与生物靶相关的定量中利用靶相关分子的测序输出确定和分析制造技术

方法和/或系统的实施方案可以包括生成与一种或更多种生物靶相关的靶相关分子(例如，加标(spike‑in)分子)的集合；基于与包含一种或更多种生物靶的一种或更多种样品一起处理靶相关分子的集合来生成一种或更多种加标混合物；对一种或更多种加标混合物进行一个或更多个Sanger测序操作；基于来自一个或更多个Sanger测序操作的色谱相关输出来确定一种或更多种丰度度量；和/或基于一种或更多种丰度度量来促进一种或更多种医学状况的表征。

Determination and analysis of target related molecular sequencing output in target related quantification

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】与生物靶相关的定量中利用靶相关分子的测序输出确定和分析对相关申请的交叉引用本申请要求于2017年8月4日提交的美国临时申请序列号62/541,565的权益，该临时申请通过该引用以其整体并入本文。
本公开内容总体上涉及基因组学的领域。附图简述图1A-1C包括方法的实施方案的变化形式的流程图；图2包括方法的实施方案的变化形式的示意图；图3包括靶序列、靶相关序列和相关引物的具体实例；图4包括包含发夹序列的PCR引物的具体实例；图5A-5E包括在方法的实施方案的变化形式中用包含发夹序列的PCR引物进行扩增的产物的具体实例；图6A-6B包括色谱相关输出和丰度度量的具体实例；图7A-7B包括色谱相关输出和丰度度量的具体实例；图8包括方法的实施方案的变化形式的示意图；图9包括方法的实施方案的变化形式的示意图；图10包括方法的实施方案的变化形式的部分的图示；以及图11包括靶序列和靶相关序列的具体实例；图12A-12B包括来自对方法的实施方案的变化本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于促进由与妊娠女性相关的母体样品进行遗传紊乱的产前诊断的方法，所述方法包括：/n·生成包含第一靶相关序列的靶相关分子的第一集合，所述第一靶相关序列包含：/n·与生物靶的第一靶序列的第一靶序列区域具有序列相似性的第一靶相关区域，其中所述生物靶与所述遗传紊乱相关；以及/n·与靶序列的序列区域具有序列相异性的靶变异区域；/n·基于对所述靶相关分子的第一集合和来自所述母体样品的第一核酸分子进行共扩增来生成共扩增的加标混合物，其中所述第一核酸分子包含所述靶序列区域；/n·对所述共扩增的加标混合物进行Sanger测序以确定至少一个色谱相关输出，所述色谱相关输出包括与所述第一靶相关区域、所述生物靶...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170804 US 62/541,5651.一种用于促进由与妊娠女性相关的母体样品进行遗传紊乱的产前诊断的方法，所述方法包括：
·生成包含第一靶相关序列的靶相关分子的第一集合，所述第一靶相关序列包含：
·与生物靶的第一靶序列的第一靶序列区域具有序列相似性的第一靶相关区域，其中所述生物靶与所述遗传紊乱相关；以及
·与靶序列的序列区域具有序列相异性的靶变异区域；
·基于对所述靶相关分子的第一集合和来自所述母体样品的第一核酸分子进行共扩增来生成共扩增的加标混合物，其中所述第一核酸分子包含所述靶序列区域；
·对所述共扩增的加标混合物进行Sanger测序以确定至少一个色谱相关输出，所述色谱相关输出包括与所述第一靶相关区域、所述生物靶的靶序列区域、所述靶变异区域和所述生物靶的序列区域相关的第一峰；
·确定靶相关丰度度量的第一集合，其中所述靶相关丰度度量的第一集合中的每一个靶相关丰度度量对应于所述第一靶相关序列的碱基和所述第一靶序列的碱基的不同对，其中对于所述不同对中的每一对，确定所述靶相关丰度度量的第一集合包括：
·基于所述至少一个色谱相关输出来确定所述对的所述第一靶相关序列的碱基的峰强度度量；
·基于所述至少一个色谱相关输出来确定所述对的所述第一靶序列的碱基的峰强度度量；以及
·基于所述第一靶相关序列的碱基的所述峰强度度量和所述第一靶序列的碱基的所述峰强度度量来确定所述靶相关丰度度量的第一集合的靶相关丰度度量；
·基于所述靶相关丰度度量的第一集合来确定总体靶相关丰度度量；以及
·基于所述总体靶相关丰度度量和描述生物参考相对于参考相关分子的丰度的参考相关总体丰度度量之间的比较来促进所述遗传紊乱的产前诊断。


