一种与猪背膘厚相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与猪背膘厚相关的分子标记及其获得方法与应用、预测猪背膘厚的方法和系统。所述分子标记为SNP标记，其位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处，存在T/G多态性，对应的基因型有三种，分别为GG基因型、TG基因型和TT基因型；基因型为TT的猪的背膘厚度显著低于基因型为TG和GG的猪。本发明专利技术公开的与猪背膘厚相关的分子标记，可以用于猪的早期选育，降低育种成本，缩短育种周期，加快遗传进展，可以通过直接鉴定该标记来筛选更低背膘厚的猪品系，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种。高效地选育出低背膘厚的优良猪品种。

【技术实现步骤摘要】
一种与猪背膘厚相关的SNP标记及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，涉及一种分子标记，具体涉及与猪背膘厚相关的SNP标记及其应用。

技术介绍

[0002]在猪现代化养殖生产过程中，背膘厚是衡量瘦肉率和繁殖母猪体康等性状的重要指标，因而选择符合生产需求的种猪是猪育种工作的重要目标。大量研究表明，背膘厚度与瘦肉率呈显著负相关，背膘越薄，瘦肉率越高，薄背膘高瘦肉率是生猪生产过程中的重要育种方向。此外，猪繁殖性能的高低和背膘厚度也有着直接的关系，选择背膘厚度13.5-18.5mm的母猪可以从一定程度上提高母猪的繁殖性能。而猪的背膘厚度性状是由多基因位点决定的数量性状，通过对影响猪背膘厚度性状相关的位点进行鉴定并筛选，可以提高猪群的整体繁殖性能和满足人们对肉食产品以及育种工作的需求。
[0003]目前，猪场的遗传育种多以表型选择为主，表型选择具有育种周期长、假阳性率高、易受饲养环境影响等缺点，会造成基因的误选、误淘等问题。
[0004]因此，亟需发掘功能明确、效应显著的SNP标记，实现背膘厚度性状的早期选择，加快遗传进展，改善猪的背膘厚性状。

