一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列、优化方法与应用技术

本发明专利技术公开了一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列、优化方法与应用。属于基因工程技术领域。优化步骤：（1）对野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列进行初步优化；（2）将宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽序列进行优化；（3）将人IgG1‑Fc核苷酸序列进行优化；（4）将步骤（2）优化后的宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽核苷酸序列、步骤（1）得到的初步优化新型冠状病毒RBD核苷酸序列、连接子核苷酸序列和步骤（3）优化后的人IgG1‑Fc核苷酸序列依次连接即可。与现有技术相比，本发明专利技术的有益效果：产生的克隆表达效率比野生新型冠状病毒RBD序列提高了约12倍，比中国仓鼠密码子偏性优化序列克隆表达效率提高了2倍。

A novel coronavirus RBD nucleotide sequence, optimization method and Application

【技术实现步骤摘要】
一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列、优化方法与应用
本专利技术涉及基因工程
，更具体的说是涉及一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列、优化方法与应用。
技术介绍
冠状病毒是一类具有囊膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒，是自然界广泛存在的一大类病毒。冠状病毒仅感染脊椎动物，与人和动物的多种疾病有关，可引起人和动物呼吸系统、消化系统和神经系统疾病。新型冠状病毒SARS-CoV-2成为继HCoV-229E、HCoV-OC43、HCoV-NL63、HCoV-HKU1、SARS-CoV、MERS-CoV后感染人类的第7种冠状病毒。作为新突发传染病，针对新型冠状病毒肺炎，临床上尚无特异性治疗的药物，疫苗作为预防病毒性疾病最根本方法，是寄予希望的最有效途径。新型冠状病毒的突刺蛋白(S)的受体结合域(RBD)，是病毒进入宿主细胞的关键部位，RBD蛋白可以和细胞的ACE2受体相互作用，打开细胞表面通道，使病毒颗粒得以进入细胞内，完成病毒入侵过程。据分析，大多数中和抗体都和RBD序列相关。作为疫苗抗原的蛋白，其免疫原性和多肽高级结构有密切联本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，包括如下步骤：/n（1）在野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列的基础上做如下优化，得到初步优化新型冠状病毒RBD核苷酸序列：/n（11）在5’端编码序列全长1/9~1/2部分采用低GC含量的同类氨基酸密码子替换原密码子，使上游240bp序列中GC含量低于40%；/n（12）在3’端编码序列全长1/9~1/2部分采用高GC含量的同类氨基酸密码子替换原密码子，使下游240bp序列中GC含量高于50%；/n（13）分析宿主细胞密码子偏性并应用于编码序列的密码子优化；/n（14）在野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列前插入核苷酸序列：GTTAGAT...

【技术特征摘要】
1.一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，包括如下步骤：
（1）在野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列的基础上做如下优化，得到初步优化新型冠状病毒RBD核苷酸序列：
（11）在5’端编码序列全长1/9~1/2部分采用低GC含量的同类氨基酸密码子替换原密码子，使上游240bp序列中GC含量低于40%；
（12）在3’端编码序列全长1/9~1/2部分采用高GC含量的同类氨基酸密码子替换原密码子，使下游240bp序列中GC含量高于50%；
（13）分析宿主细胞密码子偏性并应用于编码序列的密码子优化；
（14）在野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列前插入核苷酸序列：GTTAGATTCCCA；
所述野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列如下：
5’-cagGCTAGCCCACCatgaatattacaaacttgtgcccttttggtgaagtttttaacgccaccagatttgcatctgtttatgcttggaacaggaagagaatcagcaactgtgttgctgattattctgtcctatataattccgcatcattttccacttttaagtgttatggagtgtctcctactaaattaaatgatctctgctttactaatgtctatgcagattcatttgtaattagaggtgatgaagtcagacaaatcgctccagggcaaactggaaagattgctgattataattataaattaccagatgattttacaggctgcgttatagcttggaattctaacaatcttgattctaaggttggtggtaattataattacctgtatagattgtttaggaagtctaatctcaaaccttttgagagagatatttcaactgaaatctatcaggccggtagcacaccttgtaatggtgttgaaggttttaattgttactttcctttacaatcatatggtttccaacccactaatggtgttggttaccaaccatacagagtagtagtactttcttttgaacttctacatgcaccagcaactgtttaaGCGGCCGCaaa-3’；SEQIDNO.1；
其中，下划线部分为酶切位点，斜体为KOZAK序列；
（2）将宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽序列进行优化；
（3）将人IgG1-Fc核苷酸序列进行优化；
（4）将步骤（2）优化后的宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽核苷酸序列、步骤（1）得到的初步优化新型冠状病毒RBD核苷酸序列、连接子核苷酸序列和步骤（3）优化后的人IgG1-Fc核苷酸序列依次连接即可。


2.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，步骤（11）所述低GC含量的同类氨基酸密码子包括：GCU、GCA、AUU、AUA、UUA、UUG、CUU、CUA、GUA、GUU、UUU、UGG、UAU、AAU、UGU、CAA、AUG、AGU、UCA、UCU、ACA、ACU、CGA、CGU、AGA、CAU、AAA、GAU、GAA、GGA,GGU、CCA和CCU。


3.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，步骤（12）所述高GC含量的同类氨基酸密码子包括：GCC、GCG、AUC、CUC、CUG、GUG、GUC、UUC、UGG、UAC、AAC、UGC、CAG、AUG、AGC、UCG、UCC、ACG、ACC、CGG、CGC、CGU、AGG、CAC、AAG、GAC、GAG、GGG、GGC、CCG、CCC、UAG和UGA。


4.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，步骤（1）、步骤（2）所述宿主细胞为中国仓鼠CHO细胞。


5.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，步骤（2）所述宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽序列为中国仓鼠ALB序列中的信号肽，其氨基酸序列如下：
MKWVTFLLLLFVSDSAFS；SEQIDNO.2；
步骤（2）优化后的宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽核苷酸序列如下：
atgaaatgggttactttcttattattattgtttgtatctgattctgctttttca；SEQIDNO.3。


6.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，所述连接子核苷酸序列如下：
gtgggttcttctggtggtggtggttctggttctggtggtggtggttctggtggtggt；SEQIDNO.4。


7.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列优化方法，其特征在于，步骤（3）优化后的人IgG1-Fc核苷酸序列如下：
gctgttttagctagatatagaggtagaccagatccagaagaaccaaaatcttgtgataaaacccatacctgtccaccatgtccagctccagaattattaggtggtccatctgtttttttatttccaccaaaaccaaaagataccttaatgatttctag...

【专利技术属性】
技术研发人员：阮承迈，高辉，张艳，
申请(专利权)人：天津中逸安健生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12