免疫原性突变体肽筛选平台制造技术

本公开内容涉及免疫原性突变体肽筛选平台。本公开内容提供经由一系列选择步骤鉴定疾病特异性免疫原性肽的方法。通过本公开内容的方法鉴定的免疫原性表位对于在基于肽的免疫疗法，优选癌症疗法中的使用是可应用的。此外，本公开内容的方法可以以高通量方式实施，并且充当个性化疫苗开发和疗法的手段。还提供的是免疫原性肽的组合物以及包含所述组合物的治疗方法。疗方法。疗方法。

【技术实现步骤摘要】
免疫原性突变体肽筛选平台
[0001]本申请是申请日为2015年09月10日、中国申请号为201580059468.0、专利技术名称为“免疫原性突变体肽筛选平台”的专利技术申请的分案申请。
[0002]对相关申请的交叉引用
[0003]本申请要求2014年9月10日提交的美国临时申请No.62/048,742的优先权，通过提及将其全部完整收入本文用于所有目的。
[0004]ASCII文本文件上的序列表的提交
[0005]通过提及将ASCII文本文件上的以下提交的内容整体收入本文：序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名：146392027600SeqList.txt，记录日期：2015年9月9日，大小：6KB)。
专利

[0006]本公开内容涉及鉴定可用于开发免疫治疗剂的突变体肽的方法。
[0007]专利技术背景
[0008]牵涉细胞介导的免疫的细胞毒性T淋巴细胞(细胞毒性T细胞或CD8 T细胞)通过在细胞表面上扫描肽表位或抗原监测细胞健康的变化。肽表位源自细胞蛋白，并且充当允许细胞呈现当前细胞过程的证据的显示机制。处理天然的和非天然的蛋白质(通常分别称为自身和非自体)进行肽表位呈递。自天然蛋白质周转和有缺陷的核糖体产物衍生大多数自身肽。可以自事件(诸如病毒性和细菌性感染、疾病和癌症)过程中生成的蛋白质衍生非自身肽。
[0009]人肿瘤在特征上含有大量的体细胞突变。继而，含有突变的肽的表达可以由适应性免疫系统识别为非自身新表位。在识别非自身抗原时，细胞毒性T细胞会触发免疫应答，导致展示非自身新表位的细胞的凋亡。细胞毒性T细胞免疫应答是适应性免疫系统的高度特异性机制，并且是用于消除感染的、患病的和癌性的细胞的有效手段。在鉴定免疫原性表位中具有较大的治疗价值，因为可以使用经由疫苗接种对免疫原性表位的暴露触发期望的细胞毒性T细胞免疫应答。几十年来，科学和医学界中已经知道了免疫原性表位的作用，但是鉴定驱动有效抗肿瘤CD8 T细胞应答的抗原仍然在很大程度上是未知的。牵涉表位呈现和细胞毒性T细胞活化的复杂性已经使它们的发现和治疗用途陷入困境。
[0010]主要组织相容性复合体(MHC)I类分子负责肽表位呈递给细胞毒性T细胞。在人中，人白细胞抗原(HLA)系统是编码MHC I类和II类分子的基因的基因座。HLA
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A、
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B和
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C基因编码MHC I类(MHCI)蛋白质。长度通常为8
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11个氨基酸的肽经由与由位于反平行β片层上方的两个α螺旋形成的沟的相互作用结合MHCI分子。肽
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MHC类I(pMHCI)分子的加工和呈递牵涉一系列序贯阶段，其包括：a)蛋白质酶介导的对蛋白质的消化；b)与抗原加工有关的转运蛋白(TAP)介导的将肽转运入内质网(ER)中；c)使用新合成的MHCI分子形成pMHCI；和d)将pMHCI转运至细胞表面。
[0011]在细胞表面上，pMHCI会经由T细胞受体(TCR)与细胞毒性T细胞相互作用。在复杂的pMHC I
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TCR相互作用后，非自身抗原的鉴定可以经由由关联的酶、共受体、衔接头分子、和转录因子介导的一系列生物化学事件而导致细胞毒性T细胞活化。活化的细胞毒性T细胞
将会增殖以生成表达对鉴定的免疫原性肽表位特异性的TCR的效应T细胞群体。对鉴定的非自身表位具有TCR特异性的T细胞的扩增导致展示活化的非自身表位的细胞的免疫介导的凋亡。
[0012]目前正在研究使用免疫原性表位激活免疫系统以用于癌症疗法。虽然癌细胞源自正常组织，但是体细胞突变会驱动癌症蛋白酶体的大量变化。继而，所得的MHCI呈递的肽表位，称为肿瘤相关抗原(TAA)或新表位，允许正常和癌组织之间的细胞毒性T细胞分化。最近的工作已经证实，突变体肽可以充当由CD4或CD8T细胞识别为非自身的表位，但是从此以后已经很少描述突变体新表位。
[0013]基于肽的免疫疗法的使用取决于会刺激期望的细胞毒性T细胞应答的肽表位的选择。具体地，肿瘤抗原可以分成两类：肿瘤相关自身抗原(例如癌
