可用于评估干扰素疗效的多态标记制造技术

本发明专利技术提供了在干扰素受体基因的一个区域中发现的多态标记，其可以用于评估干扰素的疗效。所以，本发明专利技术还涉及评估干扰素个体疗效的方法，和完成这一方法的装置。（*该技术在2022年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及在干扰素受体基因的一个区域中发现的可用于评估干扰素疗效的多态标记。所以，本专利技术也涉及评估干扰素个体疗效的方法，和实施这样的方法的装置。
技术介绍
在日本，约有2,000,000个体感染了丙型肝炎病毒(下文中缩写为HCV)。约70％的感染个体发生慢性肝炎，认为其中一部分在10到20年后会发生肝癌。这样的慢性肝炎可以有效地用干扰素(下文中缩写为IFN)α或β来治疗。但是，根据宿主和病毒因子的不同，已报道IFNα/β的效力变化也很大。考虑到与IFN治疗相关的可观副作用，延长的治疗期和治疗价格高，用IFN治疗一个病人而不能期望成功的结果不仅对病人造成痛苦而且也是对病人或国家支付的健康护理资金的巨大浪费。因此，显然需要发展一种方法以评估在用特定IFN治疗的个体病人中，是否有希望获得成功的结果。所以，本专利技术的目的是提供估计在用特定IFN治疗的个体病人中是否有希望获得成功的结果的方法。
技术实现思路
因此，本专利技术的一个目的是提供通过确定个体干扰素受体基因的基因型，并且根据这一基因型估计干扰素疗效，来估计用干扰素治疗的个体中干扰素疗效的方法。在本方法的一个实施方案中，确定基因型包括确定在干扰素受体基因的启动子中围绕-77的区域中发现的GT重复数目；优选地，得益于干扰素治疗的个体具有至少一个含约5个GT重复的等位基因。在本方法的另一个实施方案中，干扰素受体基因是干扰素α和/或干扰素β。在本方法的另一个实施方案中，个体感染丙型肝炎病毒。在本方法的另一个实施方案中，确定基因型包括用特异的探针杂交，和在某些情况中结合核酸扩增；扩增也可以用于利用为检测设计的特异性寡核苷酸引物进行的基因型的确定。在本方法的另一个实施方案中，至少部分地在核酸芯片上进行确定步骤。本专利技术的另一个目的是提供利用计算机、计算机程序或其他数据记录和分析设备的自动化过程来估计在将用干扰素治疗的个体中干扰素的疗效。本专利技术的另一个目的是提供可以用于确定个体的基因型来评估干扰素疗效的一个或多个特异性多核苷酸探针和引物。在针对这一目的的一个实施方案中，可以在核酸芯片上，例如玻璃或硅氧烷核酸芯片上附带或固定多核苷酸。附图的简要说明附图说明图1显示了IFNAR1基因的一部分(SEQ ID NO4)。图2是显示根据本专利技术的一个方面的方法例流程图。图3是根据本专利技术的一个方面利用的设备例的方块图。图4是显示根据本专利技术的一个方面的方法例的流程图。图5显示根据本专利技术的一个方面的方法示例(序列用对应于序列表中的SEQ ID NO标识的号码标记)。图6显示了根据本专利技术的一个方面的方法示例。图7是显示在用干扰素治疗完全有效和无效的病人中观察到的IFNAR1微卫星(GTs)的数目的频度图。图8是显示根据本专利技术的一个方面的DNA芯片例的示意图。图9是显示根据本专利技术的一个方面的DNA芯片例的示意图。实施本专利技术的最佳方式本专利技术的基础是我们发现，1型干扰素α受体的微卫星多态的基因型与干扰素α和/或β(下文中缩写为IFNα/β)的效力之间存在显著的统计学关系。IFNα和β结合细胞表面上存在的受体来传递信号，从而发挥它们的作用。1型干扰素α受体(缩写为IFNAR1)即干扰素α和β的受体的基因结构是已知的(Lufalla，G.et al.，生物学化学杂志(J.Biol.Chem.)，1992；267，2802)。单一核苷酸的多态(下文中缩写为SNP)和由启动子区中存在的GT重复序列组成的微多态已有报道(Muldoon，A.et al.，基因和免疫(Genes and Immunity)，2001，2，159-169)。本专利技术人分析过SNP和在IFNAR1的启动子区存在的微卫星多态与IFN疗效的关系。