用于定量生物靶的稀释标签制造技术

用于准确确定生物靶丰度的方法的实施方案可以包括生成与靶序列相关的分子的第一集合，其中所述分子的第一集合包括与相对浓度分布相关的稀释标签的第一集合；生成分子的第二集合，所述分子的第二集合包括与稀释标签的第一集合相关的稀释标签的第二集合；生成加稀释标签的混合物；使用分子的第二集合扩增加稀释标签的遗传靶的子集；从经扩增的子集生成经修饰的加稀释标签的混合物；确定生物样品的包含靶序列的不同分子的计数；和/或确定生物样品中的不同种类(species)的相对浓度的评估，诸如在巨大的动态范围内的评估。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于定量生物靶的稀释标签相关申请的交叉引用本申请要求于2018年8月6日提交的美国临时申请序列号62/715,175的权益，该临时申请通过该引用以其整体并入本文。
本公开内容总体涉及诊断和治疗领域，且更具体地涉及用于准确地定量生物靶的丰度的新的且有用的方法及系统。附图简述图1包括用于确定生物靶丰度的方法的实施方案的变化形式的流程图表示；图2包括用于确定生物靶丰度的方法的实施方案的变化形式的示意性表示；图3包括加稀释标签(dilutiontagging)和确定靶计数的变化形式的示意性表示；图4A-图4C包括加稀释标签和确定靶计数的变化形式的示意性表示；图5A-图5C包括图示了在方法(例如，用于确定生物靶丰度)的实施方案的具体实例中确定生物靶分子的计数(例如，数量等)的图形表示。图5A包括用于在给定靶分子数量的情况下检测稀释标签的存在概率的理论计算的具体实例。假设六个稀释标签(A-F)的浓度以一个数量级连续降低。使用了泊松过程(例如，基于靶分子更可能附接到更高浓度的稀释标签；等等)来计算至本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于对来自无细胞DNA(cfDNA)的不同生物靶的相对丰度进行准确、高动态范围的确定的方法，所述方法包括：/n·对于与不同遗传基因座相关的不同生物靶中的每个生物靶：/n·生成寡核苷酸的第一集合，所述寡核苷酸的第一集合包括基于相对浓度分布处于预先确定的相对浓度的寡核苷酸的不同子集，其中所述寡核苷酸的不同子集中的每个子集包括包含以下的寡核苷酸：/n·所述寡核苷酸的不同子集中的该子集独特的稀释标签，其中所述稀释标签与所述相对浓度分布相关，所述相对浓度分布指示不同稀释标签对的不同相对浓度，和/n·与所述生物靶相关的靶序列互补的引物区；/n·生成寡核苷酸的第二集合，所述寡核苷酸的第二集合包含与所...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180806 US 62/715,1751.一种用于对来自无细胞DNA(cfDNA)的不同生物靶的相对丰度进行准确、高动态范围的确定的方法，所述方法包括：
·对于与不同遗传基因座相关的不同生物靶中的每个生物靶：
·生成寡核苷酸的第一集合，所述寡核苷酸的第一集合包括基于相对浓度分布处于预先确定的相对浓度的寡核苷酸的不同子集，其中所述寡核苷酸的不同子集中的每个子集包括包含以下的寡核苷酸：
·所述寡核苷酸的不同子集中的该子集独特的稀释标签，其中所述稀释标签与所述相对浓度分布相关，所述相对浓度分布指示不同稀释标签对的不同相对浓度，和
·与所述生物靶相关的靶序列互补的引物区；
·生成寡核苷酸的第二集合，所述寡核苷酸的第二集合包含与所述寡核苷酸的第一集合的所述稀释标签的核苷酸序列互补的稀释标签相关引物区；
·用所述寡核苷酸的第一集合和cfDNA样品进行标记过程，从而生成加稀释标签的混合物，所述加稀释标签的混合物包括加稀释标签的遗传靶的不同子集，所述加稀释标签的遗传靶的不同子集通过由所述相对浓度分布指示的不同相对浓度的所述不同稀释标签对识别；
·用所述寡核苷酸的第二集合和所述加稀释标签的混合物进行扩增过程；
·基于与所述不同稀释标签对相关的相对浓度分布，生成均衡的加稀释标签的混合物，所述均衡的加稀释标签的混合物包括基本上相等浓度的所述加稀释标签的遗传靶的不同子集；以及
·基于所述均衡的加稀释标签的混合物和与所述不同稀释标签对相关的相对浓度分布，确定对应于所述生物靶的不同靶分子的计数；以及
·基于所述不同生物靶的计数确定所述不同生物靶的相对丰度。


