用于产生组织驻留记忆样T细胞的方法及其用途技术

本文提供了通过低氧和TGFβ的组合产生组织驻留记忆样T细胞的方法。本文还提供了使用组织驻留记忆T细胞作为过继细胞疗法的方法。组织驻留记忆T细胞作为过继细胞疗法的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于产生组织驻留记忆样T细胞的方法及其用途
[0001]本申请要求于2018年10月18日提交的美国临时专利申请号62/747,523和于2019年5月10日提交的美国临时专利申请号62/846,270的权益，其全部内容通过引用并入本文。
[0002]序列表的并入
[0003]名为“UTFCP1408WO_ST25.txt”的文件中包含的序列表(其是在2019年10月17日创建的，大小为8KB(如在Microsoft中测量的))通过电子提交的方式提交并通过引用并入本文。


[0004]1.领域
[0005]本专利技术通常涉及医学和免疫学领域。更具体地，其涉及用于产生组织驻留记忆样T细胞的方法及其用途。

技术介绍

[0006]2.相关技术的描述
[0007]组织驻留记忆细胞(T
RM
)是最近鉴定的记忆T细胞的亚群，其在针对病毒性疾病的局部一线防御中很重要。最近的报道也表明具有这种表型的细胞在抗肿瘤免疫中起重要作用。关于T
RM
分化的了解相对较少，并且内源性组织驻留记忆细胞难以分离，这阻碍了它们在基础研究中的研究以及在过继细胞疗法中的应用。因此，对于产生组织驻留记忆细胞的方法存在未满足的需求。

技术实现思路

[0008]在一个实施方案中，本公开内容提供了一种用于产生组织驻留记忆样T细胞(T
RM
样T细胞)的体外方法，其包括：(a)获得T细胞的起始群体；(b)在低氧条件下或在低氧诱导剂的存在下培养所述T细胞的起始群体以产生早期效应细胞；和(c)在转化生长因子β1(TGF
‑
β1)的存在下进一步培养所述早期效应细胞以产生T
RM
样T细胞。
[0009]在另一个实施方案中，本公开内容提供了一种用于产生组织驻留记忆样T细胞(T
RM
样T细胞)的体外方法，其包括：(a)获得T细胞的起始群体；(b)在低氧条件下或在低氧诱导剂的存在下培养所述T细胞的起始群体以产生早期效应细胞；和(c)在转化生长因子β1(TGF
‑
β1)、转化生长因子β2(TGF
‑
β2)、转化生长因子β3(TGF
‑
β3)或转化生长因子β4(TGF
‑
β4)的存在下进一步培养所述早期效应细胞以产生T
RM
样T细胞。在一些实施方案中，培养包括活化T细胞的起始群体以产生早期效应细胞。
[0010]在又一个实施方案中，本公开内容提供了一种用于产生T
RM
样T细胞的体外方法，其包括：(a)获得T细胞的起始群体；(b)在低氧条件下或在低氧诱导剂的存在下培养所述T细胞的起始群体；和(c)在TGF
‑
β1的存在下进一步培养所述T细胞的起始群体以产生T
RM
样T细胞。
[0011]在一些方面，T细胞的起始群体是CD8
+
外周血T细胞。在特定方面，CD8
+
外周血T细胞
是人CD8
+
外周血T细胞。在某些方面，获得人CD8
+
外周血T细胞包括从外周血样品选择CD45RA
+
CCR7
+
CD8
+
幼稚T细胞。在一些方面，外周血样品获自健康受试者。在一些方面，外周血样品获自被诊断患有癌症或被怀疑患有癌症的受试者。在一些方面，外周血样品获自被诊断患有病毒性疾病或被怀疑患有病毒性疾病的受试者。在某些方面，通过负载肽、全长抗原或细胞裂解物的抗原呈递细胞刺激幼稚T细胞来产生T细胞的起始群体。在特定方面，T细胞获自肿瘤部位或为肿瘤浸润淋巴细胞。在某些方面，T细胞是幼稚T细胞。例如，细胞裂解物是肿瘤裂解物。在特定方面，抗原是癌症抗原。在一些方面，肽是来自在癌细胞中差异表达的蛋白质的肽或由癌细胞高表达的蛋白质的肽。在一些方面，肽是来自新抗原或来自包含突变的蛋白质的肽。在某些方面，T细胞的起始群体富集对感兴趣的抗原具有特异性的T细胞。在某些方面，纯化T细胞的起始群体以富集CD8阳性肽MHC四聚体阳性的细胞。在一些方面，通过荧光活化的细胞分选纯化T细胞的起始群体。在某些方面，T细胞的起始群体是工程化T细胞。在一些方面，通过将克隆的T细胞受体(TCR)引入宿主细胞群体中来产生工程化T细胞。在某些方面，宿主细胞群体是外周血单核细胞。在一些方面，通过非病毒方法(例如游离型载体或转座子
‑