结果发现，离转录起始点约第-77个核苷酸(下文中称为-77位置)开始的GT重复序列的重复数目与干扰素疗效相关。图1显示了IFNAR1启动子区到内含子1的区域。序列左边的数字表示当mRNA转录起始点认为是+1时的位置。SNP存在于-408，-18和-13位置。相关的微卫星多态存在于-77到-50位置的区域中，图1中所示的序列的重复数目是9。但是，这一重复数目是随着个体的基因型而变化的。相应地，微卫星多态的位置是随着重复数目而变化的。所以，当重复数目是5时，假设转录起始点是+1，所述的微卫星多态的位置存在于-59到-50位的区域。与IFN敏感性相关的多态以外的区域和与IFN敏感性没有关系的SNP位点在图1所示的序列中是常见的。在序列表和本说明书附图中所示的每个序列中，对应于任何非特定碱基的“N”或“n”表示腺嘌呤，胸腺嘧啶，鸟嘌呤和胞嘧啶中的任一个。当等位基因中相关的微卫星多态的重复数目是5/5纯合子，或在任何等位基因中相关重复数目是5/m杂合子的情况下(其中“m”是5以外的整数，优选地是14，也包括6，7，8，9，10，11，12，13，15，16，17，20，25，和26或以上，包括其间的所有值和亚范围(subrange))，IFN治疗在将用IFN治疗的个体中有效的可能性是高的。相反，在任何等位基因中相关重复数目不是5的情况下，特别是除5/5纯合子、5/m杂合子或5/14杂合子以外的情况下，IFN治疗有效的可能性是低的。所以，根据本专利技术的一个方面，存在于IFNAR1基因启动子区的GT重复序列被提供作为估计在将用干扰素治疗的个体中干扰素疗效的微卫星标记。本文所用的术语“高”，当涉及疗效时，指病人的血丙氨酸转氨酶的水平在IFN治疗后6个月的随访期间在正常范围内，并且该病人在HCVRNA测试中呈阴性，也可以表征为治疗完全有效。本文所用的术语“低”，当涉及疗效时，是指病人在同一随访期间发现有HCV RNA，或者丙氨酸转氨酶的水平高，也可以表征为对治疗无效。在本说明书中，术语“干扰素”用于指干扰素α，β，γ和/或ω。术语“干扰素受体基因”指编码干扰素α，β，γ和/或ω的受体的基因，可以缩写为IFNR基因。术语“IFNAR1基因”是编码干扰素α和β的受体，特别是1型干扰素α受体的基因。本文所用的“多态基因”或“多态”指占据单一基因座的一组数个等位基因或属于这样的等位基因组的各等位基因。在多态位点中，只有单个碱基不同的位点命名为“单一核苷酸多态”或SNP。“基因型”是指相关的基因座的等位基因存在的状态。“干扰素受体基因的基因型”是指在干扰素受体基因的启动子区中存在的含有GT重复序列的微卫星多态的重复数目。为了方便，微卫星多态的“基因型”在本文中表示为整数1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16或以上，以及其间所有的数值和亚范围指定的重复数目，此处“m”是5以外的整数。“IFN敏感性相关多态”指是IFN效力决定因素的多态基因。“微卫星标记”是指GT重复序列，也是用作允许根据重复数目估计IFN疗效的指标的标记。具体地说，微卫星标记是从受试者收集的样本中含有的特异性核酸中的特异性位点。这样的标记可以用于估计IFN的疗效。根据本专利技术的一个方面，提供了在将用IFN治疗的个体中估计IFN疗效的方法。根据本专利技术的一个方面，在开始IFN治疗之前，在将用IFN治疗的个体中，特别是感染HCV的个体中，通过确定如上所述的微卫星多态的基因型，可以估计干扰素治疗在感染所述HCV的个体中是本文档来自技高网...

【技术保护点】
在将用干扰素治疗的个体中估计干扰素疗效的方法，包括：（１）确定来自所述个体的样本中干扰素受体基因的基因型；和（２）根据所述干扰素受体基因的基因型估计干扰素的疗效。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：松山德子，杉本正信，桥本美智惠，三代俊治，
申请(专利权)人：株式会社东芝，
类型：发明
国别省市：JP[日本]