【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及家禽品种鉴定方法，具体地，涉及一种用于竹乡鸡品种鉴定的snp位点组合、引物组合及鉴定方法。
技术介绍
1、竹乡鸡是贵州省优良特色地方品种之一。竹乡鸡主要特征是全身黑羽、乌皮、乌肉、乌骨，富含十八种氨基酸，据测定，竹乡鸡含谷氨酸3.60％、丙氨酸1.49％、缬氨酸1.10％、蛋氨酸0.68％、亮氨酸1.93％、异亮氨酸1.07％，比普通鸡高出1.7倍。其蛋壳为绿色，除了富含更多的氨基酸，胆固醇还远远低于其它品种的鸡蛋。竹乡鸡肉质鲜美、药用价值高、耐粗饲、适应性强，具有明显的抗疲劳、提高耐缺氧、抗衰老和提高免疫力的作用，深受广大养殖者和消费者的喜爱。由于竹乡鸡的显著经济价值，市场上出现很多竹乡鸡与国内外其他品种乱杂乱配的冒充品种，这些品种体型外貌酷似竹乡鸡，消费者很难辨别，使广大养殖户利益受到损害，同时影响了竹乡鸡原种的保种与选育。
2、目前市场上鉴别竹乡鸡真伪的方法主要依靠外观观察，这种观察主观性较强，尤其在鉴定竹乡鸡与其他品种鸡杂种后代时，因其外貌相似，鉴定错误率较高。
技术实现思路
1、针对上述外观观察方式鉴定竹乡鸡错误率较高的问题，本专利技术提供了一种用于竹乡鸡品种鉴定的snp位点组合、引物组合及鉴定方法，通过检测提供的竹乡鸡7个snp位点的基因型来联合判断待测个体是否属于竹乡鸡。该方法操作简便，准确性高，可以准确鉴定竹乡鸡品种，有效打击市场上竹乡鸡地方品种的假冒伪劣产品。
2、为了实现上述目的，本专利技术一方面提供一种用于竹乡鸡品种鉴定的
3、 序号 染色体 位点 snp位点id 参考基因组 突变位点 zx1 nc_006091.5 chr4:89302530 rs740810868 a c zx2 nc_006091.5 chr4:85499289 rs316020617 g a zx3 nc_006094.5 chr7:32709476 rs316655539 g a zx4 nc_006096.5 chr9:6587595 rs317368689 c t zx5 nc_006108.5 chr21:2489113 rs316448750 c t zx6 nc_006113.5 chr26:3883154 rs312913617 g a zx7 nc_006115.5 chr28:4435496 rs317333808 a g
4、各snp位点引物的核苷酸序列如下：
5、
6、所述snp位点的筛选方法为：利用2023年优化的55k京芯一号芯片(参考gallus_gallus 6基因组重新设计，北京康普森生物技术有限公司)对12个鸡种(竹乡鸡；可能存在杂交的同为贵州地区的7个鸡种：乌蒙乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙凤鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、矮脚鸡、高脚鸡；其他地区代表性乌骨鸡品种：金湖乌凤鸡、丝羽乌骨鸡；国外代表性引进用于杂交配套的品种：哈伯德肉鸡、来航鸡)的55000个snp位点进行筛选确定，根据每个品种与其他品种对比，取差异最大的位点的集合，群体间遗传分化指数top 5％，最小等位基因频率>0.4，缺失率<0.2进行筛选，确定220个snp位点，优先选择竹乡鸡参考基因组位点等位基因频率为1或0，然后确定其他11个品种的每个位点的不同等位基因频率均值，再通过该均值与竹乡鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较，筛选等位基因频率差异较大的snp位点，其他群体该等位基因频率为接近0或接近1的位点，最终确定用于竹乡鸡品种鉴定的7个snp位点。
7、本专利技术还提供了一种竹乡鸡品种鉴定方法，具体地，鉴定方法包括以下步骤：
8、(1)提取待测鸡基因组总dna；
9、(2)根据上述snp位点组合，利用对应的引物组合分别进行pcr扩增；
10、(3)将pcr扩增产物测序后、判断基因型；
11、(4)根据基因型结果，判断个体是否属于竹乡鸡品种：如果snp位点组合对应的基因型有一个不符合竹乡鸡对应的基因型，则判定该个体不属于竹乡鸡；如果7个snp位点组合对应的基因型全部符合竹乡鸡对应的基因型，则判定该个体属于乌蒙凤鸡，7个snp位点zx1～zx7的基因型依次为aa、gg、gg、cc、cc、aa、gg。
12、优选地，所述步骤(1)中待测鸡的基因组dna由该鸡种的个体翅静脉采血得到。
13、步骤(2)中，zx1～zx7的pcr产物长度分别为226bp、221bp、159bp、224bp、250bp、221bp、209bp。各对应产物信息如下：
14、zx1--226b(snp位点：150bp处a/c)
15、gctccagagctgagtgcttcatgaattaatcatcagcacctctctctgaagtcaggggttattgtcctggtttgcagataggaaccttcacagg本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点组合，其特征在于，包括以下ZX1位点到ZX7位点：
2.根据权利要求1所述的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点的筛选方法为：
3.权利要求1或2所述的SNP位点组合对应的引物组合，其特征在于，各SNP位点的引物的核苷酸序列为：
4.竹乡鸡的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：
5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(1)中待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。
6.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(2)中，ZX1～ZX7的PCR产物长度分别为226bp、221bp、159bp、224bp、250bp、221bp、209bp。
【技术特征摘要】
1.一种用于竹乡鸡品种鉴定的snp位点组合，其特征在于，包括以下zx1位点到zx7位点：
2.根据权利要求1所述的snp位点组合，其特征在于，所述snp位点的筛选方法为：
3.权利要求1或2所述的snp位点组合对应的引物组合，其特征在于，各snp位点的引物的核苷酸序列为：
4.竹乡鸡的鉴定方法，其特征...
【专利技术属性】
技术研发人员：章明，屠云洁，束婧婷，姬改革，单艳菊，盛中伟，刘一帆，巨晓军，肖芹，邹剑敏，卢永胜，戴利霞，卢新旺，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：
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