【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于中国仓鼠卵巢细胞基因工程改造的HTP平台相关申请案的交叉参考本申请案主张2018年3月20日申请的第62/645,708号美国临时申请案的优先权，所述申请案在此以全文引用的方式并入。关于序列表的表述以文本格式代替纸本拷贝提供与本申请案相关的序列表，并且在此以引用的方式并入本说明书中。含有序列表的文本文件的名称是：ZYMR_024_01WO_SeqList_ST25.txt。文本文件为约98KB，在2019年3月20日创建，并且通过EFS-Web以电子方式提交。
本公开涉及用于改良CHO细胞中治疗蛋白的产生的高通量(HTP)基因组工程改造平台。所公开的HTP基因组工程改造平台由计算机驱动并且整合分子生物学、自动化和先进机器学习方案。
技术介绍
中国仓鼠卵巢(Chinesehamsterovary；CHO)细胞代表用于重组蛋白治疗剂的工业制造的最频繁应用的宿主细胞系统。CHO细胞能够生产以克量展现类人类翻译后修改的高品质生物制品。鉴于此，CHO细胞中产生的治疗蛋白需求量极高并不出人意料。因此，...
【技术保护点】
1.一种用于改良免疫球蛋白表达的HTP方法，其包含：/na.提供宿主细胞内源性的细胞路径目标基因和包含展现不同表达谱的多个启动子的启动子梯；/nb.工程改造所述宿主细胞的基因组，以产生包含多个宿主细胞的初始启动子交换宿主细胞库，其中所述多个宿主细胞包含个别宿主细胞，所述个别宿主细胞包含与可操作地连接到所述目标基因的所述启动子梯不同的启动子；以及/nc.针对所关注的免疫球蛋白和/或所述宿主细胞的表型特征筛选所述初始启动子交换宿主细胞库的细胞。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180320 US 62/645,7081.一种用于改良免疫球蛋白表达的HTP方法，其包含：
a.提供宿主细胞内源性的细胞路径目标基因和包含展现不同表达谱的多个启动子的启动子梯；
b.工程改造所述宿主细胞的基因组，以产生包含多个宿主细胞的初始启动子交换宿主细胞库，其中所述多个宿主细胞包含个别宿主细胞，所述个别宿主细胞包含与可操作地连接到所述目标基因的所述启动子梯不同的启动子；以及
c.针对所关注的免疫球蛋白和/或所述宿主细胞的表型特征筛选所述初始启动子交换宿主细胞库的细胞。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述宿主细胞是哺乳动物细胞。
3.根据权利要求1至2中任一权利要求所述的方法，其中所述宿主细胞是鼠类细胞。
4.根据权利要求1至3中任一权利要求所述的方法，其中所述宿主细胞是中国仓鼠卵巢细胞。
5.根据权利要求1至4中任一权利要求所述的方法，其中所述目标基因编码具有选自由以下组成的群组的功能的分子：分泌、蛋白质转运、应激反应、糖基化、细胞凋亡、未折叠蛋白质反应、蛋白质折叠、ER相关的降解和代谢。
6.根据权利要求1至5中任一权利要求所述的方法，其中所述目标基因编码选自由以下组成的群组的分子：SRP14、SRP9、SRP54、XBP-1、bcl-2、IGF1、COSMC、FUT8、BCL2、BAK、ATF6、PERK、IRE1α、BiP/GRP78(HSP70)、Dnajb9(ERdj4/HSP40)和LDHA。
7.根据权利要求1至6中任一权利要求所述的方法，其中所述启动子梯包含至少两个选自由以下组成的群组的启动子：CMV、EF1α、SV40、RSV和PGK。
8.根据权利要求1至7中任一权利要求所述的方法，其中所述启动子梯包含至少两个具有选自由SEQIDNO1-5组成的群组的核苷酸序列的启动子。
9.根据权利要求1至8中任一权利要求所述的方法，其中所述免疫球蛋白选自由以下组成的群组：IgG、IgM、IgA、IgE和IgD。
10.根据权利要求1至9中任一权利要求所述的方法，其中所述免疫球蛋白选自由以下组成的群组：IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。
11.根据权利要求1至10中任一权利要求所述的方法，其中工程改造所述宿主细胞的所述基因组包含使用CRISPR相容性核酸内切酶和相关gRNA来靶向并且裂解所述目标基因上游的所述宿主细胞基因组。
12.根据权利要求11所述的方法，其进一步包含通过同源重组来插入来自所述启动子梯的启动子。
13.根据权利要求1至12中任一权利要求所述的方法，其中针对所关注的免疫球蛋白的表型特征筛选所述初始启动子交换宿主细胞库的细胞包含确认或表征以下：所述所关注的免疫球蛋白的效价、N端裂解和/或糖基化模式。
14.根据权利要求1至13中任一权利要求所述的方法，其中针对所述宿主细胞的表型特征筛选所述初始启动子交换宿主细胞库的细胞包含确认或表征以下中的一或多个：细胞生长、培养期间的细胞存活模式、细胞密度和每天每个细胞产生的免疫球蛋白的细胞比生产率。
15.根据权利要求1至14中任一权利要求所述的方法，其中提供超过一个细胞路径目标基因。
16.根据权利要求1至15中任一权利要求所述的方法，其中重复步骤a)-c)。
17.根据权利要求1至16中任一权利要求所述的方法，其进一步包含：
d.提供后续多个宿主细胞，所述后续多个宿主细胞各自包含选自存在于前述步骤中所筛选的至少两个个别宿主细胞中的基因变异的基因变异的独特组合，从而产生后续启动子交换宿主细胞库。
18.根据权利要求1至16中任一权利要求所述的方法，其进一步包含：
d.提供后续多个宿主细胞，所述后续多个宿主细胞各自包含选自存在于前述步骤中所筛选的至少两个个别宿主细胞中的基因变异的基因变异的独特组合，从而产生后续启动子交换宿主细胞库；以及
e.针对所关注的免疫球蛋白和/或所述宿主细胞的表型特征筛选所述后续启动子交换宿主细胞库的个别宿主细胞。
19.根据权利要求1至16中任一权利要求所述的方法，其进一步包含：
d.提供后续多个宿主细胞，所述后续多个宿主细胞各自包含选自存在于前述步骤中所筛选的至少两个个别宿主细胞中的基因变异的基因变异的独特组合，从而产生后续启动子交换宿主细胞库；
e.针对所关注的免疫球蛋白和/或所述宿主细胞的表型特征筛选所述后续启动子交换宿主细胞库的个别宿主细胞；以及
f.将步骤d)-e)重复进行一或多次。
20.一种宿主细胞群体，其由根据权利要求1至19中任一权利要求所述的方法衍生。
21.一种用于改良所关注的产物的表达的HTP方法，其包含：
a.提供宿主...
【专利技术属性】
技术研发人员：K·卡夫，A·辛格，
申请(专利权)人：齐默尔根公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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