用于与生物靶相关的表征的同源基因组区域制造技术

方法和/或系统的实施方案可以包括基于对来自生物样品的核酸分子(例如，无细胞核酸等等)的集合进行共扩增来生成共扩增的混合物，其中所述核酸分子的集合包括与医学状况相关的感兴趣的基因组区域，以及与感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的同源天然基因组区域；对共扩增的混合物进行测序；确定感兴趣的基因组区域的丰度度量和同源天然基因组区域的丰度度量；和/或基于感兴趣的基因组区域的丰度度量和同源天然基因组区域的丰度度量来促进医学状况的表征。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于与生物靶相关的表征的同源基因组区域对相关申请的交叉引用本申请是于2018年8月6日提交的美国专利申请号16/055,889的部分继续申请，该申请要求于2017年8月4日提交的美国临时申请序列号62/541,555的权益，这两个申请通过该引用以其整体并入本文。
本公开内容总体上涉及基因组学的领域。对经由EFS-WEB作为ASCII文本文件提交的序列表的参考根据37C.F.R.§§1.821-至1.825，创建于2018年12月19日、5,422字节、机器格式IBM-PC、MS-Windows操作系统的在文件“BLLN-P05-US-SEQ-LST-PatentIn_ST25.txt”中的序列表出于所有目的特此通过引用以其整体并入。附图简述图1A-1C包括方法的实施方案的变化形式的流程图；图2包括方法的实施方案的变化形式的示意图(chr21靶序列＝SEQIDNO:8的一部分；chr21靶相关分子序列＝SEQIDNO:9的一部分；chr18参考序列＝SEQIDNO:10的一部分；chr18参考相关分子序列＝SEQIDNO:11的一部分)；图3包括方法的实施方案的变化形式的示意图；图4包括来自使用加标(spike-in)分子促进21三体的诊断的结果的具体实例；图5包括在方法的实施方案的变化形式中促进镰状细胞疾病的诊断的示意图；图6包括在方法的实施方案的变化形式中促进罕见变体相关状况的诊断的示意图；图7A-7B包括靶相关分子的具体实例(hg19＝SEQIDNO:1；CCL31spk＝SEQIDNO:2)，并且应用该靶相关分子用于检测拷贝数变异；图8包括质粒的具体实例；图9A-9B包括靶相关分子的具体实例(hg19＝SEQIDNO:3；HbA_spk＝SEQIDNO:4；HbS_spk＝SEQIDNO:5)，并且应用该靶相关分子用于检测单核苷酸多态性；图10包括在方法的实施方案的变化形式中促进与多于一个(apluralityof)靶相关的表征的示意图；图11包括确定和生成靶相关分子和参考相关分子的具体实例(靶序列＝SEQIDNO:8；靶相关分子序列＝SEQIDNO:9)；图12包括靶相关分子和参考相关分子的具体实例(chr21:17197217+17197359靶＝SEQIDNO:6；chr21:17197217+17197359加标＝SEQIDNO:7；chr21:34950645+34950764靶＝SEQIDNO:8；chr21:34950645+34950764加标＝SEQIDNO:9；chr18:216483+216603靶＝SEQIDNO:10；chr18:216483+216603加标＝SEQIDNO:11；chr18:74561484+74561606靶＝SEQIDNO:12；chr18:74561484+74561606加标＝SEQIDNO:13；chr18:12340277+12340405靶＝SEQIDNO:14；chr18:12340277+12340405加标＝SEQIDNO:15)；图13包括方法的实施方案的变化形式的流程图；图14包括方法的实施方案的与脊髓性肌萎缩状况表征相关的变化形式的流程图；图15A包括SMN1、SMN2和同源性区域的读段的图形表示的具体实例，诸如其中潜在的引物对的集合(例如，十个引物对等等)中的两个引物对被表征，诸如其中C49_5将SMN1和SMN2与染色体9中的同源性区域进行比较，诸如其中C49_6将SMN1和SMN2与染色体4中的同源性区域进行比较，并且诸如其中DNA样品具有对于同源性区域：SMN1：SMN2为0.4：0.2：0.4的预期比率，并且诸如其中预期比率以高准确度和精确度测量；图15B包括所确定的SMN1拷贝数的图形表示的具体实例，诸如用于促进脊髓性肌萎缩状况的诊断和/或合适的表征。图16包括方法的实施方案的与α-地中海贫血状况表征相关的变化形式的流程图；图17包括HBA1的丰度度量和HBA2的丰度度量之间的丰度度量比率的图形表示的具体实例，诸如用于促进一种或更多种α-地中海贫血状况的诊断；图18包括方法的实施方案的与21三体状况表征相关的变化形式的流程图；图19A包括使用靶相关分子和参考相关分子的具体实例；图19B包括使用同源天然基因组区域的具体实例；图20包括方法的实施方案的与α-地中海贫血状况表征相关的变化形式的流程图表示；图21包括指示不同多态性等位基因的不同丰度度量的图形表示的具体实例，诸如用于一种或更多种α-地中海贫血状况的诊断；图22包括方法的实施方案的与α-地中海贫血状况表征相关的变化形式的流程图表示；图23包括指示基于母体基因型进行的α-地中海贫血相关测定的流程图的具体实例，诸如其中行用每100,000次分娩的病例数目进行标记，诸如其中括号指示基于携带者测试的个体百分比，或者对于特定的母体基因型，诸如其中可以另外地或可选择地使用其他母体基因型等位基因。