一种水稻SNP位点的筛选方法以及鉴定水稻品种的方法技术

本发明专利技术公开了一种水稻SNP位点的筛选方法以及鉴定水稻品种的方法，涉及生物分子技术领域，本申请提出在筛选用于鉴定水稻品种的SNP位点前，先对用于获取SNP位点的水稻样本进行过滤，先过滤掉非核心群体样本后，再对SNP位点进行筛选和检测，这样能够显著提高SNP位点对于鉴定和分析特定水稻品种的针对性和有效性，为特定水稻品种的有效鉴定以及水稻优质异种基因图谱的构建提供了途径。基因图谱的构建提供了途径。基因图谱的构建提供了途径。

【技术实现步骤摘要】
一种水稻SNP位点的筛选方法以及鉴定水稻品种的方法


[0001]本专利技术涉及生物分子
，具体而言，涉及一种水稻SNP位点的筛选方法以及鉴定水稻品种的方法。

技术介绍

[0002]籼稻和粳稻是普通栽培稻分化最为深刻和最为主要的两个方向。一般而言，籼稻与粳稻在形态上及地理分布上都有很大的差异。在漫长的水稻种植过程中形成了南籼北粳的布局。但随着现代育种进程的加快，亲和基因的发现与种间杂种优势不断利用，使得籼粳之间的界限变得越来越模糊。
[0003]新的形势下对籼粳鉴定提出了新的要求。目前，稻谷的收购价在籼稻、粳稻之间存有差异，市场上一般采用观察粒形来区分籼稻和粳稻，但这并不准确，对于越来越多的籼粳杂交后代，对其进行分类显得尤为重要。
[0004]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种水稻SNP位点的筛选方法以及鉴定水稻品种的方法。
[0006]本专利技术是这样实现的：
[0007]第一方面，本专利技术实施例提供了一种水稻SNP位点的筛选方法，其包括：基本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种水稻SNP位点的筛选方法，其特征在于，其包括：基于N例水稻样本基因组的信息，获得水稻的SNP候选位点，N≥2；所述N例水稻样本为去除非核心群体样本后的样本；对所述SNP候选位点进行筛选，获取用于鉴定水稻品种的目标位点。2.根据权利要求1所述的水稻SNP位点的筛选方法，其特征在于，所述去除非核心群体样本的步骤包括：分别对水稻样本的每条染色体进行PCA分析，将水稻样本分为2个群体，以PC1轴中两个群体的中点为中心，将PCA分布图中距离所述中心最近的1％～10％的样本对应的染色体标记为混合类型；当1例样本被标记的染色体的条数≥2次，则将该水稻样本去除。3.根据权利要求2所述的水稻SNP位点的筛选方法，其特征在于，所述SNP候选位点为非同义突变的SNP位点。4.根据权利要求1所述的水稻SNP位点的筛选方法，其特征在于，对所述SNP候选位点进行筛选的步骤包括：计算所述SNP候选位点在水稻群体中的杂合度分数Hp，将满足小于Hp设定阈值的位点作为标记为初始的目标位点；优选地，Hp的计算公式如下：H
p
＝2＊Σn
MAJ
Σn
MIN
/(Σn
MAJ
+Σn
MIN
)2；其中，Σn
MAJ
为观察窗口中最大基因型频率的总和，最大基因型频率即最大基因型占群体的占比；Σ...

【专利技术属性】
技术研发人员：张群宇，陈杰湖，周峰，王曼，刘耀光，王红梅，袁健铭，
申请(专利权)人：广州瑞科基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：