一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用。本发明专利技术提供的SNP位点位于苦荞第1号染色体上第8250379bp，所述位点上存在G/A碱基突变，与苦荞脱壳性状具有显著的相关性。当所述位点为A时，所述苦荞脱壳性状为易脱壳。利用该SNP位点，能将不易脱壳苦荞和易脱壳苦荞区分开。区分开。区分开。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用


[0001]本专利技术属于SNP分子标记
，具体涉及一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用。

技术介绍

[0002]苦荞属于双子叶植物纲，蓼目，蓼科，荞麦属一年生的草本植物。苦荞的整个生长周期短，对逆境适应力强，耐贫瘠性也强，是一种良好的填闲、救灾作物。
[0003]苦荞皮壳是指荞麦籽粒的外种皮，占籽粒总重量的25％
‑
30％，是荞麦籽粒的天然保护层，具有柔韧而坚实的结构，是苦荞籽粒木质化程度最高的部位，苦荞仁脆性大，仁与壳之间缝隙较小，导致苦荞脱壳难。苦荞脱壳效率，主要是检查是否能保存完整的苦荞仁，完整的苦荞仁对苦荞加工产品的价值有一定的影响。目前苦荞的脱壳工艺，需要高温蒸煮熟化后进行机械磨盘式脱壳，整半仁率仅能达到约40％。随着消费者对苦荞加工产品的热爱，在针对苦荞壳的厚度相关研究，培育易脱壳表型品种已成为苦荞研究的重点。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于提供一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、KASP分子标记引物组及其应用，快速筛选和鉴定苦荞脱壳性状，提高易脱壳苦荞种质的选育效率。
[0005]本专利技术提供了一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点，所述SNP位点位于苦荞第1号染色体上第8250379bp处，且多态性为G/A。
[0006]优选的，所述SNP的多态性位点位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列第151bp处。
[0007]本专利技术还提供了一种鉴定所述的SNP位点的KASP分子标记引物组，所述KASP分子标记引物组包括序列为SEQ ID NO.2所示的正向引物1、序列为SEQ ID NO.3所示的正向引物2和序列为SEQ ID NO.4所示的反向引物。
[0008]优选的，所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度独立为100μmol/L；所述引物组中的反向引物的浓度为100μmol/L。
[0009]本专利技术还提供了所述的SNP位点或所述的KASP分子标记引物组在苦荞育种中的应用。
[0010]本专利技术还提供了所述的SNP位点或所述的KASP分子标记引物组在筛选易脱壳苦荞中的应用。
[0011]本专利技术还提供了一种鉴定苦荞脱壳性状的方法，包括如下步骤：
[0012]利用所述的引物组对苦荞基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
[0013]对扩增产物进行KASP基因分型检测，当KASP基因分型检测结果为GG型时，鉴定苦荞脱壳性状为不易脱壳；当KASP基因分型检测结果为AA型时，鉴定苦荞脱壳性状为易脱壳；当KASP基因分型检测结果为GA型时，鉴定苦荞脱壳性状为不易脱壳。
[0014]优选的，所述PCR扩增使用的反应体系以10μL计包括：苦荞基因组DNA 2μL，引物组
0.14μL，HiGeno 2x Probe Mix A溶液5μL和余量的ddH2O；
[0015]所述PCR扩增反应的程序为：第一阶段95℃预变性10min；第二阶段95℃变性20s，55℃～61℃退火40s，共10个循环；第三阶段95℃变性20s，55℃退火40s，共31个循环。
[0016]优选的，所述引物组中，正向引物1、正向引物2和反向引物的体积比为2:2:5。
[0017]优选的，所述苦荞基因组DNA的浓度为50～100ng/μL。
[0018]本专利技术提供的SNP位点，位于苦荞第1号染色体上第8250379bp处，且多态性为G/A；当碱基为A时，所述苦荞脱壳性状为易脱壳。利用该SNP位点，能将不易脱壳苦荞和易脱壳苦荞区分开。
[0019]本专利技术采用KASP分子标记引物对苦荞脱壳性状进行选择，只需通过简单的DNA提取、PCR特异性扩增、KASP基因分型检测即可完成对样品的鉴定，能够得到易脱壳苦荞，该分子标记物用于鉴定苦荞脱壳性状是切实有效的，利用本专利技术分子标记辅助选择可提高易脱壳苦荞种质选育效率，为苦荞脱壳性状相关优异等位变异的利用提供依据，加快育种进程。
