与鸡热应激耐受力有关的分子标记、引物组合及其检测鉴定方法技术

本发明专利技术涉及一种与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第5号染色体第40827385位以及40829460位。其中两个位点为CC和TT时可作为优势基因型对鸡的热应激耐受力进行选择，为鸡分子标记辅助选育热应激耐受群体提供了一种有效、简单易操作、费用低的分子遗传标记，为鸡的热应激耐受力改良提供了一种有效的分子遗传标记。了一种有效的分子遗传标记。了一种有效的分子遗传标记。

【技术实现步骤摘要】
与鸡热应激耐受力有关的分子标记、引物组合及其检测鉴定方法


[0001]本专利技术涉及基因工程和遗传育种领域，具体涉及一种与鸡热应激耐受力有关的分子标记、引物组合及其检测鉴定方法。

技术介绍

[0002]2022年国家重点研发计划将农业生物环境适应性纳入申报指南，以响应国家保障人民粮食安全的举措。禽产品作为人民粮食的重要组成部分，保障其质量安全至关重要。而家禽养殖系统受多种的气候因素影响，但是由于当今公众的认知和丰富的科学信息摄入，与热应激相关的禽产品质量安全问题变得尤为突出。在现代集约化家禽养殖的环境下，热应激压力在家禽生产中受到特别的关注，它已成为影响家禽生产性能的最关键的环境因素之一，包括造成家禽免疫力下降、生长速度减慢、饲料转化率低、禽产品质量变差等不利影响，对家禽生产造成了巨大的经济损失，每年高达1.28
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1.65亿美元。现代商业化家禽由于其快速的新陈代谢而易产生更多的热量，使得家禽对环境温度更为敏感。因此，迫切需要制定各种有效的缓解策略，减少相应的生产损失。一般生产中重点针对环境改善或通过营养策略来调整改善热应激时的不良影响，但这不能满足应激条件下家禽的特殊需要且缓解效果有限。因此，迫切需要开发有效遗传标记等有效策略，对家禽进行耐热能力的选育才是有效之计。
[0003]目前国内外关于鸡热应激耐受力的分子标记研究尚少，仅有少数研究报道了可作为鸡抗热应激的潜在遗传标记。在当今平衡育种理念下，提高鸡热应激的耐受力对于适应未来全球气候变化形势至关重要。因此，精准定位与鸡热应激耐受相关的数量性状SNP位点和筛选可鉴定其个体耐受力的DNA分子标记，不仅可以避免鸡遭受热应激时表型观测选择的繁琐，更可以提高选择的准确性和选择的遗传进展，对有效筛选鸡热应激耐受的个体和抗热应激鸡群体的选育意义重大。

