通过模板化组装反应进行蛋白质的定向折叠组装或二聚化的方法技术

本公开提供了核酸分子、包含所述核酸分子的组合物和试剂盒，以及用于产生模板化组装产物的方法。

Directional folding assembly or dimerization of proteins by template assembly reaction

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过模板化组装反应进行蛋白质的定向折叠组装或二聚化的方法
本公开部分涉及核酸分子、包含所述核酸分子的组合物和试剂盒，以及用于产生模板化组装产物的方法。
技术介绍
药物开发的目标是向致病细胞，如病毒感染的细胞、赘生性细胞、产生自身免疫应答的细胞以及其他失调或功能障碍细胞递送有效的生物治疗干预。能够对抗致病细胞的有效生物治疗干预的实例包括毒素、促凋亡剂以及重新导向免疫细胞以消除致病细胞的免疫治疗方法。遗憾的是，由于对相邻正常细胞或患者的整体健康有高风险的毒性，这些药剂的开发非常困难。已经出现的允许向致病细胞递送有效干预同时减轻对正常细胞的毒性的方法是通过将治疗剂导向对致病细胞具有特异性的分子标志物来实现所述治疗剂的靶向。靶向治疗剂已经在有限的病例中显示出非凡的临床结果，但由于缺乏靶向疗法的可接近标志物，目前在其可应用性上受到限制。发现许多致病细胞类型的蛋白质标志物是极其困难的，且常常是不可能的。近年来，已经开发了靶向对致病细胞具有特异性的核酸靶标的疗法。现有的核酸靶向疗法(如siRNA)能够下调潜在危险基因的表达，但不递送有效的细胞毒性或细胞抑制性干预，因此在消除危险细胞本身方面不是特别有效。因此，需要对抗现有生物治疗干预的不良功效和/或严重副作用。如本文所述，可以使用核酸分子模板通过折叠或二聚化组装蛋白质，这可以用于对抗致病或其他不期望的细胞或细胞产物。此类模板化组装过程可以用于靶向目标细胞类型以进行破坏。成对的携带特别定制且相互反应的配体的修饰寡核苷酸可以按照如本文所阐述的模板化组装来组装具有预定功能的蛋白质。
技术实现思路
本公开提供了单倍体-配体复合物(haplomer-ligandcomplex)，其包含：单倍体，其中单体包含与靶核酸分子基本上互补的多核苷酸；以及与单倍体的5’或3’末端连接的配体，其中配体包含配体配偶体结合位点。本公开还提供了包含本文所述的第一单倍体-配体复合物和本文所述的第二单倍体-配体复合物的组合物或试剂盒，其中：第一单倍体-配体复合物的配体与第一单倍体-配体复合物的多核苷酸的5’末端连接；并且第二单倍体-配体复合物的配体与第二单倍体-配体复合物的多核苷酸的3’末端连接。本公开还提供了瓶形单倍体-配体复合物，其包含：瓶形单倍体，其中瓶形单倍体包含多核苷酸，其中多核苷酸包括：a)第一茎部，其包括约10至约20个核苷酸碱基；b)反靶环部分，其包括约16至约40个核苷酸碱基且具有与第一茎部连接的第一末端，其中反靶环部分与靶核酸分子基本上互补；c)第二茎部，其包括约10至约20个核苷酸碱基，与反靶环部分的第二末端连接，其中第一茎部与第二茎部基本上互补；以及d)配体，其与第一茎部或第二茎部的末端连接，其中配体包含配体配偶体结合位点；其中反靶环部分:靶核酸分子的Tm大于第一茎部:第二茎部的Tm。本公开还提供了组合物或试剂盒，其包含：本文所述的瓶形单倍体-配体复合物；以及第二单倍体-配体复合物，其包含：包括约6至约20个核苷酸碱基的核苷酸部分，其与和瓶形单倍体-配体复合物的配体连接的瓶形单倍体-配体复合物的茎部基本上互补；以及与第二单倍体-配体复合物的核苷酸部分的5’或3’末端连接的配体，其中配体包含配体配偶体结合位点；其中第二单倍体-配体复合物:与瓶形单倍体-配体复合物的配体连接的第一或第二茎部的Tm小于或等于瓶形单倍体-配体复合物的第一茎部:第二茎部的Tm。本公开还提供了具有下式的化合物：其中m为3至6。本公开还提供了具有下式的化合物：其中m为3至6。本公开还提供了具有下式的化合物：其中n为1至6。本公开还提供了具有下式的化合物：其中x为1至6。本公开还提供了具有下式的化合物：其中x为1至6。本公开还提供了具有下式的化合物：在本文也称为单价FKBP配体-2(MFL2)。本公开还提供了融合蛋白，其包含与配体结合结构域融合的目标蛋白质的片段，其中：配体结合结构域是用于小分子配体的配体结合结构域；或配体结合结构域是相互作用的蛋白质结构域。本公开还提供了包含本文所述的第一融合蛋白和本文所述的第二融合蛋白的组合物或试剂盒，其中第一融合蛋白的目标蛋白质和第二融合蛋白的目标蛋白质可以二聚化或折叠在一起。