梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术公开了12个梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super

【技术实现步骤摘要】
梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用


[0001]本专利技术涉及12个梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物


技术介绍

[0002]梨为蔷薇科(Rosaceae)梨亚科(Pomaceae)梨属(Pyrus L.)植物，是我国主栽果树之一，栽培面积和产量仅次于苹果。我国是世界梨的三大起源中心之一，也是梨生产第一大国，产量占全球总量的65％。梨属植物分为欧洲种群、地中海种群、中亚种群、东亚种群四大种群。秋子梨系统、西洋梨系统、白梨系统、砂梨系统是目前梨树的主要栽培品种。梨品种选育历史较长，目前在我国常见的品种有100多个，品种多、结构不合理，品种更新速度慢；良种苗木繁育体系不健全，苗木质量缺乏保障，梨园管理多采用传统模式，省力化栽培管理技术研发及应用不足是我国梨发展的制约因素。近年来，随着国外优良品种和栽培技术的引进，以及分子辅助育种技术应用，新优品种和栽培管理模式正在逐步进入和替代传统育种、繁育和种植模式。
[0003]本专利技术中的12个梨品种选自近年来我国主要梨种植产区推广的新优品种，性状优良，品质高端，占据梨产品的高端市场，是品种繁育部门和企业果园生产的主流产品。因此对这些品种品系的准确识别鉴定，对科研部门新品种选育、资源苗圃建立、企业苗木繁育销售、果园苗木种植生产等环节具有重大意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术提供12个梨品种的特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，共筛选到4479个品种特异性的SNP标记，基于这些标记开发出两种简便、快速、可靠鉴定12个梨品种的方法，为从源头上准确控制梨品种奠定技术基础。
[0005]本专利技术采用下述技术方案予以实现：
[0006]提供一种利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS筛选12个梨品种的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：
[0007](1)利用品种已知且准确的秋月梨、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金、豊水、JUMBO新高和幸水梨品种为样品，取叶片提取基因组DNA；
[0008](2)按照简化基因组测序技术Super
‑
GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；
[0009](3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；
[0010](4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；
[0011](5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且与其他品种不同的位点；最终筛选到4479个SNP位点，具体见表1；
[0012](6)利用4479个SNP位点或者其中的部分SNP位点构建进化树和聚类分析。
[0013]表1中，表头部分的数字1
‑
12分别表示的品种是秋月梨、豊水、JUMBO新高、幸水、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金。
[0014]其次，本专利技术提供一种利用PCR方法鉴定12个梨品种的方法，包括如下步骤：
[0015](1)从表1的SNP位点中筛选几个SNP位点组合成能够鉴定12个梨品种的位点群；
[0016](2)根据位点所在的基因组位置设计特异性的PCR扩增引物；
[0017](3)提取12个梨品种的叶片基因组DNA；
[0018](4)依据权利要求2所述的SNP标记群筛选方法进行筛选，筛选出的三个位点群及位点对应的特异性引物，如下表2
‑
7；
[0019](5)利用能够扩增出SNP位点的引物进行PCR扩增；
[0020](6)将获得的PCR产物进行一代测序；
[0021](7)根据序列信息对照SNP位点信息进行梨品种的分析和品种鉴定。
[0022]本专利技术能够筛选出几千组准确鉴定12个梨品种的SNP位点标记群，其中本专利技术列举三组能够准确鉴定12个梨品种的SNP位点标记群信息及标记扩增引物信息如下：
[0023]表2能够准确鉴定12个梨品种的一组SNP位点信息
[0024][0025]表3表2中SNP位点鉴定引物信息
[0026][0027][0028]表4能够准确鉴定12个梨品种的一组SNP位点信息
[0029][0030]表5表4中SNP位点鉴定引物信息
[0031][0032]表6能够准确鉴定12个梨品种的一组SNP位点信息
[0033][0034][0035]表7表6中SNP位点鉴定引物信息
[0036][0037]本专利技术的有益效果：梨品种基因组差异性小，在筛选过程中需要过滤掉大量干扰信息最终才得到能够准确鉴定12个梨品种的SNP位点，这些位点可以一起使用，也可以合理组合分组使用，都能够准确鉴定秋月梨、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金、豊水、JUMBO新高和幸水的组培苗、嫁接苗、成品苗，确保育苗企业对品种的把控，减少繁育过程中误差造成的经济损失。
附图说明
[0038]下面结合附图对本专利技术的具体实施方式作进一步详细的说明。
[0039]图1附图为利用筛选到的秋月梨、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金、豊水、JUMBO新高和幸水共12个梨品种的4479个特异SNP标记(SNP标记见表1)构建进化树，能够准确的区分12个梨品种。
[0040]图2附图为从利用筛选到的4479个SNP位点中90％以上的位点进行12个梨品种的分类，能够准确的区分12个梨品种。
[0041]说明，本专利技术的图1和图2中，样品编号对应的品种如下表所示：
[0042]序号品种样品数量样品编号1秋月梨3C
‑
16、C
‑
29、C
‑
452黄金梨4C
‑
61、C
‑
50、C
‑
22、C
‑
253皇冠4C
‑
39、C
‑
32、C
‑
53、C
‑
644早酥5C
‑
19、C
‑
17、C
‑
42、C
‑
56、C
‑
665锦丰4C
‑
31、C
‑
18、C
‑
47、C
‑
716新梨7号2C
‑
23、C
‑
347玉露香4C
‑
54、C
‑
21、C
‑
60、C
‑
698香梨4C
‑
24、C
‑
33、C
‑
77、C
‑
809华金5C
‑
36、C
‑
26、C
‑<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.利用简化基因组技术Super
‑
GBS筛选梨品种特异分子标记的方法，其特征在于，包括下列步骤：(1)利用品种准确的12个梨品种包括秋月梨、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金、豊水、JUMBO新高和幸水为样品，提取叶片基因组DNA；(2)按照简化基因组测序技术Super
‑
GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；(3)根据每个品种的分型结果，首先剔除所有样品中分型一致的位点，然后筛选每个品种内所有个体分型完全一致、且没有个体缺失的位点，获得SNP位点，利用12个梨品种的标准样品对获得的SNP位点进行过滤筛选，并利用12个梨品种的盲样进行SNP位点的验证，最终获得能够准确鉴定12个梨品种的SNP位点。2.根据权利要求1所述的利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS筛选12个梨品种的特异分子标记的方法，其特征在于，SNP过滤条件为SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点。3.能够准确鉴定12个梨品种包括秋月梨、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金、豊水、JUMBO新高和幸水的SNP位点，其特征在于，包括4479个位点，具体位点见表1。4.根据权利要求3所述的SNP位点，其特征在于，能够筛...

【专利技术属性】
技术研发人员：毛伟，张英杰，吴永兴，厉龙飞，庞薇，刘帅，钟醒宇，
申请(专利权)人：山东大丰园农业有限公司，
类型：发明
国别省市：