小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与小麦千粒重性状相关的SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状中的用途。本发明专利技术为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种农业实践中和/或相关的科学研究中均具有重要意义。意义。意义。

【技术实现步骤摘要】
NO.1自5
’
末端第66位碱基的SNP位点单核苷酸多态性；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙；基因型甲纯合小麦的千粒重小于/候选小于基因型乙纯合小麦的千粒重。
[0011]作为本专利技术的一种优选技术方案，所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。
[0012]所述引物、分子标记、试剂盒用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的用途。
[0013]所述引物、分子标记、试剂盒用于小麦分子标记育种和/或小麦辅助育种的用途。
[0014]一种鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的方法，包括如下步骤：
[0015]A、对待测小麦基因组D NA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第66位碱基；
[0016]B、确定待测小麦的基因型，所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙；
[0017]C、根据待测小麦基因型按照如下标准确定待测小麦的千粒重性状：基因型甲纯合小麦的千粒重小于/候选小于基因型乙纯合小麦的千粒重。
[0018]作为本专利技术的一种优选技术方案，步骤A中：所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ ID NO.1中5
’
末端40
‑
163bp；所述的PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。
[0019]作为本专利技术的一种优选技术方案，步骤A中：所述的酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释100倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶PstI酶切PCR产物。
[0020]作为本专利技术的一种优选技术方案，步骤B中：若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为C/C，基因型为甲；若PCR产物能被切开，则该核苷酸多态性位点为T/T，基因型为乙。
[0021]采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本专利技术开发的SNP存在两种基因型：基因型甲(C)、基因型乙(T)；通过关联分析证明，基因型甲纯合小麦的千粒重小于/候选小于基因型乙纯合小麦的千粒重。本专利技术还提供了检测所述SNP的dCAPS标记，通过检测所述SNP即可找到千粒重较高的小麦。本专利技术为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种的农业实践和/或相关科学研究中均具有重要意义。
附图说明
[0022]图1是本专利技术的SNP开发dCAPS标记酶切产物电泳检测结果；其中，泳道M为分子量标准；泳道A为被PstI切开的条带，泳道G为不能被PstI切开的条带。
具体实施方式
[0023]以下实施例详细说明了本专利技术。本专利技术所使用的各种原料及各项设备均为常规市售产品，均能够通过市场购买直接获得。
[0024]应当理解，当在本申请说明书和所附权利要求书中使用时，术语“包括”指示所描述特征、整体、步骤、操作、元素的存在，但并不排除一个或多个其它特征、整体、步骤、操作、元素的存在或添加。
[0025]还应当理解，在本申请说明书和所附权利要求书中使用的术语“和/或”是指相关联列出的项中的一个或多个的任何组合以及所有可能组合，并且包括这些组合。
[0026]如在本申请说明书和所附权利要求书中所使用的那样，术语“如果”可以依据上下文被解释为“当...时”或“一旦”或“响应于确定”或“响应于检测到”。类似地，短语“如果确定”或“如果检测到[所描述条件或事件]”可以依据上下文被解释为意指“一旦确定”或“响应于确定”或“一旦检测到[所描述条件或事件]”或“响应于检测到[所描述条件或事件]”。
[0027]另外，在本申请说明书和所附权利要求书的描述中，术语“第一”、“第二”、“第三”等仅用于区分描述，而不能理解为指示或暗示相对重要性。
[0028]在本申请说明书中描述的参考“一个实施例”或“一些实施例”等意味着在本申请的一个或多个实施例中包括结合该实施例描述的特定特征、结构或特点。由此，在本说明书中的不同之处出现的语句“在一个实施例中”、“在一些实施例中”、“在其他一些实施例中”、“在另外一些实施例中”等不是必然都参考相同的实施例，而是意味着“一个或多个但不是所有的实施例”，除非是以其他方式另外特别强调。术语“包括”、“包含”、“具有”及它们的变形都意味着“包括但不限于”，除非是以其他方式另外特别强调。
[0029]下述实施例中所用的小麦材料均来自国家作物种质库(http://icscaas.com.cn/jiguoku/zhongzhiku.htm)，材料信息见中国作物种质信息网，网址：http://icgr.caas.net.cn。
[0030]实施例1、与小麦千粒重相关的SNP及其PCR
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酶切多态性检测
[0031]1.1、扩增含小麦该SNP的基因组片段的特异引物及序列分析
[0032]在小麦基因组上的基因TaROXY1
‑
2A启动子区发现1个SNP，对应于序列表1自5
’
末端的第66位；该位点在小麦自然变异群体中存在两种基因型：
[0033]基因型甲：C
[0034]基因型乙：T
[0035]根据小麦不同基因组的序列差异，设计特异性引物PCR扩增分别包含该SNP位点在内的DNA片段：
[0036]F1：CCAGTAACGGTGTCACTGACAATATCG(SEQ ID NO：2)；
[0037]R1：GCACTAAAACAGCTCACGCTAGCTCC(SEQ ID NO：3)；
[0038]F2：GGTGCTTCACGGCGTGGCACATGCAGC(SEQ ID NO：4)；
[0039]R2：CCGGCGATGCCGGTCACCTTGGCTGC(SEQ ID NO：5)；
[0040]以F1和R1为引物对PCR扩增的靶序列如序列表的序列1所示的
‑
111
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438位序列；以F2和R2为引物对PCR扩增的靶序列如序列表的序列1所示的40
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163位序列。酶切分析显示，该多态性可分别被PstI识别。
[0041]1.2、PCR
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酶切多态性检测及基因分型方法的建立
[0042]1)提取待测小麦的基因组DNA；
[0043]2)以步骤1)的基因组DN本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性：所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第66位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为C或T，C/C纯合时的基因型是甲，T/T纯合时的基因型是乙；基因型甲纯合小麦的千粒重小于/候选小于基因型乙纯合小麦的千粒重。2.根据权利要求1所述的用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的引物，其特征在于：所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。3.一种用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5
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末端40
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163位序列。4.一种用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的试剂盒，用于检测序列表中SEQ ID NO.1自5
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末端第66位碱基的SNP位点单核苷酸多态性；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙；基因型甲纯合小麦的千粒重小于/候选小于基因型乙纯合小麦的千粒重。5.根据权利要求4所述的用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。6.权利要求1或2所述的引物、权利要求3所述的分子标记、权利要求4或5所述的试剂盒，用于鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的用途。7....

【专利技术属性】
技术研发人员：刘西岗，马玉茹，张腾腾，赵丹，郭琳，
申请(专利权)人：河北师范大学，
类型：发明
国别省市：