一种鉴定水稻品种的试剂、方法及应用技术

本发明专利技术提供了一种鉴定水稻品种的试剂、方法及应用，涉及生物鉴别技术领域，检测目标水稻基因组上的LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1SNP位点的基因型；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为T，则为籼稻；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为A，为粳稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为G，则为籼稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为C，则为粳稻。本发明专利技术提供了一种鉴定水稻品种的方法。使用该方法能快速准确的区分籼稻和粳稻，使用该方法仅仅通过电泳条带的数量就可以判断出水稻的稻型，极大简化了水稻种质资源区分的工序。还提供了一种检测水稻基因组目标位点基因型的试剂在鉴定水稻品种中的应用，通过该检测试剂能快速对籼稻和粳稻的分子标记进行扩增。

A Reagent, Method and Application for Identification of Rice Varieties

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定水稻品种的试剂、方法及应用
本专利技术涉及生物鉴别
，具体而言，涉及一种鉴定水稻品种的试剂、方法及应用。
技术介绍
“亚洲栽培稻”(Oryzasativa)是世界上最古老的农作物物种之一。亚洲栽培稻包括籼稻(OryzasalivasubspIndica)和粳稻(OryzasalivasubspKeng)两个主要亚种。经过长期的人工选育种植，现在已经培育出上千种籼稻和粳稻品种。籼稻和粳稻在形态、生理生化性状和品质上均产生较大的差异。籼稻适合于低纬度和低海拔的热带和亚热带环境，而粳稻更适合于高纬度和高海拔的寒冷环境。由于籼稻和粳稻的遗传分化，利用籼稻和粳稻进行有性杂交可以产生更多新的遗传重组类型。利用两个水稻品种的杂种优势，在杂交稻的培育中具有重要的价值。因此，水稻品种的鉴定尤为关键。现有技术中常常采用形态鉴定的方法，通过观察水稻的穗节长、稻壳色和叶毛等性状判断稻型。然而，这种方法受观测者的色差，环境，水稻种植时间等因素影响较大，极大阻碍了籼稻和粳稻的鉴定效率。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供一种鉴定水稻品种的方法。使用该方法能快速准确的区分籼稻和粳稻，使用该方法仅仅通过电泳条带的数量就可以判断出水稻的稻型，极大简化了水稻种质资源区分的工序。本专利技术的第二目的在于提供一种检测水稻基因组目标位点基因型的试剂在鉴定水稻品种中的应用，通过该检测试剂能快速对籼稻和粳稻的分子标记进行扩增。本专利技术的第三目的在于提供一种检测水稻基因组目标位点基因型的试剂在制备鉴定水稻品种试剂盒中的应用，通过该试剂盒极大方便了水稻品种的鉴定，该试剂盒应用范围广泛，特异性高，成本低。本专利技术是这样实现的：一种鉴定水稻品种的方法，包括：检测目标水稻基因组上的LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1SNP位点的基因型；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为T，则为籼稻；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为A，为粳稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为G，则为籼稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为C，则为粳稻。本专利技术提供的鉴定水稻品种的方法，可以鉴定籼稻中如下品种：粳稻中的如下品种：在本专利技术较佳的实施例中，使用第一引物对扩增覆盖LOC_Os02g51890.1SNP位点的第一片段，使用第二引物对扩增覆盖LOC_Os09g38440.1SNP位点的第二片段。在本专利技术较佳的实施例中，上述第一引物对序列如SEQIDNO：5和SEQIDNO：6所示，第二引物对序列如SEQIDNO：7和SEQIDNO：8所示。正向引物：5’-TAAGTTTCACAGTTGGCGTTCA-3’(SEQIDNO：5)；反向引物：5’-CGGAGACTGGCGGAGCTGATTG-3’(SEQIDNO：6)。正向引物：5’-TGAAGATGCCTGTAGTGGGAGTG-3’(SEQIDNO：7)；反向引物：5’-TATGTTATGGCTGTCCTTGTCC-3’(SEQIDNO：8)。在本专利技术较佳的实施例中，将第一片段使用PstⅠ酶切后电泳和/或将第二片段使用PstⅠ酶切后电泳，若酶切后的电泳图显示一条电泳条带，则该水稻样品为籼稻，若酶切后的电泳图显示两条电泳条带，则该水稻样品为粳稻。LOC_Os02g51890.1SNP位于水稻2号染色体上，其在籼稻和粳稻中的467bp处存在一个T←→A的SNP位点差异。粳稻在该SNP位点的旁邻序列具有限制性内切酶PstⅠ的酶切识别位点：CTGCAG。籼稻在该酶切识别位点存在一个碱基的突变：CAGCAG，导致限制性内切酶PstⅠ无法对该序列进行特异性识别，酶切。因此，在PstⅠ酶切识别PCR片段后，粳稻片段被酶切为470bp和270bp两条DNA片段，而籼稻仍保持737bp大小的DNA片段。因此，LOC_Os02g51890.1SNP可用于鉴别水稻的品种。LOC_Os02g51890.1为RNA结合蛋白基因。LOC_Os09g38440.1SNP位于水稻9号染色体上，其在籼稻和粳稻的197bp处存在一个G←→C的SNP位点差异。粳稻在该SNP位点的旁邻序列具有限制性内切酶PstⅠ的酶切识别位点：CTGCAG。籼稻在该酶切识别位点存在一个碱基的突变：CTCCAG，导致限制性内切酶PstⅠ无法对该序列进行特异性识别，酶切。因此，在PstⅠ酶切识别PCR片段后，粳稻片段被酶切为199bp和343bp两条DNA片段，而籼稻仍保持537bp大小的DNA片段。因此，LOC_Os09g38440.1SNP可用于鉴别水稻的品种。LOC_Os09g38440.1为ATXR赖氨酸甲基转移酶基因。一种鉴定水稻品种的方法，包括如下依次进行的步骤：(1)提取水稻样品基因组DNA；(2)使用的检测引物对步骤(1)中的基因组DNA进行PCR扩增；(3)取步骤(2)中的PCR产物用PstⅠ酶切后电泳；(4)电泳结果鉴定：若步骤(3)酶切后的电泳图显示一条电泳条带，则该水稻样品为籼稻；若步骤(3)酶切后的电泳图显示两条电泳条带，则该水稻样品为粳稻。在本专利技术较佳的实施例中，上述PCR反应体系包括如下组分2×PCRMix：5-250μL，DNA模板25-500ng，10nmol/LPCR引物各2-6μL，用水补充至10-500μL。在本专利技术较佳的实施例中，上述PCR反应的程序包括94-105℃预变性0.5-5min，94-96℃变性30s，50-58℃退火30s，70-72℃延伸20-40s，设置循环次数为30-35；最后70-72℃延伸2-10min；优选地，PCR反应程序的退火温度为56℃，循环次数为35次。在本专利技术较佳的实施例中，对目标水稻基因组上的LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1SNP进行测序，若测序后的核苷酸序列与SEQIDNO：1和/或SEQIDNO：3所示的序列一致，则为籼稻，若测序后的核苷酸序列与SEQIDNO：2和/或SEQIDNO：4所示的序列一致，则为粳稻。检测水稻基因组目标位点基因型的试剂在鉴定水稻品种中的应用，目标位点包括LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1位点，若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为T，则为籼稻；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为A，为粳稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为G，则为籼稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为C，为粳稻。在本专利技术较佳的实施例中，上述检测水稻基因组目标位点基因型的试剂为检测引物，通过检测引物扩增得到核苷酸片段。在本专利技术较佳的实施例中，将核苷酸片段使用PstⅠ酶切后电泳，若酶切后的电泳图显示一条电泳条带，则该水稻样品为籼稻，若酶切后的电泳图显示两条电泳条带，则该水稻样品为粳稻。在本专利技术较佳的实施例中，上述鉴定水稻品种的方法在鉴定水稻籼稻和粳稻亲本纯度检测中的应用以及在水稻群体遗传中的应用。检测水稻基因组目标位点基因型的试剂在制备鉴定水稻品种试剂盒中的应用，检测水稻基因组目标位点基因型的试剂为检测引物。一种鉴定水稻品种的试剂盒，试剂盒包括检测水稻基因本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定水稻品种的方法，其特征在于，包括：检测目标水稻基因组上的LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1SNP位点的基因型；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为T，则为籼稻；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为A，为粳稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为G，则为籼稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为C，则为粳稻。

