【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】肿瘤相关抗原表位的小型生物群序列变体
本专利技术涉及癌症免疫疗法领域，具体地涉及鉴定人微生物组中人肿瘤相关抗原的表位的细菌序列变体的方法。本专利技术还涉及提供包括人微生物组的这类细菌序列变体的疫苗的方法，并且涉及这类疫苗。而且，本专利技术还提供了用这类疫苗治疗人类个体的方法。
技术介绍
癌症是全世界死亡的主要原因之一。根据世界卫生组织，仅在2012年，全世界报告了1400万新病例和820万癌症相关死亡，预计未来二十年内新癌症病例的数量将增加约70％。到目前为止，全球每年新增病例的60％以上发生在非洲、亚洲和中南美洲。这些地区也占世界癌症死亡的70％。在男性中，五个最常见的癌症部位是肺、前列腺、结肠直肠、胃和肝；而在女性中，五个最常见的癌症部位是乳房、结肠直肠、肺、子宫颈和胃。癌症长期以来利用手术、放射疗法、细胞毒性化学疗法和内分泌操作来管理，其通常按顺序组合以便最好地控制疾病。然而，这些标准疗法的真实功效的主要限制是它们的不精确特异性，其导致治疗引起的正常组织的附带损害、低治愈率和内在抗药性。在过去的几年中，...
【技术保护点】
1.一种鉴定肿瘤相关抗原表位序列的小型生物群序列变体的方法，所述方法包括以下步骤：/n(i)选择感兴趣的肿瘤相关抗原，/n(ii)鉴定选自步骤(i)中的所述肿瘤相关抗原中包括的至少一个表位并确定其序列，和/n(iii)鉴定步骤(ii)中鉴定的表位序列的至少一种小型生物群序列变体。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171009 EP 17195520.6;20171009 EP PCT/EP2017/07561.一种鉴定肿瘤相关抗原表位序列的小型生物群序列变体的方法，所述方法包括以下步骤：
(i)选择感兴趣的肿瘤相关抗原，
(ii)鉴定选自步骤(i)中的所述肿瘤相关抗原中包括的至少一个表位并确定其序列，和
(iii)鉴定步骤(ii)中鉴定的表位序列的至少一种小型生物群序列变体。
2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(iii)包括
—比较步骤(ii)中选择的表位序列与一个或多个小型生物群序列，和
—鉴定所述一个或多个小型生物群序列是否包含所述表位序列的一个或多个小型生物群序列变体。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述小型生物群序列变体与肿瘤相关抗原表位序列共享至少50％的序列同一性。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述小型生物群序列变体为人小型生物群序列变体，并且其中所述肿瘤相关抗原为人肿瘤相关抗原。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述小型生物群序列变体选自细菌序列变体、古细菌序列变体、原生生物序列变体、真菌序列变体和病毒序列变体。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述小型生物群序列变体是细菌序列变体或古细菌序列变体。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述小型生物群序列变体是肠道的小型生物群序列变体。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述小型生物群序列变体是肠道细菌序列变体。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述小型生物群序列变体是肽。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述肽具有8-12个氨基酸，优选地8-10个氨基酸，最优选地9或10个氨基酸的长度。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述小型生物群序列变体与肿瘤相关抗原表位序列共享至少70％，优选地至少75％的序列同一性。
12.根据权利要求9-11中任一项所述的方法，其中所述小型生物群序列变体的核心序列与所述肿瘤相关抗原表位序列的核心序列同一，其中所述核心序列由除了三个最N-末端和三个最C-末端氨基酸以外的所有氨基酸组成。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中在步骤(ii)中鉴定的所述肿瘤相关抗原表位可结合MHCI。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中在步骤(iii)中的所述小型生物群序列变体基于小型生物群数据库鉴定。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述小型生物群数据库包括多个个体的小型生物群数据。
16.根据权利要求14所述的方法，其中所述小型生物群数据库包括单个个体的小型生物群数据，而不是多个个体的小型生物群数据。
17.根据权利要求14-16中任一项所述的方法，其中步骤(iii)包括下面的子步骤：
(iii-a)任选地，从(a)单个个体或多个个体的样品中鉴定小型生物群蛋白质序列或核酸序列，
(iii-b)编译包含单个个体或多个个体的小型生物群蛋白质序列或核酸序列的数据库，和
(iii-c)鉴定在步骤(iii-b)中编译的数据库中在步骤(ii)中鉴定的表位序列的至少一种小型生物群序列变体。
18.根据权利要求17所述的方法，其中步骤(iii-a)中的所述样品是粪便样品。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括以下步骤：
(iv)测试至少一种小型生物群序列变体与MHC分子，特别是MHCI分子的结合，并获得结合亲和力。
20.根据权利要求19所述的方法，其中步骤(iv)进一步包括测试所述(各自的参考)表位与MHC分子，特别是MHCI分子的结合，并获得结合亲和力。
21.根据权利要求20所述的方法，其中步骤(iv)进一步包括比较小型生物群序列变体和各自的参考表位获得的结合亲和力，并且选择与它们各自的参考表位相比，具有与MHC更高的结合亲和力的小型生物群序列变体。
22.根据权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括以下步骤：
(v)确定包含小型生物群序列变体的小型生物群蛋白质的细胞定位。
23.根据权利要求22所述的方法，其中步骤(v)进一步包括鉴定含有小型生物群序列变体的小型生物群蛋白的序列，优选在确定细胞定位之前。
24.根据权利要求19-23中任一项所述的方法，其中所述方法包括步骤(iv)和步骤(v)。
25.根据权利要求24所述的方法，其中步骤(v)在步骤(iv)之后，或其中步骤(iv)在步骤(v)之后。
26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括以下步骤：
(vi)测试所述小型生物群序列变体的免疫原性。
27.根据权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括以下步骤：
(vii)测试所述小型生物群序列变体的细胞毒性。
28.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述肿瘤相关抗原表位序列是SEQIDNO：1-5、55-65和126-131中任一个所陈述的序列。
29.根据权利要求29所述的方法，其中所述肿瘤相关抗原表位序列是SEQIDNO：1中所陈述的序列。
30.一种肿瘤相关抗原表位序列的小型生物群序列变体，其优选地通过根据权利要求1-29所述的方法可获得。
31.根据权利要求30所述的小型生物群序列变体，其中所述小型生物群序列变体是(细菌)肽，其优选地具有8-12个氨基酸，更优选地8-10个氨基酸，最优选地9或10个氨基酸的长度。
32.根据权利要求31...
【专利技术属性】
技术研发人员：L·切恩，F·斯特鲁齐，C·邦尼，A·塞尔维诺，C·蒙德斯，
申请(专利权)人：恩特罗姆公司，
类型：发明
国别省市：法国;FR
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