本公开还提供了组合物或试剂盒，其包含：本文所述的第一单倍体-配体复合物；本文所述的第二单倍体-配体复合物；本文所述的第一融合蛋白；以及本文所述的第二融合蛋白；其中第一单倍体-配体复合物的配体与第一单倍体-配体复合物的多核苷酸的5’末端连接；其中第二单倍体-配体复合物的配体与第二单倍体-配体复合物的多核苷酸的3’末端连接；其中第一单倍体-配体复合物的多核苷酸与靶核酸分子基本上互补；其中第二单倍体-配体复合物的多核苷酸在与第一单倍体-配体复合物的多核苷酸在空间上接近的位点处与靶核酸分子基本上互补；其中第一单倍体-配体复合物的配体和第一融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；其中第二单倍体-配体复合物的配体和第二融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；并且其中第一融合蛋白的目标蛋白质的片段和第二融合蛋白的目标蛋白质的片段可以二聚化或折叠在一起。本公开还提供了组合物或试剂盒，其包含：本文所述的第一单倍体-配体复合物；本文所述的第二单倍体-配体复合物；本文所述的第一融合蛋白；以及本文所述的第二融合蛋白；其中第一单倍体-配体复合物的配体与第一单倍体-配体复合物的多核苷酸的5’末端连接；其中第二单倍体-配体复合物的配体与第二单倍体-配体复合物的多核苷酸的3’末端连接；其中第一单倍体-配体复合物的多核苷酸与靶核酸分子基本上互补；其中第二单倍体-配体复合物的多核苷酸在与第一单倍体-配体复合物的多核苷酸在空间上接近的位点处与靶核酸分子基本上互补；其中第一单倍体-配体复合物的配体和第一融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；其中第二单倍体-配体复合物的配体和第二融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；并且其中第一融合蛋白的目标蛋白质的片段和第二融合蛋白的目标蛋白质的片段可以二聚化或折叠在一起。本公开还提供了组合物或试剂盒，其包含：本文所述的第一瓶形单倍体-配体复合物；本文所述的第二单倍体-配体复合物，其中第二单倍体-配体复合物包含与和瓶形单倍体-配体复合物的配体连接的瓶形单倍体-配体复合物的茎部基本上互补的核苷酸部分；本文所述的第一融合蛋白；以及本文所述的第二融合蛋白；其中第一瓶形单倍体-配体复合物的配体和第一融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；其中第二单倍体-配体复合物的配体和第二融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；并且其中第一融合蛋白的目标蛋白质的片段和第二融合蛋白的目标蛋白质的片段可以二聚化或折叠在一起。本公开还提供了组合物或试剂盒，其包含：本文所述的第一瓶形单倍体-配体复合物；本文所述的第二单倍体-配体复合物，其中第二单倍体-配体复合物包含与和瓶形单倍体-配体复合物的配体连接的瓶形单倍体-配体复合物的茎部基本上互补的核苷酸部分；本文所述的第一融合蛋白；以及本文所述的第二融合蛋白；其中第一瓶形单倍体-配体复合物的配体和第一融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；其中第二单倍体-配体复合物的配体和第二融合蛋白的配体结合结构域可以相互作用；并且其中第一融合蛋白的目标蛋白质的片段和第二融合蛋白的目标蛋白质的片段可以二本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种单倍体‑配体复合物，其包含：单倍体，其中所述单倍体包含与靶核酸分子基本上互补的多核苷酸；以及与所述单倍体的5’或3’末端连接的配体，其中所述配体包含配体配偶体结合位点。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.11.21 US 62/424,6421.一种单倍体-配体复合物，其包含：单倍体，其中所述单倍体包含与靶核酸分子基本上互补的多核苷酸；以及与所述单倍体的5’或3’末端连接的配体，其中所述配体包含配体配偶体结合位点。2.一种组合物或试剂盒，其包含根据权利要求1所述的第一单倍体-配体复合物和根据权利要求1所述的第二单倍体-配体复合物，其中：所述第一单倍体-配体复合物的配体与所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸的5’末端连接；并且所述第二单倍体-配体复合物的配体与所述第二单倍体-配体复合物的多核苷酸的3’末端连接。3.