一种人BRCA1/2基因变异检测质控品及其制备方法和应用技术

本发明专利技术提供了一种人BRCA 1/2基因变异检测质控品的制备方法，属于高通量测序技术领域，将BRCA 1/2基因变异阳性、稳定传代的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA后，用高通量测序的方法分别测定稀释液中BRCA 1/2基因上的变异位点，任选所述变异位点中的一个作为阳性对照位点，选中变异位点的野生型位点为阴性对照位点；实时荧光定量PCR的方法对稀释液中基因组的拷贝数进行定量；根据稀释液中基因组拷贝数和选中变异位点的目标等位基因频率计算获得所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合比例；按照所述的混合比例将所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液混合获得人BRCA 1/2基因变异检测质控品。

A quality control product for human BRCA1/2 gene mutation detection and its preparation method and Application

【技术实现步骤摘要】
一种人BRCA1/2基因变异检测质控品及其制备方法和应用
本专利技术属于高通量测序
，尤其涉及一种人BRCA1/2基因变异检测质控品及其制备方法和应用。
技术介绍
乳腺癌是一种严重影响妇女身体健康甚至危及生命的最常见的恶性肿瘤之一。据资料统计，乳腺癌的发病率占全身各种恶性肿瘤发病率的7-10％。乳腺癌可分为散发性和遗传性两大类。其中遗传性乳腺癌约占乳癌发病率的5-10％。乳腺癌易感基因BRCA1(thefirstfamilialbreastandovariancancersusceptibilitygene)和BRCA2(thesecondfamilialbreastcancersusceptibilitygene)存在可遗传突变，BRCA1或BRCA2突变基因携带者一生中患乳腺癌的危险性估计为90。此外，BRCA1和BRCA2的突变也和卵巢癌有关。不论有无家族史还是发病年龄，所有卵巢癌中2～6％有BRCA1的突变，3～4％有BRCA2的突变。因此，筛选BRCA基因的突变也来越受到研究者的关注。BRCA1和BRCA2基因分别定位于17q12_21和13q12_13，编码序列分别为5711bp和10987bp，其表达有一定的组织特异性。BRCA1和BRCA2蛋白分别由1863个氨基酸和3418个氨基酸组成，这两个蛋白都具有Granin蛋白的某些特征。BRCA1/2是两种具有抑制恶性肿瘤发生的基因，在调节人体细胞的复制、遗传物质DNA损伤修复、细胞的正常生长方面有重要作用。拥有这个基因突变的家族倾向于具有高乳腺癌发生率，通常发生在较年轻时，病人的两侧乳房都患癌，且同时患有卵巢癌。如果BRCA1/2基因的结构发生了某些改变，那么它所具有的抑制肿瘤发生的功能就会受影响。截止2013年，已发现的BRCA1/2的突变有数百种之多。有学者总结了BRCA1和BRCA2基因突变相关的癌症的终身风险，显示有BRCA1基因突变者，患乳腺癌和卵巢癌的风险分别是50-85％和15-45％，有BRCA2基因突变者，患乳腺癌和卵巢癌的风险分别是50-85％和10-20％。通过对BRCA1/2的检测可筛检出乳腺癌、卵巢癌及其他相关恶性肿瘤的高危人群，利于该类疾病的早期诊断治疗。高通量测序技术(Highthroughputsequencing)又称二代测序技术(NextGenerationSequencing,NGS)，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，然后将测序结果与参考序列进行比对，找到DNA分子上存在的突变信息。高通量测序技术是一种高效、精准的基因突变检测方法。目前国内尚无针对BRCA1/2基因检测的质控品和试剂盒。现有的针对胎儿染色体非整倍体(T21,T18,T13)检测使用半导体测序法，由于分析的目的不同，这样的检测分析的是染色体水平的变异，因此不能用于以靶向基因变异为目的的检测分析。其他的基因突变检测类产品，如EGFR热点突变检测，采用了PCR—荧光探针法、荧光PCR—毛细管电泳法、流式荧光杂交法、FISH测序法、Taqman-ARMS法等，由于仅能检测某一特定位点的突变，检测的效率低，成本高，而BRCA1/2基因的变异不存在特定的位点，变异的发生率无明显的位点特异性，因此常规方法不适合这类变异的筛查，不能很好地满足对于靶基因全编码区域都要求检测和分析的BRCA1/2基因检测的需求。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种人BRCA1/2基因变异检测质控品及其制备方法和应用。本专利技术提供的人BRCA1/2质控品包含不同的变异频率的变异位点，有利于控制分析准确性；能够有效对人BRCA1BRCA1/2基因变异的高通量测序检测体系的可靠性进行评估，提高效率并降低检测质控成本。为了实现上述目的，本专利技术提供了以下技术方案：一种人BRCA1/2基因变异检测质控品的制备方法，包括以下步骤：1)将BRCA1/2基因变异阳性、稳定传代的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA分别稀释至95～105ng/μL，获得若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液；2)利用高通量测序的方法分别测定步骤1)所述人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中BRCA1/2基因上的变异位点，任选所述变异位点中的一个作为阳性对照位点，选中变异位点的野生型位点为阴性对照位点；3)利用实时荧光定量PCR的方法对所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组的拷贝数进行定量；4)根据步骤3)确定的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组拷贝数和选中变异位点的目标等位基因频率计算获得所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合比例；5)按照步骤4)中所述的混合比例将所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液混合获得人BRCA1/2基因变异检测质控品；所述变异位点的目标等位基因频率≥5％；所述变异位点的目标等位基因频率＝变异位点所在人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组的拷贝数/所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合液中基因组的总拷贝数；所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合液中基因组的总拷贝数＝A*VA+B*VB+…..+N*VN；其中A为单位体积A细胞基因组稀释液的拷贝数，VA为A细胞基因组稀释液的体积；B为单位体积B细胞基因组稀释液的拷贝数，VB为B细胞基因组稀释液的体积；N为单位体积N细胞基因组稀释液的拷贝数，VN为N细胞基因组稀释液的体积。优选的，所述BRCA1/2基因变异阳性、稳定传代的人肿瘤细胞系基因组DNA包括人肿瘤细胞系GM13705，GM13707，GM13708，GM13709，GM13710，GM13711，GM13712，GM13713，GM13714，GM13715，GM14090，GM14092，GM14093，GM14095，GM14096，GM14097，GM14170，GM14622，GM14623，GM14624，GM14626，GM14634，GM14636，GM14637，GM14638，GM14639，GM14684，GM14788，GM14805，GM16105和GM17509中的一种或几种基因组DNA。优选的，所述BRCA1/2基因变异阳性、稳定传代的人肿瘤细胞系包括人肿瘤细胞系GM13705，GM13707，GM13708和GM13709基因组DNA。优选的，所述变异位点的目标等位基因频率为6～20％。优选的，所述步骤4)～步骤5)中还包括将无BRCA1/2基因变异的阴性人肿瘤细胞系基因组DNA与所述所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液混合，所述无BRCA1/2基因变异的阴性人肿瘤细胞系基因组DNA变异位点的基因频率为0。优选的，所述无BRCA1/2基因变异的阴性人肿瘤细胞系基因组DNA包括人肿瘤细胞系HCC1599，HCT-15，Jurkat和NCI-H720的基因组DNA；所述人肿瘤细胞系HCC1599，HCT-15，Jurkat和NCI-H720基因组DNA的浓度独立为50～100ng/μL；所述人肿瘤细胞系HCC1599，HCT-15，Jurkat和NCI-H720基因组DNA的体积比为(1～2):1:1:1。优选的，步骤2)中所述变异位点包括杂合变异位点和纯合变异位点。优选的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种人BRCA1/2基因变异检测质控品的制备方法，包括以下步骤：1)将BRCA1/2基因变异阳性、稳定传代的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA分别稀释至95～105ng/μL，获得若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液；2)利用高通量测序的方法分别测定步骤1)所述人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中BRCA1/2基因上的变异位点，任选所述变异位点中的一个作为阳性对照位点，选中变异位点的野生型位点为阴性对照位点；3)利用实时荧光定量PCR的方法对所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组的拷贝数进行定量；4)根据步骤3)确定的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组拷贝数和选中变异位点的目标等位基因频率计算获得所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合比例；5)按照步骤4)中所述的混合比例将所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液混合获得人BRCA1/2基因变异检测质控品；所述变异位点的目标等位基因频率≥5％；所述变异位点的目标等位基因频率＝变异位点所在人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组的拷贝数/所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合液中基因组的总拷贝数；所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合液中基因组的总拷贝数＝A*VA+B*VB+…..+N*VN；其中A为单位体积A细胞基因组稀释液的拷贝数，VA为A细胞基因组稀释液的体积；B为单位体积B细胞基因组稀释液的拷贝数，VB为B细胞基因组稀释液的体积；N为单位体积N细胞基因组稀释液的拷贝数，VN为N细胞基因组稀释液的体积。...

