【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开一般而言涉及基于免疫组库的疾病诊断技术，并且更具体地涉及一种用于对相似的t细胞受体(tcr)序列进行高效分组并诊断患有疾病的患者以及利用外周血tcr组库确定他/她的疾病状态的新颖系统和方法。
技术介绍
1、适应性免疫组库是多种人类疾病的重要调节因子，近年来已生成超过10000个tcr组库测序(tcr-seq)样本。但是，由于缺乏已知的抗原特异性，tcr数据的解释受到阻碍。最近的研究表明，tcr高变互补确定区域3(cdr3)的相似性暗示抗原识别的结构相似性。因此，相似cdr3的聚类已成为识别特定于抗原的受体的重要方式。
技术实现思路
1、本文描述了用于提高t细胞受体(tcr)比较的计算效率的方法、系统和装置。在示例中，可以从参考tcr序列(tcr-seq)数据集识别互补确定区域3(cdr3)序列。参考tcr-seq数据集可以由仅特定于一个表位(epitope)的tcr组成。来自参考tcr-seq数据集的每个cdr3序列可以被编码成数值向量，该数值向量与每个cdr3序列中的氨基酸序列对应。数值向量可以被转换成高维欧几里德空间中的坐标。可以使用神经网络来生成预测性模型。神经网络可以学习基于坐标的相对距离生成数值向量的树数据结构，并且可以基于相对距离将坐标分组成预集群。可以使用一种或多种准则来过滤预集群中的cdr3序列以减少噪声。可以从经过滤的预集群中识别特定于抗原的cdr3集群。
2、在另一个示例中，可以对照现有参考数据查询未知的tcr-seq样本，以诊断患有疾病的患者
3、在另一个示例中，可以查询大型tcr数据库并将其分组为具有共同抗原特异性的tcr集群。可以使用一个或多个tcr相异性度量来执行最近邻搜索以找到具有共同抗原特异性的tcr对。一个或多个tcr相异性度量可以包括smith-waterman距离和高维欧几里德空间中的嵌入中的一个或多个；或任何其它距离或相异性度量。
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1.一种提高T细胞受体(TCR)比较的计算效率的方法，该方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，还包括：
3.如权利要求1所述的方法，还包括：
4.如权利要求1所述的方法，其中过滤包括：
5.如权利要求4所述的方法，其中过滤还包括：
6.如权利要求1所述的方法，其中编码包括：
7.一种计算设备，包括：
8.如权利要求7所述的计算设备，其中计算机可读指令在由处理器执行时还使处理器：
9.如权利要求7所述的计算设备，其中计算机可读指令在由处理器执行时还使处理器：
10.如权利要求7所述的计算设备，其中过滤包括：
11.如权利要求10所述的计算设备，其中过滤还包括：
12.如权利要求7所述的计算设备，其中编码包括：
13.一种用计算机可执行指令有形地编码的非暂态计算机可读存储介质，计算机可执行指令在由与计算设备相关联的处理器执行时使处理器：
14.如权利要求13所述的非暂态计算机可读存储介质，其中计算机可执行指令在由处理器执行时使处
15.如权利要求13所述的非暂态计算机可读存储介质，其中计算机可执行指令在由处理器执行时使处理器：
16.如权利要求13所述的非暂态计算机可读存储介质，其中过滤包括：
17.如权利要求16所述的非暂态计算机可读存储介质，其中过滤还包括：
18.如权利要求13所述的非暂态计算机可读存储介质，其中编码包括：
19.一种使用共同抗原特异性来组织和查询T细胞受体(TCR)数据库的方法，该方法包括：
20.如权利要求19所述的方法，其中所述一个或多个TCR相异性度量包括以下各项中的一个或多个：Smith-Waterman距离和高维欧几里德空间中的嵌入；或任何其它距离或相异性度量。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种提高t细胞受体(tcr)比较的计算效率的方法，该方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，还包括：
3.如权利要求1所述的方法，还包括：
4.如权利要求1所述的方法，其中过滤包括：
5.如权利要求4所述的方法，其中过滤还包括：
6.如权利要求1所述的方法，其中编码包括：
7.一种计算设备，包括：
8.如权利要求7所述的计算设备，其中计算机可读指令在由处理器执行时还使处理器：
9.如权利要求7所述的计算设备，其中计算机可读指令在由处理器执行时还使处理器：
10.如权利要求7所述的计算设备，其中过滤包括：
11.如权利要求10所述的计算设备，其中过滤还包括：
12.如权利要求7所述的计算设备，其中编码包括：
13.一种用计算机可执行指令有形地编码的非暂态计算机可读存储介质...
【专利技术属性】
技术研发人员：李博，
申请(专利权)人：得克萨斯大学体系董事会，
类型：发明
国别省市：
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