘要】
与鸡低温耐受相关的分子标记、引物组合及相应的选育方法


[0001]本专利技术涉及基因工程和遗传育种领域，具体涉及一种与鸡低温耐受相关的分子标记、引物组合及相应的选育方法。

技术介绍

[0002]随着畜牧业规模化、集约化发展，应激因子亦越来越多。一般来说，畜禽越小，对应激越敏感，家禽表现尤甚。在家禽生产中，不可避免地要面对各种类型的应激，包括高温、低温、转群、运输等，而低温是畜禽养殖业面临的最具挑战的应激之一。尤其在我国的冬春季节，温度变化突然且降温幅度大，一旦管理不当，鸡群就有可能因为冷应激而引起家禽体内酸碱失衡、内分泌紊乱等，进而影响家禽的生长性能的发挥，甚至引发潜在疾病，导致大批量死亡。目前，针对家禽冷应激除了加强日常管理外，或通过提高能量、降低蛋白、添加小肽等措施改善营养水平，或添加维生素E、中草药、绿茶粉等抗冷应激物质，但这些方式缓解效果有限，仍无法满足临床需要。因此，耐低温品种的选育也是家禽养殖业的迫切需求。
[0003]分子育种是利用DNA分子标记对育种素材进行选择的技术，能快速地提升子代的经济性状。单核苷酸多态性(SNP)是目前应用最广、最新的分子标记。目前国内外关于鸡低温耐受的分子标记开发的研究尚少，且在产业中缺乏可应用于分子标记辅助育种的标记。因此开发耐受低温性状的分子标记对家禽的健康养殖及加速育种进程具有重要的意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术提供了一种鉴定鸡低温耐受品种的分子标记、引物组合及相应的选育方法。分子标记位点位于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第Z号染色体第16134664核苷酸处的A>G突变与鸡低温耐受相关，能够用于家禽低温耐受品种的筛选，其鉴定效率及准确率高。为达到上述专利技术的目的，本专利技术所采用的技术方案如下：
[0005]本专利技术第一方面提供了一种与鸡低温耐受相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位点位于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第Z号染色体第16134664位，所述的位点处碱基是A或G。
[0006]较佳地，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示且第53位碱基是A或G。
[0007]较佳地，所述分子标记的低温耐受基因型为AA基因型。
[0008]本专利技术第二方面提供了一种用于检测上述SNP分子标记的引物组合，所述引物组合具体如下组成：
[0009]上游引物F：ggcctgtgcacaaattacaaca(SEQ ID NO.1)
[0010]下游引物R：gtggctgaataccactggaca(SEQ ID NO.2)。
[0011]本专利技术第三方面提供了一种选育低温耐受的鸡的方法，包括以下步骤：
[0012](1)提取鸡的基因组DNA；
[0013](2)利用引物SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2对提取的基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
[0014](3)对扩增产物进行测序，选择测序结果中基因型为AA的群体。
[0015]较佳地，所述的步骤(2)中PCR反应条件为：预变性94℃3min；变性94℃3s，退火58℃30s，延伸72℃1min，重复35个循环，循环外延伸72℃5min。
[0016]本专利技术通过对低温耐受组和低温不耐受组的鸡进行全基因组测序和生物信息学分析筛选获得SNP突变位点，并通过进一步验证试验，得到一个鸡的低温耐受分子标记；利用本专利技术提供的分子标记及其引物检测鉴定鸡低温耐受的性状，方法准确可靠，操作简单，能够快速有效的筛选出符合要求的低温耐受性状，辅助选育出低温耐受的鸡品种，因此具有广阔的应用前景。
附图说明
[0017]图1为鸡基因组上与低温耐受相关的选择信号。
[0018]图2为受选择信号区域SNP位点在4个品种中的突变频率。
[0019]图3为SNP位点在8个品种群体中的基因型分布图。
[0020]图4为SNP位点sanger测序图。
具体实施方式
[0021]为了能够更清楚地理解本专利技术的
技术实现思路
，特举以下实施例详细说明。
[0022]实施例1：
[0023]选择中国4个不同环境生长的地方品种鸡包括林甸鸡、藏鸡、东乡绿壳蛋鸡和文昌鸡各50只，翅静脉采集2mL血样于EDTA
‑
Na抗凝管中，利用酚
‑
氯仿法进行基因组DNA提取。通过DNA质控后基于Illumina Hiseq PE150平台进行全基因组测序。过略掉接头序列(＞10nt与适配器进行校准，允许≤10％的错配)，去除低质量的序列包括≥10％未被识别的核苷酸或者＞50％且碱基测序质量＜5的，去除建库过程中可能产生的PCR重复序列。使用BWA(Burrows
‑
Wheeler Aligner)(0.7.8版本)软件包将剩余的高质量的配对序列用命令mem
‑
t 4
‑
k32 M与鸡参考基因组Gallus_gallus
‑
5.0进行匹配分析；同时为了减少测序前PCR扩增产生的错配，通过SAMtools(0.1.19版本)软件包去除重复的序列。将获得的序列根据Gallus_gallus
‑
5.0基因组，使用ANNOVAR软件包进行SNP和InDel注释。
[0024]选择信号筛选：筛选思路即将低温地区生长的林甸鸡(LDC)、藏鸡(TBC)、非高温生长地区的绿壳蛋鸡(GSC)分别与高温地区生长的文昌鸡(WCC)比较筛选受选择信号，取LDC和TBC低温受选择信号交集，去除GSC受选择信号，来获得低温受选择信号。筛选方法即通过基于群体分化、以哈温平衡为前提种群遗传学统计方法Fst定位受选择信号(见图1)，并分析和筛选受选择信号上与低温适应相关的SNP位点(见图2)，结果初步筛选到3个SNP位点，包括Z16123795、Z16134664、Z161451477这3个与低温耐受相关的候选SNP位点。
[0025]实施例2
[0026]为了进一步研究上述筛选到的3个SNP位点的等位基因突变频率模式是否与低温耐受相关，试验与德国联邦动物健康研究所沟通获得的50只波兰本土鸡(Poland)、92只芬兰本土鸡(Finland)、40只以色列本土鸡(Israel)和97只埃及本土鸡(Egypt)的Affymetrix 580k芯片数据，并结合重测序分析的LDC、TBC、GSC、WCC这个四个群体3个SNP位点，发现只有在Z16134664位点上，随着地方品种鸡生长温度的降低，AA基因型频率呈现规律性增加趋势
(图3)，说明不同品种地方鸡AA基因型频率与环境温度之间有很强的相关性。进一步分析发现，该SNP位点突变频率随着鸡生长环境温度的降低而增加(表1)，进一步认为该位点(Z16134664)与低温耐受相关。
[0027]表1 4个鸡品种3个SNP位点突变频率
[0028][0029]实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与鸡低温耐受相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记位点位于NCBI上鸡的参考基因组Gallus Gallus 5.0第Z号染色体第16134664位，所述的位点处碱基是A或G。2.根据权利要求1所述的与鸡低温耐受相关的SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示且第53位碱基是A或G。3.根据权利要求1或2所述的与鸡低温耐受相关的SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记的低温耐受基因型为AA基因型。4.一种用于检测根据权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物组合，其特征在于，所述引物组合具体如下组成：上游引物F：GGCCTGTGCACAAA...

【专利技术属性】
技术研发人员：童海兵，邵丹，施寿荣，胡艳，王强，沈一茹，张珊，肖蕴祺，张安，陈静龙，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：