樱桃砧木特异性分子标记及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术公开了5种樱桃砧木特异性分子标记及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super

【技术实现步骤摘要】
樱桃砧木特异性分子标记及其筛选方法和应用


[0001]本专利技术涉及5种樱桃砧木特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物


技术介绍

[0002]樱桃(Cerasus spp.)是蔷薇科(Rosaceae)李亚科(Prunoideae)李属(Prunus)植物。利用矮化砧木实行密植栽培，是实现果树早实、丰产、优质、高效的重要措施。20世纪末，中国甜樱桃生产主要用考特、大青叶、东北山樱等乔化砧木，树体高大、结果晚、产量低，制约了中国甜樱桃矮化密植栽培的发展。目前樱桃旧园改造和新园建设普遍采用樱桃矮化密植砧木嫁接的品种，提高了樱桃的抗病性、产量及环境适应性。
[0003]樱桃矮化密植抗病砧木种类不多，目前大量应用的主要有吉塞拉系列、兰丁系列及京春系列砧木。本专利技术提供能够明确区分三个系列及同系列不同品种的樱桃砧木鉴定方法，为确保科研部门、苗木繁育和果园种植企业准确识别、控制樱桃砧木品种奠定技术基础，也为企业进行樱桃砧木规模化种苗繁育提供技术支持。

技术实现思路

[0004]针对现有技术中5种樱桃砧木苗期不易鉴定的缺陷，本专利技术提供一种5种樱桃砧木的特异性分子标记的筛选方法，并应用该方法筛选到7134个品种特异的SNP标记，基于这些标记开发出两种种简便、快速、可靠鉴定5种樱桃砧木的方法，为从源头上准确控制樱桃品种奠定技术基础。
[0005]为解决上述技术问题，本专利技术采用下述技术方案予以实现：
[0006]首先，本专利技术提供一种利用简化基因组测序技术Super/>‑
GBS筛选5种樱桃砧木的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：
[0007](1)利用品种已知且准确的京春3号
‑‑
H11，兰丁3号
‑‑
H22、吉塞拉5#、京春1号
‑‑
H10 和兰丁2号
‑‑
F10为样品，提取基因组DNA；
[0008](2)按照简化基因组测序技术Super
‑
GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；
[0009](3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；
[0010](4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；
[0011](5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且与其他品种不同的位点；最终筛选到7134个SNP位点，具体见表1；
[0012](6)利用7134个SNP位点或者其中的部分SNP位点构建进化树和聚类分析。
[0013]根据表1的标记位点，能够筛选出几千组准确鉴定5种樱桃砧木品种的SNP位点标记群，其中本专利技术列举三组能够准确鉴定5种樱桃砧木品种的SNP位点标记群信息及标记扩增引物信息如下：
[0014]表2能够准确鉴定5种樱桃砧木的一组SNP位点信息
[0015][0016]表3所述表2中SNP位点鉴定引物信息
[0017][0018]表4能够准确鉴定5种樱桃砧木的一组SNP位点信息
[0019][0020]表5所述表4中SNP位点鉴定引物信息
[0021][0022][0023]表6能够准确鉴定5种樱桃砧木的一组SNP位点信息
[0024][0025]表7所述表6中SNP位点鉴定引物信息
[0026][0027]本专利技术的有益效果：对5种樱桃砧木的组培苗、嫁接苗、成品苗能够准确的区分，确保育种企业对品种的把控，减少繁育过程中误差造成的经济损失。
附图说明
[0028]下面结合附图对本专利技术的具体实施方式作进一步详细的说明。
[0029]图1为利用筛选到的京春3号
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H11，兰丁3号
‑‑
H22、吉塞拉5#、京春1号
‑‑
H10和兰丁2号
‑‑
F10 5种樱桃砧木7134个特异SNP标记构建进化树，能够准确的区分5种樱桃砧木。
[0030]图2为利用Super
‑
GBS方法进行樱桃砧木样品的测序与SNP筛选，最终筛选到的SNP位点与已经确定有效的7134个SNP位点90％以上重合，利用这些重合的位点对5种樱桃砧木进行分类，能够准确的区分5种樱桃砧木。
[0031]说明，本专利技术的图1和图2中，样品编号对应的品种如下表所示：
[0032]序号品种样品编号1京春3号
‑‑
H11B
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65，B
‑
34，B
‑
19，B
‑
26
2兰丁3号
‑‑
H22B
‑
17，B
‑
32，B
‑
50，B
‑
693吉塞拉5#B
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1，B
‑
3，B
‑
4，B
‑
6，B
‑
7，B
‑
9，B
‑
114京春1号
‑‑
H10B
‑
48，B
‑
52，B
‑
16，B
‑
23，B
‑
30，B
‑
31，B
‑
39，B
‑
435兰丁2号
‑‑
F10B
‑
58，B
‑
47，B
‑
67
具体实施方式
[0033]实施例1
[0034]本实施例提供一种利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS筛选京春3号
‑‑
H11，兰丁3号
ꢀ‑‑
H22、吉塞拉5#、京春1号
‑‑
H10和兰丁2号
‑‑
F10共5种樱桃砧木特异性SNP分子标记的方法，包括如下步骤：
[0035](1)利用品种已知的3株京春3号
‑‑
H11，3株兰丁3号
‑‑
H22、5株吉塞拉5#、6株京春1号
‑‑
H10和2株兰丁2号
‑‑
F10樱桃砧木样品，提取基因组DNA；
[0036](2)按照简化基因组测序技术Super
‑
GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；
[0037](3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；
[0038](4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；
[0039](5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.能够准确鉴定5种樱桃砧木包括京春3号
‑
H11，兰丁3号
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H22、吉塞拉5#、京春1号
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H10和兰丁2号
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F10的SNP位点，其特征在于，包括7134个位点，具体位点见表1。2.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，能够筛选出几千组准确鉴定5种樱桃砧木品种的SNP位点标记群，其中三组能够准确鉴定5种樱桃砧木品种的SNP位点标记群信息及标记扩增引物信息如下：表2能够准确鉴定5种樱桃砧木的一组SNP位点信息表3所述表2中SNP位点鉴定引物信息表4能够准确鉴定5种樱桃砧木的一组SNP位点信息表5所述表4中SNP位点鉴定引物信息
表6能够准确鉴定5种樱桃砧木的一组SNP位点信息表7所述表6中SNP位点鉴定引物信息3.利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS筛选樱桃砧木品种特异分子标记的方法，其特征在于，包括下列步骤：(1)利用品种准确的5种樱桃砧木品种包括京春3号
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H11，兰丁3号
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H22、吉塞拉5#、京春1号
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H10和兰丁2号
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F10为样品，提取基因组DNA；(2)按照简化基因组测序技术Super
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GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；(3)根据每个品种的分型结果，首先剔除所有样品中分型一致的位点，然后筛选每个品种内所有个体...

【专利技术属性】
技术研发人员：李晏，王晓菲，周扬颜，庞薇，李经伟，
申请(专利权)人：山东大丰园农业有限公司，
类型：发明
国别省市：