HPV疫苗制造技术

本发明专利技术涉及一种核酸，其编码包含多个保守肽序列或其变体的多肽，其中所述保守序列在一个或多个HPV基因型16、18、31、52、53和58中是保守的；并且其中所述多肽包含HPV蛋白质E1、E2、E4、E5、E6和E7中的每一种的保守肽序列；并且涉及相关的疫苗、病毒载体、治疗和预防。

HPV vaccine

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】HPV疫苗
本专利技术涉及用于对HPV感染疫苗接种的病毒载体疫苗。
技术介绍
人乳头瘤病毒感染是一种由人乳头瘤病毒(HPV)引起的感染。大多数HPV感染不引起症状且自发解决。然而，在一些情况下，它们持续存在并且这可能导致出现疣或癌前病变。癌前病变增加子宫颈、阴门、阴道、阴茎、肛门、口腔或咽喉癌的风险。全世界每年发生约50万例HPV引起的子宫颈癌，并且这些中的一半以上是致命的。大约85％的病例发生在低/中收入国家，在这些国家，可用治疗有限或没有可用治疗。未接受过预防性疫苗的女性需要每3年进行一次筛查以识别和治疗宫颈上皮内瘤变(CIN)。筛查每年花费英国国家医疗服务体系约1.75亿英镑。针对CIN的当前疗法是通过电灼术或外科手术切除异常的宫颈组织。当前不存在可用于消除HPV病毒感染的疗法。女性在治疗之后需要多次随访以确保没有复发。疗法还与早产风险增加有关。已经开发出用于现有HPV感染疗法的HPV疫苗包括Inovio-VGX-3100(编码E6、E7的DNA)，类似于Genexine(GX-188E)；编码E2、E6、E7融合蛋白的Janssen-Ad26/Ad35+/-MVA；合成长肽(E6、E7)和类似物，例如PepCan，GTL001；Advaxis-ADXS-HPV；以及编码E7的单核细胞性李斯特菌。然而，这类开发出的疫苗仅针对HPV16和18，具有安全性问题和/或功效低。例如，在IIb期随机对照试验中，VGX-3100的净功效是18％(疫苗组中的48％对安慰剂组中的30％)。>
技术实现思路
所需要的是一种安全、易于递送并且具有比迄今测试的治疗性疫苗候选物更高的功效的疫苗。因此，本专利技术的目的是提供一种针对HPV感染的改善疫苗。根据本专利技术的第一方面，提供了一种核酸，其编码包含多个保守肽序列或其变体的多肽，其中所述保守序列在一个或多个HPV基因型16、18、31、52、53和58中是保守的；并且其中所述多肽包含HPV蛋白质E1、E2、E4、E5、E6和E7中的每一种的保守肽序列。本专利技术有利地提供了一种新型的替代且更安全的疫苗接种方法，由此可以将T细胞诱导至病毒体相对保守的抗原。使用来自非结构蛋白的专门设计的保守病毒区段可以提供针对多种重要基因型的保护。在一个实施方式中，多肽是融合多肽。多肽可以不是野生型多肽。多肽可以是合成的/人工的，例如，多肽可能不在自然界中存在。在一个实施方式中，多肽可以不包含完整的基因序列。多肽可以基本上由保守肽序列组成。在另一个实施方式中，多肽可以基本上由保守肽序列和肽佐剂序列组成。在另一个实施方式中，多肽可以基本上由保守肽序列和其间的一个或多个接头组成。在另一个实施方式中，多肽可以基本上由保守肽序列、肽佐剂序列和其间的一个或多个接头组成。在一个实施方式中，多肽是重组多肽，诸如重组融合多肽。本文所用的术语“融合多肽”应理解为意指包含衍生自不同基因产物(例如不同的HPV蛋白)的序列的组合或来自相同基因产物(例如单一HPV蛋白)的序列的组合的多肽，其中这些序列来自野生型基因产物的不同/单独的区域。例如，融合多肽可以包含通常被野生型中的其它序列区段分开的序列的组合，并且已经移除了一个或多个分离序列。本文所用的术语“保守肽序列”或“保守区段”定义为在一个或多个基因型中保守的序列，如下文所定义。在评估保守性之前，从NCBI蛋白质数据库(2014年访问)中收集了来自基因型16、18、31、52、53和58的HPV蛋白E1、E2、E4、E5、E6和E7的所有可用全长序列并且用作本专利技术方法的输入。使用所有可用序列以确保所选的保守肽序列将等效地代表整个环境种群(参见表1)。使用‘变体’方法识别(图1A)保守肽序列；在保守评估之前，将所有基因型比对并且加权每个基因型内的序列以确保基因型多样性的等效代表并因此确保疫苗候选物代表整个环境种群。然后使用15个氨基酸的滑动窗口评估基因型内的保守性(基因型内保守性)，从而根据组合窗口内的氨基酸普遍性和对每个序列的值加权来确定每个窗口的保守值，以识别在每个基因型内保守的片段，以及针对每个窗口创建的标准化基因型内共有序列。