附图说明
[0020]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。
[0021]图1不同基因型下苦荞开裂情况；
[0022]图2为实施例1KASP实验结果(KASP
‑
379)；
[0023]图3为对比例1KASP实验结果(KASP
‑
339)；
[0024]图4为苦荞第1号染色体上第8250379bp基因连锁图。
具体实施方式
[0025]本专利技术提供了一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点，含有位于苦荞第1号染色体上第8250379bp处多态性为G/A的核苷酸序列；碱基为A时，所述苦荞脱壳性状性状为易脱壳。
[0026]在本专利技术中，所述SNP位点位于苦荞第1号染色体上第8250379bp处，所述位点上存在G/A碱基突变，与苦荞脱壳具有显著的相关性。本专利技术所述SNP位点位于苦荞第1号染色体上(参考基因组：http://www.mbkbase.org/Pinku1/)。本专利技术所述SNP位点优选含有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，所述SNP的多态性位点位于第151bp处，且多态性为G/A。通过对所述SNP位点进行分型可确定待测苦荞脱壳性能：当所述位点为A碱基时，所述苦荞脱壳性状为易脱壳；当所述位点为G碱基时，所述苦荞不易脱壳。
[0027]本专利技术提供了所述的SNP位点的KASP分子标记，所述KASP分子标记的引物组包括序列为SEQ ID NO.2所示的正向引物1、序列为SEQ ID NO.3所示的正向引物2和序列为SEQ ID NO.4所示的反向引物。
[0028]在本专利技术中，以SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列设计SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组成的引物组，由所述序列为SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组成的引物组用于检测位于苦荞第1号染色体上第8250379bp的多态性。。
[0029]本专利技术提供了用于检测所述的SNP位点的试剂盒，包括所述引物组。本专利技术所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度独立为100μmol/L；所述引物组中的反向引物的浓度为100μmol/L。本专利技术对所述试剂盒中含有的其他组分不做严格要求，选择本领域熟知
的能够用于检测所述的SNP位点的试剂即可。
[0030]本专利技术还提供了所述的SNP位点或所述的KASP分子标记在苦荞育种中的应用，所述育种优选包括筛选易脱壳苦荞。本专利技术所述SNP位点与苦荞脱壳性状具有显著的相关性，利用所述的SNP位点的KASP分子标记可对材料的基因型进行检测，其结果几乎不受环境影响，实验结果稳定可靠。
[0031]本专利技术还提供了一种鉴定苦荞脱壳性状的方法，包括如下步骤：
[0032]利用所述引物组对苦荞本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于苦荞第1号染色体上第8250379bp处，且多态性为G/A。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP的多态性位点位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列第151bp处。3.一种鉴定权利要求1所述的SNP位点的KASP分子标记引物组，其特征在于，所述KASP分子标记引物组包括序列为SEQ ID NO.2所示的正向引物1、序列为SEQ ID NO.3所示的正向引物2和序列为SEQ ID NO.4所示的反向引物。4.根据权利要求3所述的KASP分子标记，其特征在于，所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度独立为100μmol/L；所述引物组中的反向引物的浓度为100μmol/L。5.权利要求1或2所述的SNP位点或权利要求3或4所述的KASP分子标记引物组在苦荞育种中的应用。6.权利要求1或2所述的SNP位点或权利要求3或4所述的KASP分子标记引物组在筛选易脱壳苦荞中的应用。7.一种鉴定苦荞脱壳性状的方法，其特征在于，包括...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙朝霞，侯思宇，韩渊怀，王欣芳，杜伟，
申请(专利权)人：山西农业大学，
类型：发明
国别省市：