一种与斑点叉尾鮰生长相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与斑点叉尾鮰生长相关的SNP标记及其应用，所述SNP标记位于斑点叉尾鮰生肌调节因子MyoG基因序列SEQ ID NO：2的第391位的SNP位点。利用本发明专利技术的SNP标记，在生产中保留第391位的基因型AA的斑点叉尾鮰亲本，去除其他基因型的个体，能够快速挑选生长速度快且遗传稳定的斑点叉尾鮰亲本，缩短育种周期，加快育种进程。加快育种进程。

【技术实现步骤摘要】
一种与斑点叉尾鮰生长相关的SNP标记及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物
，具体涉及一种与斑点叉尾鮰生长相关的SNP标记及其应用。

技术介绍

[0002]斑点叉尾鮰又称沟鲇，原产于北美，其肉质鲜、抗病力强、生长迅速、易起捕、适温较广，1980年代引入我国后，产业发展迅速，年产量已经突破30万吨。但是，在我国斑点叉尾鮰养殖产业快速发展的过程中，生产单位不注重亲本留种操作，甚至淘大留小，导致养殖斑点叉尾鮰遗传多样性降低、生长减慢、规格不齐、抗病能力下降。而生长性状直接影响养殖产量和效益，因此，开展生长快、经济性状好的斑点叉尾鮰选育工作十分重要。传统针对生长的鱼类选育主要方法是主要是群体选育和家系选育，根据表型的数量遗传学分析，挑选个体较大、身体健壮的鱼作为留种亲本。这种方法耗时费力、工作量大，同时表型判断斑点叉尾鮰亲本质量往往评估不准确，导致选育效果不佳。
[0003]随着分子生物学和遗传学的发展，已涌现出很多种遗传标记，如AFLP、RAPD、SSR、SNP等标记，其中，SNP标记因分布广泛，适宜高通量自动化分析，遗传稳定，日益成为遗传育种研究中首选的遗传标记。SNP标记是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸的变化而引起的多态性，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。基因编码区内的SNP比较少，因为在外显子内的变异率仅占周围序列的1/5，但它在遗传育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。
[0004]肌肉生长抑制素基因(Myostatin，MSTN)、胰岛素样生长因子
‑
1基因(Insulin
‑
like growth factor I，IGF
‑
1)和生肌调节因子基因(Myogenin，MyoG)都对动物的生长调控具有重要作用。因此，这些基因已经作为生长性状的候选基因，其SNP与生长性状的关联分析在畜禽和水产动物中已经有较多的报道。在斑点叉尾鮰中筛选出这些基因编码区与生长相关的SNP标记，能够快速挑选生长速度快且遗传稳定的斑点叉尾鮰亲本，缩短育种周期，加快育种进程。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种与斑点叉尾鮰生长相关的SNP标记及其应用，通过对斑点叉尾鮰MyoG基因编码区的一个与生长性状关联的SNP标记进行检测，进行早期选择，快速筛选，从而缩短世代间隔，提高选择强度，提高选育效率和准确性。
[0006]本专利技术的另一个目的在于提供一种快速生长斑点叉尾鮰亲本的筛选方法。
[0007]本专利技术采用了以下技术方案：
[0008]一种斑点叉尾鮰生肌调节因子MyoG基因在亲本筛选中的应用。
[0009]作为本专利技术的另一方面，本专利技术提供一种影响斑点叉尾鮰生长的SNP标记，其中：所述SNP标记的DNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中第391位W为碱基T或A。
[0010]优选的，所述SNP标记，第391位基因型为TT、AA、AT。
[0011]作为本专利技术的另一方面，本专利技术提供一种SNP标记在判断斑点叉尾鮰生长快慢中的应用和/或在筛选快速生长斑点叉尾鮰中的应用。
[0012]作为本专利技术的另一方面，本专利技术提供一种斑点叉尾鮰MyoG基因型的判断方法，其中，检测斑点叉尾鮰的SNP标记的第391位碱基处是否为AA基因型，所述SNP标记的DNA序列如SEQ ID NO：2所示；若为AA基因型，则可作为生长速度快、遗传稳定的斑点叉尾鮰后备亲本。
[0013]优选的，包括如下步骤，1)提取斑点叉尾鮰基因组DNA；2)以提取得到的基因组DNA为模板，PCR检测所述SNP标记的第391位基因型。
[0014]优选的，在步骤2)中，所述PCR检测具体操作为，用引物F1和R1对斑点叉尾鮰基因组DNA进行PCR扩增，得到PCR产物，
[0015]F1：5'
