一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用。本发明专利技术提供的SNP位点位于谷子SiADCL1基因第1号外显子上，且在SiADCL1基因第1号外显子164bp位点，所述位点上存在T/C碱基突变，与谷子叶酸具有显著的相关性。当所述位点为C碱基时，所述谷子叶酸性状为高叶酸；当所述位点为T碱基时，所述谷子无高叶酸性状。利用本发明专利技术所述SNP位点能够筛选高叶酸谷子，有利于谷子种质育种。利于谷子种质育种。利于谷子种质育种。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用

技术介绍

[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用。


[0002]谷子是我国重要的粮食作物之一，种植面广，受众面广。随着环境和人们生活需求的改变，优良谷子品种的选育工作仍然势在必行。谷子品种的选育主要包括传统杂交育种和现代分子标记选育技术，传统杂交育种依靠天然基因的不同组合，首先需要选择目的性状优良的父本和母本，该方法对杂交方法和设备要求不高，但是耗时长。
[0003]现代分子标记选育技术是近年来逐渐兴起的育种技术，利用分子标记能够反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特性，能够针对谷子不同性状进行选育，目的性更强，效果更佳明显，且耗时短，所以是目前谷子品种选育的热门技术。
[0004]叶酸是一种水溶性维生素，是维持生命活动的重要维生素，其能够参与遗传物质和蛋白质的代谢，促进动物繁殖和生长和提高免疫力。目前妊娠妇女或者计划妊娠妇女均提倡服用叶酸，用以预防胎儿发育缺陷。因此培育高叶酸含量的谷子品种，对于提高人膳食中叶酸的摄入量具有重要健康价值。然而，现有技术并未出现关于谷子叶酸分子标记的研究。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用，快速筛选和鉴定谷子叶酸性状，提高高叶酸谷子种质的选育效率。
[0006]本专利技术提供了一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点，所述SNP位点位于谷子SiADCL1基因第1号外显子上，且在第1号外显子的164bp处多态性为T/C。
[0007]优选的，所述SNP的多态性位点位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第164bp处，且多态性为T/C。
[0008]本专利技术还提供了一种鉴别上述SNP位点的KASP分子标记引物组，包括序列为SEQ ID NO.3所示的正向引物1、序列为SEQ ID NO.4所示的正向引物2和序列为SEQ ID NO.5所示的反向引物。
[0009]本专利技术还提供了一种用于检测上述SNP位点的试剂盒，包括上述的KASP分子标记引物组；
[0010]所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度独立为4～10μmol/L；所述引物组中的反向引物的浓度为4～10μmol/L。
[0011]本专利技术还提供了上述SNP位点或KASP分子标记引物组在谷子育种中的应用。
[0012]本专利技术还提供了上述SNP位点或KASP分子标记引物组在筛选高叶酸谷子中的应用。
[0013]本专利技术还提供了一种鉴别谷子叶酸性状的方法，包括如下步骤：
[0014]利用上述引物组对谷子基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
[0015]对所述扩增产物进行KASP基因分型检测，根据分型检测结果鉴别谷子叶酸性状；
[0016]所述谷子叶酸性状判定的方法为：当KASP基因分型检测结果为CC型时，鉴定谷子叶酸性状为高叶酸；当KASP基因分型检测结果为TT型或CT型时，鉴定谷子叶酸性状为非高叶酸。
[0017]优选的，所述PCR扩增使用的反应体系以10μL计包括：谷子基因组DNA2μL，引物组0.14μL，2x Probe MixA溶液5μL和余量的ddH2O；
[0018]所述PCR扩增反应的程序为：第一阶段95℃预变性10min；第二阶段95℃变性20s，61℃退火40s，共10个循环；第三阶段95℃变性20s，55℃退火40s，共31个循环；第四阶段25℃保持10min。
[0019]优选的，所述引物组中，正向引物1、正向引物2和反向引物的体积比为2:2:5。
[0020]优选的，所述谷子基因组DNA的浓度为50～100ng/μL。
[0021]本专利技术提供的SNP位点，位于谷子SiADCL1基因第1号外显子上，且在第1号外显子的164bp处多态性为T/C；当碱基为C时，所述谷子叶酸性状为高叶酸；当碱基为T时，所述谷子叶酸性状为低叶酸。利用该SNP位点，能将谷子高叶酸和低叶酸区分开。