【技术特征摘要】
1.一种人BRCA1/2基因变异检测质控品的制备方法，包括以下步骤：1)将BRCA1/2基因变异阳性、稳定传代的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA分别稀释至95～105ng/μL，获得若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液；2)利用高通量测序的方法分别测定步骤1)所述人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中BRCA1/2基因上的变异位点，任选所述变异位点中的一个作为阳性对照位点，选中变异位点的野生型位点为阴性对照位点；3)利用实时荧光定量PCR的方法对所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组的拷贝数进行定量；4)根据步骤3)确定的若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组拷贝数和选中变异位点的目标等位基因频率计算获得所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合比例；5)按照步骤4)中所述的混合比例将所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液混合获得人BRCA1/2基因变异检测质控品；所述变异位点的目标等位基因频率≥5％；所述变异位点的目标等位基因频率＝变异位点所在人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液中基因组的拷贝数/所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合液中基因组的总拷贝数；所述若干种人肿瘤细胞系基因组DNA稀释液的混合液中基因组的总拷贝数＝A*VA+B*VB+…..+N*VN；其中A为单位体积A细胞基因组稀释液的拷贝数，VA为A细胞基因组稀释液的体积；B为单位体积B细胞基因组稀释液的拷贝数，VB为B细胞基因组稀释液的体积；N为单位体积N细胞基因组稀释液的拷贝数，VN为N细胞基因组稀释液的体积。2.根据权利要求1所述的一种人BRCA1/2基因变异检测质控品的制备方法，其特征在于，所述BRCA1/2基因变异阳性、稳定传代的人肿瘤细胞系基因组DNA包括人肿瘤细胞系GM13705，GM13707，GM13708，GM13709，GM13710，GM13711，GM13712，GM13713，GM13714，GM13715，GM14090，GM14092，GM14093，GM14095，GM14096，GM14097，GM14170，GM14622，GM14623，GM14624，GM14626，GM14634，GM14636，GM14637，GM...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈伟强，胡文玮，焦海涛，何志辉，熊江红，谢秒秒，张瑞华，叶嘉惠，李飞燕，朱建华，廖敔，方姝，葛海鹏，
申请(专利权)人：安徽鼎晶生物科技有限公司，上海鼎晶生物医药科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：安徽,34