一种与猪达100kg日龄和眼肌面积相关的SNP制造技术

本发明专利技术公开了一种与猪达100kg日龄和眼肌面积相关的SNP，本发明专利技术发现猪8号染色体正义链第143,777,724位点A/G型突变的SNP分子标记与猪生长性状显著相关，GG基因型与其他基因型相比具有更小的达100kg体重日龄和更大的眼肌面积(P<0.0001)。该核苷酸位点检测方法简单快捷，可作为评价家猪生长性能的分子遗传标记，有效提高猪群的选种效率并加快遗传进展。有效提高猪群的选种效率并加快遗传进展。

【技术实现步骤摘要】
一种与猪达100kg日龄和眼肌面积相关的SNP


[0001]本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及一种与猪达100kg日龄和眼肌面积相关的SNP标记的开发与利用。

技术介绍

[0002]生猪产业一直都是畜牧业的重要组成部分，猪肉产量以及整个生猪产业的经济效益与猪生长性状紧密相关，肌肉发育越快，生长育肥期越短，饲料投入越低，饲养成本越少，经济效益越高。
[0003]杜洛克猪具有生长速度快、料重比低、胴体品质好、眼肌面积大和瘦肉率高等优点，常用作猪育种工作的终端父本；长白猪同样具有着生长发育快、料重比低和胴体瘦肉率高等优良特性，是市场上最常见的商品猪类型之一；大白猪又称大约克猪，由于母性好，繁殖性能好，常用于猪育种工作的母本。以上三种猪种均为世界知名猪种，在我国生猪养殖业中具有支柱性作用。为了提高猪肉产量，最直接的手段之一是提高生猪的生长性能。其中个体达100kg体重日龄和眼肌面积是衡量猪生长性状的重要指标，达100kg体重日龄越小、眼肌面积越大说明猪生长性能越好。
[0004]为了进一步提高家猪的生长速度，需要更加深入地研究影响猪生长性能的关键遗传位点和候选基因。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)是通过全基因组范围内的SNP分布信息与生产性状进行关联分析，鉴定与猪表型相关的SNP位点与数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)，进一步可以发现与猪生长性状相关的分子标记等，从而有效提高生猪的选种效率，也为分子育种、标记辅助选择和转基因育种等提供重要的参考材料。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一个可用于猪育种工作中，与猪生长性状相关的分子标记。
[0006]所述分子标记位于猪Sscrofa10.2第8号染色体正义链第143,777,724位核苷酸，为A或G，命名为SNP标记ASGA0040345，其对应序列信息如SEQ.1的第125bp处R所示,R表示A或G。
[0007]本专利技术提供一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积大小的方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中SNP标记ASGA0040345的基因型，所述SNP标记ASGA0040345为位于10.2版猪参考基因组的第8号染色体第143,777,724位核苷酸，其为A或G；其中，所述AA基因型与AG基因型的猪的猪眼肌面积小于GG基因型的猪的猪眼肌面积，AA基因型的猪的猪眼肌面积小于AG基因型的猪的猪眼肌面积；
[0008]所述AA基因型为SNP标记ASGA0040345为A的纯合型；
[0009]所述AG基因型为SNP标记ASGA0040345为A和G的杂合型；
[0010]所述GG基因型为SNP标记ASGA0040345为G的纯合型。
[0011]本专利技术提供一种鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄大小的方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中SNP标记ASGA0040345的基因型，所述SNP标记ASGA0040345为位于10.2版猪参考基因组的第8号染色体第143,777,724位核苷酸，其为A或G；其中，纯合GG基因型与纯合GA基因型的猪的达100kg体重日龄小于杂合AA基因型的猪的达100kg体重日龄，纯合AA基因型的猪的达100kg体重日龄大于纯合AG基因型的猪的达100kg体重日龄；
[0012]所述AA基因型为SNP标记ASGA0040345为A的纯合型；
[0013]所述AG基因型为SNP标记ASGA0040345为A和G的杂合型；
[0014]所述GG基因型为SNP标记ASGA0040345为G的纯合型。
[0015]检测SNP标记ASGA0040345的多态性或基因型的物质在如下A1-A3中的应用；所述SNP标记ASGA0040345为位于10.2版猪参考基因组的第8号染色体第143,777,724位核苷酸，其为A或G：