[0022]本专利技术采用KASP分子标记引物组对谷子叶酸性状进行选择，只需通过DNA提取、PCR特异性扩增、KASP基因分型检测即可完成对样品的鉴别，能够得到高叶酸谷子，该分子标记物用于鉴定谷子叶酸是切实有效的，利用本专利技术分子标记辅助选择可提高高叶酸谷子种质选育效率，为谷子叶酸含量相关优异等位变异的利用提供依据，加快育种进程。
附图说明
[0023]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。
[0024]图1为实施例1 SiADCL上SNP(T164C)的KASP实验结果；
[0025]图2为实施例1不同基因型材料叶酸含量分布情况。
具体实施方式
[0026]本专利技术提供了一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点，含有位于谷子SiADCL1基因第1号外显子上第164bp处多态性为T/C的核苷酸序列；碱基为C时，所述谷子叶酸性状为高叶酸。
[0027]在本专利技术中，所述SNP位点位于谷子SiADCL1基因第1号外显子上第164bp位点，所述位点上存在T/C碱基突变，与谷子叶酸具有显著的相关性。本专利技术所述SNP位点优选含有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，所述SNP的多态性位点位于第164bp处，且多态性为T/C。通过对所述SNP位点进行分型可确定待测谷子叶酸性能：当所述位点为C碱基时，所述谷子叶酸性状为高叶酸；当所述位点为T碱基时，所述谷子无高叶酸性状。本专利技术所述SNP位点位于SiADCL1基因第1号外显子上，该基因的结构信息来源于谷子多组学数据库(http://foxtail
‑
millet.biocloud.net/home)，用于查询的编号为Si1g12410；NCBI登录号为XP_004952187，具体核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。
[0028]本专利技术提供了所述的SNP位点的KASP分子标记，所述KASP分子标记的引物组包括序列为SEQ ID NO.3所示的正向引物1、序列为SEQ ID NO.4所示的正向引物2和序列为SEQ ID NO.5所示的反向引物。
[0029]本专利技术提供了用于检测所述的SNP位点的试剂盒，包括所述引物组。本专利技术所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度优选独立为4～10μmol/L，进一步优选为5～8μmol/L，更优选为6～7μmol/L；所述引物组中的反向引物的浓度为4～10μmol/L，进一步优选为5～8μmol/L，更优选为6～7μmol/L。本专利技术对所述试剂盒中含有的其他组分不做严格要求，选择本领域熟知的能够用于检测所述的SNP位点的试剂即可。
[0030]本专利技术还提供了所述的SNP位点或所述的KASP分子标记在谷子育种中的应用，所述育种优选包括筛选高叶酸谷子。本专利技术所述SNP位点与谷子叶酸具有显著本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴别谷子叶酸性状的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于谷子SiADCL1基因第1号外显子上，且在第1号外显子的164bp处的多态性为T/C。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP的多态性位点位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第164bp处，且多态性为T/C。3.一种鉴别权利要求1所述的SNP位点的KASP分子标记引物组，其特征在于，包括序列为SEQ ID NO.3所示的正向引物1、序列为SEQ ID NO.4所示的正向引物2和序列为SEQ ID NO.5所示的反向引物。4.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP位点的试剂盒，包括权利要求3所述的KASP分子标记引物组；所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度独立为4～10μmol/L；所述引物组中的反向引物的浓度为4～10μmol/L。5.权利要求1或2所述的SNP位点或权利要求3或4所述的KASP分子标记引物组在谷子育种中的应用。6.权利要求1或2所述的SNP位点或权利要求3或4所述的KASP分子标记引物组在筛选高叶酸谷子中的应用。7.一种鉴别谷子叶酸性状的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯思宇，孙朝霞，韩渊怀，门艺涵，
申请(专利权)人：山西农业大学，
类型：发明
国别省市：