水稻SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了SNP标记及其应用。其中，SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5

【技术实现步骤摘要】
水稻SNP标记及其应用


[0001]本专利技术涉及SNP标记及其应用。

技术介绍

[0002]稻花香2号是育种家田永太于2000年秋季从五优稻1号中选育而出。此品种成熟期晚，产量低，但经济效益高，2004年开始在五常市大面积种植，官方命名为“五优稻4号”，为五常大米的代表。稻花香2号不仅脱粒后香气袭人，而且稻子在田间生长时都能闻到叶片香和稻谷香。
[0003]五优稻4号品质好，营养丰富，蒸出来的米饭满堂飘香，饭粒晶莹如玉，素有“百年贡米”的美誉，在市场上深受广大消费者的青睐。但五优稻4号产量低，出米率低，价格较高。因此，市场上存在将粒型外观相近的其它稻米掺杂到五优稻4号稻米中进行销售的情形。因此，如何简单、准确而又快速地鉴定五优稻4号稻米纯度是大家一直关注的难题。
[0004]一般辨别五优稻4号水稻品种掺伪的检测方法是通过有经验的大米专家的肉眼外形观察与咀嚼品尝等经验判断，方法如下：首先，稻花香的外观很特殊，本身粒长，在出芽的一端的地方稍宽，100粒中至少有八成应该是这种形状；其次，从水稻来看，颜色不是很好看，有褐色斑点，不像其他水稻那么焦黄；三是，水稻表面皮质有些裂纹。但是这种方法主要依靠人的感官来判定，结果的准确度在很大程度上依赖于人员的知识水平和经验，容易出现误判。且通过外观和香味判断准确性较差，更难以实现五优稻4号掺伪的定量检测。再有粒型和成熟度有关，米的香味又受不同年份气候等外在环境因素影响，因此通过感官进行五优稻4号掺伪检测有一定的局限性。
[0005]对水稻品种的鉴定可以通过标准NY/T 1433-2014水稻品种鉴定技术规程SSR标记，或NY/T 2745-2015水稻品种鉴定SNP标记法进行，但这两种鉴定方法不仅繁琐复杂，耗时长，而且也只能进行是否和原种一致的判断，无法进行掺伪的定量判断。
[0006]米业公司在收购五优稻4号稻谷时对品种鉴定有明确需求，希望能有简单容易操作、用时短的方法鉴定水稻品种，来确保收购的稻谷的确是高纯度的五优稻4号。本领域仍需定性、定量检测五优稻4号稻米掺伪的试剂和方法。

技术实现思路

[0007]本专利技术提出了一种与五优稻4号品种相关、能够有效用于水稻品种检测的SNP标记，利用该SNP标记设计高效灵敏的五优稻4号水稻特异性引物和探针，对样本DNA进行检测，从而实现对五优稻4号水稻品种纯度进行定量判断，有效地解决了五优稻4号水稻品种中掺入其它水稻品种的定量鉴别的难题。
[0008]具体而言，本专利技术提供一种分离的来自水稻细长杆基因(SPINDLY gene)的核酸分子，其含有第一SNP标记和任选的第二SNP标记，其中第一SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996894位，为T或C，第二SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996914位，为A或G。
[0009]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子是水稻细长杆基因的长度至少5bp的片段。在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度至少10bp、15bp、20bp、30bp、40bp、50bp、60bp、70bp、80bp、90bp、100bp、200bp、300bp、400bp、500bp、600bp、700bp、800bp、900bp、1kb。在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度为10bp-600bp、50-500bp，100-400bp，150-300bp或200-250bp。
[0010]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子的核苷酸序列至少包括SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:8或10所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:9或11所示的核苷酸序列。
[0011]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子的核苷酸序列包括SEQ ID NO:12。
[0012]在一个或多个实施方案中，所述第一SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第100位核苷酸，其为T或C，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第23位核苷酸，其为T或C；所述第二SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第120位核苷酸，其为A或G，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第43位核苷酸，其为A或G。
[0013]本专利技术还提供用于检测水稻基因组中的第一SNP标记和任选的第二SNP标记的引物，其中，第一SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996894位，其为T或C，第二SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996914位，其为A或G。
[0014]在一个或多个实施方案中，所述第一SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第100位核苷酸，其为T或C，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第23位核苷酸，其为T或C；所述第二SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第120位核苷酸，其为A或G，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第43位核苷酸，其为A或G。
[0015]在一个或多个实施方案中，所述引物选自：(1)SEQ ID NO:2和3所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:8或10杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；(2)SEQ ID NO:4和3所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:9或11杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；和(3)(1)和(2)所述序列的混合物。
[0016]本专利技术还提供用于检测水稻基因组第一SNP标记和任选的第二SNP标记的探针，其中，其中第一SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996894位，其为T或C，第二SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996914位，其为A或G。
[0017]在一个或多个实施方案中，所述第一SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第100位核苷酸，其为T或C，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第23位核苷酸，其为T或C；所述第二SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID N本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分离的来自水稻细长杆基因的核酸分子，其含有第一SNP标记和任选的第二SNP标记，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996894位，所述第二SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996914位，其中，所述核酸分子是水稻细长杆基因的片段。2.如权利要求1所述的核酸分子，其特征在于，所述核酸分子长度为10bp-600bp；优选地，所述核酸分子的核苷酸序列至少包括SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:8或10所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:9或11所示的核苷酸序列。3.用于检测水稻基因组中的第一SNP标记和任选的第二SNP标记的引物，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996894位，所述第二SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996914位，更优选地，所述引物选自：(1)SEQ ID NO:2和3所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:8或10杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；(2)SEQ ID NO:4和3所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:9或11杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；和(3)(1)和(2)所述序列的混合物。4.用于检测水稻基因组第一SNP标记和任选的第二SNP标记的探针，其特征在于，所述第一SNP标记位于第8号染色体第27996894位，所述第二SNP标记位于第8号染色体第27996914位，优选地，检测第二SNP标记的探针增强HRM检测方法的分型特异性，更优选地，所述探针具有(1)SEQ ID NO:5或6所示的核苷酸序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:8-11中任一杂交的序列或与之具有70％序列相同性的变体，或(2)(1)的互补序列。5.一种试剂盒，其含有用于检测水稻基因组中的第一SNP标记的试剂，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996894位，优选地，所述试剂盒包含检测所述第一SNP标记的引物和任选的检测所述第一SNP标记的探针和任选的包含所述第一SNP标记的核酸分子。6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还含有检测水稻基因组中的第二SNP标记的试剂，所述第二SNP标记位于水稻基因组第8号染色体第27996914位，优选地，所述试剂盒包含检测所述第二SNP标记的引物和任选的检测所述第二SNP标记的探针和任选的包含所述第二SNP...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖玲，杨华，封莉，牛其文，
申请(专利权)人：丰益上海生物技术研发中心有限公司，
类型：发明
国别省市：