与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记及应用制造技术

本申请公开了与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记及其应用。该SNP标记位于15号染色体的第19195072个碱基处，突变类型为C/G，命名为Chr15:19195072C>G，其优选基因型是GG。对该候选SNP标记进行引物设计，并在185个雄性个体中进行验证，证实了该SNP标记也适用于雄性黄颡鱼个体。在另一个黄颡鱼养殖群体中SNPChr15:19195072C>G在生长性状上也存在显著性差异，表明该SNP在黄颡鱼生长性状分子标记辅助育种中具有应用前景。中具有应用前景。中具有应用前景。

【技术实现步骤摘要】
与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记及应用


[0001]本申请涉及黄颡鱼生长性状相关分子标记
，尤其涉及与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记及应用。

技术介绍

[0002]人工选择育种常用于选择具有目标性状的亲本，以产生具有该目标性状的后代，利用标记辅助选择(MAS)可极大地提高目标性状选择的效率和准确性。近年来，随着高通量测序技术的进步，测序成本不断下降，全基因组关联分析(GWAS)得到了快速的发展，成为解析动物复杂性状的重要工具。目前，GWAS已在植物和畜禽分子数量遗传学研究中得到广泛的应用，其中部分研究成果已应用到MAS育种实践中。
[0003]性别是生物个体雌雄的差别，是一种特殊的性状。研究表明性别会对生物性状的研究结果产生显著影响，因此在相关研究中需要将动物的性别因素考虑在内，然而大多数研究尤其是鱼类研究并没有考虑其对研究结果的影响。黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)是我国重要的水产养殖鱼类，具有明显的雌雄生长二态性，雄性的生长速度约为雌鱼的2.5～3倍。因此，在解析黄颡鱼重要经济性状特别是生长性状的过程中需考虑性别因素对研究的影响。近年来，黄颡鱼全基因组序列成功破译(Gong et al.，2018)，也为黄颡鱼重要经济性状的遗传解析奠定了坚实基础。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本申请的目的在于至少提供一种与两性生长异形鱼类—黄颡鱼生长性状相关的SNP标记，以将其应用于黄颡鱼的人工育种中。
[0005]第一方面，本申请实施例公开了与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记，所述生长性状包括体长和体重，其中，所述SNP标记位于15号染色体的第19195072个碱基处，突变类型为C/G，命名为Chr15:19195072C>G，其优选基因型是GG。
[0006]第二方面，本申请实施例公开了用于扩增或检测第一方面所述的SNP标记的引物对，其中所述引物对包括如SEQ ID NO.3～4所示的核苷酸序列。
[0007]第三方面，本申请实施例公开了用于扩增或检测黄颡鱼个体生长性状的试剂盒，其中所述试剂盒包括第二方面所述的引物对以及与PCR扩增相关的试剂。
[0008]第四方面，本申请实施例公开了一种扩增或检测黄颡鱼SNP Chr15:19195072C>G的方法，其中包括：
[0009]提取黄颡鱼个体的基因组DNA；
[0010]以所述基因组DNA为模板进行PCR扩增，所述PCR扩增体系为：2
×
Es Taq Master Mix 5μL、10μM上游引物0.5μL、10μM下游引物0.5μL、模板1μL、补充双蒸水10μL；
[0011]对所述PCR扩增产物进行Sanger测序，以判断所述黄颡鱼个体Chr15:19195072C>G的基因型。
[0012]第五方面，本申请实施例公开了第一方面所述的SNP标记的筛选方法，包括以下步
骤：
[0013]构建黄颡鱼混合家系，采集所述黄颡鱼混合家系的生长性状数据，所述生长性状数据包括体长数据和体重数据；
[0014]采用黄颡鱼性别特异性标记对所述黄颡鱼混合家系进行性别鉴定，以获得黄颡鱼雌鱼样本；
[0015]提取黄颡鱼雌鱼样本的基因组DNA，构建基因组重测序文库，对所述基因组重测序文库进行PE150双末端测序；
[0016]对测序数据集采用FastQC和trim_galore进行质控和过滤后，采用Bowtie2将过滤后的reads比对到黄颡鱼参考基因组上，使用GATK4软件检测SNPs并进行过滤；
[0017]使用TASSEL软件的混合线性模型对生长性状数据与所述过滤后的SNPs进行关联分析，以获得与黄颡鱼生长性状相关的SNP标记。
