作为对肾细胞癌抗PD1/PD-L1/PD-L2抗体的反应性的标志物的微生物同群合物制造技术

本发明专利技术涉及用于基于从所述个体的粪便样品中存在的微生物群分析来体外确定个体是否患有可能响应用基于抗PD1/PD‑L1/PD‑L2 AB的治疗进行治疗的肾细胞癌(RCC)的方法。公开了用于执行上述方法的12个模型，以及旨在容易执行该方法的工具。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】作为对肾细胞癌抗PD1/PD-L1/PD-L2抗体的反应性的标志物的微生物同群合物【专利
】本专利技术涉及抗癌治疗领域。特别地，本专利技术涉及肠道微生物在治疗免疫检查点抑制剂(ICI)的治疗中的疗效中的作用，治疗肾细胞癌(RCC)。本专利技术在PD-1/PDL-1/PDL-2阻断之前，为诊断提供了“基于宏基因组学的肠肿瘤微生物组签名”(GOMS)，作为响应或抗性的新型临床结果和6个月治疗的响应或抗性的新型预测因子肾细胞癌。本专利技术还提供了在接受ICI和/或用ICI治疗期间鉴定有需要细菌补偿治疗的患者的治疗方法。【背景和现有技术】在过去十年中，已经在癌症生物学的主要概念进展。理解通过癌症相关突变表达的肿瘤特异性NeoAntigens并通常被免疫抑制肿瘤微环境(TME)常规地产生免疫反应已经开发了针对针对肿瘤进展引起免疫控制的有效免疫治疗的开发(Sharma和Allison，2015a，2015b)。癌症免疫疗法的进展导致治疗各种血液学和固体转移性恶性肿瘤，如黑素瘤，肺，膀胱，肾脏，霍奇金淋巴瘤，急性B细胞白血病，肝脏，默克尔-细胞癌和头部和颈部肿瘤在其他人中(Borghaeietalia，2015；Nghiemetalia，2016；Robertetalia，2011；罗森伯格etalia，2016)。迄今为止，在初始引发阶段(在排水淋巴结)或适应性抗癌免疫反应的初始引发阶段(在排水淋巴结)或效应阶段(在肿瘤床中称为“免疫检查点”)的抑制信号传导途径已经表现出最大的整体生存中的临床福利(Ribas等，2016；TopialetAl。，2012)。该成功的原型示例一直是使用单克隆抗体(MAB)靶向PD-1(由活性/排出的T细胞表达)或其配体PD-L1(通常用TME的癌细胞或细胞表达)(Pardoll，2015)。通过释放这些分子制动器，这种mAb恢复了免疫反应的抗癌自适应臂。虽然PD-1封锁代表了B-RAF野生型黑色素瘤中最有效的第一线疗法和第二线中不可切除的肺癌中最佳选择，但大约60-70％的肿瘤表现出对这种治疗策略的常规抗性。初级抗性归因于低肿瘤突变负担和肿瘤细胞的差的内在抗原性差(Riaz等，2016；Rizvi等，2015)，有缺陷的抗原呈现和引发阶段(Spranger等，2015)，有限的肿瘤内渗透相关耗尽的T细胞功能(Smyth等，2016)和与腺苷和吲哚胺，2,3-二恶英酶相关的代谢免疫抑制途径(KoyamaetAlia，2016；Smyth等，2016)。类似地，还阐明了CTLA-4阻断的初级抗性机制。例如，黑色素瘤呈现因IFN-γ信号传导缺乏对IPILIMIMAB的反应(GaoEtAlia，2016)。最近，据报道了大约25％的黑素瘤患者(KoyamaetAlia，2016；Ribas等，2016；ZaretskyetAlia，2016)的慢性抑制Pd-1受体的慢性抗性机制。在74名黑色素瘤患者中有4个患者，虽然与彭胶珠酮的开发病变连续治疗，但在JAKUS激酶JAK1或JAK2中呈现出杂散突变的损失，但导致STAT1磷酸化降低并降低对抗增殖的灵敏度的衰退IFNS或替代地，在编码β-2微球蛋白的基因内的突变，防止MHCI类分子的折叠和转运到肿瘤细胞T细胞识别的细胞表面(Zaretsky等，2016)。除了这些Darwinian自然选择遗传(或表观遗传)遗传性状，在小鼠中报道了其他获得的抗性机制。