本发明专利技术涉及分子标记技术领域，具体涉及与水牛染色体数目相关的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术提供了2个与水牛染色体数目高度相关的SNP分子标记4:165207935和9:110229704，其可以单独或组合用于水牛染色体数目的快速鉴定，进而可以提高水牛的繁殖效率，同时有利于推进水牛育种、遗传改良和分子标记辅助选择的发展与应用。与应用。
【技术实现步骤摘要】
与水牛染色体数目相关的SNP分子标记及其应用
[0001]本专利技术涉及分子标记
，具体涉及与水牛染色体数目相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
[0002]水牛是一种适应热带和亚热带气候，为人类提供肉、乳和畜力的重要家养动物，分为两种类型——河流型和沼泽型，它们的体型外貌和生产性能有明显的差异。河流型水牛分布在印度次大陆、西亚、意大利和埃及地区，以乳用为主。该亚种经过印度、巴基斯坦以及其他一些国家的长期选育，培育出了许多著名的乳用和乳肉兼用品种，如摩拉水牛和尼里-拉菲水牛。沼泽型水牛广泛分布于东南亚和中国南部地区，以役用为主，普遍体型较小，选育程度低。近几十年，本领域内提到了一些技术方案通过引进河流型品种进行杂交改良，提高本地沼泽型水牛的生产性能。
[0003]两种类型水牛的遗传分化达到亚种级别，染色体数目不同，河流型水牛有50条染色体，而沼泽型水牛有48条。沼泽型水牛的1号染色体由河流型水牛的4号和9号染色体串联融合而来。研究发现，两种类型水牛杂交后代(F1)有49条染色体，但具有繁殖能力，与沼泽型或河流型水牛回交，后代染色体数目为48或50条，而F1代横交之后的下一代染色体数目有48、49和50等三种类型。不过，有研究证明，杂交水牛(2N＝49)虽然能够繁殖，但繁殖力下降，可能与染色体减数分裂过程中染色体配对失败有关。因此，在杂交群中鉴定个体的染色体数目，避免使用2N＝49的个体作为种用公牛，对于提高水牛繁殖效率具有重要意义。
技术实现思路
[0004]为了解决上述技术问题，本专利技术提供了与水牛染色体数目相关的SNP分子标记及其应用。
[0005]为了解决上述问题，本专利技术开发得到了两个与水牛染色体数目高度相关的SNP位点4:165207935和9:110229704，其中4:165207935位于水牛4号染色体的165207935bp位置(以河流型水牛染色体编号为标准)，河流型水牛为碱基C，沼泽型水牛为碱基T；9:110229704位于水牛9号染色体的110229704bp位置(以河流型水牛染色体编号为标准)，河流型水牛为碱基T，沼泽型为水牛碱基A。
[0006]具体地，本专利技术提供如下技术方案：
[0007]第一方面，本专利技术提供与水牛染色体数目相关的SNP分子标记，包括4：165207935或9：110229704，
[0008]其中，SNP分子标记4：165207935含有如SEQ ID NO.1所示序列第26位的多态性为C/T的核苷酸序列；
[0009]SNP分子标记9：110229704含有如SEQ ID NO.2所示序列第26位的多态性为T/A的核苷酸序列。
[0010]进一步地，所述SNP分子标记4：165207935中，具有所述多态性的位点的基因型为
CC，对应的水牛染色体数目为50；基因型为TT，对应的水牛染色体数目为48；基因型为CT，对应的水牛染色体数目为49；
[0011]所述SNP分子标记9：110229704中，具有所述多态性的位点的基因型为TT，对应的水牛染色体数目为50；基因型为AA，对应的水牛染色体数目为48；基因型为AT，对应的水牛染色体数目为49。
[0012]本专利技术还提供了与水牛染色体数目相关的SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合包括4：165207935和9：110229704；其中，4：165207935和9：110229704同上所述。
[0013]使用上述2个SNP标记中的任何一个，均可以进行染色体数目推断，但如果2个SNP标记联合使用，可以大幅降低因SNP基因型检测不准确而导致的染色体数目推测错误。
[0014]第二方面，本专利技术提供所述的SNP分子标记或所述的SNP分子标记组合的引物。
[0015]虽然本专利技术中未具体提供上述SNP分子标记的扩增引物，但本领域技术人员可以针对具体的位点信息设计合适的特异性引物，能够实现对所述SNP分子标记的检测，因此用于检测本专利技术所述的2个SNP分子标记任一个或其组合的引物属于本专利技术的保护范围。
[0016]本专利技术还提供含有所述引物的试剂或试剂盒。
[0017]第三方面，本专利技术提供所述的SNP分子标记或所述的SNP分子标记组合或所述的引物或所述的试剂或试剂盒在鉴定水牛染色体数目中的应用。