转座酶系统)将克隆的TCR引入宿主细胞群体。在特定方面，通过转导将克隆的TCR引入宿主细胞群体。在一些方面，宿主细胞群体被包含TCRα和TCRβ链的病毒载体转导。在某些方面，病毒载体是慢病毒载体。在一些方面，纯化转导的宿主细胞群体以富集CD8阳性肽MHC四聚体阳性的细胞。在特定方面，工程化T细胞表达嵌合抗原受体。在特定方面，嵌合抗原受体包含克隆的TCR。在一些方面，T细胞的起始群体是获自受试者的肿瘤浸润淋巴细胞。
[0012]在某些方面，将低氧条件进一步定义为小于5％氧气，例如4％、3％、2％、1％或更少的氧气。在一些方面，低氧诱导剂是低氧模拟物。在特定方面，低氧诱导剂或低氧模拟物是氯化钴(CoCl2)、甲磺酸去铁胺(DFOM)、二甲基乙二酰基甘氨酸(dimethyloxalyglycine，DMOG)或脯氨酰羟化酶抑制剂，例如2
‑
OG类似物。在一些方面，脯氨酰羟化酶抑制剂是罗沙司他(Roxadustat)(FG
‑
4592)。
[0013]在一些方面，步骤(b)的培养是在TCR刺激和共刺激的存在下进行的。在某些方面，TCR刺激和共刺激包括抗CD3和抗CD28抗体、抗CD3和抗CD28珠子、饲养细胞、抗原呈递细胞、人工抗原呈递细胞、肽和/或蛋白抗原或其组合。在一些方面，TCR刺激和共刺激包含抗CD3和抗CD28珠子。在特定方面，步骤(b)的培养持续3
‑
5天，例如持续4天。在某些方面，步骤(b)的培养在常氧(例如20％氧气)下进行。在某些方面，步骤(b)的培养步骤在IL
‑
2(例如25
‑
100IU/mL，例如25、50或75IU/mL)的存在下进行。在一些方面，步骤(b)的培养在低氧条件(例如2％氧气)下进行。在特定方面，在IL
‑
15的存在下进行培养。在一些方面，IL
‑
15以5
‑
20ng/mL，例如7
‑
12ng/mL，特别是7、8、9、10、11或12ng/mL的浓度存在。
[0014]在某些方面，TGF
‑
β1进一步定义为重组人TGF
‑
β1(rhTGF
‑
β1)。在一些方面，rhTGF
‑
β1以0.1至5ng/mL，例如1至1.5ng/mL，特别是1.1、1.15、1.2、1.25、1.3、1.35、1.4、1.45或1.本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于产生组织驻留记忆样T细胞(T
RM
样T细胞)的体外方法，所述方法包括：(a)获得T细胞的起始群体；(b)在低氧条件下或在低氧诱导剂的存在下培养所述T细胞的起始群体以产生早期效应细胞；和(c)在转化生长因子β1(TGF
‑
β1)的存在下进一步培养所述早期效应细胞以产生T
RM
样T细胞。2.权利要求1所述的方法，其中所述T细胞的起始群体是CD8
+
外周血T细胞。3.权利要求2所述的方法，其中所述CD8
+
外周血T细胞是人CD8
+
外周血T细胞。4.权利要求3所述的方法，其中获得所述人CD8
+
外周血T细胞包括从外周血样品中选择CD45RA
+
CCR7
+
CD8
+
幼稚T细胞。5.权利要求4所述的方法，其中所述外周血样品获自健康受试者。6.权利要求4所述的方法，其中所述外周血样品获自被诊断患有癌症或被怀疑患有癌症的受试者。7.权利要求4所述的方法，其中所述外周血样品获自被诊断患有病毒性疾病或被怀疑患有病毒性疾病的受试者。8.权利要求1所述的方法，其中在培养之前，通过负载肽、全长抗原或细胞裂解物的抗原呈递细胞刺激所述T细胞的起始群体。9.权利要求8所述的方法，其中所述T细胞获自肿瘤部位或是肿瘤浸润淋巴细胞。10.权利要求9所述的方法，其中所述T细胞是幼稚T细胞。11.权利要求8所述的方法，其中所述细胞裂解物是肿瘤裂解物。12.权利要求8所述的方法，其中所述抗原是癌症抗原或病毒抗原。13.权利要求8所述的方法，其中所述肽是来自在癌细胞中差异表达的蛋白质的肽或由癌细胞高表达的蛋白质的肽。14.权利要求8所述的方法，其中所述肽是来自新抗原或来自包含突变的蛋白质的肽。15.权利要求8所述的方法，其中所述T细胞的起始群体富含对感兴趣的抗原具有特异性的T细胞。16.权利要求8所述的方法，其中纯化T细胞的起始群体以富集CD8阳性和肽MHC四聚体阳性的细胞。17.权利要求16所述的方法，其中通过荧光活化细胞分选纯化所述T细胞的起始群体。18.权利要求1所述的方法，其中所述T细胞的起始群体是工程化T细胞的群体。19.权利要求18所述的方法，其中通过将克隆的T细胞受体(TCR)引入宿主细胞群体中来产生所述工程化T细胞。20.权利要求19所述的方法，其中所述宿主细胞是外周血单核细胞。21.权利要求19所述的方法，其中通过非病毒方法将克隆的TCR引入所述宿主细胞群体。22.权利要求21所述的方法，其中通过游离型载体或转座子将克隆的TCR引入所述宿主细胞群体。23.权利要求19所述的方法，其中通过转导将克隆的TCR引入所述宿主细胞群体。24.权利要求23所述的方法，其中所述宿主细胞群体是通过包含TCRα和TCRβ链的病毒