主要是由IFN-γ-诱导的PD-L1诱导表达产生的适应性免疫抗性(PARDOLL，2012；TAUBE等，2012)，PD-1的主要配体，TNF诱导的抗原变异损失(Landsberg等，2012年)以及TCR依赖性上调额外的耗尽标志物，如TIM3/HAVCR2(Koyama等，2016；RestifoetAl，2012；Smyth等，2016)，淋巴细胞活化基因3(LAG3)，具有IG和ITIM结构域(TIGIT)，B和T细胞淋巴细胞衰减器(BTLA)和T细胞活化(VISTA)的V域IG抑制剂的T细胞免疫感受器。本专利技术人刚刚报道2018年1月5日的RetyetAliaScience，与另外两份报告(GopalakrishnanVetAlia和Matsonv等人)一起报告，该初始抗PD-1/PDL-1的免疫检查点抑制剂(ICI)可能是由于肠道微生物异常。抗生素(ATB)抑制了ICI在晚期肺癌，肾癌和膀胱癌患者中的临床益处。来自癌症患者的粪便微生物群移植(FMT)，他们反应ICI(但不是从非答复患者)中的无菌或ATB治疗的小鼠改善了PD-1阻断的抗肿瘤作用。诊断患者粪便的偏霉菌揭示了对ICI和专用微生物样式的临床反应之间的相关性，其中AkkermansiaMuciniphila相对升高，在检查肺癌和肾癌患者的情况下。肠道脱泻病的诊断很重要，因为它适用于恢复ICI疗效的治疗。实际上，用非响应粪便的A.粘蛋白或Alistipesindistindusindistindusindistindusindistindusindistindusindistinctus以IL-12依赖性方式恢复了PD-1阻断的疗效，通过增加CCR9+CXCR3+CD4+T淋巴细胞进入肿瘤床。本申请中公开的结果显示了基于宏基因组学的肠道的预测值，其在诊断中计算了从较大的69个肾细胞癌症患者(RCC)患者的数据诊断，所述患者与Nivolumab或PEMBROLIZUAB用于酪氨酸激酶抑制剂或MTOR抑制剂的先进或转移性RCC，用于这种治疗的临床益处。本研究采用3个重新入学标准(最佳结果，3个月的进展时间(TTP)，TTP在6个月内进行，包括或排除11名RCC患者，该患者在抗PD1的第一次施用前2个月内或2个月内服用抗生素ABS。【专利技术概述】根据第一方面，本专利技术涉及一种体外测定具有肾细胞癌患者(RCC)的个体的方法，可能对抗PD1/PD-L1/PD-L2AB进行响应治疗基于疗法，包括以下步骤：(i)来自所述个体的粪便样品(或eLEAL或结肠粘膜样品)，获得基于细菌物种组的相对丰度获得包含至少8种选自表1中所公开的物种组的细菌物种的相对丰度下面。(ii)使用一种或多个预定义的方程，每个预定方程对应于来自所述细菌物种的至少8种细菌物种的模型，计算所述个体对治疗响应的概率(PR或者，所述个体抵抗治疗的概率(PNR)，具有抗PD1/PD-L1/PD-L2AB的疗法。本专利技术还涉及12种模型，可用于执行上述方法，其中6种来自在过去2个月中未服用任何抗生素的患者的数据中获得的，而其他6种可以用于最近抗生素摄取的患者。这些模型依赖于(部分)微生物群的不同子集(列于下面的表3,6,9和12中)，可以单独使用或组合使用。设计用于容易地执行上述方法的工具也是本专利技术的一部分，例如包含在方法(I)的步骤(i)的每个微生物物种中特异的核酸微阵列，例如一组包含引物对的引物对，用于在所述方法的步骤(i)的步骤(i)中进行用于检测的每种微生物物种的序列。用于确定个体是否需要用细菌组合物和/或通过FMT在接受抗PD1/PD-L1AB的疗本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.体外确定患有肾细胞癌(RCC)的个体是否可能响应用免疫检查点抑制剂(ICI)的治疗的方法，其包括以下步骤：/n(i)从所述个体的粪便样品，基于包含选自下列的至少8种细菌物种的细菌物种组的相对丰度获得丰度样式：/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180928 EP 18306282.71.体外确定患有肾细胞癌(RCC)的个体是否可能响应用免疫检查点抑制剂(ICI)的治疗的方法，其包括以下步骤：
(i)从所述个体的粪便样品，基于包含选自下列的至少8种细菌物种的细菌物种组的相对丰度获得丰度样式：






