本发明专利技术公开了一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记及其应用。本发明专利技术通过对日本晴、台中65和中花11这三个粳稻品种的全基因组序列进行双端比对等一系列比对筛选，获得了可用于鉴别上述三个粳稻品种的特异性InDel分子标记。在此基础上，本发明专利技术通过设计筛选检测所述InDel分子标记的引物组，开发了能快速、准确地对日本晴、台中65和中花11这三个粳稻品种进行区分，同时还可用于鉴定这三个粳稻品种纯度及其杂交F1代真伪的试剂盒和方法，且检测特异性高，鉴定成本低，通量高，适用于生产实践。产实践。产实践。
【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记及其应用
[0001]本专利技术属于水稻育种
更具体地，涉及一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记及其应用。
技术介绍
[0002]亚洲栽培稻是我国主要的水稻种植品种，根据其生理形态特征及种植环境差异，又可以将其分为籼稻和粳稻两个亚种。由于粳稻的食用品质好，口感佳且抗倒伏，在大米销售市场及水稻育种中都广受欢迎。在水稻育种研究中，日本晴(Nipponbare)、台中65(TaiChung 65)和中花11(ZhongHua11)为主要的三个粳稻品种。其中，日本晴是在日本培育的一个粳稻品种，其具有高质量水平的基因组信息，其完整的基因组信息在水稻育种的研究中做出了巨大的贡献。近十年来，以日本晴为研究对象所发表的文章已达1270余篇。中花11是1984年由中国农业科学院作物科学研究所选育而成的优质粳稻品种，其具有分蘖力强，耐肥，抗倒伏性和抗病性较强，抗寒，抗盐等优良性状。台中65是由中国台湾台中区农业改良场培育出的粳型常规水稻，相对于日本晴和中花而言，台中的生育期较长，但产量较高，适合大范围推广。
[0003]在水稻育种过程中，要保证水稻品种的高产稳产，种子纯度是最关键的因素之一。传统上鉴定水稻品种纯度，一般在幼苗期、抽穗期、成熟期等不同生育时期进行，鉴定的性状主要有三个方面，即株型、穗型及粒型。但由于日本晴、台中65和中花11三个粳稻品种的粒型相似度太高，在实际生产上并不易区分。因此，在水稻育种中，有必要寻找快速精确鉴定粳稻间差异的方法。目前，针对水稻遗传信息DNA序列在粳稻间遗传差异进行分子标记鉴定是最高效准确的方法。
[0004]InDel(insertion
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deletion)分子标记，即插入缺失标记，指的是两品种在全基因组间的差异。相对一个品种而言，另一个品种的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。在基因组中插入缺失位点的上下游，设计一些扩增这些插入缺失位点的PCR引物，这就是InDel分子标记。InDel标记具有特异性好、稳定性好和检测方便等特点，已广泛应用于水稻遗传分析及分子标记辅助育种研究中。例如，专利“利用水稻DNA插入或缺失分子标记鉴定籼稻和粳稻的方法”中就公开了利用籼稻品种(93
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11)和粳稻品种(日本晴)InDel差异片段设计的34对特异DNA引物，利用这34对引物组合，根据34个InDel位点上的籼稻型等位基因和粳稻型等位基因出现的平均频率，可以计算出被测水稻样品的籼稻或粳稻特性，从而鉴别所测水稻为籼稻或粳稻。但其所述InDel引物仅能用于鉴别籼稻或粳稻，无法快速精确鉴定粳稻间差异，不能用于鉴别具体粳稻品种。
技术实现思路
[0005]本专利技术要解决的技术问题是克服现有上述技术的缺陷和不足，提供一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记及其应用。
[0006]本专利技术的第一个目的是提供一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记。
[0007]本专利技术的第二个目的是提供所述InDel分子标记在鉴别日本晴、台中65和中花11或在鉴定日本晴、台中65、中花11品种纯度或其杂交F1代真伪中的应用。
[0008]本专利技术的第三个目的是提供一种用于检测所述InDel分子标记的引物组。
[0009]本专利技术的第四个目的是提供所述引物组在鉴别日本晴、台中65和中花11或在鉴定日本晴、台中65、中花11品种纯度或其杂交F1代真伪中的应用。
[0010]本专利技术的第五个目的是提供所述引物组在制备鉴别日本晴、台中65和中花11或在鉴定日本晴、台中65、中花11品种纯度或其杂交F1代真伪的产品中的应用。
[0011]本专利技术的第六个目的是提供一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11或用于鉴定日本晴、台中65、中花11品种纯度或其杂交F1代真伪的试剂盒。
[0012]本专利技术的第七个目的是提供一种鉴别日本晴、台中65和中花11或鉴定日本晴、台中65、中花11品种纯度或其杂交F1代真伪的方法。
[0013]本专利技术上述目的通过以下技术方案实现：
[0014]本专利技术通过对日本晴、台中65和中花11这三个粳稻品种的全基因组序列进行双端比对等比对筛选程序，并参照纯合InDel的筛选标准，筛选获得了可用于鉴别日本晴、台中65和中花11这三个粳稻品种的特异性InDel分子标记。在此基础上，本专利技术通过设计筛选检测所述InDel分子标记的引物组，开发了能快速、准确地对日本晴、台中65和中花11这三个粳稻品种进行区分，同时还可用于鉴定这三个粳稻品种纯度及其杂交F1代真伪的试剂盒和方法。