一种瓶形单倍体-配体复合物，其包含：a)瓶形单倍体，其中所述瓶形单倍体包含多核苷酸，其中所述多核苷酸包括：i)第一茎部，其包括约10至约20个核苷酸碱基；ii)反靶环部分，其包括约16至约40个核苷酸碱基且具有与所述第一茎部连接的第一末端，其中所述反靶环部分与靶核酸分子基本上互补；以及iii)第二茎部，其包括与所述反靶环部分的第二末端连接的约10至约20个核苷酸碱基，其中所述第一茎部与所述第二茎部基本上互补；以及b)与所述第一茎部或所述第二茎部的末端连接的配体，其中所述配体包含配体配偶体结合位点；其中反靶环部分:靶核酸分子的Tm大于第一茎部:第二茎部的Tm。4.一种组合物或试剂盒，其包含：根据权利要求3所述的瓶形单倍体-配体复合物；以及第二单倍体-配体复合物，其包括：包括约6至约20个核苷酸碱基的核苷酸部分，其与和所述瓶形单倍体-配体复合物的配体连接的所述瓶形单倍体-配体复合物的茎部基本上互补；以及与所述第二单倍体-配体复合物的核苷酸部分的5’或3’末端连接的配体，其中所述配体包含配体配偶体结合位点；其中第二单倍体-配体复合物:与所述瓶形单倍体-配体复合物的配体连接的第一或第二茎部的Tm小于或等于所述瓶形单倍体-配体复合物的第一茎部:第二茎部的Tm。5.一种化合物，其具有下式：其中m为3至6；具有下式：其中m为3至6；具有下式：其中n为1至6；具有下式：其中x为1至6；具有下式：其中x为1至6；或具有下式：6.一种融合蛋白，其包含与配体结合结构域融合的目标蛋白质的片段，其中所述配体结合结构域是FKBP结构域或FRB结构域。7.一种组合物或试剂盒，其包含根据权利要求6所述的第一融合蛋白和根据权利要求6所述的第二融合蛋白，其中所述第一融合蛋白的目标蛋白质和所述第二融合蛋白的目标蛋白质可二聚化或折叠在一起。8.一种用于蛋白质的定向组装的方法，其包括：使靶核酸分子与根据权利要求1所述的第一单倍体-配体复合物接触；使所述靶核酸与根据权利要求1所述的第二单倍体-配体复合物接触；使所述第一单倍体-配体复合物与根据权利要求6所述的第一融合蛋白接触；以及使所述第二单倍体-配体复合物与根据权利要求6所述的第二融合蛋白接触；其中所述第一单倍体-配体复合物的配体与所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸的5’末端连接；其中所述第二单倍体-配体复合物的配体与所述第二单倍体-配体复合物的多核苷酸的3’末端连接；其中所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸与靶核酸分子基本上互补；其中所述第二单倍体-配体复合物的多核苷酸在与所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸在空间上接近的位点处与所述靶核酸分子基本上互补；其中所述第一单倍体-配体复合物的配体和所述第一融合蛋白的配体结合结构域可相互作用；并且其中所述第二单倍体-配体复合物的配体和所述第二融合蛋白的配体结合结构域可相互作用；从而导致所述第一融合蛋白的目标蛋白质的片段与所述第二融合蛋白的目标蛋白质的片段折叠或二聚化。9.一种用于蛋白质的定向组装的方法，其包括：使靶核酸分子与根据权利要求1所述的第一单倍体-配体复合物接触；使所述靶核酸与根据权利要求1所述的第二单倍体-配体复合物接触；使所述第一单倍体-配体复合物与根据权利要求6所述的第一融合蛋白接触；以及使所述第二单倍体-配体复合物与根据权利要求6所述的第二融合蛋白接触；其中所述第一单倍体-配体复合物的配体与所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸的5’末端连接；其中所述第二单倍体-配体复合物的配体与所述第二单倍体-配体复合物的多核苷酸的3’末端连接；其中所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸与靶核酸分子基本上互补；其中所述第二单倍体-配体复合物的多核苷酸在与所述第一单倍体-配体复合物的多核苷酸在空间上接近的位点处与所述靶核酸分子基本上互补；其中所述第一单倍体-配体复合物的配体和所述第一融合蛋白的配体结合结构域可相互作用；并且其中所述第二单倍体-配体复合物的配体和所述第二融合蛋白的配体结合结构域可相互作用；从而导致所述第一融合蛋白的目标蛋白质的片段与所述第二融合蛋白的目标蛋白质的片段折叠或二聚化。10.一种用于蛋白质的定向组装的方法，其包括：使靶核酸分子与通过根据权利要求1所述的第一单倍体-配体复合物与根据权利要求6所述的第一融合蛋白的相互...

【专利技术属性】
技术研发人员：伊恩·邓恩，马修·劳勒，
申请(专利权)人：特里比奥迪卡有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US