(ii)使用各自对应于就来自所述细菌物种组的至少8种细菌物种获得的模型的一个或几个预定的方程，计算所述个体响应用基于ICI的疗法治疗的概率(PR)或所述个体抵抗用基于ICI的疗法治疗的概率(PNR)。


2.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(ii)中，至少一个方程对应于存在于所述个体的粪便样品中的一组至少8种细菌物种的模型。


3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤(ii)中使用的模型
导致至少75％的个体概率百分比，和/或
导致至少65％的预测性和至少70％的成功率。


4.根据权利要求1～3之任一项所述的方法，其进一步包括评估动物模型中个体是否可能是对用基于ICI的疗法治疗的良好的响应者的步骤(iii)，其中步骤(iii)包括：
(iiia)进行从个体向无菌(GF)模型动物的粪便的粪便微生物移植(FMT)；
(iiib)在步骤(iiia)后至少7～14天，用可移植的肿瘤模型接种所述动物；
(iiic)用ICI的疗法治疗所述接种的动物；
(iiid)测量治疗过的动物中的肿瘤尺寸，
其中步骤(iiid)的结果指示能够预期所述个体对所述治疗的响应。


5.根据权利要求1～4之任一项的方法，其中所述个体在过去2个月中的抗生素方案暴露是未知的，并且其中在步骤(i)中，所述细菌物种组包含至少8种选自以下组的细菌物种：








CAG编号
细菌物种


CAG00008
鲍氏梭菌(Clostridiumbolteae)_ATCC_BAA_613


CAG00037
粪拟杆菌(Bacteroidesfaecis)_MAJ27


CAG00063
Barnesiellaviscericola_DSM_18177


CAG00122
尖锐粪球菌(Coprococcuscatus)_GD_7


CAG00140
罕见小球菌属(Subdoligranulumsp.)_4_3_54A2FAA


CAG00243
毛螺菌科(lachnospiraceae)细菌_1_1_57FAA


CAG00317
梭菌属(Clostridiumsp.)_CAG_230


CAG00327
粪杆菌属(Faecalibacteriumsp.)_CAG_74


CAG00357
卵形拟杆菌(Bacteroidesovatus)_V975


CAG00413
拟杆菌属(Bacteroidessp.)_CAG_144


CAG00473
普雷沃氏菌属(Prevotellasp.)_CAG_617


CAG00610
Hungatellahathewayi_12489931


CAG00650
Doreaformicigenerans_ATCC_27755


CAG00727
迟缓埃格特菌(Eggerthellalenta)_DSM_2243


CAG00928
嗜酸菌属(Acidiphiliumsp.)_CAG_727


CAG01039
普拉斯尼奇粪杆菌(Faecalibacteriumcf.prausnitzii)_KLE1255


CAG01141
双形霍尔德曼氏菌(Holdemanellabiformis)_DSM_3989


CAG01144
阴道乳杆菌(Lactobacillusvaginalis)_DSM_5837___ATCC_49540


CAG01263
梭状梭菌(Clostridiumclostridioforme)_2_1_49FAA。








6.根据权利要求5所述的方法，其中在步骤(ii)中，使用1个、2个或3个方程，所述方程对应于就以下由细菌物种的CAG编号识别的细菌物种组获得的模型：









模型1.2的组
模型2.2的组
模型3.2的组


CAG00008
CAG00727
CAG00243


CAG01039
CAG01141
CAG00473


CAG00473
CAG00650
CAG00327


CAG00140
CAG00928
CAG01039


CAG00610
CAG00473
CAG00140


CAG01141
CAG00122
CAG01263


CAG00413
CAG01144
CAG00037


CAG00317
CAG00063
CAG00357






并且其中优选所使用的至少一个方程对应于用一组细菌获得的模型，这些细菌全部存在于个体的样品中。


7.根据权利要求6所述的方法，其中所述用于计算所述个体响应治疗的概率(PR)的方程如下：
[B]
其中
Xj(j＝1～8)是在个体样品中测量的细菌物种的相对丰度，
βj(j＝1～8)是以下回归系数：





8.根据权利要求1～4之任一项所述的方法，
其中所述个体在过去2个月中未服用任何抗生素，且
其中在步骤(i)中，所述细菌物种组包含选自下列的至少8种细菌物种：








9.根据权利要求8所述的方法，其中在步骤(ii)中，使用1个、2个或3个方程，所述方程对应于就以下由细菌物种的CAG编号识别的细菌物种组获得的模型：









模型4.2的组
模型5.2的组
模型6.2的组


CAG00008
CAG00048_1
CAG00243


CAG01039
CAG00300
CAG00008


CAG00473
CAG00473
CAG00698


CAG00487
CAG00650
CAG00473


CAG00140
CAG00720
CAG00327


CAG01141
CAG00727
CAG01039


CAG01208
CAG00963
CAG00897


CAG00413
CAG01141
CAG00766






并且其中优选使用的至少一个方程对应于用一组细菌获得的模型，这些细菌全部存在于个体的样品中。


10.根据权利要求9所述的方法，其中所述用于计算所述个体抵抗治疗的概率(PNR)或响应治疗的概率(PR)的方程如下：
[A]用于模型4.2和5.2
[B]用于模型6.2
其中
Xj(j＝1～8)是在个体样品中测量的细菌物种的相对丰度，
βj(j＝1～8)是以下回归系数：

【专利技术属性】
技术研发人员：L·齐特沃吉尔，V·伊巴，
申请(专利权)人：古斯达威罗斯研究所，
类型：发明
国别省市：法国;FR