本发明专利技术公开了一种新型黄瓜SNP分子标记，所述分子标记的标号为SLAF7695，本发明专利技术利用简化基因组深度测序技术，共获得73,100个SLAF标签，通过多态性分析得到SNP、EPSNP、INDEL等3种类型的多态性标记5,355个，获得了140个与黄瓜白粉病抗性密切相关的差异标记，差异标记主要集中在第1和第6染色体上。成功定位了2个与白粉病抗病性状相关的侯选区域，得到7个与黄瓜白粉病抗性紧密连锁的特异标记，通过基因注释获得28个基因及相关注释信息，其中5个基因分别与防御应答、伤害应答和毒素分解代谢、细胞应激反应等功能相关，为探索黄瓜白粉病抗病机理和分子标记辅助选择育种提供了理论依据。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术设及生物领域，具体设及一种新型黄瓜SNP分子标记。
技术介绍
黄瓜白粉病是一种广泛发生的世界性病害，是黄瓜主要叶部病害之一。其潜育期 短、流行性强、周年发生，严重影响黄瓜产量与品质。目前，黄瓜白粉病的主要防治措施是化 学防治，但产品农药残留量是不可忽视的安全问题，特别是利用设施栽培后，黄瓜生产的连 作障碍问题越来越严重。因此，选育抗病品种仍是从根本上防治白粉病的有效途径。 分子标记技术的出现使人们对于基因的准确检测、目标基因的准确转移成为现 实。研究者们利用AFLP、SSR等分子标记技术，对抗病基因进行了初步的定位，但抗病基因 与分子标记的遗传距离普遍较远，说明黄瓜白粉病抗性分子机理非常复杂，更多科学问题 有待于研究和探索，充分挖掘和利用该些抗性基因，将丰富黄瓜白粉病抗性育种中的抗性 基因资源，并为黄瓜白粉病抗性育种中导入优良抗性基因提供重要基础。SLAF-seq(^specificlengthamplifiedfra卵entsequencing)技术是由高通量 测序技术发展而来。通过生物信息学进行实验方案系统设计，构建SLAF-seq文库，筛选特 异长度DNA片段，W高通量测序技术获得海量序列，利用软件进行数据分析比对，获得大量 特异DNA片段，进而依据其序列发展出特异分子标记。SLAF-seq技术具有通量高、准确性 高、成本低、周期短等突出优势，依其测序结果可直接开发大量特异分子标记。该技术可用 于单体型图谱、遗传图谱、关联性图谱、多态性图谱的构建，为分子育种、系统进化、种质资 源鉴定提供重要技术保障。本专利技术利用SLAF-seq技术开发了一批特异性强、稳定性高的黄 瓜白粉病抗性特异分子标记，为育种中导入抗性优良基因进行分子标记辅助选择提供重要 基础。
技术实现思路
为解决上述问题，本专利技术提供了一种新型黄瓜SNP分子标记，为探索黄瓜白粉病 抗病机理和分子标记辅助选择育种提供了理论依据。 为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案为： -种新型黄瓜SNP分子标记，所述分子标记的标号为SLAF7695,其核巧酸序列为 本专利技术具有W下有益效果： 有助于黄瓜白粉病抗性基因定位，为黄瓜白粉病抗性育种中的分子标记辅助选择 提供依据。【附图说明】 图1为本专利技术实施例新型黄瓜SNP分子标记的核巧酸序列表。图2为本专利技术实施例中SLAF标签在染色体上的分布图。 图3为本专利技术实施例中第1染色体上深度分布图。图4为本专利技术实施例中多态性标记在各染色体上的分布图。 图5为本专利技术实施例中差异标记在各染色体上的分布图。图6为本专利技术实施例中第1染色体上差异比值整体分布图。 图7为本专利技术实施例中第1染色体差异标记遗传图。【具体实施方式】[001引为了使本专利技术的目的及优点更加清楚明白，W下结合实施例对本专利技术进行进一步 详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用W解释本专利技术，并不用于限定本发 明。 图1为本专利技术实施例中分子标记的核巧酸序列表，其中两对引物分别是： F； 5'ATGGAGACGACATTGGAAACG3' 580 R； 5'ATGGAAAAGTGAGTCCGTGA3' 1367 本专利技术实施例中W抗病材料BK2为父本、感病材料H136为母本，根据其接种白粉 病后的抗/感表现，利用BSA法在前期构建的F2群体中，挑取50个抗白粉病和感白粉病的 家系组成抗/感白粉病池。材料均种植于浙江省农业科学院杨渡试验基地。将亲本BK2、 化36及F2群体株系在可调控温度、湿度的智能温室内盆栽。于黄瓜幼苗一叶一屯、期，采用 喷雾接种法，接种浓度为1X104-1X1〇6个抱子/ml。接种后每S天观察、记录一次发病情 况，共记录15天。然后根据抗/感白粉病的表现型结果，挑取高抗和高感的家系各50个组 成抗/感白粉病池。[002引实施例 取两叶一屯、期的材料嫩叶，采用改良的SDS法提取其基因组DM,稀释至60ng/ y心经1%琼脂糖电泳检测浓度。利用酶切预测软件SLAF_Predict系统分析黄瓜基因组， 根据其GC含量、重复序列和基因特点等确定酶切方案、切胶范围及测序量，W保证分子标 记的密度和均匀性。分别取基因组DNA各500ng，加0.抓Mse I(肥B，Hitchin，Hei~ts，UK)、T4DNA连 接酶（肥B)、ATP(肥B)和Mse I接头（肥B)在37°C下反应15h，65°C退火比，然后加限制性 内切酶Hae III和Bfa I在37°C下反应化。反应结束后用如ick Spin column(Qiagen) 纯化酶切产物，并用33yL邸回溶。W回收的酶切产物为模板进行PCR反应，反应体 系25yL，包括模板DNA 100ng、10Xbuffer 2. 5yL、2. 5mmol/L、dNTP 2yL、5U/yL的 Taq DM合成酶（肥B)0. 3yL、10ymol/L Msel引物2yL、d地20加至25yL。PCR产物经 E. Z. N.A.切cle Pure Kit(Omega)纯化后，加入Mse I、T4 DM连接酶、ATP及Solexa接头， 37°C下反应化。利用Quick Spin Column Qiagen)纯化产物，2%琼脂糖胶电泳。