与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用，属于生物技术领域，包括：SNP1、SNP2和/或SNP8；其中，包括：SNP1、SNP2和/或SNP8；其中，所述SNP1位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658560位点，等位基因为T＞G；所述SNP2位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658263位点，等位基因为G＞T；所述SNP8位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35656935位点，等位基因为G>A；本发明专利技术可以准确鉴定不同周龄的番鸭产蛋性状，为分子标记辅助选择育种提供新的分子标记。分子标记辅助选择育种提供新的分子标记。分子标记辅助选择育种提供新的分子标记。

【技术实现步骤摘要】
与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及生物
，特别是涉及一种与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]番鸭以适应性强，繁殖力强，产肉量高著称，原产于中南美洲热带地区，适宜中国南方地区养殖。番鸭适合香芋焖鸭、香焖番鸭、笋干焖番鸭、四物番鸭汤、盐焗番鸭、茶树菇番鸭汤和姜母鸭等许多中式做法，在华南地区具有较好的市场前景。国内虽已开展番鸭的规模化养殖，但番鸭的育种进展落后，尤其是繁殖性能，严重制约了生产力的提高。繁殖性状遗传力低，基于性状的选择育种很难取得大的进展。
[0003]卵巢是雌性的生殖器官，与产蛋特性密切相关，家禽的卵巢功能直接影响产蛋量。卵泡发育过程复杂，与多种内分泌、自分泌和旁分泌因子有关。卵巢中原始卵泡的数量是固定的，卵泡的静止、存活和激活取决于动态平衡的过程。TGF
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β、FGFs、IGFs、DRD2、FSHR、GnRH、STAR和PRLR被证实与家禽的卵巢功能有关，影响产蛋量。
[0004]RALGAPA1基因不仅与免疫有关，其表达水平还与生育的持续时间有关。分子标记辅助选择能够加速育种进展，常用的分子标记有RFLP、RAPD、SSR和AFLP等，但是，这些分子标记使用时需要凝胶电泳检测，速度慢，还会造成污染。SNP是一种单核苷酸多态性，包括基因组碱基的插入、缺失、突变等，可利用Sanger测序精确检测。Sanger测序不仅价格低，准确性高，而且借助现代化设备，能够实现规模化检测。以此，利用Sanger测序检测RALGAPA1基因的SNP，并将其与产蛋性状关联，用作分子标记辅助选择育种的分子标记。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本专利技术发现番鸭RALGAPA1基因内含子区存在多个SNP位点，并将其与番鸭的产蛋性状关联分析，为MAS提供新的SNP分子标记。
[0006]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0007]本专利技术提供一种与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记，包括：SNP1、SNP2和/或SNP8；其中，所述SNP1位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658560位点，等位基因为T＞G；所述SNP2位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658263位点，等位基因为G＞T；所述SNP8位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35656935位点，等位基因为G>A。
[0008]本专利技术还提供一种上述的与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记的检测试剂在检测番鸭产蛋性状中的应用。
[0009]本专利技术还提供一种扩增上述的与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记的引物，包括如SEQ ID No.3
‑
6所示序列的引物。
[0010]本专利技术还提供一种上述的引物在鉴别番鸭的产蛋性状或制备鉴别番鸭的产蛋性状的试剂盒中的应用。
[0011]本专利技术还提供一种用于鉴别番鸭产蛋性状的试剂盒，包括上述的引物。
[0012]本专利技术还提供一种鉴别番鸭产蛋性状的方法，鉴别待测样本番鸭中如上述的分子标记的基因型。
[0013]进一步地，所述方法包括以下步骤：
[0014](1)提取待测样本番鸭的基因组DNA；
[0015](2)利用上述的引物进行PCR扩增，获取扩增引物；
[0016](3)将所述扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型；
[0017](4)根据基因分型结果，判断所述待测样本番鸭的产蛋性状。
[0018]进一步地，在步骤(2)中，所述PCR扩增的扩增体系包括：2xTaq MasterMix 15μL、混合引物各1.2μL、超纯水10.6μL和DNA2μL；
[0019]所述PCR扩增的反应程序为：94℃2min，94℃30s、53℃30s、72℃30s，30cycles，72℃2min。