[0018]本专利技术还提供所述的SNP分子标记或所述的SNP分子标记组合或所述的引物或所述的试剂或试剂盒在水牛育种、遗传改良或分子标记辅助选择中的应用。
[0019]本专利技术还提供所述的SNP分子标记或所述的SNP分子标记组合或所述的引物或所述的试剂或试剂盒在筛选高繁殖力水牛、或淘汰低繁殖力水牛中的应用。
[0020]其中，当所述SNP分子标记4：165207935中具有所述多态性的位点的基因型为CT，和/或，所述SNP分子标记9：110229704中具有所述多态性的位点的基因型为AT，对应染色体数目为49条，对应低繁殖力水牛；当所述SNP分子标记4：165207935中具有所述多态性的位点的基因型为CC或TT，和/或，所述SNP分子标记9：110229704中具有所述多态性的位点的基因型为TT或AA，对应染色体数目为50条或48条，对应高繁殖力水牛。
[0021]本专利技术还提供所述的SNP分子标记或所述的SNP分子标记组合或所述的引物或所述的试剂或试剂盒在鉴别水牛的融合染色体或非融合染色体方面的应用。
[0022]其中，针对SNP分子标记4:165207935位点，如果基因型为CC，判断为河流型水牛的4、9号染色体组合，即非融合型，染色体总数为50；如果基因型为TT，判断为沼泽型水牛的4、9号染色体组合，即融合型，染色体总数为48；如果基因型为CT，判断为河流型水牛与沼泽型水牛杂交的4、9号染色体组合，染色体总数为49。
[0023]针对SNP分子标记9:110229704位点，如果基因型为TT，判断为河流型水牛的4、9号染色体组合，即非融合型，染色体总数为50；如果基因型为AA，判断为沼泽型水牛的4、9号染色体组合，即融合型，染色体总数为48；如果基因型为AT，判断为河流型水牛与沼泽型水牛杂交的4、9号染色体组合，染色体总数为49。
[0024]第四方面，本专利技术提供一种鉴定水牛染色体数目的方法，以待鉴定水牛的基因组DNA为模板，利用所述的引物进行PCR扩增；分析PCR扩增产物中所述的SNP分子标记或所述的SNP分子标记组合的基因型，根据所述基因型判断待鉴定水牛的染色体数目。
[0025]其中，所述判断待鉴定水牛的染色体数目的方法为：
[0026]若SNP分子标记4：165207935中具有所述多态性的位点的基因型为CC，则待鉴定水牛的染色体数目为50；若基因型为TT，则待鉴定水牛的染色体数目为48；若基因型为CT，则待鉴定水牛的染色体数目为49；和/或，
[0027]若SNP分子标记9：110229704中具有所述多态性的位点的基因型为TT，则待鉴定水牛的水牛染本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.与水牛染色体数目相关的SNP分子标记，其特征在于，包括4：165207935或9：110229704，其中，SNP分子标记4：165207935含有如SEQ ID NO.1所示序列第26位的多态性为C/T的核苷酸序列；SNP分子标记9：110229704含有如SEQ ID NO.2所示序列第26位的多态性为T/A的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记4：165207935中，具有所述多态性的位点的基因型为CC，对应的水牛染色体数目为50；基因型为TT，对应的水牛染色体数目为48；基因型为CT，对应的水牛染色体数目为49；所述SNP分子标记9：110229704中，具有所述多态性的位点的基因型为TT，对应的水牛染色体数目为50；基因型为AA，对应的水牛染色体数目为48；基因型为AT，对应的水牛染色体数目为49。3.与水牛染色体数目相关的SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括4：165207935和9：110229704；其中，4：165207935和9：110229704同权利要求1或2中所述。4.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合的引物。5.含有权利要求4所述的引物的试剂或试剂盒。6.权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合或权利要求4所述的引物或权利要求5所述的试剂或试剂盒在鉴定水牛染色体数目中的应用。7.权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：张毅，司敬方，章傅际，韩建林，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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