2.如权利要求1所述的方法，
·其中所述遗传紊乱包括染色体异常和单基因紊乱中的至少一种，
·其中所述第一靶序列区域与第一染色体和突变中的至少一种相关，
·其中所述生物参考的参考序列区域与第二染色体和所述突变的缺乏中的至少一种相关，并且
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于所述总体靶相关丰度度量和所述参考相关总体丰度度量之间的所述比较来促进所述染色体异常和所述单基因紊乱中的至少一种的产前诊断。


3.如权利要求2所述的方法，其中所述遗传紊乱包括所述染色体异常，其中所述第一靶序列对应于所述第一染色体的第一基因座，其中所述方法还包括：
·生成包含第二靶相关序列的靶相关分子的第二集合，其中所述第二靶相关序列包含：
·与第二靶序列的第二靶序列区域具有序列相似性的第二靶相关区域，
·其中所述第二靶序列对应于所述第一染色体的第二基因座；以及
·基于所述至少一个色谱相关输出来确定靶相关丰度度量的第二集合，其中所述靶相关丰度度量的第二集合中的每一个靶相关丰度度量对应于所述第二靶相关序列的碱基和所述第二靶序列的碱基的不同对，
·其中确定所述总体靶相关丰度度量包括基于所述靶相关丰度度量的第一集合和所述靶相关丰度度量的第二集合来确定所述总体靶相关丰度度量，并且
·其中所述生物参考的参考序列区域与所述第二染色体相关。


4.如权利要求1所述的方法，其中促进产前诊断包括基于胎儿分数测量、所述总体靶相关丰度度量和所述参考相关总体丰度度量来促进所述遗传紊乱的产前诊断。


5.如权利要求1所述的方法，其中与所述靶序列相比，所述靶变异区域包括插入和缺失中的至少一种，其中所述至少一个色谱相关输出包括对应于所述第一峰的对准位置，其中对于所述不同对中的每一对，所述第一靶相关序列的碱基对应于第一对准位置，所述第一对准位置不同于对应于所述第一靶序列的碱基的第二对准位置，并且其中所述至少一个色谱相关输出的所述对准位置包括所述第一对准位置和所述第二对准位置。


6.一种用于促进由包含靶分子的样品进行医学状况的表征的方法，所述方法包括：
·生成包含靶相关序列的靶相关分子的集合，所述靶相关序列包含：
·与生物靶的靶序列的第一靶序列区域具有序列相似性的第一靶相关区域，其中所述生物靶与遗传紊乱相关；以及
·与所述靶序列的序列区域具有序列相异性的靶变异区域；
·基于所述靶相关分子的集合和包含所述靶序列的靶分子进行Sanger测序，以确定至少一个色谱相关输出，所述色谱相关输出包括与所述第一靶相关区域、所述生物靶的第一靶序列区域、所述靶变异区域和所述生物靶的序列区域相关的峰的第一集合；
·基于所述至少一个色谱相关输出的所述峰的第一集合来确定不同碱基对的集合的靶相关丰度度量的集合，其中来自所述不同碱基对的集合的每一个不同碱基对对应于所述靶相关序列的碱基和所述靶序列的碱基的对；以及
·基于所述靶相关丰度度量的集合和描述生物参考相对于参考相关分子的丰度的参考相关丰度度量的集合来促进所述医学状况的表征。


7.如权利要求6所述的方法，其中所述靶变异区域包含相对于所述靶序列的序列区域的取代、插入和缺失中的至少一种，并且其中确定所述靶相关丰度度量的集合包括基于所述峰的第一集合以及所述取代、所述插入和所述缺失中的至少一种来确定所述靶相关丰度度量的集合。


8.如权利要求7所述的方法，其中所述靶变异区域包含所述插入和所述缺失中的至少一种，其中所述至少一个色谱相关输出包括对应于所述峰的第一集合的对准位置，并且其中对于所述不同对中的每一对，确定所述靶相关丰度度量的集合包括：
·基于所述至少一个色谱相关输出，确定所述对的第一靶相关序列的碱基在所述对准位置的第一对准位置处的峰强度度量；
·基于所述至少一个色谱相关输出，确定所述对的第一靶序列的碱基在所述对准位置的第二对准位置处的峰强度度量，其中所述第一对准位置不同于所述第二对准位置，并且其中所述对准位置包括所述第一对准位置和所述第二对准位置；以及
·基于所述靶相关序列的碱基的所述峰强度度量和所述第一靶序列的...

【专利技术属性】
技术研发人员：大卫·曹，乌古斯汗·阿塔伊，
申请(专利权)人：十亿至一公司，
类型：发明
国别省市：美国;US