利用Gel Extraction Kit (Qiagen)回收琼脂糖胶中230-250bp的条带，并W其为模板，在含化usion Master Mix(肥B)和Solexa引物混合物中进行PCR扩增，扩增产物经纯化后用Illumina GAIIx(mumina，San Diego, CA，USA)测序。 每个样品的测序有效数据量需达到50, 000个W上，测序深度5XW上。利用软件 SLAF_Poly.pi.对测序结果进行识别和低质量过滤，得到有效原始DNA序列数据，再利用比 对软件BLAT将各样品有效数据分别进行相似度聚类，并通过深度识别，纠正测序错误，得 到各样品有效序列。 参考基因组为黄瓜参考基因组，基因组组装为染色体，基因组经酶切处理打断为 多个小片段，每个片段相当于一个标记位点，同一位点reads序列通过相似性聚类，形成一 个group;group中高深度片段即为潜在基因型，低深度片段可能是测序错误，通过纠错策 略对低深度片段进行纠正，最终获得具有1个或多个等位基因的SLAF标签。根据SLAF标 签的基因组定位结果，统计SLAF标签在各染色体上的数量，绘制SLAF标签在染色体上的分 布图。[002引对得到的SLAF标签，根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析，获 得多态性标记的类型和数量，对获得的多态性标记根据定位结果，统计其在各染色体上的 分布情况。 对获得的多态性标记进行亲本数据标准化，根据亲本测序深度确定等位基因的亲 本来源，选取一种基因型来源于P(H136)，另一种基因型来源于M炬K2)的多态性标记。分别 计算两个群体aa、油（感池、抗池）中来源于不同基因型的差异比值（Ratio),根据Ratio_ aa> = 1与Ratio_ab> = 3筛选差异标记，获得差异标记及其在染色体上的数量分布。 差异比值计算方法如下：Maa表示aa群体来源于M的深度；Paa表示aa群体来源于P的深度；Mab表示油 体来源于M的本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种新型黄瓜SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记的标号为SLAF7695，其核苷酸序列为TACAATTACACCGTCTAAGTTTTTTATTATTAAAATTCAGCCTAAATAAAATTGAGCTCTCAAACTTTTACTATGGAAAAATTTCTAATATTGTGCAATAACTTATTTGCCAAACACGTTCTTCTTTGTAGGACATAACTTACTTTTAAAATTAAACATTTGAAAAGTTAAACTAAACGCATCCTGAATTTAACGGTTTTATACTTTTTATCATTTGAGGTTTAGTTTCTGCAATTATGATAAGGGCAAGGGTCTAGTTTTAATATTTGCATGAATTTAAAGATTCAATTTTTAAGTTTAAGCATATAATTGCAACGGTGATCATTTTAGGAGTGATTTAGATTTTACGATTTCTATTAAGAAAAGAATAAAAACTAAAGAACCAAAAACAAGCTAATTAAGTTCTTGGGAGTTCTAAAAATGGATTCCCTCAACAACAAAGCTCAAATGATAAAAAGCCTCACACACAAATTCCAATTCCCCACATTATCATCAATCAAACAATCGACAACGACGAAGATGGAAGCGGTGCAACGACGACAGTACTTGGGAGCGGCACGGGGACAGAGGATGAAGAGGATGGAGACGACATTGGAAACGATTAAAGAAATAAGATCTCCGAGAGAAAGAGTGGTTGAAGCAACAAAAATGTGGAAGAAATCAGTGAAGAAATGGTGGAAAAACAATGGAGAGAATAAGAGGAAAGGTGGTAGAGTTGCAAAATACAAATTATATGATTTGAATTCTTCAAAACTCAAGATTTCCATCAACAATGGCTTCAAATGGATGAAGAACAACAAATGTTGACAGTTCCATCTCTTC[A/T]TTTTTAAACATCAAACAACCTGAGATTTCTTTGATTAATTAATTCATGTCCACAATTAATTACTTAATTATTTTGTAGATTTATGTAGTCAATACAAAATCAACTAAATGTATATTCTTGTATGTTTTATTCTATACTACTAATTACTCTATTTGTACACTCACTTCCATGTGTATCATTCATACATTATTTATATTCAACCTATTTTTTTAGTATTAGCCAAGCTCACTTTTGTTATTAATCCTAAAGATAATCATACAACAAATGAAGGTATATAATATAATTTTATATTTAATTGATACGATATGAACTATATATATTGTAGGCAGAAAAAAGAACAAAATAGCAAACATACCAACAATAAAAATAAATAATTATAGGAGTTATATTATATTGTGTTCAATTTTACGTTATTTTGTTTGAAATTGTCCTGAGAAACATGTAAGAAAAAAAAATCAATTCATAAACACTATGTTCAATTTTTGTGAAATAATTAATCTCTTATCTTAATAAAGATCTAATGTCACGGACTCACTTTTCCATATTTCGAAATCAAAATTGCTACAATCACAATAGG。...
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：张鹏，周胜军，朱育强，陈丽萍，
申请(专利权)人：浙江省农业科学院，
类型：发明
国别省市：浙江;33
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