载体转导的。25.权利要求24所述的方法，其中所述病毒载体是慢病毒载体。26.权利要求24所述的方法，其中纯化转导的宿主细胞群体以富集CD8阳性/肽MHC四聚体阳性的细胞。27.权利要求18所述的方法，其中所述工程化T细胞表达嵌合抗原受体。28.权利要求27所述的方法，其中所述嵌合抗原受体包含特异性结合来自癌症抗原、病毒抗原、新抗原或包含突变的蛋白质的肽的抗原识别结构域。29.权利要求1所述的方法，其中所述T细胞的起始群体是获自受试者的肿瘤浸润淋巴细胞。30.权利要求1所述的方法，其中将低氧条件进一步定义为小于5％氧气。31.权利要求1所述的方法，其中将低氧条件进一步定义为2％氧气。32.权利要求1所述的方法，其中所述低氧诱导剂是低氧模拟物。33.权利要求32所述的方法，其中所述低氧诱导剂或低氧模拟物是氯化钴(CoCl2)、甲磺酸去铁胺(DFOM)、二甲基乙二酰基甘氨酸(DMOG)或脯氨酰羟化酶抑制剂。34.权利要求33所述的方法，其中所述脯氨酰羟化酶抑制剂是2
‑
OG类似物。35.权利要求33所述的方法，其中所述脯氨酰羟化酶抑制剂是罗沙司他(FG
‑
4592)。36.权利要求1所述的方法，其中步骤(b)的培养是在TCR刺激和共刺激的存在下进行的。37.权利要求36所述的方法，其中所述TCR刺激和共刺激包括抗CD3和抗CD28抗体、抗CD3和抗CD28珠子、饲养细胞、抗原呈递细胞、人工抗原呈递细胞、肽和/或蛋白抗原或其组合。38.权利要求36所述的方法，其中所述TCR刺激和共刺激包括抗CD3和抗CD28珠子。39.权利要求1所述的方法，其中步骤(b)的培养持续3
‑
5天。40.权利要求1所述的方法，其中步骤(b)的培养持续4天。41.权利要求36所述的方法，其中步骤(c)的培养是在IL
‑
15的存在下进行的。42.权利要求41所述的方法，其中所述IL
‑
15以5
‑
20ng/mL的浓度存在。43.权利要求41所述的方法，其中所述IL
‑
15以10ng/mL的浓度存在。44.权利要求1所述的方法，其中TGF
‑
β1进一步定义为重组人TGF
‑
β1(rhTGF
‑
β1)。45.权利要求44所述的方法，其中所述rhTGF
‑
β1以0.1至5ng/mL的浓度存在。46.权利要求45所述的方法，其中所述rhTGF
‑
β1以1至1.5ng/mL的浓度存在。47.权利要求45所述的方法，其中所述rhTGF
‑
β1以1.25ng/mL的浓度存在。48.权利要求1所述的方法，其中步骤(c)的培养是在低氧条件下或在低氧诱导剂的存在下进行的。49.权利要求48所述的方法，其中步骤(c)的培养是在IL
‑
15的存在下进行的。50.权利要求49所述的方法，其中所述IL
‑
15以5
‑
20ng/mL的浓度存在。51.权利要求49所述的方法，其中所述IL
‑
15以10ng/mL的浓度存在。52.权利要求1所述的方法，其中步骤(c)的培养持续1
‑
3天。53.权利要求1所述的方法，其中步骤(c)的培养持续2天。54.权利要求1所述的方法，其中所述T
RM
样T细胞是CD69
+
CD103
+
。
55.权利要求54所述的方法，其中至少30％的在步骤(c)中产生的细胞是CD69
+
CD103
+
细胞。56.权利要求54所述的方法，其中至少40％的在步骤(c)中产生的细胞是CD69
+
CD103
+
细胞。57.权利要求1所述的方法，其中所述T
RM
样T细胞表达PD
‑
1、CD101和/或CD49a。58.权利要求1所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有CD69、ITGAE、PDCD1和/或CD101的更高的表达。59.权利要求58所述的方法，其中CD69、ITGAE、PDCD1和/或CD101的更高的表达是CD69、ITGAE、PDCD1和/或CD101 mRNA转录物的更高的表达。60.权利要求58所述的方法，其中CD69、ITGAE、PDCD1和/或CD101的更高的表达是CD69、ITGAE、PDCD1和/或CD101蛋白的更高的表达。61.权利要求1所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有TNFα、GZMB、SLC2A1和/或VEGF的更高的表达。62.权利要求1所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有GNLY、MYO7A、ITGAE、EGR2、CCL20、ATP1B1、NR4A3、PERP、RASGEF1B、NR4A1、BMF、EGR1、CXCL13、PDCD1、ITGA1、CCL22、CA10、RGS1、ITGA1、CD101、TNFRSF9(4