技术实现思路

[0004]为了有效筛选鸡热应激耐受的个体，本专利技术一方面提供了一种与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第5号染色体第40827385位以及40829460位。
[0005]较佳地，所述的第5号染色体第40827385位脱氧核苷酸是A、或者是C、或者是A和C。
[0006]较佳地，所述的第5号染色体第40829460位脱氧核苷酸是C、或者是T、或者是C和T。
[0007]较佳地，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示且第163为碱基是G或者是A。
[0008]较佳地，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示且第40为碱基是G或者是A。
[0009]较佳地，所述的SNP分子标记用于如下应用：
[0010](1)辅助鉴定鸡的热应激耐受能力；
[0011](2)选育热应激耐受力相对较高的鸡群体。
[0012]较佳地，所述热应激耐受力相对较高是指与对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第5号染色体第40827385位脱氧核苷酸是A的纯合体或者是C和A的杂合体以及40829460位脱氧核苷酸是C的纯合体或者是C和T的杂合体的鸡相比，对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第5号染色体第40827385位脱氧核苷酸是C的纯合体和第40829460位脱氧核苷酸是T的纯合体的鸡热应激耐受力更强。
[0013]较佳地，所述热应激耐受力相对较高是指与对应于SEQ ID NO.5第163位脱氧核苷酸是A的纯合体或者是C和A的杂合体以及SEQ ID NO.6第40位脱氧核苷酸是C的纯合体或者是C和T的杂合体的鸡相比，对应于SEQ ID NO.5第163位脱氧核苷酸是CC的纯合体以及SEQ ID NO.6第40位脱氧核苷酸是TT的纯合体的鸡热应激耐受力更强。
[0014]本专利技术第二方面提供了一种引物组合，所述引物组合分别由SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.3所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.4所示核苷酸序列的下游引物组成。
[0015]本专利技术第三方面提供了一种检测鉴定耐受热应激的鸡的方法，包括以下步骤：
[0016](1)提取一定样本数量的待检测鸡的基因组DNA；
[0017](2)检测所述的基因组DNA中如权利要求1～5任一项所述的SNP分子标记位点的基因型；
[0018](3)基于SNP位点的基因型对鸡高温耐受鸡进行选择，其中，选择如权利要求1所述的2个位点分别为CC和TT基因型的鸡，其他基因型的鸡淘汰。
[0019]较佳地，所述的步骤(1)中样本数量为100
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1000只。
[0020]本专利技术提供了一种可检测鸡热应激耐受力的单核苷酸多态，并提供了检测该两个位点基因型的普通PCR引物，可快速检测待测个体的基因型。其中两个位点为CC和TT时可作为优势基因型对鸡的热应激耐受力进行选择，为鸡分子标记辅助选育热应激耐受群体提供了一种有效、简单易操作、费用低的分子遗传标记，为鸡的热应激耐受力改良提供了一种有效的分子遗传标记。
附图说明
[0021]图1a～1b为鸡基因组上与高温耐受相关的选择信号。
[0022]图2为受选择信号2个SNP位点在4个品种中的突变频率。
[0023]图3为2个SNP位点在各个群体中基因型分析。
[0024]图4为2个SNP位点sanger测序图。
具体实施方式
[0025]为了能够更清楚地理解本专利技术的
技术实现思路
，特举以下实施例详细说明。
[0026]实施例1
[0027]选择中国4个不同环境生长的地方品种鸡包括文昌鸡、东乡绿壳蛋鸡、藏鸡和林甸鸡各50只，翅静脉采集2mL血样于EDTA
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Na抗凝管中，利用酚
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氯仿法进行基因组DNA提取。通过DNA质控后基于Illumina Hiseq PE150平台进行全基因组测序。过略掉接头序列(＞10nt
与适配器进行校准，允许≤10％的错配)，去除低质量的序列包括≥10％未被识别的核苷酸或者＞50％且碱基测序质量＜5的，去除建库过程中可能产生的PCR重复序列。使用BWA(Burrows
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Wheeler Aligner)(0.7.8版本)软件包将剩余的高质量的配对序列用命令mem
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t 4
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k32 M与鸡参考基因组Gallus_gallus
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5.0进行匹配分析；同时为了减少测序前PCR扩增产生的错配，通过SAMtools(0.1.19版本)软件包去除重复的序列。将获得的序列根据Gallus_gallus
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5.0基因组，使用ANNOVAR软件包进行SNP和InDel注释。
[0028]选择信号筛选：筛选思路即将高温地区生长的文昌鸡、非高温生长地区的绿壳蛋鸡和藏鸡分别与低温地区生长的林本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记对应于NCBI上鸡的参考基因组(Gallus Gallus 5.0)第5号染色体第40827385位以及40829460位。2.根据权利要求1所述的与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，其特征在于，所述的第5号染色体第40827385位脱氧核苷酸为A、或者是C、或者是A和C。3.根据权利要求1所述的与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，其特征在于，所述的第5号染色体第40829460位脱氧核苷酸是C、或者是T、或者是C和T。4.根据权利要求1所述的与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示且第163为碱基是G或者是A。5.根据权利要求1所述的与鸡热应激耐受力有关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示且第40为碱基是G或者是A。6.根据权利要求1所述的与鸡热应激耐受力有...

【专利技术属性】
技术研发人员：施寿荣，邵丹，童海兵，胡艳，王强，张珊，肖蕴祺，沈一茹，张安，陈静龙，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：