【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过调节微生物组来增强免疫检查点阻断疗法的方法本申请要求2016年9月27日提交的美国临时专利申请No.62/400,372；2017年5月19日提交的美国临时专利申请No.62/508,885；和2017年9月12日提交的美国临时专利申请No.62/557,566的权益，将每篇全部内容按引用并入本文中。专利技术背景
本专利技术总体地涉及微生物学、免疫学和医学领域。更特别地，其涉及利用微生物组(microbiome)来提高免疫检查点阻断疗法的功效。
技术介绍
在过去十年中，通过使用靶向疗法和免疫疗法在黑素瘤的治疗方面取得了重大进展。特别是，免疫检查点抑制剂的使用已经显示出巨大的前景，导致FDA批准了几种阻断T淋巴细胞表面上的免疫调节分子的药物(例如，抗-CTLA-4抗体伊匹单抗(Ipilimumab)和抗-PD-1抗体纳武单抗(Nivolumab)、派姆单抗(Pembrolizumab))。重要的是，利用免疫检查点阻断的治疗可能会导致持久的长期完全反应，尽管整体反应率适中(即，CTLA-4阻断为15％，PD-1阻断为30-40％)。然而，免疫检查点抑制剂可能与实质...
【技术保护点】
1.一种包含至少一个分离或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌群体属于瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、微球菌科(Micrococcaceae)和/或韦荣氏球菌科(Veilonellaceae)中的一个或多个。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.09.27 US 62/400,372;2017.05.19 US 62/508,885;1.一种包含至少一个分离或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌群体属于瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、微球菌科(Micrococcaceae)和/或韦荣氏球菌科(Veilonellaceae)中的一个或多个。2.一种包含至少两个分离或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌群体属于瘤胃球菌科、梭菌科、毛螺菌科、微球菌科和/或韦荣氏球菌科中的一个或多个。3.权利要求1或权利要求2的组合物，其中每个细菌群体以至少103CFU的浓度存在于所述组合物中。4.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物是活细菌产品或活生物治疗产品。5.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体作为细菌孢子提供。6.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群属于梭菌目(Clostridiales)XII和/或梭菌目XIII。7.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于瘤胃球菌科和/或梭菌科。8.权利要求1或权利要求2的组合物，其中属于瘤胃球菌科的所述细菌群体进一步限定为属于瘤胃球菌属(Ruminococcus)的细菌群体。9.权利要求8的组合物，其中属于瘤胃球菌属的所述细菌群体进一步限定为属于布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)种的细菌群体。10.权利要求1或权利要求2的组合物，其中属于瘤胃球菌科的所述细菌群体进一步限定为属于粪杆菌属(Faecalibacterium)的细菌群体。11.权利要求10的组合物，其中将属于粪杆菌属的细菌群进一步限定为属于普氏粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)种的细菌群体。12.权利要求1或权利要求2的组合物，其中属于微球菌科的所述细菌群体进一步限定为属于罗氏菌属(Rothia)的细菌群体。13.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物进一步包含属于Porphyromonaspasteri种、Clostridiumhungatei种、Phascolarctobacteriumfaecium种、Pepetoniphilus属和/或柔膜菌纲(Mollicutes)的细菌群体。14.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述组合物基本上不含属于拟杆菌目(Bacteroidales)的细菌群体。15.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于选自表1中具有高于0.5的富集指数(ei)的种类的一个或多个种、亚种或菌株。16.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体选自表1中具有等于1的“ei”的种类。17.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体包含与由选自以下NCBI分类ID的NCBI分类ID确定的细菌的16S核糖体RNA(rRNA)核苷酸序列至少90％相同的16SrRNA核苷酸序列：717959，587，758823，649756，44749，671218，1264，1122135，853，484018，46503，54565，290052，216931，575978，433321，1796646，213810，228924，290054，1509，1462919，29375，337097，1298596，487174，642492，1735，1297424，742766，46680，132925，411467，1318465，1852367，1841857，169679，1175296，259063，172901，39488，57172，28118，166486，28133，1529，694434，1007096，84030，56774，102148，626947，216933，1348613，1472417，100176，824，1471761，1297617，288966，1317125，28197，358743，264639，1265，1335，66219，69473，115117，341220，1732，873513，396504，1796619，45851，2741，105841，86332，1349822，84037，180311，54291