一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记及其应用，所述分子标记包括表2

【技术实现步骤摘要】
一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及一种基因检测
，尤其涉及植物品种鉴定技术。

技术介绍

[0002]陈皮(Pericarpium CitriReticulatae)是我国一味传统中药，又名陈橘皮、橘皮；是芸香科植物橘(Citrus reticulata Blanco)及其栽培种的干燥果皮。陈皮根据产地可分为“陈皮”及“广陈皮”。自古“广陈皮”就为陈皮药材的上等品。晚清医书《本草害利》中便有“以广东新会皮为胜，陈久者良，故名陈皮”的记载。茶枝柑(Citrus reticulata cv.Chachiensis)是广陈皮的原植物，属芸香科(Reticulata)柑橘属(Citrus)，主产于广东省江门市新会区。茶枝柑别名大红柑、新会柑；是当地传统栽培柑橘品种。
[0003]茶枝柑是经过长期选育、培育而来的广东新会优良选系；最早的栽培活动记载于宋朝。经过数百年的自然杂交、芽变及人为栽培，茶枝柑形成了果形及株形差异明显的不同品系。在建国前，新会茶枝柑可分为大种油身(大种油皮)、细种油身(细种油皮、油皮仔)、大蒂柑(大地柑、粗粒)、高蒂柑(高笃)、短枝密叶等5个品系。随着20世纪60年代茶枝柑品系资源的普查及品种资源库的建立，当时认为最优秀的品系——大种油身被大力推广。当地也重新选育出大洞株系(选育自大种油身)、夏桥株系、杜江株系等优良株系。上世纪八十年代，选自大洞株系的单株大洞5号在全国柑橘鉴评中被评为优秀单株，从而开始在新会当地推广种植。而过去主栽培的5个品系中，大蒂柑、高蒂柑与短枝密叶也由于品系质量过低或其他环境、人为因素被逐渐淘汰，仅存少量资源保留。故目前茶枝柑在新会的品系有大种油身、细种油身、大洞5号等，且普遍认为此三个品系的果皮香气差异较大；特别是细种油身的香气较为清新，与其他两个品系浓郁的香气相比，差异明显。但是品种选育与后期推广工作的不足，致使目前茶枝柑的种植已存在较为严重的品系混杂的情况。
[0004]茶枝柑种植过程中，育苗制度不严。这种现状导致茶枝柑种苗市场混乱。部分商品苗培育、销售商以假充真，以次充好。这使得陈皮市场同样出现品质优劣混杂，滥竽充数的情况。新会除少部分种植经验丰富的老柑农外，多数柑农并不明确自己果园内的果树品系。
[0005]品种/品系混杂一般与生物学混杂和机械混杂有关。生物学混杂指天然杂交等造成基因型混杂、性状分离，从而影响品种/品系的纯度。茶枝柑种植以无性繁殖方式为主；种子中的合子胚也多败育，实生苗多由珠心胚发育而来，其遗传背景应当比较简单。但是由于茶枝柑存在自然芽变，且通常劣变大于优变。故芽变材料的流通，也会导致其生物学上的混杂。同时，机械混杂也是品种/品系混杂的重要原因。种苗品系混杂会导致种性下降，这是容易导致茶枝柑种苗出现品系退化，或加剧其品系衰退原因之一。
[0006]因此，若能研发出一种能够准确鉴定茶枝柑品系的方法，维持茶枝柑种苗品系，将对保障陈皮市场的品质提供基础。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的在于提供一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记及其应用，以解决现
有技术中茶枝柑品系混杂的问题。
[0008]为了达到上述目的本专利技术采用如下技术方案：
[0009]一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记，所述分子标记包括表2
‑
3中给出的337个SNP位点，所述茶枝柑品系为大洞5号、大种油身和细种油身。
[0010]进一步地，所述分子标记是由表2
‑
3中给出的337个SNP位点组成，所述茶枝柑品系为大洞5号、大种油身和细种油身。
[0011]本专利技术还提供所述的分子标记在茶枝柑品系鉴定中的应用。