【技术特征摘要】
1.一种鉴定水稻品种的方法，其特征在于，包括：检测目标水稻基因组上的LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1SNP位点的基因型；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为T，则为籼稻；若待测位点LOC_Os02g51890.1SNP为A，为粳稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为G，则为籼稻；若待测位点LOC_Os09g38440.1SNP为C，则为粳稻。2.根据权利要求1所述的鉴定水稻品种的方法，其特征在于，使用第一引物对扩增覆盖LOC_Os02g51890.1SNP位点的第一片段，使用第二引物对扩增覆盖LOC_Os09g38440.1SNP位点的第二片段。3.根据权利要求2所述的鉴定水稻品种的方法，其特征在于，所述第一引物对序列如SEQIDNO：5和SEQIDNO：6所示，所述第二引物对序列如SEQIDNO：7和SEQIDNO：8所示。4.根据权利要求2所述的鉴定水稻品种的方法，其特征在于，将第一片段使用PstⅠ酶切后电泳和/或将第二片段使用PstⅠ酶切后电泳，若酶切后的电泳图显示一条电泳条带，则该水稻样品为籼稻，若酶切后的电泳图显示两条电泳条带，则该水稻样品为粳稻。5.根据权利要求1所述的鉴定水稻品种的方法，其特征在于，对目标水稻基因组上的LOC_Os02g51890.1SNP和/或LOC_Os09g38440.1SNP进行测序，若测序后的核苷酸序列与SEQIDNO：1和/或SEQIDNO：3所示的序列一致，则为籼稻，若测序后的核苷酸序列与SEQIDNO：2和/或SEQIDNO：4所示的序列一致，则为粳稻。6.检测水稻基因组目标位点基因型的试剂在鉴定水稻品种中的应用，其特征在于，所述目标位点包括LOC_Os02g51890.1SNP和/或LO...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈杰湖，
申请(专利权)人：广州瑞科基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44