，1217282，762984，1185412，154046，663278，1543，398512，69825，1841867，1535，1510，84026，1502，1619234，39497，1544，29343，649762，332095，536633，1033731，574930，742818，177412，1121308，419208，1673717，55779，28117，626937，180332，1776382，40519，34062，40518，74426，1216062，293826，850，645466，474960，36835，115544，1515，88431，216932，1417852，39492，1583，420247，118967，169435，37658，138595，31971，100886，1197717，234908，537007，319644，168384，915173，95159，1816678，626940，501571，1796620，888727，1147123，376806，1274356，1267，39495，404403，1348，253314，258515，33033，1118061，357276，214851，320502，217731，246787，29371，649764，901，29374，33043，39778，682400，871665，160404，745368，408，1584，333367，47246，1096246，53342，438033，351091，1796622，1776384，817，48256，720554，500632，36849，301302，879970，655811，264463，1532，285，995，242750，29539，1432052，622312，1796636，1337051，328814，28446，1492，820，39496，52786，1549，1796618，582，46507，109327，1531，1382，33039，311460，230143，216935，539，35519，1681，328813，214853，89014，1121115，1585974，29466，1363，292800，270498，214856，142877，133926，209880，179628，1121102，105612，1796615，39777，29353，1579，163665，53443，261299，1302，1150298，938289，358742，471875，938278，1796613，1118057，1077144，1737，218205，1121298，684066，433659，52699，204516，706562，253257，328812，1280，147802，58134，1335613，891，585394，1582，235931，308994，1589，1682，1736，28129，178001，551788，2051，856，118562，101070，515619，40215，187979，82979，29363，1776391，1285191，84112，157688，38304，36850，341694，287，75612，818，371674，338188，88164，588581，676965，546271，1236512，178338，862517，157687，158，51048，1583331，529，888745，394340，40545，855，553973，938293，93063，708634，179995，1351，476652，1464038，555088，237576，879566，1852371，742727，1377，35830，997353，218538，83771，1605，28111，131109，46609，690567，46206，155615，51616，40542，203，294，1034346，156456，80866，554406，796942，1002367，29347，796944，61592，487175，1050201，762948，137732，1211819，1019，272548，1717，384636，216940，2087，45634，466107，1689，47678，575，979627，840，1660，1236517，617123，546，28135，82171，483，501496，99656，1379，84032，39483，1107316，584，28124，1033744，657309，536441，76123，1118060，89152，76122，303，1541，507751，515620，38302，53419，726，40324，1796610，988946，1852370，1017，1168289，76936，94869，1161098，215580，1125779，327575，549，1450648和478。18.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体是包含与SEQIDNO:1-876的序列至少80％相同的16SrRNA基因序列的种、亚种或菌株。19.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述至少一个分离或纯化的细菌群体或所述至少两个分离或纯化的细菌群体属于选自以下的种、亚种或细菌株：凝固拟杆菌(Bacteroidescoagulans)、Clostridiumaldenense、阿氏梭菌(Clostridiumaldrichii)、Clostridiumalkalicellulosi、Clostridiumamygdalinum、Clostridiumasparagiforme、Clostridiumcellulosi、Clostridiumcitroniae、ClostridiumclariflavumDSM19732、梭状梭菌(Clostridiumclostridioforme)、肠梭菌(Clostridiumcolinum)、Clostridiumfimetarium、Clostridiumhiranonis、Clostridiumhungatei、ClostridiumhylemonaeDSM15053、吲哚梭菌(Clostridiumindolis)、Clostridiumlactatifermentans、柔嫩梭菌(Clostridiumleptum)、甲基戊糖梭菌(Clostridiummethylpentosum)、乳清酸梭菌(Clostridiumoroticum)、ClostridiumpapyrosolvensDSM2782、包氏梭菌(Clostridiumpopuleti)、丙酸梭菌(Clostridiumpropionicum)、解糖梭菌(Clostridiumsaccharolyticum)、Clostridiumscindens、球孢梭菌(Clostridiumsporosphaeroides)、粪堆梭菌(Clostridiumstercorarium)、Clostridiumstraminisolvens、Clostridiumsufflavum、白蚁梭菌(Clostridiumtermitidis)、Clostridiumthermosuccinogenes、Clostridiumviride、解木聚糖梭菌(Clostridiumxylanolyticum)、Desuljotomaculumguttoideum、直肠真杆菌(Eubacteriumrectale)ATCC33656、细长真杆菌(Eubacteriumdolichum)、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)ATCC27750、霍氏真杆菌(Eubacteriumhallii)、Eubacteriuminfirmum、惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)、纤细真杆菌(Eubacteriumtenue)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcustorques)、Acetanaerobacteriumelongatum、Acetatifactormuris、解纤维素醋弧菌(Acetivibriocellulolyticus)、产乙醇醋弧菌(Acetivibrioethanolgignens)、甘蓝无胆甾原体(Acholeplasmabrassicae)0502、细小无胆甾原体(Acholeplasmaparvum)、Acholeplasmavituli、琼氏不动杆菌(Acinetobacterjunii)、Actinobacillusporcinus、Actinomycesbowdenii、Actinomycesdentalis、龋齿放线菌(Actinomycesodontolyticus)、Acutalibactermuris、浅绿气球菌(Aerococcusviridans)、苛求气微菌(Aeromicrobiumfastidiosum)、Alistipesfinegoldii、Alistipesobesi、Alistipesonderdonkii、Alistipesputredinis、Alistipesshahii、AlistipesshahiiWAL8301、AlistipestimonensisJC136、Alkalibactersaccharofermentans、AlkaliphilusmetalliredigensQYMF、Allisonellahistaminiformans、AllobaculumstercoricanisDSM13633、Alloprevotellarava、Alloprevotellatannerae、Anaerobacteriumchartisolvens、Anaerobiospirillumthomasii、Anaerobiumacetethylicum、AnaerococcusoctaviusNCTC9810、Anaerococcusprovenciensis、AnaerococcusvaginalisATCC51170、Anaerocolumnajejuensis、Anaerofilumagile、Anaerofustisstercorihominis、Anaeroglobusgeminatus、Anaeromassilibacillussenegalensis、不溶菌厌氧枝原体(Anaeroplasmaabactoclasticum)、叉形棍状厌氧菌(Anaerorhabdusfurcosa)、Anaerosporobactermobilis、Anaerostipesbutyraticus、Anaerostipescaccae、Anaerostipeshadrus、Anaerotruncuscolihominis、Anaerovoraxodorimutans、Anoxybacillusrupiensis、Aquabacteriumlimnoticum、布氏弓形杆菌(Arcobacterbutzleri)、Arthrospiraplatensis、Asaccharobactercelatus、极小阿托波氏菌(Atopobiumparvulum)、粪拟杆菌(Bacteroidescaccae)、Bacteroidescaecimuris、Bacteroidescellulosilyticus、BacteroidesclarusYIT12056、Bacteroidesdorei、埃氏拟杆菌(Bacteroideseggerthii)、Bacteroidesfinegoldii、脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)、Bacteroidesgallinarum、Bacteroidesmassiliensis、BacteroidesoleiciplenusYIT12058、BacteroidesplebeiusDSM17135、BacteroidesrodentiumJCM16496、多形拟杆菌(Bacteroidesthetaiotaomicron)、单形拟杆菌(Bacteroidesuniformis)、解木聚糖拟杆菌(Bacteroidesxylanisolvens)XB1A、Bacteroidesxylanolyticus、Barnesiellaintestinihominis、Beduinimassiliensis、两歧双歧杆菌(Bifidobacteriumbifidum)、齿双歧杆菌(Bifidobacteriumdentium)、长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacteriumlongumsubsp.infantis)、Blautiacaecimuris、Blautiacoccoides、Blautiafaecis、Blautiaglucerasea、BlautiahanseniiDSM20583、Blautiahydrogenotrophica、Blautialuti、BlautialutiDSM14534、BlautiawexleraeDSM19850、水生布戴约维采菌(Budviciaaquatica)、Butyricicoccuspullicaecorum、Butyricimonasparavirosa、Butyrivibriocrossotus、Caldicoprobacteroshimai、Caloramatorcoolhaasii、Caloramatorproteoclasticus、Caloramatorquimbayensis、纤细弯曲杆菌(Campylobactergracilis)、直肠弯曲杆菌(Campylobacterrectus)、CampylobacterureolyticusDSM20703、牙龈二氧化碳嗜纤维菌(Capnocytophagagingivalis)、Capnocytophagaleadbetteri、生痰二氧化碳嗜纤维菌(Capnocytophagasputigena)、Casaltellamassiliensis、Catabacterhongkongensis、Catenibacteriummitsuokai、Christensenellaminuta、Christensenellatimonensis、Chryseobacteriumtaklimakanense、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacterfreundii)、Cloacibacillusporcorum、ClostridioidesdifficileATCC9689＝DSM1296、Clostridiumamylolyticum、Clostridiumbowmanii、丁酸梭菌(Clostridiumbutyricum)、尸毒梭菌(Clostridiumcadaveris)、Clostridiumcolicanis、Clostridiumgasigenes、缓纤维梭菌(Clostridiumlentocellum)DSM5427、海梭菌(Clostridiumoceanicum)、Clostridiumoryzae、类腐败梭菌(Clostridiumparaputrificum)、Clostridiumpascui、产气荚膜梭菌(Clostridiumperfringens)、Clostridiumquinii、Clostridiumsaccharobutylicum、生孢梭菌(Clostridiumsporogenes)、Clostridiumventriculi、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)、睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonastestosteroni)、CoprobacterfastidiosusNSB1、Coprococcuseutactus、白喉棒杆菌(Corynebacteriumdiphtheriae)、Corynebacteriumdurum、Corynebacteriummycetoides、CorynebacteriumpyruviciproducensATCCBAA-1742、Corynebacteriumtuberculostearicum、Culturomicamassiliensis、Cuneatibactercaecimuris、Defluviitaleasaccharophila、食酸代尔夫特菌(Delftiaacidovorans)、Desulfitobacteriumchlororespirans、Desulfitobacteriummetallireducens、Desulfosporosinusacididurans、Desulfotomaculumhalophilum、Desulfotomaculumintricatum、Desulfotomaculumtongense、脱硫脱硫弧菌脱硫亚种(Desulfovibriodesulfuricanssubsp.Desulfuricans)、Desulfovibrioidahonensis、Desulfovibriolitoralis、Desulfovibriopiger、简单脱硫弧菌(Desulfovibriosimplex)、Desulfovibriozosterae、氧化乙酸脱硫单胞菌(Desulfuromonasacetoxidans)、DethiobacteralkaliphilusAHT1、Dethiosulfatibacteraminovorans、Dialisterinvisus、Dialisterpropionicifaciens、Dielmafastidiosa、Dietziaalimentaria72、Dorealongicatena、DysgonomonasgadeiATCCBAA-286、Dysgonomonasmossii、迟缓埃格特菌(Eggerthellalenta)、啮蚀艾肯氏菌(Eikenellacorrodens)、Eisenbergiellatayi、Emergenciatimonensis、EnormamassiliensisphI、粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)、Enterorhabdusmuris、哈尔滨产乙醇杆菌(Ethanoligenensharbinense)YUAN-3、Eubacteriumcoprostanoligenes、粘液真杆菌(Eubacteriumlimosum)、氧化还原真杆菌(Eubacteriumoxidoreducens)、沟迹真杆菌(Eubacteriumsulci)ATCC35585、单形真杆菌(Eubacteriumuniforme)、凸腹真杆菌(Eubacteriumventriosum)、嗜木聚糖真杆菌(Eubacteriumxylanophilum)、Extibactermuris、Ezakiellaperuensis、普氏粪杆菌、Faecalicoccusacidiformans、Faecalitaleacylindroides、绒毛产线菌(Filifactorvillosus)、Flavonifractorplautii、Flintibacterbutyricus、Frisingicoccuscaecimuris、Fucophilusfucoidanolyticus、Fusicatenibactersaccharivorans、死亡梭杆菌(Fusobacteriummortiferum)、具核梭杆菌文氏亚种(Fusobacteriumnucleatumsubsp.Vincentii)、猿梭杆菌(Fusobacteriumsimiae)、可变梭杆菌(Fusobacteriumvarium)、Garciellanitratireducens、溶血孪生球菌(Gemellahaemolysans)、甲酸芽殖菌(Gemmigerformicilis)、Gordonibacterurolithinfaciens、GracilibacterthermotoleransJW/YJL-S1、Granulicatellaelegans、Guggenheimellabovis、溶血嗜血菌(Haemophilushaemolyticus)、Helicobactertyphlonius、Hespelliastercorisuis、Holdemanellabiformis、HoldemaniamassiliensisAP2、Howardellaureilytica、Hungatellaeffluvii、Hungatellahathewayi、Hydrogenoanaerobacteriumsaccharovorans、Ihubactermassiliensis、Intestinibacterbartlettii、Intestinimonasbutyriciproducens、Irregularibactermuris、KiloniellalaminariaeDSM19542、Kroppenstedtiaguangzhouensis、Lachnoanaerobaculumorale、Lachnoanaerobaculumumeaense、Lachnoclostridiumphytofermentans、嗜酸乳杆菌(Lactobacillusacidophilus)、低温乳杆菌(Lactobacillusalgidus)、动物乳杆菌(Lactobacillusanimalis)、干酪乳杆菌(Lactobacilluscasei)、德氏乳杆菌(Lactobacillusdelbrueckii)、Lactobacillusfornicalis、惰性乳杆菌(Lactobacillusiners)、戊糖乳杆菌(Lactobacilluspentosus)、罗氏乳杆菌(Lactobacillusrogosae)、格氏乳球菌(Lactococcusgarvieae)、Lactonifactorlongoviformis、口腔纤毛菌(Leptotrichiabuccalis)、Leptotrichiahofstadii、Leptotrichiahongkongensis、Leptotrichiawadei、Leuconostocinhae、Levyellamassiliensis、Loriellopsiscavernicola、Lutisporathermophila、MarinilabiliasalmonicolorJCM21150、Marvinbryantiaformatexigens、萤火虫中间原体(Mesoplasmaphoturis)、史氏甲烷短杆菌(Methanobrevibactersmithii)ATCC35061、MethanomassiliicoccusluminyensisBIO、扭脱甲基杆菌(Methylobacteriumextorquens)、Mitsuokellajalaludinii、Mobilitaleasibirica、柯氏动弯杆菌(Mobiluncuscurtisii)、Mogibacteriumpumilum、Mogibacteriumtimidum、Moorellaglycerini、Moorellahumiferrea、不液化莫拉氏菌(Moraxellanonliquefaciens)、奥斯陆莫拉氏菌(Moraxellaosloensis)、摩氏摩根氏菌(Morganellamorganii)、Moryellaindoligenes、Muribaculumintestinale、Murimonasintestini、Natranaerovirgapectinivora、Neglectatimonensis、灰色奈瑟氏球菌(Neisseriacinerea)、Neisseriaoralis、Nocardioidesmesophilus、Novibacillusthermophilus、人苍白杆菌(Ochrobactrumanthropi)、Odoribactersplanchnicus、Olsenellaprofusa、Olsenellauli、OribacteriumasaccharolyticumACB7、Oribacteriumsinus、OscillibacterruminantiumGH1、Oscillibactervalericigenes、Oxobacterpfennigii、成团泛菌(Pantoeaagglomerans)、Papillibactercinnamivorans、Parabacteroidesfaecis、Parabacteroidesgoldsteinii、Parabacteroidesgordonii、Parabacteroidesmerdae、Parasporobacteriumpaucivorans、Parasutterellaexcrementihominis、Parasutterellasecunda、Parvimonasmicra、黑色消化球菌(Peptococcusniger)、PeptoniphilusduerdeniiATCCBAA-1640、Peptoniphilusgrossensisph5、Peptoniphiluskoenoeneniae、PeptoniphilussenegalensisJC140、Peptostreptococcusstomatis、Phascolarctobacteriumsuccinatutens、Phoceamassiliensis、Pontibacterindicus、Porphyromonasbennonis、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonasendodontalis)、Porphyromonaspasteri、Prevotellabergensis、颊普雷沃氏菌(Prevotellabuccae)ATCC33574、栖牙普雷沃氏菌(Prevotelladenticola)、抑制普雷沃氏菌(Prevotellaenoeca)、PrevotellafuscaJCM17724、洛氏普雷沃氏菌(Prevotellaloescheii)、变黑普雷沃氏菌(Prevotellanigrescens)、口普雷沃氏菌(Prevotellaoris)、PrevotellapollensATCC700821、PrevotellastercoreaDSM18206、Prevotellamassiliatimonensis、Propionispiraarcuata、奇异变形杆菌(Proteusmirabilis)、雷氏普罗威登斯菌(Providenciarettgeri)、PseudobacteroidescellulosolvensATCC35603＝DSM2933、瘤胃假丁酸弧菌(Pseudobutyrivib...
【专利技术属性】
技术研发人员：J·沃戈，V·戈帕拉克里希南，
申请(专利权)人：得克萨斯系统大学评议会，
类型：发明
国别省市：美国,US
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