技术实现思路

[0005]为了克服上述问题，本专利技术人进行了锐意研究，提出了一种与猪背膘厚相关的分子标记及其获得方法与应用、预测猪背膘厚的方法和系统。所述分子标记可以用于猪的早期选育，降低育种成本，缩短育种周期，加快遗传进展，可以通过直接鉴定该标记来筛选更低背膘厚的猪品系，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，从而完成了本专利技术。
[0006]具体来说，本专利技术的目的在于提供以下方面：
[0007]本专利技术提供了一种与猪背膘厚相关的分子标记，其中，所述分子标记为SNP标记，其位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处，存在T/G多态性。
[0008]其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处的SNP标记的等位基因为G和T，其对应的基因型有三种，分别为GG基因型、TG基因型和TT基因型，
[0009]优选地，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处的SNP标记的基因型为TT的猪的背膘厚度显著低于基因型为TG和GG的猪。
[0010]本专利技术还提供了一种上述分子标记的获得方法，其中，所述方法包括以下步骤：
[0011]步骤1，选择猪群体，提取基因组DNA；
[0012]步骤2，测定表型性状；
[0013]步骤3，进行基因分型；
[0014]步骤4，进行表型性状的全基因组关联分析。
[0015]其中，步骤1中，所述猪群体中的猪种选自杜洛克猪、长白猪和大白猪中的一种或
多种。
[0016]其中，步骤3中，所述基因分型采用直接测序法、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应、飞行时间质谱技术和芯片技术中的一种或多种。
[0017]本专利技术还提供了一种预测猪背膘厚的方法，其中，所述方法包括通过对待测猪进行所述SNP标记的检测，预测待测猪的背膘厚的步骤；
[0018]优选地，所述方法包括以下步骤：
[0019]步骤I，提取待测猪的基因组DNA；
[0020]步骤II，对基因组DNA进行扩增，获得PCR产物；
[0021]步骤III，对PCR产物进行测序，确定猪的背膘厚。
[0022]本专利技术还提供了一种预测猪背膘厚的系统，其中，所述系统包括：
[0023]扩增单元，用于对待测猪的基因组DNA进行扩增；
[0024]测序单元，其与扩增单元相连，用于对扩增得到的产物进行测序；
[0025]预测单元，其与测序单元相连，用于根据测序结果预测猪背膘厚度。
[0026]本专利技术还提供了一种上述分子标记或上述方法获得的SNP标记或上述的预测猪背膘厚的系统在鉴定猪背膘厚或筛选低背膘厚猪品种方面的应用。
[0027]本专利技术还提供了一种上述分子标记或上述方法获得的SNP标记或上述的预测猪背膘厚的系统在猪育种中的应用。
[0028]其中，所述应用包括以下步骤：
[0029]步骤i，获取猪的基因组DNA；
[0030]步骤ii，检测猪位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处的SNP标记的基因型；
[0031]步骤iii，根据基因型选择低背膘厚的猪作为种猪，以进行育种。
[0032]本专利技术所具有的有益效果包括：
[0033](1)本专利技术提供的与猪背膘厚相关的分子标记，可以用于猪的早期选育，降低育种成本，缩短育种周期，加快遗传进展，丰富了分子标记辅助育种的SNP标记；
[0034](2)本专利技术提供的与猪背膘厚相关的分子标记，可以通过直接鉴定该标记来筛选更低背膘厚的猪品系，提高了养殖企业以及整个生猪养殖业的经济效益与社会价值；
[0035](3)本专利技术提供的预测猪背膘厚的方法，操作简单，预测准确性高，可以为猪生产性状的分子标记辅助选择提供科学依据。
附图说明
[0036]图1示出本专利技术实施例1中的全基因组关联分析曼哈顿图；
[0037]图2示出本专利技术实施例2中基因效应的箱线图。
具体实施方式
[0038]下面通过优选实施方式和实施例对本专利技术进一步详细说明。通过这些说明，本专利技术的特点和优点将变得更为清楚明确。
[0039]在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
13/T 2065-2014)文件《种猪场场内生产性能测定技术规程》的遗传评估性状测定规程对采集的数据进行表型数据校正。
[0057]采用B超扫描测定倒数第3-4肋间处的背膘厚，以毫米为单位。最后按如下校正公式转换成达100kg体重的活体背膘厚(计算方法如下，校正背膘厚度的校正系数参考表1)：
[0058]校正背膘厚(mm)＝实测背膘厚(mm)
×
CF
[0059]其中：
[0060]CF＝A
÷
{A+[B
×
(实测体重(kg)-100)]}
[0061]表1、公母猪背膘厚度校正表
[0062][0063][0064]注：A、B为不同猪种背膘厚度校正系数
[0065]对测定后的表型性状数据进行质量控制：清除表型值缺失的个体，清除与平均值的偏差大于3倍标准差的个体。
[0066]步骤3，进行基因分型。
[0067]在本专利技术中，所述基因分型方法选自直接测序法、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应、飞行时间质谱和芯片技术中的一种或多种，优选采用高密度SNP芯片技术进行基因分型，其可以在很短的时间周期内对大量的SNP进行分型，效率高，成本低。
[0068]优选地，采用纽勤公司的Neogen_POP80K芯片进行基本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与猪背膘厚相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记为SNP标记，其位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处，存在T/G多态性。2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处的SNP标记的等位基因为G和T，其对应的基因型有三种，分别为GG基因型、TG基因型和TT基因型，优选地，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体上第161,686,082bp处的SNP标记的基因型为TT的猪的背膘厚度显著低于基因型为TG和GG的猪。3.一种权利要1或2所述分子标记的获得方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：步骤1，选择猪群体，提取基因组DNA；步骤2，测定表型性状；步骤3，进行基因分型；步骤4，进行表型性状的全基因组关联分析。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤1中，所述猪群体中的猪种选自杜洛克猪、长白猪和大白猪中的一种或多种。5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤3中，所述基因分型采用直接测序法、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应、飞行时间质谱技术和芯片技术中的一种或多种。6.一种预测猪背膘厚的...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐中林，王斌虎，易国强，刘毓文，
申请(专利权)人：中国农业科学院深圳农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：