核酸制备及分析制造技术

本发明专利技术公开了一种制备和分析核酸的方法和体系，其中方法包括(a)使接头连接到单个双链靶核酸分子上使双链靶核酸分子末端相连，其中所述接头包括(i)配对区域和(ii)非配对区域；(b)提供(i)接头引物，其与非配对区域互补链上的引物结合位点互补；以及，(ii)目标特异性引物，其与靶核酸的结合位点互补；(c)在接头引物和目标特异性引物存在的条件下进行扩增反应扩增末端相连的双链靶核酸分子，产生第一个扩增分子。该方法检测核酸变异具有很高的灵敏度，在某些情况下检测限(LOD)约0.01％至0.001％。

【技术实现步骤摘要】
核酸制备及分析
本申请涉及基因突变检测
，具体而言，涉及一种用于制备和分析核酸的方法和体系(systems)。
技术介绍
基于核酸的检测能检测到样品中特定核酸(DNA或RNA)的存在。它已被用于各种临床和诊断。对于传染性疾病，基于核酸的诊断能够从感染的生物体内检测到DNA或RNA。对于非传染性疾病，基于核酸的诊断可用于检测特定基因或与疾病相关基因的表达。临床和诊断的一个主要关注是检测具有重要临床意义的低水平突变和少量等位基因的能力。能够辨别突变在很多方面非常重要，尤其是对从组织样本中和体液如血浆或血清进行癌症早期检测；评估手术或化疗后的疾病残留；疾病分期和预后的分子图谱或个性化治疗；监测治疗结果和癌症缓解/复发。高效检测癌症相关的体细胞突变很大程度上取决于所用的技术和方法。大规模平行DNA测序引领了划时代的核酸检测方法，仅用传统的Sanger方法一小部分时间和成本识别成百上千亿的碱基对。不像传统技术简单报告平均基因型，这些技术能统计很多单独的DNA片段，检测出混合物中轻微的突变。然而，这种深度测序的方法有局限性。虽然在理论上，当深度测序足够数量的分子时，任何大小的DNA亚群都是本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于指数扩增双链靶核酸的方法，其特征在于所述方法包括：(a)使接头连接到单个双链靶核酸分子上使双链靶核酸分子末端相连，其中所述接头包括(i)配对区域和(ii)非配对区域；(b)提供(i)目标特异性引物，其与靶核酸的结合位点互补；和/或，(ii)接头引物，其与非配对区域互补链上的引物结合位点互补；(c)在目标特异性引物和/或接头引物存在的条件下进行扩增反应扩增末端相连的双链靶核酸分子，产生第一个扩增分子。

【技术特征摘要】
1.一种用于指数扩增双链靶核酸的方法，其特征在于所述方法包括：(a)使接头连接到单个双链靶核酸分子上使双链靶核酸分子末端相连，其中所述接头包括(i)配对区域和(ii)非配对区域；(b)提供(i)目标特异性引物，其与靶核酸的结合位点互补；和/或，(ii)接头引物，其与非配对区域互补链上的引物结合位点互补；(c)在目标特异性引物和/或接头引物存在的条件下进行扩增反应扩增末端相连的双链靶核酸分子，产生第一个扩增分子。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，其中非配对区域是一个环结构，其5’和/或3’突出，或形成泡泡形(bubble)结构；优选的，非配对区域是一个环结构；优选的，所述环结构含有尿嘧啶，且所述方法还包括和在扩增步骤前由尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG)切除环结构的方法。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，其中目标特异性引物在5'端具有一个标签序列。4.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其特征在于，所述扩增反应体系中包括第一阻断物，所述第一阻断物具有第一序列，(i)该序列与靶核酸的野生型等位基因相匹配或互补，且(ii)该序列能够通过DNA聚合酶延伸；优选的，扩增反应体系还包括第二阻断物，此阻断物含有第二序列，该序列与野生型等位基因的互补序列相匹配或互补；优选的，第一阻断物或第二阻断物包括一个或多个修饰的核酸或键；优选的，第一阻断物或第二阻断物3’端有一个修饰的核酸或键；优选的，所述的修饰核苷酸或键包括PNA，LNA，2’-O-甲基核苷酸，2’-O-烷基核酸，2’-O-氟核酸、硫代磷酸酯键，以及它们的任意组合；优选的，第一阻断物或第二阻断物不与接头引物或目标特异性引物重叠。5.根据权利要求1-4所述的方法，其特征在于，靶核酸是ctDNA；优选的，靶核酸长度在20bp-20kb之间；优选的，靶核酸长度在20bp-2kb之间；优选的，靶核酸长度在20bp-1kb之间；优选的，靶核酸长度在20bp-200bp之间；优选的，靶核酸包括编码EGFRT790M，EGFRL858R，BRAFV600E，B...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡光辉，丁崴，何新军，孙德斌，黄隽，
申请(专利权)人：苏州艾达康医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32