[0020]本专利技术还提供一种上述的与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记、上述的引物、上述的试剂盒在番鸭育种中的应用。
[0021]本专利技术还提供一种与番鸭产蛋性状相关的单倍型块集合，包括单倍型块1和/或单倍型块2；
[0022]其中，所述单倍型块1由SNP1(T35658560G)、SNP2(G35658263A)和SNP3(T35658203A)组成，包括单倍型频率大于0.01的有H11(TGT)、H12(AGT)和H13(ATG)，有H11H11、H11H12、H11H13、H12H12和H12H13共5种单倍型块组合；
[0023]所述单倍型块2由SNP3(T35658203A)、SNP4(T35658202C)、SNP5(A35658060T)、SNP6(C35657186T)、SNP7(G35657058C)、SNP8(G35656935A)、SNP9(A35656927G)、SNP10(C35656736T)、SNP11(A35656608G)和SNP12(A35656564C)组成，包括单倍型频率大于0.01的有H21(CGCAGGTATT)、H22(CGCGGGTTTA)、H23(AATGGCCTCA)、和H24(AATGACCTCA)，有H21H21、H21H22、H21H23、H21H24、H22H23和H23H24共6种单倍型块组合。
[0024]本专利技术公开了以下技术效果：
[0025]本专利技术通过分析RALGAPA1基因，发现该基因存在多个与番鸭产蛋性状显著相关的SNP位点，为MAS提供新的SNP分子标记，并且通过试验验证，SNP1、SNP2和SNP8与产蛋性状关联。SNP1与该群体番鸭48
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57周龄产蛋量、总产蛋量和合格产蛋量相关性显著(P<0.05)，相较于GG和TG基因型，该位点TT基因型的产蛋量更高。SNP2与43
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57周龄产蛋量、总产蛋量、合格产蛋量和300日龄产蛋量显著相关(P<0.05)，该位点GG基因型产蛋优势明显。SNP8与29
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40周龄产蛋量以及开产日龄显著相关(P<0.05)，GA杂合基因型有产蛋优势。其他SNP位点与产蛋性状关联性未达到显著水平(P＞0.05)。并且，SNP1、SNP2和SNP3可作为组合，SNP3
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SNP12可作为一个组合。SNP1、SNP5、SNP7和SNP8还可作为单倍型块1和单倍型块2的优化Tagger，用于单倍型块的选择。可见，本专利技术提供的分子标记可以准确的鉴定番鸭不同周龄的产蛋性能，以为番鸭的选育提供科学数据。
附图说明
[0026]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记，其特征在于，包括：SNP1、SNP2和/或SNP8；其中，所述SNP1位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658560位点，等位基因为T＞G；所述SNP2位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658263位点，等位基因为G＞T；所述SNP8位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35656935位点，等位基因为G>A。2.一种权利要求1所述的与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记的检测试剂在检测番鸭产蛋性状中的应用。3.一种扩增权利要求1所述的与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记的引物，其特征在于，包括如SEQ ID No.3
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6所示序列的引物。4.一种权利要求3所述的引物在鉴别番鸭的产蛋性状或制备鉴别番鸭的产蛋性状的试剂盒中的应用。5.一种用于鉴别番鸭产蛋性状的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的引物。6.一种鉴别番鸭产蛋性状的方法，其特征在于，鉴别待测样本番鸭中如权利要求1所述的分子标记的基因型。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取待测样本番鸭的基因组DNA；(2)利用权利要求3所述的引物进行PCR扩增，获取扩增引物；(3)将所述扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型；(4)根据基因分型结果，判断所述待测样本番鸭的产蛋性状。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，所述PCR扩增的扩增体系包括：2xTaq MasterMix ...

【专利技术属性】
技术研发人员：聂庆华，张思雨，徐海平，郭利金，徐翌斌，吴瑞权，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：