一种用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法技术

本发明专利技术公开了一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其检测方法和应用、基于SNP标记开发分子标记的方法、用于检测SNP标记的引物对、低背膘厚种猪选育系统及其应用，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。本发明专利技术公开的SNP标记，丰富了SNP密度，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，为猪背膘厚相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。的分子标记资源和应用。

【技术实现步骤摘要】
一种用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体涉及用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法和用途。

技术介绍

[0002]畜牧业是我国国民经济的基础产业，也是农业经济的支柱产业。其中，生猪养殖业是畜牧业中的重中之重，关系到国计民生。生长育肥阶段是生猪养殖过程中的关键一环，该环节成功与否主要由猪生长性能的优劣决定。猪生长性状主要包括达100kg体重日龄、活体背膘厚和眼肌面积等。生长性状一般为中高等遗传力的数量性状，使用传统育种方式的遗传进展相对缓慢。
[0003]随着一些分子遗传标记的发现，遗传评估可以将这些标记的信息纳入到育种体系，进而缩短世代间隔，提高遗传进展，该过程即为分子标记辅助选择。分子标记的类型由最初的生化标记、微卫星标记发展为如今的单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphisms，SNPs)。高通量SNP检测技术的发展，为我们快速、准确地寻找数量性状基因座(Quantitative Trait Loci，QTL)提供了必要的信息，使基因组选择成为可能。QTL数据库(https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/index)是一个储存已发表的畜禽QTL信息的数据库，目前包含猪、牛、羊和鸡等主要的农业动物。在猪的QTL数据库中，目前已收录了来自281篇文献的6,347条QTL记录，包括了593个不同的性状类型。该数据库将这些性状分成了五大类，分别是外部性状、疾病、肉质、生长和繁殖性状。但是QTL数据库也存在一些问题，例如QTL区间较宽，SNP密度不高等不足。
[0004]随着国民生活品质的提高，人们对猪肉品质的要求愈来愈高，更加青睐对瘦肉的消费。其中，猪瘦肉率与背膘厚性状存在负相关，背膘厚性状易于活体度量，而瘦肉率不易度量，并且背膘厚性状具有较高的遗传力，因此其是用于瘦肉猪遗传改良的重要指标。猪基因组计划的完成，使得单核苷酸多态性分子标记以及商业化高密度芯片技术快速发展，截至目前，已经发现了很多控制猪背膘厚性状的基因，如MC4R、Ob、HSL等，部分基因标记也已经应用到猪育种实践。但是，由于背膘厚是由多基因共同控制的，目前仍缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪背膘厚相关的SNP标记。
[0005]因此，迫切需要提供用于评估猪背膘厚的SNP标记，以丰富QTL数据库中的SNP密度，全面深入揭示猪生长性能的分子机制，从而提高猪育种进程和猪产业化利润。

技术实现思路

[0006]为了克服上述问题，本专利技术人进行了锐意研究，提出了与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其检测方法和应用、基于SNP标记开发分子标记的方法、用于检测SNP标记的引物对、低背膘厚种猪选育系统及其应用，由此，提供了用于评估猪背膘厚的SNP标记，丰富了SNP密度，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，为猪背膘厚相关的育种提供了新的分子标记资源和应用，从而完成了本专利技术。
[0007]具体来说，本专利技术的目的在于提供以下方面：
[0008]本专利技术提供一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，
[0009]其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。
[0010]其中，所述SNP标记位于核苷酸片段一的第151个核苷酸处，该处的碱基类型的差异导致猪背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。
[0011]其中，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位点的等位基因为T和C，包括CC和TC两种基因型；
[0012]优选地，SNP位点的基因型为CC的猪背膘厚低于SNP位点基因型为TC的猪背膘厚。
[0013]本专利技术还提供一种基于上述SNP标记开发分子标记的方法，其中，以含有所述SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。
[0014]本专利技术还提供一种用于检测上述SNP标记的引物对，其中，所述引物对的上游引物为P6，其包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；所述引物对的下游引物为P7，其包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。
[0015]本专利技术还提供一种上述SNP标记的检测方法，其中，所述方法包括以下步骤：
[0016]步骤1，根据SNP标记的核苷酸序列设计引物；
[0017]步骤2，以被检测猪的基因组DNA作为模板进行扩增；
[0018]步骤3，判断扩增产物中是否存在该SNP标记。
[0019]本专利技术还提供一种上述SNP标记在预测猪背膘厚中的应用，其中，所述应用包括检测待测猪的国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处SNP标记的基因型的步骤。
[0020]其中，所述应用包括以下步骤：
[0021]步骤I，提取待测猪的基因组DNA；
[0022]步骤II，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
[0023]步骤III，确定待测猪所述SNP标记的基因型；
[0024]步骤IV，根据基因型确定待测猪的背膘厚度。
[0025]本专利技术还提供一种低背膘厚种猪选育系统，其中，所述系统包括：
[0026]候选猪获取设备，用于提供多头候选猪；
[0027]性状预测设备，其与候选猪获取设备相连，用于预测猪背膘厚；
[0028]培育设备，其与性状预测设备相连，用于基于性状预测设备的预测结果，选择并培育具有低背膘厚的候选猪。
[0029]本专利技术还提供上述的SNP标记、引物对、种猪选育系统在猪育种中的应用，所述猪育种为分子标记辅助育种。
[0030]本专利技术所具有的有益效果包括：
[0031]本专利技术提供的SNP标记与猪背膘厚显著相关，可以通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选不同背膘厚的种猪，有利于缩短育种周期、降低育种成本，提高育种精准度，丰富了分子标记辅助育种的SNP标记，所得低背膘厚的种猪具有更高的瘦肉率，具有更大的经济效益
与社会价值。
附图说明
[0032]图1示出本专利技术实施例1中SNP位点rs321528342不同基因型间的表型差异。
具体实施方式
[0033]下面通过优选实施方式和实施例对本专利技术进一步详细说明。通过这些说明，本专利技术的特点和优点将变得更为清楚明确。
[0034]在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
[0035]本专利技术的第一方面，专利技术人通过基因分型技术并参阅Ensembl(基因序列数据库)，经过大量的试验和研究，提供了一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其位于ENSSSCG00000004081基因上。
[0036]其中，SNP表现出的多态性涉及单本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于核苷酸片段一的第151个核苷酸处，该处的碱基类型的差异导致猪背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。3.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位点的等位基因为T和C，包括CC和TC两种基因型；优选地，SNP位点的基因型为CC的猪背膘厚低于SNP位点基因型为TC的猪背膘厚。4.一种基于权利要求1至3之一所述SNP标记开发分子标记的方法，其特征在于，以含有所述SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。5.一种用于检测权利要求1至3之一所述SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对的上游引物为P6，其包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；所述引物对的下游引物为P7，其包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。6.一种权...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐中林，姚一龙，易国强，杨亚岚，
申请(专利权)人：中国农业科学院农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：