【技术实现步骤摘要】
分离多聚(A)核酸的方法
[0001]本申请是申请日为2015年4月28日、申请号为201580023578.1、专利技术名称为“分离多聚(A)核酸的方法”的专利技术专利申请的分案申请。
专利
[0002]本专利技术提供了一种从含有核酸的样品中分离多聚(A)核酸的方法。所述方法有效地富集了多聚(A)核酸例如多聚(A)RNA而去除了不需要的非多聚(A)核酸、例如rRNA。所述方法特别适合于制备用于下一代测序(NGS)应用的多聚 (A)RNA。此外、还提供了适用于执行本专利技术方法的组合物和试剂盒。
[0003]专利技术背景
[0004]本公开涉及聚腺苷酸化核酸、特别是多聚(A)RNA的分离。多聚腺苷酸化通常指的是向生物分子中添加由多个(通常几十到几百个)连续腺嘌呤(A)残基组成的延伸段、其中所述延伸段通常存位于分子的3
’
末端、通常称为“多聚(A) 尾”。含有各自的多聚(A)延伸段或多聚(A)尾的核酸通常称为“多聚(A)核酸”。在真核生物中、聚腺苷酸化是与用于基因表达(翻译)的成熟信使RNA(mRNA) 的产生相关的过程。在此、在转录(核聚腺苷酸化)结束时、将多聚(A)尾加入RNA 中。在真核生物中、几乎所有的mRNA在3
’
末端具有多聚(A)尾、只有少数例外、如动物复制依赖性组蛋白mRNA(参见如Lopez等人(RNA 14(1):1
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10,2007))。此外、除了绝大多数mRNA之外、各种真核非编码RNA也是多聚腺苷酸化的。这还包括一些小RNA、例如微小 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种从含有核酸的样品中分离具有单链多聚(A)延伸段的多聚(A)核酸的方法,包括:(a)提供杂交组合物,其包含:i)含有核酸的样品;ii)杂交溶液,其包含:aa.钠盐;bb.季铵盐;其中杂交溶液的组分可以作为单一溶液加入到样品中或者可以以任何顺序分别加入到样品中;iii)能够与多聚(A)核酸的多聚(A)延伸段杂交的捕获探针;和将所述杂交组合物在所述多聚(A)核酸和所述捕获探针之间形成核酸杂交体的条件下进行孵育;(b)将形成的杂交体与剩余的样品分离。2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,a)所述杂交组合物包含浓度≤250mM的杂交溶液钠盐,优选地,浓度选自:25mM
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250mM、35mM
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200mM、40mM
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175mM、50mM
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150mM、55mM
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125mM、60mM
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115mM和60mM
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100mM;和/或b)所述杂交溶液包含浓度≤500mM的钠盐,优选地,浓度选自:50mM
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500mM、75mM
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400mM、85mM
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350mM、100mM
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300mM、115mM
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250mM、120mM
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225mM和125mM
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200mM。3.如权利要求1或2所述的方法,所述季铵盐是四烷基铵盐,优选地,选自四甲基铵盐(TMA)和四乙基铵盐(TEA)。4.如权利要求3所述的方法,具有一种或多种以下特征:a)所述杂交组合物含有的杂交溶液四烷基铵盐浓度≤1.5M,优选地,浓度选自0.1M
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1.75M、0.125M
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1.5M、0.25M
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1.25M、0.375M
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1M和0.375M
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0.75M;和/或b)所述杂交溶液含有的四烷基铵盐浓度≤3M,优选地,浓度选自0.2M
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2.5M、0.5M
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2M和0.75M
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1.5M;和/或c)所述四烷基季铵盐选自下组:四乙基氯化铵(TEAC)、四甲基氯化铵(TMAC)、四甲基硝酸铵(TMAN)、四乙基溴化铵(TEAB)和四甲基溴化铵(TMAB);和/或d)其中,所述四烷基铵盐优选为四甲基溴化铵。5.如权利要求1
‑
4所述的一种或多种方法,包括:(a)提供杂交组合物,其包含:i)含有核酸的样品;ii)杂交溶液,其包含:aa.钠盐,浓度≤500mM;bb.作为季铵盐的四烷基铵盐;其中杂交溶液的组分可以作为单一溶液加入到样品中或者可以以任何顺序分别加入到样品中;iii)能够与多聚(A)核酸的多聚(A)延伸段杂交的捕获探针;其中所述杂交组合物含有的杂交溶液钠盐的浓度≤250mM,和将所述杂交组合物在所述多聚(A)核酸和所述捕获探针之间形成核酸杂交体的条件
下进行孵育;(b)将形成的杂交体与剩余的样品分离。6.如权利要求1
‑
5所述的一种或多种方法,包括(a)提供杂交组合物,其包含:i)含有核酸的样品;ii)杂交溶液,其包含:aa.钠盐,浓度选自50mM
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350mM、75mM
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300mM、100mM
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250mM和125mM
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200mM;bb.作为季铵盐的四烷基铵盐,浓度选自0.2M
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2.5M、0.5M
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2M和0.75M
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1.5M;其中,所述杂交溶液的组分可以作为单一溶液加入样品或者可以以任何顺序分别加入样品;iii)能够与多聚(A)核酸的多聚(A)延伸段杂交的捕获探针;其中所述杂交组合物含有的杂交溶液钠盐的浓度选自25mM
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175mM、37.5mM
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150mM、50mM
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125mM和62.5mM
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100mM;且所述的四烷基铵盐的浓度选自0.1M
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1.25M,0.25M
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1M和0.375M
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0.75M;和将所述杂交组合物在所述多聚(A)核酸和所述捕获探针之间形成核酸杂交体的条件下进行孵育;(b)将形成的杂交体与剩余的样品分离。7.如权利要求1
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6所述的一种或多种方法,尤其是权利要求5或6,其特征在于,所述多聚(A)核酸是多聚(A)RNA,且优选地,所述含有核酸的样品是总RNA。8.如权利要求1
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7所述的一种或多种方法,尤其是权利要求5或7,其特征在于,所述钠盐是氯化钠。9.如权利要求8所述的方法,用于从总RNA样本中分离多聚(A)RNA,包括:(a)提供杂交组合物,其包含:i)含有核酸的样品;ii)杂交溶液,其包含:aa.钠盐即氯化钠,浓度选自75mM
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250mM、100mM
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200mM、和125mM
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175mM;bb.选自下组的四烷基铵盐作为季铵盐:四乙基氯化铵(TEAC)、四甲基氯化铵(TMAC)、四甲基硝酸铵(TMAN)、四乙基溴化铵(TEAB)和四甲基溴化铵(TMAB),浓度选自0.2M
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2.5M、0.5M
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2M和0.75M
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1.5M;其中,所述杂交溶液的组分可以作为单一溶液加入样品或者可以以任何顺序分别加入样品;iii)能够与多聚(A)核酸的多聚(A)延伸段杂交的捕获探针,其中所述捕获探针固定于固体支持物上;其中所述杂交组合物含有的杂交溶液钠盐的浓度选自37.5mM
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125mM、50mM
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100mM和62.5mM
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87.5mM;且所述的四烷基铵盐的浓度选自0.125M
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1.25M、0.5M
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1M和0.375M
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0.75M,和将所述杂交组合物在所述多聚(A)核酸和所述捕获探针之间形成核酸杂交体的条件下进行孵育;(b)将形成的杂交体与剩余的样品分离。10.如权利要求1
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9所述的一种或多种方...
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