‑
1BB)、CCL4、CCL5、NOTCH1、RBPJ、STRIP2、ARHGEF40、DBH、SRGAP3、CSGALNACT1、GPR25、RGS16、DAPK2、NCS1、COL6A3、GDPD4、SLC1A4、CDK14、LMCD1、ILDR2和/或ADCY3的更高的表达。63.权利要求62所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有GNLY、MYO7A、ITGAE、EGR2、CCL20、ATP1B1、NR4A3、PERP、RASGEF1B、NR4A1、BMF、EGR1、CXCL13、PDCD1、ITGA1、CCL22、CA10和/或RGS1的更高的表达。64.权利要求62所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有ITGAE、ITGA1、PDC1、CD101、TNFRSF9(4
‑
1BB)、CXCL13、CCL20、NOTCH1、RBPJ、NR4A1、EGR2和/或RGS1的更高的表达。65.权利要求62所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有MYO7A、STRIP2、ARHGEF40、ITGAE、DBH、SRGAP3、CSGALNACT1、GPR25、RGS16、DAPK2、NCS1、COL6A3、GDPD4、SLC1A4、CXCL13、CDK14、LMCD1、ILDR2和/或ADCY3的更高的表达。66.权利要求1所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有CD58、NR3C1、RAP1GAP2、SELP、CXCR2、TBX21、ITGAL、SELL、KLF3、KLF2、RASGRP2、FAM65B、SERPINE2、ITGAM、KLRB1、TGFBR3、SMAD3、TNFSF8、DUSP2、PLEK、GOLGA2P7、FOSB、PLCG2、SLAMF7、SLC6A8、SOCS3和/或PTGER2的更高的表达。67.权利要求66所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有CD58、NR3C1、RAP1GAP2、SELP、CXCR2、TBX21、ITGAL、SELL、KLF3、RASGRP2、ITGAM、KLRB1、TGFBR3、SMAD3和/或TNFSF8的更高的表达。68.权利要求66所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有KLF2、KLF3、SELL、FAM65B和/或SERPINE2的更高的表达。69.权利要求66所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有DUSP2、PLEK、GOLGA2P7、FOSB、PLCG2、ITGAM、FOS、KLF3、SLAMF7、TNFSF8、SLC6A8、KLF2、SOCS3和/或PTGER2的更高的表达。
70.权利要求1所述的方法，其中与在大气氧条件下培养的细胞相比，所述T
RM
样T细胞具有S1PR1、KLF4和/或SELL的更低的表达。71.权利要求1所述的方法，其中所述T
RM
样T细胞基本上不表达CXCR6蛋白。72.权利要求1所述的方法，其中所述T
RM
样T细胞是抗原特异性的。73.权利要求1所述的方法，其进一步包括产生抗原特异性T
RM
样T细胞。74.权利要求73所述的方法，其中产生抗原特异性T
RM
样T细胞包括用抗原特异性T细胞受体(TCR)转导T
RM
样T细胞。75.权利要求73所述的方法，其中产生抗原特异性T
RM<...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：得克萨斯大学体系董事会，
类型：发明
国别省市：