[0018]在本申请实施例中，所述黄颡鱼性别特异性标记为XY1。
[0019]在本申请实施例中，用于扩增所述黄颡鱼性别特异性标记的引物序列如SEQ ID NO.1～2所示。
[0020]在本申请实施例中，所述SNP标记的筛选方法还包括：
[0021]从所述黄颡鱼混合家系随机挑取黄颡鱼雄性样本，并提取其基因组DNA；
[0022]使用如SEQ ID NO.3～4所示的引物进行PCR扩增；
[0023]对扩增产物进行测序，以鉴定Chr15:19195072C>G的基因型。
[0024]第六方面，本申请实施例公开了第一方面所述的SNP标记在预测黄颡鱼生长性状或黄颡鱼育种中应用。
[0025]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果之一：
[0026]本申请在解析黄颡鱼生长性状的过程中，考虑到性别因素对研究结果的影响。先从黄颡鱼混合家系的125条雌性个体的基因组中筛选到1与黄颡鱼雌性个体体长和体重相关的候选SNP；然后对该候选SNP标记进行引物设计，并在185个雄性个体中进行验证，证实了该SNP标记也适用于雄性黄颡鱼个体。同时，在另一个黄颡鱼养殖群体中也验证出SNP Chr15:19195072C>G与生长性状相关联，表明该SNP在黄颡鱼生长性状分子标记辅助育种中具有应用前景。
附图说明
[0027]图1为本申请实施例提供的黄颡鱼雌、雄个体鉴定结果图。
[0028]图2为本申请实施例提供的雌性黄颡鱼体长性状GWAS分析中的曼哈顿图和QQ
‑
plot图。
[0029]图3为本申请实施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型雌性黄颡鱼体长统计结果图。
[0030]图4为本申请实施例提供的雌性黄颡鱼体重性状GWAS分析中的曼哈顿图和QQ
‑
plot图。
[0031]图5为本申请实施例提供的3号染色体上与雌性黄颡鱼体重在染色体水平上相关的SNP(Chr3:32884295)的位置及其上下游0.5Mb内包含的基因结果图。
[0032]图6为本申请实施例提供的15号染色体上与雌性黄颡鱼体重在染色体水平上相关
的SNP(Chr15:16019035)的位置及其上下游0.5Mb内包含的基因结果图。
[0033]图7为本申请实施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型雌性黄颡鱼体重统计结果图。
[0034]图8为本申请实施例提供的Chr15:19195072C>G标记分型图。
[0035]图9为本申请实施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型雄性黄颡鱼体长和体重统计结果图。
[0036]图10为本申请实施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型在验证黄颡鱼群体中的体长和体重统计结果图。
具体实施方式
[0037]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请作进一步详细说明。应当理解，此处所描本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记，所述生长性状包括体长和体重，其中，所述SNP标记位于15号染色体的第19195072个碱基处，突变类型为C/G，命名为Chr15:19195072C>G，其优选基因型是GG。2.用于扩增或检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，其中所述引物对包括如SEQ ID NO.3～4所示的核苷酸序列。3.用于扩增或检测黄颡鱼个体生长性状的试剂盒，其中所述试剂盒包括如权利要求2所述的引物对以及与PCR扩增相关的试剂。4.一种扩增或检测黄颡鱼SNP Chr15:19195072C>G的方法，其中包括：提取黄颡鱼个体的基因组DNA；以所述基因组DNA为模板进行PCR扩增，所述PCR扩增体系为：2
×
Es Taq Master Mix 5μL、10μM上游引物0.5μL、10μM下游引物0.5μL、模板1μL、补充双蒸水10μL；对所述PCR扩增产物进行Sanger测序，以判断所述黄颡鱼个体Chr15:19195072C>G的基因型。5.权利要求1或2所述的SNP标记的筛选方法，其中包括以下步骤：构建黄颡鱼混合家系，采集所述黄颡鱼混合家系的生长性状数据，所述生长性状数...

【专利技术属性】
技术研发人员：梅洁，郭稳杰，熊阳，皇培培，王宇宏，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：