生物样本核酸质量的测定方法技术

本发明专利技术涉及一种生物样本核酸质量的测定方法，具体来说，涉及一种使用能扩增靶向基因的引物进行定量聚合酶链反应(PCR)来测定生物样本DNA质量的方法，本发明专利技术还公开了一种制备该方法所用引物的方法，以及一种利用所测定的DNA质量来标准化所检测到的靶向基因突变量的方法。本发明专利技术的方法能够对用于基因分析的生物样本的NDA质量进行客观评价，并能将客观结果呈现于基因突变的表达率，从而为临床研究和伴随诊疗领域提供可靠的信息。

Determination of nucleic acid quality of biological samples

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】生物样本核酸质量的测定方法
本申请主张2017年4月4日申请的大韩民国专利申请第10-2017-0043918号的优先权，所述说明书的全部内容作为本申请的参考文献。本专利技术涉及一种生物样本核酸质量的测定方法，具体来说，涉及一种能扩增内部质量对照位点(internalqualitycontrolregion)的引物；或通过一组引物和探针进行PCR(聚合酶链式反应,polymerasechainreaction)来测定生物样本核酸质量的方法以及所述方法中使用的引物；或应用一组引物和探针的制备方法和所述经测定的核酸质量来标准化靶向基因突变比率的一种方法。
技术介绍
临床医生在针对某一疾病选择最合理的治疗方案之前，分析该疾病分子特征的做法越来越普遍。在临床上与合理且精确的伴随诊断(Companiondiagnostics,CDx)共同为患者提供最佳的治疗，最大限度地提高疗效。2011年7月，美国食品和药物管理局(FDA)发布了将伴随诊断(CDx)用作指导如何选择和使用合理疗法(体外辅助诊断设备-工业和FDA工作人员指南，美国FDA，2本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种生物样本核酸质量的测定方法，包括：/n步骤(a)从个体获取的生物样本中提取核酸；/n步骤(b)用能够扩增内部质量对照位点(internal quality controlregion)的i)引物或ii)一组引物和探针对所述提取的核酸进行PCR；/n步骤(c)根据所述PCR结果测算内部质量对照位点的拷贝数(copy number)；/n步骤(d)根据以下公式计算内部对照组质量指数(internal quality controlregion，iQC index)：/n内部对照组质量指数＝所述内部质量对照位点的拷贝数/所述PCR的输入DNA(inputDNA)拷贝数；/n步骤(e)当所述内...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170404 KR 10-2017-00439181.一种生物样本核酸质量的测定方法，包括：
步骤(a)从个体获取的生物样本中提取核酸；
步骤(b)用能够扩增内部质量对照位点(internalqualitycontrolregion)的i)引物或ii)一组引物和探针对所述提取的核酸进行PCR；
步骤(c)根据所述PCR结果测算内部质量对照位点的拷贝数(copynumber)；
步骤(d)根据以下公式计算内部对照组质量指数(internalqualitycontrolregion，iQCindex)：
内部对照组质量指数＝所述内部质量对照位点的拷贝数/所述PCR的输入DNA(inputDNA)拷贝数；
步骤(e)当所述内部对照组质量指数高于预定阈值，则认为所述样品的核酸质量是合理的，或者当所述内部对照组质量指数越接近1时，则认为所述样品的核酸质量优异。


2.根据权利请求项1，所提供方法的特征是：所述生物样本是选自细胞株、组织学切片、活检标本、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织、体液、粪便、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞和从血液中分离的细胞群组中的一种或多种。


3.根据权利请求项1，所提供方法的特征是：所述内部质量对照位点位于包含靶基因或突变位点的基因内。


4.根据权利请求项1，所提供方法的特征是：所述内部质量对照位点位于和靶基因或突变位点相邻近的位点。


5.根据权利请求项4，所提供方法的特征是：所述邻近位点是位于20kb(kilobase)以内的位点。


6.根据权利请求项1，所提供方法的特征是：所述内部质量对照位点有1个或2个以上。


7.根据权利请求项1，所提供方法的特征是：所述引物在对已知内部质量对照位点拷贝数的标准(referencestandard)物质进行定量PCR时，[经检测的所述内部质量对照位点的拷贝数/所述标准物质的输入DNA拷贝数]是0.90～1.10的引物。


8.根据权利请求项1，所提供方法的特征是：所述PCR是数字PCR。


9.根据权利请求项1，所提供方法的特征是，所述阈值选自0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、0.30、0.31、0.32、0.33、0.34、0.35、0.36、0.37、0.38、0.39、0.40、0.41、0.42、0.43、0.44、0.45、0.46、0.47、0.48、0.49、0.50、0.51、0.52、053、0.54、0.55、0.56、0.57、0.58、0.59、0.60、0.61、0.62、0.63、0.64、0.65、0.66、0.67、0.68、0...

【专利技术属性】
技术研发人员：慎英基，金JJ，金成洙，崔贤贞，文永镐，金明仙，金知垠，
申请(专利权)人：建喾立嗣股份公司，碌园BIO融合研究财团，
类型：发明
国别省市：韩国;KR