水稻SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了SNP标记及其应用。其中，SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5

【技术实现步骤摘要】
水稻SNP标记及其应用


[0001]本专利技术涉及SNP标记及其应用。

技术介绍

[0002]吉宏6号是吉林省全禾种业有限公司2004年以吉玉粳为母本，农大3及香稻为父本，经有性杂交、回交育成的水稻新品种。2014年1月通过吉林省农作物品种审定委员会审定，审定号吉审稻2014019。
[0003]吉宏6号是目前吉林省中熟稻区生产在产量、品质、抗性等方面都十分优秀的水稻品种，具有极高的创新价值，该品种达国内领先水平，特别在食味值、口感及回生性等方面优势明显，具有纯真米香的味道，粘弹性及回生性明显高于吉宏6号，是目前吉林省审定的首个带香气的圆粒优质水稻新品种。吉宏6号的育成对于改善吉林省优质大米品质及提升吉林地域大米品牌具有重要意义。
[0004]吉宏6号属于香稻，品质好，营养丰富，在市场上深受广大消费者的青睐，需求量不断增加，价格较高，使得有些不法分子通过弄虚作假，将粒型外观相近的其它稻米掺杂到吉宏6号稻米中销售以牟取暴利。因此，如何简单、准确而又快速地鉴定吉宏6号稻米纯度一直是大家关注的难题。
[0005]一般辨别吉宏6号主要是通过闻香味和口感咀嚼等方法，但是这些方法主要依靠人的感官来判定粒型与香味强弱，准确性较差，更难以实现吉宏6号纯度的定量检测。对水稻品种的鉴定可以通过标准NY/T 1433-2014水稻品种鉴定技术规程SSR标记，或NY/T 2745-2015水稻品种鉴定SNP标记法进行，但这两种鉴定方法不仅繁琐复杂，耗时长，而且也只能进行是否和原种一致的判断，无法进行掺伪的定量判断。米业公司在收购吉宏6号稻谷时对品种鉴定有明确需求，希望能有简单容易操作、用时短的方法鉴定水稻品种，来确保收购的稻谷的确是高纯度的吉宏6号。
[0006]我们通过对吉宏6号水稻品种的SSR高通量测序，比对出吉宏6号区别与其它水稻品种的特异序列，通过吉宏6号与其它水稻品种特异位点核酸序列的特异性检测，来判断吉宏6号中是否掺入其它水稻，并引入内源参照基因与参照样本进行吉宏6号稻米掺伪的定量分析。
[0007]本专利技术是利用分子生物学方法定量检测吉宏6号稻米掺伪，从样本中快速提取DNA，用开发的高效灵敏的吉宏6号特异荧光探针和引物进行荧光定量PCR扩增，再对扩增数据进行定量分析，从而对吉宏6号稻米纯度进行定量判断。这种方法的优势在于可以定量检测吉宏6号水稻品种中其它水稻品种的掺入量。

技术实现思路

[0008]本专利技术提出了一种与吉宏6号品种相关、能够有效用于水稻品种检测的SNP标记，利用该SNP标记设计高效灵敏的吉宏6号水稻特异性引物和探针，对样本DNA进行检测，从而实现对吉宏6号水稻品种纯度进行定量判断，有效地解决了吉宏6号水稻品种中掺入其它水
稻品种的定量鉴别的难题。
[0009]具体而言，本专利技术提供一种分离的来自水稻的核酸分子，其含有第一SNP标记和第二SNP标记，其中第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，为T或C，第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，为A或G。
[0010]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子的长度至少5bp的片段。在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度至少10bp、15bp、20bp、30bp、40bp、50bp、60bp、70bp、80bp、90bp、100bp、200bp、300bp、400bp、500bp、600bp、700bp、800bp、900bp、1kb。在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度为10bp-600bp、50-500bp，100-400bp，150-300bp或200-250bp。
[0011]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子的核苷酸序列至少包括SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:8或10所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:9或11所示的核苷酸序列。
[0012]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子的核苷酸序列包括SEQ ID NO:15。
[0013]在一个或多个实施方案中，所述第一SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和5作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第35位核苷酸，其为T或C，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第60位核苷酸，其为T或C；所述第二SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和5作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第46位核苷酸，其为A或G，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第71位核苷酸，其为A或G。
[0014]本专利技术还提供用于检测水稻基因组中的第一SNP标记和第二SNP标记的引物，其中，第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，为T或C，第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，为A或G。
[0015]在一个或多个实施方案中，所述第一SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和5作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第35位核苷酸，其为T或C，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第60位核苷酸，其为T或C；所述第二SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和5作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第46位核苷酸，其为A或G，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:2和3作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第71位核苷酸，其为A或G。
[0016]在一个或多个实施方案中，所述引物选自：(1)SEQ ID NO:2和3所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:8或10杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；(2)SEQ ID NO:4和5所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:9或11杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；和(3)(1)和(2)所述序列的混合物。
[0017]本专利技术还提供用于检测水稻基因组第一SNP标记和第二SNP标记的探针，其中，其中第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，其为T或C，第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，其为A或G。
[0018]在一个或多个实施方案中，所述第一SNP标记为：以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:4和5作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
’
末端起第35位核苷酸，其为T
或C，或以水稻基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分离的来自水稻的核酸分子，其含有第一SNP标记和第二SNP标记，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，所述第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位。2.如权利要求1所述的核酸分子，其特征在于，所述核酸分子长度为10bp-600bp；优选地，所述核酸分子的核苷酸序列至少包括SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:8或10所示的核苷酸序列，或至少包括SEQ ID NO:9或11所示的核苷酸序列。3.用于检测水稻基因组中的第一SNP标记和第二SNP标记的引物，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，所述第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，更优选地，所述引物选自：(1)SEQ ID NO:2和3所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:8或10杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；(2)SEQ ID NO:4和5所示的序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:9或11杂交的序列或与其有至少90％相同性的序列；和(3)(1)和(2)所述序列的混合物。4.用于检测水稻基因组第一SNP标记和第二SNP标记的探针，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，所述第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，优选地，所述探针具有(1)SEQ ID NO:6或7所示的核苷酸序列或在严谨条件下与SEQ ID NO:8-11中任一杂交的序列或与之具有70％序列相同性的变体，或(2)(1)的互补序列。5.一种试剂盒，其含有用于检测水稻基因组中的第一SNP标记和第二SNP标记的试剂，其特征在于，所述第一SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124431位，所述第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，优选地，所述试剂盒包含检测所述第一SNP标记和第二SNP标记的引物和任选的检测所述第一SNP标记的探针和任选的包含所述第一SNP标记的核酸分子。6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还含有检测水稻基因组中的第二SNP标记的试剂，所述第二SNP标记位于水稻基因组第4号染色体第9124442位，优选地，所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖玲，杨华，封莉，牛其文，
申请(专利权)人：丰益上海生物技术研发中心有限公司，
类型：发明
国别省市：