2.根据权利要求1所述的方法，其中对不同生物靶的相对丰度进行准确、高动态范围的确定用于液体活组织检查，其中所述不同生物靶与癌症状况相关，并且其中确定所述不同生物靶的相对丰度包括确定所述不同生物靶的相对丰度以促进所述癌症状况的表征。


3.根据权利要求2所述的方法，其中所述不同生物靶包括ERBB2基因靶，其中确定所述不同生物靶的相对丰度包括确定关于所述ERBB2基因靶的相对丰度，以促进与所述ERBB2基因靶相关的癌症状况的表征。


4.根据权利要求1所述的方法，其中基于所述均衡的加稀释标签的混合物和所述相对浓度分布确定所述不同靶分子的计数包括：
·基于对所述均衡的加稀释标签的混合物进行测序，鉴定有限稀释；和
·基于所述有限稀释和与所述不同稀释标签对相关的相对浓度分布确定所述不同靶分子的计数。


5.根据权利要求4所述的方法，
·其中鉴定所述有限稀释包括：
·确定对应于所述不同稀释标签对的序列读段，这基于将所述序列读段的核苷酸序列与所述不同稀释标签对的核苷酸序列进行比较来进行，以及
·鉴定具有最大相对浓度同时在所述序列读段中未被检测到的稀释标签对；并且
·其中确定所述不同靶分子的计数包括基于由所鉴定的稀释标签对的相对浓度分布指示的相对浓度来确定计数。


6.根据权利要求1所述的方法，
·其中所述寡核苷酸的不同子集包括正向引物子集和反向引物子集，
·其中所述正向引物子集中的正向引物子集的寡核苷酸包含：
·所述寡核苷酸的不同子集中的第一子集独特的稀释标签；和
·用于退火至与所述靶序列相关的链的正向引物区；
·其中所述反向引物子集中的反向引物子集的寡核苷酸包含：
·所述寡核苷酸的不同子集中的第二子集独特的稀释标签；和
·退火至与所述靶序列相关的互补链的反向引物区；并且
·其中生成所述寡核苷酸的第一集合包括生成预先确定的相对浓度的所述寡核苷酸的第一集合，所述正向引物子集和所述反向引物子集中的至少一个的所述预先确定的相对浓度是不同的。


7.根据权利要求1所述的方法，其中所述寡核苷酸的第二集合包括测序引物，用于促进所述加稀释标签的遗传靶的不同子集的高通量测序。


8.一种用于确定来自无细胞DNA(cfDNA)的生物靶的丰度的方法，所述方法包括：
·生成寡核苷酸的第一集合，所述寡核苷酸的第一集合包括寡核苷酸的不同子集，其中所述寡核苷酸的不同子集中的每个子集包括包含以下的寡核苷酸：
·与所述寡核苷酸的不同子集中的该子集相关的稀释标签，其中所述稀释标签与指示不同稀释标签组合的不同相对浓度的相对浓度分布相关，和
·与所述生物靶相关的靶序列互补的靶相关区域；
·生成寡核苷酸的第二集合，所述寡核苷酸的第二集合包含与所述寡核苷酸的第一集合的稀释标签的核苷酸序列互补的稀释标签相关区域；
·用所述寡核苷酸的第一集合和所述cfDNA进行标记过程，从而生成加稀释标签的混合物，所述加稀释标签的混合物包括加稀释标签的遗传靶的不同子集，所述加稀释标签的遗传靶的不同子集通过由所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：大卫·曹，帕特里克·叶，素格力·赛拉斯，乌古斯汗·阿塔伊，
申请(专利权)人：十亿至一公司，
类型：发明
国别省市：美国;US