一种基于菊花近缘种属植物参考基因组的核糖体DNA寡核苷酸混合探针套及开发方法技术

本发明专利技术提供了一种基于菊花近缘种属植物参考基因组的核糖体DNA(rDNA)寡核苷酸混合探针套，并公开了一种基于菊花近缘种属植物参考基因组的核糖体DNA(rDNA)寡核苷酸混合探针套的开发方法。具体为：利用已下载的拟南芥rDNA数据，对已有的菊花脑、甘野菊、黄蒿和向日葵进行本地Blast比对,获得5S rDNA和45S rDNA(5.8S、18S和28S)共有序列；再利用该数据在Oligo7软件开发5S rDNA和45S rDNA探针；合成的5S rDNA和45SrDNA寡核苷酸探针套分别包含2条和10条寡核苷酸探针。本发明专利技术开发的寡核苷酸探针开发方法和探针套，可有效的用于菊属植物染色体分析核型图谱的构建，通过组配好的寡核苷酸探针套通过FISH分析进行检测，避免克隆重组、标记探针的繁琐程序和异源片段，大大简化了FISH分析的程序，提高了实验效率。提高了实验效率。提高了实验效率。

【技术实现步骤摘要】
一种基于菊花近缘种属植物参考基因组的核糖体DNA寡核苷酸混合探针套及开发方法


[0001]本专利技术属于分子细胞遗传学研究领域，公开了一种基于菊花近缘种属植物参考基因组的核糖体DNA寡核苷酸混合探针套。

技术介绍

[0002]菊属植物主要分布自欧洲和亚洲，具有很高的观赏价值，被认为是春黄菊族中重要的观赏园艺作物。作为菊花的核心种质资源，菊属植物的细胞学研究目前还未被完全明晰，这对探索菊花起源问题和菊花遗传育种研究产生了巨大阻碍。
[0003]核糖体DNA(rDNA),是一种高度保守的串联重复序列，在属中植物的变异在自然选择的巨大压力下被保存下来。在高等真核生物中，rDNA被分为两类：占主要部分的45S rDNA序列编码28S、5.8S、18S rRNA,而较少的5SrDNA编码5S rRNA。在不同植物的基因组中，5SrDNA和45S rDNA的位点数量存在差异并且这些成百上千的单元在串联重复中出现，反映为染色体位点上单位点和多个位点。45S rDNA单元结构大多以微卫星序列的形式出现在核仁组织区(NORs),其位点不同于5S rDNA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于菊花近缘种属植物参考基因组的核糖体DNA寡核苷酸混合探针套，其特征在于，所述寡核苷酸混合探针套包括5S rDNA寡核苷酸探针套和45S rDNA寡核苷酸探针套，所述5S rDNA寡核苷酸探针套和45S rDNA寡核苷酸探针套序列特征如下：
①
5S rDNA寡核苷酸探针套
②
45S rDNA寡核苷酸探针套2.包含权利要求1所述寡核苷酸混合探针套的寡核苷酸探针套杂交液，其特征在于，所述寡核苷酸探针套杂交液每个制片使用量成分包括：dFA 7.5μL，20
×
SSC 1.5μL，Salmon sperm DNA 0.5μL，体积百分比50.0％Dextran Sulfate 1.5μL，权利要求1所述寡核苷酸混合探针套6.0μL；将所述成分于1.5mL或2.0mL离心管中混匀，振荡离心后置于105℃加热变性10-13min，取出后迅速置于-20℃冰酒精中处理10min以上，制备得到所述寡核苷酸探针套杂交液。3.根据权利要求2所述的寡核苷酸探针套杂交液，其特征在于，所述寡核苷酸混合探针套中，各探针浓度为：JH 5SrDNA-1(0.55ng/μL)；JH 5S rDNA-2(0.55ng/μL)；JH 5.8S rDNA-1(0.55ng/μL)；JH 5.8S rDNA-2(0.55ng/μL)；JH 18S rDNA-1(0.55ng/μL)；JH 18S rDNA-2(0.55ng/μL)；JH 18S rDNA-3(0.55ng/μL)；JH 28S rDNA-1(0.55ng/μL)；JH 28S rDNA-2(0.55ng/μL)；JH 28S rDNA-3(0.55ng/μL)；JH 28S rDNA-4(0.55ng/μL)；JH 28S rDNA-5(0.55ng/μL)；各探针加入量均为0.5μL。4.一种权利要求1所述寡核苷酸探针套的开发方法，其特征在于，所述开发方法包括以下步骤：(1)利用已下载的拟南芥rDNA数据，对已有的菊花脑、甘野菊、黄蒿和向日葵进行本地Blast比对；再利用Jalvi...

【专利技术属性】
技术研发人员：王海滨，何俊，陈发棣，林思思，房伟民，陈素梅，宋爱萍，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：