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睾丸抗原，分化抗原)和自共享的或患者特异性的突变体蛋白衍生的抗原。由于胸腺中自身抗原的呈现可以导致高亲合力T细胞的消除，突变体新抗原可能更具免疫原性。此类免疫治疗性表位的开发是一项有挑战性的追求，并且可用于鉴定有效表位的有效方法尚有待开发。
[0014]在免疫原性肽表位的鉴定和验证中牵涉的时间和成本密集性性质妨碍了有效的基于肽的癌症疫苗的开发。为了使鉴定免疫原性表位中牵涉的问题进一步复杂化，癌细胞中的突变的排列经常是患者特异性的。突变体新表位的发现需要对患者的肿瘤浸润淋巴细胞费力筛选它们识别抗原的能力，所述抗原来自基于来自所述患者的肿瘤外显子组序列的信息构建的文库。或者，可以通过质谱术检测突变体新表位。然而，突变序列已经逃避检测，因为使用不含有患者特异性突变的公共蛋白质组数据库不允许其鉴定。使用诸如肽
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MHC I结合或肽免疫原性的预测算法可以在鉴定个性化免疫原性表位中具有潜在的应用。但是，癌细胞中含有的大量体细胞突变和表达水平变化导致预测的免疫原性表位的量级对于高通量免疫原性筛选而言太大。此外，预测表位的较差的免疫原性的证据使当前方法的效用受到质疑。
[0015]本领域中需要鉴定适合于用于基于肽的免疫疗法的免疫原性表位。具体地，本领域中需要鉴定用于基于肽的癌症疗法中的免疫原性表位。此外，本领域中需要用于基于个性化遗传和/或蛋白质组学分析预测免疫原性表位的高通量方法。
[0016]在此通过提及收录本文中引用的所有参考文献。
[0017]专利技术概述
[0018]在一方面，本申请提供了鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)提供个体中的疾病组织的变体编码序列组，每种变体编码序列与参照样品相比具有序列中的变异；并且b)自所述变体编码序列组选择免疫原性变体编码序列，其中选择步骤包括预测包含由所述变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性，由此鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽。在一些实施方案中，所述方法包括a)基于个体中的疾病组织的基因组序列获得变体编码序列的第一组，每种变体编码序列与参照样品相比具有序列中的变异；b)基于个体中的疾病组织的转录物组序列，自第一组选择表达变体编码序列的第二组；c)基于由表达变体编码序列编码的肽结合MHC I类分子(MHCI)的预测能力，自第二组选择表位变体编码序列的第三组；并且d)自第三组选择免疫原性变体编码序列，包括预测包含由表位变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性；由此鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽。
[0019]在一些实施方案中，依照上文描述的任何方法，方法还包括i)自疾病组织获得多
个与MHCI分子结合的肽；ii)使MHCI结合肽受到基于质谱术的测序；iii)将MHCI结合肽的质谱术衍生的序列信息与免疫原性变体编码序列关联。
[0020]在另一方面，本申请提供了鉴定疾病特异性免疫原性突变本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)提供所述个体中的所述疾病组织的一组变体编码序列，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异；并且b)自该组变体编码序列选择免疫原性变体编码序列，其中所述选择步骤包括预测包含由所述变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性，由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。2.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)基于所述个体中的所述疾病组织的基因组序列获得第一组变体编码序列，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异；b)基于所述个体中的所述疾病组织的转录物组序列自所述第一组选择第二组表达变体编码序列；c)基于由所述表达变体编码序列编码的肽结合MHC I类分子(MHCI)的预测能力自所述第二组选择第三组表位变体编码序列；d)自所述第三组选择免疫原性变体编码序列，包括预测包含由所述表位变体编码序列编码的变体氨基酸的肽的免疫原性；由此鉴定所述疾病特异性免疫原性突变体肽。3.一种自个体中的疾病组织鉴定疾病特异性免疫原性突变体肽的方法，其包括：a)自个体的患病组织获得多数与MHC分子结合的肽；b)将所述MHC结合的肽提交基于质谱术的测序；并c)将所述MHC结合的肽的质谱术衍生的序列信息与所述个体中的疾病组织的一组变体编码序列关联，每种变体编码序列与参照样品相比具有所述序列中的变异，由此鉴定所...

【专利技术属性】
技术研发人员：L，
申请(专利权)人：豪夫迈，
类型：发明
国别省市：