[0015]本专利技术提供了一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记，包括InDel1～4中的至少一种以及InDel5～10中的至少一种，所述InDel1～10在日本晴、台中65和中花11中对应的核苷酸序列分别如下所示：
[0016](1)InDel 1在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
[0017](2)InDel 2在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
[0018](3)InDel 3在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；
[0019](4)InDel 4在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；
[0020](5)InDel 5在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；
[0021](6)InDel 6在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；
[0022](7)InDel 7在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；
[0023](8)InDel 8在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；
[0024](9)InDel 9在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示；
[0025](10)InDel 10在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示；
[0026]其中，InDel1～4主要用于区分台中65，InDel5～10主要用于区分中花11。
[0027]本专利技术还提供了一本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种用于鉴别日本晴、台中65和中花11的InDel分子标记，其特征在于，包括InDel1～4中的至少一种以及InDel5～10中的至少一种，所述InDel1～10在日本晴、台中65和中花11中对应的核苷酸序列分别如下所示：(1)InDel 1在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；(2)InDel 2在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；(3)InDel 3在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；(4)InDel 4在日本晴和中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，在台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；(5)InDel 5在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；(6)InDel 6在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；(7)InDel 7在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；(8)InDel 8在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；(9)InDel 9在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示；(10)InDel 10在日本晴和台中65中的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示，在中花11中的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示。2.权利要求1所述InDel分子标记在鉴别日本晴、台中65和中花11或在鉴定日本晴、台中65、中花11品种纯度或其杂交F1代真伪中的应用。3.一种用于检测权利要求1所述InDel分子标记的引物组。4.根据权利要求3所述引物组，其特征在于，所述引物组包括：用于鉴定所述分子标记InDel1的引物对1，其序列如SEQ ID NO.21～SEQ ID NO.22所示；用于鉴定所述分子标记InDel2的引物对2，其序列如SEQ ID NO.23～SEQ ID NO.24所示；用于鉴定所述分子标记InDel3的引物对3，其序列如SEQ ID NO.25～SEQ ID NO.26所示；用于鉴定所述分子标记InDel 4的引物对4，其序列如SEQ ID NO.27～SEQ ID NO.28所示；用于鉴定所述分子标记InDel 5的引物对5，其序列如SEQ ID NO.29...
【专利技术属性】
技术研发人员：张群宇，王红梅，袁健铭，陈杰湖，刘耀光，
申请(专利权)人：广州瑞科基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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