实施方案的描述实施方案的以下描述(例如，包括实施方案的变化形式、实施方案的实例、实施方案的具体实例、其他合适的变型等等)不意图限制于这些实施方案，而是使本领域技术人员能够制造和使用。1.概要.如图13中所示出的，方法100的实施方案(例如，用于促进诸如由一种或更多种生物样品进行一种或更多种状况诸如一种或更多种医学状况诸如一种或更多种遗传紊乱的表征等等)可以包括：基于从生物样品(例如，母体样品等等)共扩增核酸分子(例如，无细胞核酸诸如无细胞DNA和/或无细胞RNA等等)的集合来生成共扩增的混合物S180，其中核酸分子的集合包括：与医学状况相关的感兴趣的基因组区域，以及与感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的同源天然基因组区域(例如，其中同源天然基因组区域对应于与感兴趣的基因组区域的这样的同源性的唯一实例或少数实例中的一个；等等)；对共扩增的混合物进行测序S182；确定感兴趣的基因组区域的丰度度量(例如，读段计数；本文描述的任何合适类型的丰度度量；等等)和同源天然基因组区域的丰度度量(例如，读段计数；本文描述的任何合适类型的丰度度量；等等)S184；和/或基于感兴趣的基因组区域的丰度度量(例如，读段计数；等等)和同源天然基因组区域的丰度度量(例如，读段计数；等等)(例如，基于从丰度度量所确定的感兴趣的基因组区域和同源天然基因组区域的相对拷贝数；等等)来促进医学状况的表征(例如，对于胎儿的产前诊断；等等)S186。在具体实例中，如图13中所示出的，方法100(例如，用于促进由与孕妇相关的母体样品进行遗传紊乱的产前诊断；等等)可以包括：确定与遗传紊乱相关的第一感兴趣的基因组区域S170(例如，来自感兴趣的基因组区域的集合；等等)；确定第一同源天然基因组区域S172(例如，来自同源天然基因组区域的集合，所述同源天然基因组区域的集合包括与来自感兴趣的基因组本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于促进由与孕妇相关的母体样品进行遗传紊乱的产前诊断的方法，所述方法包括：/n·确定与所述遗传紊乱相关的第一感兴趣的基因组区域；/n·确定与所述第一感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的第一同源天然基因组区域；/n·基于所述第一同源天然基因组区域和所述第一感兴趣的基因组区域之间的部分序列相似性，确定用于共扩增所述第一感兴趣的基因组区域和所述第一同源天然基因组区域的第一引物对；/n·由基于所述第一引物对共扩增包含所述第一感兴趣的基因组区域和所述第一同源天然基因组区域的核酸分子的集合来生成共扩增的混合物，其中所述核酸分子的集合来自所述母体样品；/n·对所述共扩增的混合物进行测序；/n·基于所述第一感兴趣的基因组区域和所述第一同源天然基因组区域之间的序列相异性，确定所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量和所述第一同源天然基因组区域的丰度度量；以及/n·基于所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述遗传紊乱的产前诊断。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180806 US 16/055,8891.一种用于促进由与孕妇相关的母体样品进行遗传紊乱的产前诊断的方法，所述方法包括：
·确定与所述遗传紊乱相关的第一感兴趣的基因组区域；
·确定与所述第一感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的第一同源天然基因组区域；
·基于所述第一同源天然基因组区域和所述第一感兴趣的基因组区域之间的部分序列相似性，确定用于共扩增所述第一感兴趣的基因组区域和所述第一同源天然基因组区域的第一引物对；
·由基于所述第一引物对共扩增包含所述第一感兴趣的基因组区域和所述第一同源天然基因组区域的核酸分子的集合来生成共扩增的混合物，其中所述核酸分子的集合来自所述母体样品；
·对所述共扩增的混合物进行测序；
·基于所述第一感兴趣的基因组区域和所述第一同源天然基因组区域之间的序列相异性，确定所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量和所述第一同源天然基因组区域的丰度度量；以及
·基于所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述遗传紊乱的产前诊断。