‘标准化共有序列’意指代表基因型序列的加权集合的氨基酸序列，而不是每个位置上最常见的氨基酸。要被分类为保守，该窗口必须在蛋白质的所有窗口保守值的第一个四分位数内具有保守值。随后，识别所有基因型中相同位置处的保守基因型内窗口，而与基因型之间共享的基因型内标准化共有序列的同一性百分比无关(基因型间保守)。然后创建所得区域的系统发育并且组合树内群序列以产生具有高水平共享的共有同一性的基因型间共有序列。在此情况下，“基因型间共有序列”是指使用从每个基因型创建的标准化共有序列创建的共有序列。在某些情况下，创建‘经修饰变体’，其中识别了在所有蛋白质中处于相同位置的保守基因型内窗口，这些基因型内窗口在基因型之间共有大于60％共享的基因型内标准化共有序列同一性百分比。如果从树内群中识别出的血清型间片段具有小于60％的同一性百分比，则这些序列被分类为“高度差异的”，与变体方法中使用的“差异较小”序列形成对比。对于基因型之间高度差异的蛋白质，使用“嵌合”方法识别保守肽序列(图1B)；建立系统发育树且仅将基因型内群在一起比对，并且评估基因型内保守性。因此，仅评估内群之间的基因型间保守性并且选择基因型中具有大于60％共享的共有同一性的血清型内保守窗口。在一些情况下，基因型作为‘嵌合体’运行，但未评估基因间保守性(‘嵌合变体’)。所述多个保守肽序列可以包含10个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含15个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含20个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含25个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含30个或更多个保守肽序列。所述多个保守序列可以包含35个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含40个或更多个保守肽序列。所述多个保守肽序列可以包含45个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含50个或更多个保守肽序列。在另一个实施方式中，所述多个保守肽序列可以包含55个或更多个保守肽序列。在一个实施方式中，所述多个保守肽序列由约56个或更多个保守肽序列组成。在一个实施方式中，所述多个保守肽序列由约57个或更多个保守肽序列组成。在一个实施方式中，所述多个保守肽序列由约58个或更多个保守肽序列组成。在一个实施方式中，所述多个保守肽序列由约59个或更多个保守肽序列组成。在一个实施方式中，所述多个保守肽序列由约59个保守肽序列组成。经编码的多肽可以包含HPV蛋白质E1、E2、E4、E5、E6和E7中的每一种的至少3个不同的保守肽序列。经编码的多肽可以包含HPV蛋白质E1的至少3个不同的保守肽序列。经编码的多肽可以包含HPV蛋白质E2的至少3个不同的保守肽序列。经编码的多肽可以包含HPV蛋白质E4的至少3个不同的保守肽序列。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种核酸，其编码包含多个保守肽序列或其变体的多肽，/n其中所述保守序列在一个或多个HPV基因型16、18、31、52、53和58中是保守的；并且/n其中所述多肽包含HPV蛋白质E1、E2、E4、E5、E6和E7中的每一种的保守肽序列。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170816 GB 1713163.21.一种核酸，其编码包含多个保守肽序列或其变体的多肽，
其中所述保守序列在一个或多个HPV基因型16、18、31、52、53和58中是保守的；并且
其中所述多肽包含HPV蛋白质E1、E2、E4、E5、E6和E7中的每一种的保守肽序列。


2.根据权利要求1所述的核酸，其中所述多肽是融合多肽。


3.根据权利要求1或权利要求2所述的核酸，其中所述多肽不包含完整的基因序列。


4.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述多肽基本上由保守肽序列、肽佐剂序列和其间的一个或多个接头组成。