‑
TCTTCCCTTCCAGGCTTACA
‑
3'(SEQ ID NO：3)；
[0016]R1：5'
‑
AGCAGCCGAGGACCTGTAAT
‑
3'(SEQ ID NO：4)。
[0017]PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测后，进行测序分析。
[0018]优选的，所述初次PCR扩增的反应体系为，PCR扩增使用即用型UltraTaq酶PCR试剂盒，包括2
×
UltraTaq Master Mix 20μl，基因组DNA 2μl，上下游引物2μl，ddH2O 14μl；扩增条件为：94℃预变性5min；94℃变性30s，59℃退火30s，72℃延伸60s，30个循环；72℃延伸10min。
[0019]1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，凝胶成像仪观察电泳结果。所有扩增产物送至上海生工生物工程股份有限公司，直接使用ABI 3730XL测序仪(ABI,美国)测序。使用Chromas软件观察测序峰图，结合ClustalX软件进行DNA序列比对来判断SNP位点的碱基类型。第391位的基因型为AA的个体体重和体长显著高于AT和TT型的个体(P<0.05)。
[0020]本专利技术的有益效果是：
[0021]本专利技术大大提高了斑点叉尾鮰亲本筛选的准确性，可以提前快速挑选出生长速度快、遗传稳定的斑点叉尾鮰后备亲本，定向培育，减少成本。该方法与传统的方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单、检测快速、检测成本低，便于广泛推广使用。
具体实施方式
[0022]为更好的说明本专利技术的目的、技术方案和优点，下面将结合具体实施例对本申请作进一步说明。
[0023]实施例1：与斑点叉尾鮰生长性状相关的SNP标记的获得
[0024]1、实验动物
[0025]本实验所用斑点叉尾鮰样本均来自于江苏省淡水水产研究所国家斑点叉尾鮰遗传育种中心扬中试验基地。2019年6月构建斑点叉尾鮰核心育种群体G3代家系，为了减小环境对斑点叉尾鮰生长的影响，苗种培育按照同一标准进行，即均一的换水速率、投喂量、养殖密度、充氧量以及水温。待到家系平均日龄为170d时，测量个体的体重和体长数据，随机挑选6个家系300尾鱼采集每尾鱼的尾鳍组织，95％酒精浸泡，
‑
20℃保存。
[0026]2、引物设计
[0027]根据GenBank数据库公布的斑点叉尾鮰MyoG基因(AY534329.1)、MSTN基因(AF396747.1)和IGF
‑
1基因(AH015082.2)，使用PrimerPremier 5软件各设计一对引物F1/
R1、F2/R2和F3/R3，扩增产物大小分别为464bp、550bp和1776bp。
[0028]F1:5'
‑
TGTTGGATTGGTCTGGAGTGG
‑
3'(SEQ ID NO:3)
[0029]R1:5'
‑
CGTCTACTCTCCACCTGCTTC<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种斑点叉尾鮰生肌调节因子MyoG基因在亲本筛选中的应用。2.一种影响斑点叉尾鮰生长的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记的DNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中第391位W为碱基T或A。3.如权利要求2所述的影响斑点叉尾鮰生长的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记，第391位基因型为TT、AA、AT。4.权利要求2所述的SNP标记在判断斑点叉尾鮰生长快慢中的应用和/或在筛选快速生长斑点叉尾鮰中的应用。5.一种斑点叉尾鮰MyoG基因型的判断方法，其特征在于：检测斑点叉尾鮰的SNP标记的第391位碱基处是否为AA基因型，所述SNP标记的DNA序列如SEQ ID NO：2所示；若为AA基因型，则可作为生长速度快、遗传稳定的斑点叉尾鮰后备亲本。6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于：包括如下步骤，1）提取斑点叉尾鮰基因组DNA；2）以提取得到的基因组DNA为模板，PCR检测所述SNP标记的第391位基因型。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：钟立强，王明华，张世勇，姜虎成，陈校辉，
申请(专利权)人：江苏省淡水水产研究所，
类型：发明
国别省市：