2.如权利要求1所述的方法，
·其中所述遗传紊乱包括单基因紊乱，
·其中所述第一感兴趣的基因组区域与和所述单基因紊乱相关的基因相关，并且
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于与所述基因相关的所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述单基因紊乱的产前诊断。


3.如权利要求2所述的方法，
·其中所述单基因紊乱包括α-地中海贫血状况，
·其中所述基因包括HBA1基因，其中所述第一感兴趣的基因组区域来自所述HBA1基因，
·其中所述第一同源天然基因组区域来自HBA2基因，并且
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于来自所述HBA1基因的所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于来自所述HBA2基因的所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述α-地中海贫血状况的产前诊断。


4.如权利要求2所述的方法，
·其中所述单基因紊乱包括脊髓性肌萎缩状况，
·其中所述基因包括SMN1基因，其中所述第一感兴趣的基因组区域来自所述SMN1基因，
·其中所述第一同源天然基因组区域来自SMN2基因，并且
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于来自所述SMN1基因的所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于来自所述SMN2基因的所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述脊髓性肌萎缩状况的产前诊断。


5.如权利要求4所述的方法，还包括：
·确定与来自所述SMN1基因的所述第一感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的第二同源天然基因组区域，
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于来自所述SMN1基因的所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量、来自所述SMN2基因的所述第一同源天然基因组区域的丰度度量和所述第二同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述脊髓性肌萎缩状况的产前诊断。


6.如权利要求1所述的方法，
·其中所述遗传紊乱包括染色体异常，
·其中所述第一感兴趣的基因组区域与第一染色体相关，所述第一染色体与所述染色体异常相关，
·其中所述第一同源天然基因组区域与第二染色体相关，并且
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于与所述第一染色体相关的所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于与所述第二染色体相关的所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述染色体异常的产前诊断。


7.如权利要求6所述的方法，
·其中所述染色体异常包括21三体状况，
·其中所述第一感兴趣的基因组区域与包含染色体21的所述第一染色体相关，并且
·其中促进所述遗传紊乱的产前诊断包括基于与染色体21相关的所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于与所述第二染色体相关的所述第一同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述21三体状况的产前诊断。


8.如权利要求7所述的方法，其中所述第一感兴趣的基因组区域与染色体21的第一基因座相关，并且其中所述方法还包括：
·确定与染色体21的第二基因座相关的第二感兴趣的基因组区域；
·确定与所述第二感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的第二同源天然基因组区域；
·确定用于共扩增所述第二感兴趣的基因组区域和所述第二同源天然基因组区域的第二引物对，其中生成所述共扩增的混合物包括基于第一引物对和所述第二引物对来共扩增核酸分子的集合，所述核酸分子包括所述第一基因组区域、所述第一同源天然基因组区域、所述第二基因组区域和所述第二同源天然基因组区域；
·基于所述第二感兴趣的基因组区域和所述第二同源天然基因组区域之间的序列相异性来确定所述第二感兴趣的基因组区域的丰度度量和所述第二同源天然基因组区域的丰度度量；以及
·基于所述第一感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于所述第一同源天然基因组区域的丰度度量和基于所述第二感兴趣的基因组区域的丰度度量相对于所述第二同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述21三体状况的产前诊断。


9.一种用于促进由无细胞核酸进行医学状况表征的方法，所述方法包括：
·基于共扩增无细胞核酸来生成共扩增的混合物，所述无细胞核酸包括：
·与所述医学状况相关的感兴趣的基因组区域；和
·与所述感兴趣的基因组区域具有部分序列相似性的同源天然基因组区域；
·对所述共扩增的混合物进行测序；
·确定所述感兴趣的基因组区域的丰度度量和所述同源天然基因组区域的丰度度量；以及
·基于所述感兴趣的基因组区域的丰度度量和所述同源天然基因组区域的丰度度量来促进所述医学状况的表征。


10.如权利要求9所述的方法，
·其中所述无细胞核酸包括第一核酸分子和第二核酸分子，
·其中所述第一核酸分子包括所述感兴趣的基因组区域，
·其中所述第二核酸分子包括所述同源天然基因组区域，并且
·其中共扩增核酸分子的集合包括基于引物对共扩增所述第一核酸分子和所述第二核酸分子，所述引物对是基于所述感兴趣的基因组区域和所述同源天然基因组区域之间的部分序列相似性设计的。


11.如权利要求10所述的方法，
·其中所述引物对对应于第一引物结合序列区域和第二引物结合序列区域，
·其中所述感兴趣的基因组区域和所述同源天然基因组区域各自包括所述第一引物结合序列区域和所述第二引物结合序列区域，
·其中所述同源天然基因组区域还包括与所述感兴趣的基因组区域的相应序列区域具有序列相...

【专利技术属性】
技术研发人员：布莱恩·兰德里，大卫·曹，乌古斯汗·阿塔伊，
申请(专利权)人：十亿至一公司，
类型：发明
国别省市：美国;US