[0016]A1，在鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄中的应用；
[0017]A2，在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积中的应用；
[0018]A3，在猪育种中的应用。
[0019]其中，所述A3中的猪育种为培育猪达100kg体重日龄小和/或猪眼肌面积大的猪品种。
[0020]所述检测SNP标记ASGA0040345的多态性或基因型的物质如下B1)或B2)或B3)或B4)：
[0021]B1)用于扩增含有SNP标记ASGA0040345的DNA片段的成套引物；
[0022]B2)含有A1)的PCR试剂；
[0023]B3)含有A1)或A2)的试剂盒；
[0024]B4)用于检测SNP标记ASGA0040345的多态性或基因型的SNP芯片，如Neogen公司的Neogen_POR80K芯片。
[0025]本专利技术提供一种产品，所述产品为上述检测SNP标记ASGA0040345的多态性或基因型的物质：
[0026]B1)用于扩增含有SNP标记ASGA0040345的DNA片段的成套引物；
[0027]B2)含有A1)的PCR试剂；
[0028]B3)含有A1)或A2)的试剂盒；
[0029]B4)用于检测SNP标记ASGA0040345的多态性或基因型的SNP芯片，如Neogen公司的Neogen_POR80K芯片。
[0030]本专利技术提供一种猪的育种方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中所述SNP标记ASGA0040345的基因型，选择纯合GG基因型的猪进行育种。
[0031]所述产品或所述方法在猪育种中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。
[0032]本专利技术发现猪8号染色体正义链第143,777,724位点A/G型突变的SNP分子标记与猪生长性状显著相关，GG基因型与其他基因型相比具有更小的达100kg体重日龄和更大的眼肌面积(P<0.0001)。该核苷酸位点检测方法简单快捷，可作为评价家猪生长性能的分子遗传标记，有效提高猪群的选种效率并加快遗传进展。
附图说明
[0033]图1.全基因组关联分析曼哈顿图。A：D100关联分析；B：LEA关联分析。
[0034]图2.ASGA0040345位点单因素方差分析。A：D100相关性分析；B：LEA相关性分析。
具体实施方式
[0035]下面结合具体实施方式对本专利技术进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本专利技术，而不是为了限制本专利技术的范围。以下提供的实施例可作为本
普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本专利技术的限制。
[0036]下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定或辅助鉴定猪生长性状的方法，其特征在于，所述方法包括：检测待测猪基因组中SNP标记ASGA0040345的基因型，所述SNP标记ASGA0040345为位于10.2版猪参考基因组的第8号染色体第143,777,724位核苷酸，其为A或G。2.根据权利要求1所述方法，其特征在于，所述生长性状为猪的猪眼肌面积，其中，AA基因型与AG基因型的猪的猪眼肌面积小于GG基因型的猪的猪眼肌面积，AA基因型的猪的猪眼肌面积小于AG基因型的猪的猪眼肌面积；所述AA基因型为SNP标记ASGA0040345为A的纯合型；所述AG基因型为SNP标记ASGA0040345为A和G的杂合型；所述GG基因型为SNP标记ASGA0040345为G的纯合型。3.根据权利要求1所述方法，其特征在于，所述生长性状为猪的达100kg体重日龄，其中，GG基因型与GA基因型的猪的达100kg体重日龄小于AA基因型的猪的达100kg体重日龄，AA基因型的猪的达100kg体重日龄大于AG基因型的猪的达100kg体重日龄；所述AA基因型为SNP标记ASGA0040345为A的纯合型；所述AG基因型为SNP标记ASGA0040345为A和G的杂合型；所述GG基因型为SNP标记ASGA0040345为G的纯合型。4.检测SNP标记ASGA0040345的...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐中林，王力圆，易国强，王斌虎，
申请(专利权)人：中国农业科学院农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：