[0012]所述的分子标记茶枝柑品系鉴定的应用，步骤包括：
[0013]将待测样品基因组DNA的对应表2
‑
3中337个SNP位点的基因型与表2
‑
3中给出的337个SNP位点基因型进行分析，确定待测样品是否为茶枝柑品系的其中一个品种。
[0014]更优地，所述将待测样品基因组DNA的对应表2
‑
3中337个SNP位点的基因型与表2
‑
3中给出的337个SNP位点基因型分析的操作是采用主成分分析方法，结合Genome
‑
wide Complex Trait Analysis，版本：1.26.0，计算PCA值，通过计算得到的PCA值绘制PCA图。
[0015]本专利技术的优点包括：以表2
‑
3所示的337个SNP位点为依据，大洞5号、大种油身和细种油身为标准样品，对待测样品的DNA信息进行茶枝柑品系鉴定；所用的SNP位点少，品系鉴定准确，有利于遗传育种的应用，避免品系退化，为保障陈皮市场的品质提供基础。
附图说明
[0016]此处所说明的附图用来提供对本专利技术的进一步理解，构成本申请的一部分，并不构成对本专利技术的不当限定，在附图中：
[0017]图1是实施例一基于337个SNP标记位点的邻接法系统分类树；
[0018]图2是实施例一基于337个SNP标记位点的PCA聚类结果图；
[0019]图3中的A是图2中大种油身分布区域的放大图；
[0020]图3中的B是图2中细种油身分布区域的放大图；
[0021]图4
‑
6是海头大围茶枝柑品系样品的PCA聚类结果图。
具体实施方式
[0022]下面将结合附图以及具体实施例来详细说明本专利技术，在此以本专利技术的示意性实施例及说明用来解释本专利技术，但并不作为对本专利技术的限定。
[0023]实施例1
[0024]样品DNA提取与检测
[0025]本实施例采用植物基因组DNA快速提取试剂盒(N1192)，厂家：广州东盛生物科技有限公司，对植物组织样品DNA进行提取，具体操作如下；
[0026]1.取植物新鲜组织约100mg或干重组织约30mg，加入液氮充分研磨。
[0027]2.研磨好的粉末迅速转移到预先装有700μl 65℃预热缓冲液GPL的离心管中，加入1μl RNase，迅速颠倒混匀后，将离心管放在65℃水浴20min，水浴过程中颠倒离心管以混匀样品。
[0028]3.加入700μl氯仿，充分混匀，12,000rpm(～13,400
×
g)离心5min。
[0029]4.小心将上一步所得上层水相转入一个新的离心管中，加入等体积缓冲液GPD，充
分混匀。
[0030]5.将混匀的液体转入纯化柱，静置1min，12,000rpm离心30sec,弃滤液。(纯化柱容积为700μl左右，可分次加入离心。)
[0031]6.向纯化柱中加入500μl去蛋白液PS。12,000rpm离心30sec，弃滤液。
[0032]7.向纯化柱中加入500μl漂洗液PE。12,000rpm离心30sec，弃滤液。
[0033]8.重复步骤7，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记，其特征在于：所述分子标记包括表2
‑
3中给出的337个SNP位点，所述茶枝柑品系为大洞5号、大种油身和细种油身。2.如权利要求1所述的一套用于茶枝柑品系鉴定的分子标记，其特征在于：所述分子标记是由表2
‑
3中给出的337个SNP位点组成，所述茶枝柑品系为大洞5号、大种油身和细种油身。3.如权利要求1或2所述的分子标记在茶枝柑品系鉴定中的应用。4.如权利要求3所述的分子标记茶枝柑品系鉴定的应用，其特征在于：步骤包括：将待测样品基因组DNA的对应表2
‑
3中337个SN...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈钧义，蔡雪妍，刘伟，张群宇，陈杰湖，黄九九，林锐松，谢富瑞，李倩仪，李安琪，李怡霖，柏丽莹，
申请(专利权)人：广州瑞科基因科技有限公司广州美斛健生物技术有限公司广东陈皮人家陈皮集团有限公司，
类型：发明
国别省市：