5.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述多个保守肽序列包含10个或更多个保守肽序列。


6.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述多个保守肽序列包含40个或更多个保守肽序列。


7.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中经编码的多肽包含HPV蛋白质E1、E2、E4、E5、E6和E7中的每一种的至少3个不同的保守肽序列。


8.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述多个保守肽序列衍生自相对于彼此不同的序列区域并且在野生型中不天然地同时存在。


9.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中接头残基设置在一个或多个、或全部保守肽序列之间。


10.根据权利要求9所述的核酸，其中所述接头包含K、G、P或S氨基酸残基或其组合、或由以上组成。


11.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述保守肽序列选自以任何顺序包含SEQIDNO:1至59；其变体或其组合的组中的任一种。


12.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述多肽包含选自SEQIDNO:1-11中的任一种的一个或多个保守E1序列；选自SEQIDNO:12-35中的任一种的一个或多个保守E2序列；选自SEQIDNO:36-44中的任一种的一个或多个保守E4序列；选自SEQIDNO:45-47中的任一种的一个或多个保守E5序列；选自SEQIDNO:48-55中的任一种的一个或多个保守E6序列；以及选自SEQIDNO:56-59中的任一种的一个或多个保守E7序列。


13.根据任一前述权利要求所述的核酸，其中所述多肽包含：
选自SEQIDNO:1-11中的任一种的一个或多个保守E1序列，其中所述基因型16、18、31、52、53和58中的每一种由至少一个保守E1序列表示；
选自SEQIDNO:12-35中的任一种的一个或多个保守E2序列，其中所述基因型16、18、31、52、53和58中的每一种由至少一个保守E2序列表示；
选自SEQIDNO:36-44中的任一种的一个或多个保守E4序列，其中所述基因型16、18、31、52、53和58中的每一种由至少一个保守E4序列表示；
选自SEQIDNO:45-47中的任一种的一个或多个保守E5序列，其中所述基因型16、18、31、52、53和58中的每一种由至少一个保守E5序列表示；
选自SEQIDNO:48-55中的任一种的一个或多个保守E6序列，其中所述基因型16、18、31、52、53和58中的每一种由至少一个保守E6序列表示；和
选自SEQIDNO:56-59中的任一种的一个或多个保守E7序列，其中所述基因型16、18、31、52、53和58中的每一种由至少一个保守E7序列表示。


14.根据任一前述权利要求所述的核酸，其中所述多肽包含：
选自SEQIDNO:1-11中的任一种的一个或多个保守E1序列，其中所述基因型16、18、31、52和58中的每一种由至少一个保守E1序列表示；
选自SEQIDNO:12-35中的任一种的一个或多个保守E2序列，其中所述基因型16、18、31、52和58中的每一种由至少一个保守E2序列表示；
选自SEQIDNO:36-44中的任一种的一个或多个保守E4序列，其中所述基因型16、18、31、52和58中的每一种由至少一个保守E4序列表示；
选自SEQIDNO:45-47中的任一种的一个或多个保守E5序列，其中所述基因型16、18、31、52和58中的每一种由至少一个保守E5序列表示；
选自SEQIDNO:48-55中的任一种的一个或多个保守E6序列，其中所述基因型16、18、31、52和58中的每一种由至少一个保守E6序列表示；和
选自SEQIDNO:56-59中的任一种的一个或多个保守E7序列，其中所述基因型16、18、31、52和58中的每一种由至少一个保守E7序列表示。


15.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述核酸包含序列SEQIDNO:60或其变体、或由以上组成；或者
所述核酸包含序列SEQIDNO:60或其变体、或由以上组成，并且不编码TPA前导序列；或者
所述核酸包含序列SEQIDNO:60或其变体、或由以上组成，编码不同/替代的肽佐剂而非所述TPA前导序列；或者
所述核酸包含序列SEQIDNO:65或其变体、或由以上组成。


16.根据任一项前述权利要求所述的核酸，其中所述核酸包含序列SEQIDNO:62或其变体、或由以上组成；或者
所述核酸...

【专利技术属性】
技术研发人员：L·多利尔，J·布莱特，A·雷耶斯桑多瓦尔，
申请(专利权)人：牛津大学创新有限公司，
类型：发明
国别省市：英国;GB