一种基因组数据的处理方法、系统及装置制造方法及图纸

技术编号:23769132 阅读:95 留言:0更新日期:2020-04-11 21:45
本发明专利技术公开了一种基因组数据的处理方法、系统及装置。其中,该方法包括:读取基因文件,其中,基因文件的类型包括如下至少之一:VCF文件、注释后的TSV文件或注释后的VCF文件;按照基因文件的类型,将基因文件存储到基因组数据库中;在服务器中成功部署配置文件的情况下,将应用程序解压到服务器的网页根目录下,其中,服务器的配置文件包括:访问端口和网页根目录,然后配置应用程序连接数据库。本发明专利技术解决了目前无法对自己构建的基因数据库进行方便地操作的技术问题。

A processing method, system and device of genomic data

【技术实现步骤摘要】
一种基因组数据的处理方法、系统及装置
本专利技术涉及数据处理领域,具体而言,涉及一种基因组数据的处理方法、系统及装置。
技术介绍
随着第二代基因测序的不断发展,该领域陆续涌现出了越来越多的测序数据,目前已有部分数据通过专业的技术人员,利用数据库和网站构建技术,构建特定的表型的数据库并进行数据展示,例如千人基因组数据库,gnomAD数据库等,可以便于科研工作者的查询。但是由于这些数据库的构建,均需要专业团队和专业人士进行处理,并且目前只覆盖了已产生的测序数据的冰山一角,普通科研工作者难以利用专业技术,对自己已经产生的数据,进行数据的展示与再利用或者共享等。因此,目前领域相关人员无法方便地对自己产生的基因组数据进行构建数据库,阻碍了数据的挖掘、利用、分享和展示。针对上述的问题,目前尚未提出有效的解决方案。
技术实现思路
本专利技术实施例提供了一种基因组数据的处理方法、系统及装置,以至少解决目前无法对自己构建的基因数据库进行方便地操作的技术问题。根据本专利技术实施例的一个方面,提供了一种基因组数据的处理方法,包括:本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基因组数据的处理方法,其特征在于,包括:/n获取基因文件,其中,所述基因文件的类型包括如下至少之一:VCF文件、注释后的TSV文件和注释后的VCF文件;/n按照所述基因文件的类型,将所述基因文件存储到基因组数据库中;/n在服务器中成功部署配置文件的情况下,将所述基因组数据库中的基因文件解压到所述服务器的网页根目录下,其中,所述配置文件包括:访问端口和所述网页根目录。/n

【技术特征摘要】
1.一种基因组数据的处理方法,其特征在于,包括:
获取基因文件,其中,所述基因文件的类型包括如下至少之一:VCF文件、注释后的TSV文件和注释后的VCF文件;
按照所述基因文件的类型,将所述基因文件存储到基因组数据库中;
在服务器中成功部署配置文件的情况下,将所述基因组数据库中的基因文件解压到所述服务器的网页根目录下,其中,所述配置文件包括:访问端口和所述网页根目录。


2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在将所述基因组数据库中的基因文件解压到所述服务器的网页根目录下之后,所述方法还包括:
接收到访问请求;
基于所述访问请求调取所述网页根目录下的所述基因文件;
将所述网页根目录下的所述基因文件,返回至前端应用界面中的网页中进行展示。


3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,在将所述网页根目录下的所述基因文件,返回至前端应用界面中的网页中进行展示之后,所述方法还包括:
所述前端应用界面接收到操作指令,其中,所述操作指令包括如下至少之一:浏览、查询、打开、关闭、更新、筛选和共享;
所述前端应用界面显示基于所述操作指令返回的操作结果。


4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,按照所述基因文件的类型,将所述基因文件存储到基因组数据库中,包括:
读取所述基因文件的类型;
在所述基因文件中存在所述VCF文件的情况下,统计所述VCF文件的数量;
如果所述数量为多个,则将所述多个VCF文件进行合并,并将合并结果存储到所述基因组数据库;
如果所述数量为一个,则将所述VCF文件直接存数至所述基因组数据库。


5.根据权利要求1至4中任意一项所述的方法,其特征在于,
所述基因文件中的VCF文件,存储所述VCF文件中的突变位点的频率信息至所述基因组数据库;
所述基因文件中注释后的TSV文件或注释后的VCF文件,提取突变位点的注释信息,并将所有提取的突变位点的注释信息存储到所述基因组数据库中。


6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在将所述基因组数据库中的基因文件解压到所述服务器的网页根目录下之前,所述方法还包括:
更新所述服务器中部署的所述配置文件,并在设置所述访问端口和所述网页根目录的情况下,开启所述服务器。


7.一种基因组数据的处理方法,其特征在于,包括:
前端设备在应用界面上展...

【专利技术属性】
技术研发人员:余欢苏庆东李瑞强陈明李莉郑琪
申请(专利权)人:北京诺禾致源科技股份有限公司天津诺禾致源生物信息科技有限公司天津诺禾医学检验所有限公司
类型:发明
国别省市:北京;11

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1