黄缨菊微卫星分子标记、特异性引物及制备方法和应用技术

本申请适用于生物学技术领域，提供了黄缨菊微卫星分子标记、特异性引物及制备方法和应用。本申请通过利用限制性酶切位点相关的DNA基因组扫描技术开发出黄缨菊微卫星分子标记并获得相应的引物，建立了一种制备黄缨菊微卫星分子标记的方法，为进行黄缨菊种质资源鉴定、遗传多样性分析、植物遗传图谱的构建、种群遗传结构分析、基因定位、数量性状基因的分析、进化与亲缘关系等方面的研究提供分子标记，为开展黄缨菊种质资源遗传多样性、种群结构、种群历史动态等遗传学研究奠定了基础，有利于黄缨菊资源的合理开发。缨菊资源的合理开发。缨菊资源的合理开发。

【技术实现步骤摘要】
黄缨菊微卫星分子标记、特异性引物及制备方法和应用


[0001]本申请属于生物学
，尤其涉及黄缨菊微卫星分子标记、特异性引物及制备方法和应用。

技术介绍

[0002]黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)，又名黄冠菊，属于菊科(Asteraceae)黄缨菊属(Xanthopappus)的多年生草本植物，通常生长于海拔2230～4150m的高山草甸、草原及干燥山坡，具有较强的耐寒、耐旱及耐盐碱等特性，主要分布在我国云南西北部、四川北部与西部、青海西部以及甘肃东南部，是青藏高原中东部地区特有单种属物种。黄缨菊全草入药，具有凉血、止血功效，对吐血、子宫出血、食物中毒及过敏性紫癜疗效明显，具有较高的药用价值。通过开发合理的SSR分子标记，可为黄缨菊开展种质资源遗传多样性、种群结构、种群历史动态等遗传学研究提供有效技术手段，为后续黄缨菊资源的合理开发奠定基础；
[0003]SSR(simple sequence repeats)即简单重复序列，其广泛分布于真核基因组，以特异引物PCR为基础的分子标记技术，又称之为微卫星DNA(Microsatellite DNA)，一般是以1～6个核苷酸为重复单位组成的串联重复序列，如(AC)n、(GA)n、(AT)n、(AAG)n、(AAT)n等，n代表重复次数，从几个到几十个不等，长度一般在100～200bp之间；不同等位基因间的重复数具有高度变异性，这些变异表现为微卫星数目的整倍数变异或重复单位序列中的序列差异，因而SSR具有多态性；SSR标记具有分布广泛、特异性、共显性、操作简单等优势，在植物分子标记相关研究中应用广泛；
[0004]然而，当前现有技术并不涉及利用SSR分子标记对黄缨菊进行遗传学方面的相关报道和研究。因此，开发SSR微卫星分子标记，可为开展黄缨菊种质资源遗传多样性、种群结构、种群历史动态等遗传学研究提供有效技术手段。

技术实现思路

[0005]本申请实施例的目的在于提供黄缨菊微卫星分子标记，旨在填补当前现有技术并不涉及利用SSR分子标记对黄缨菊进行遗传学方面的相关报道和研究空白。
[0006]本申请实施例是这样实现的，黄缨菊微卫星分子标记，所述黄缨菊微卫星分子标记的核苷酸序列如SEQ.ID.No.1
‑
SEQ.ID.No.15中的一种或几种所示。
[0007]本申请实施例的另一目的在于黄缨菊微卫星分子标记的特异性引物，所述特异性引物为T22
‑4‑
1、T31
‑4‑
1、T48
‑4‑
1、T60
‑4‑
1、T2
‑5‑
1、T25
‑5‑
1、T29
‑5‑
1、T42
‑5‑
1、T51
‑5‑
1、T5
‑6‑
1、T9
‑6‑
1、T34
‑6‑
1、T36
‑6‑
1、T56
‑6‑
1和T59
‑6‑
1中的一种或几种。
[0008]进一步，所述T22
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.16所示；所述T22
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.17所示；所述T31
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.18所示；所述T31
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.19所示；所述T48
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.20所示；所述T48
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.21所示；所述T60
‑4‑
1的正向引物序列如SE Q.ID.No.22所示；所述T60
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.23所示；所
述T2
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.24所示；所述T2
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.25所示；所述T25
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.26所示；所述T25
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.27所示；所述T29
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.28所示；所述T29
‑5‑
1的反向引物序列如SE Q.ID.No.29所示；所述T42
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.30所示；所述T42
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.31所示；所述T51
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.32所示；所述T51
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.33所示；所述T5
‑6‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.34所示；所述T5
‑6‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.35所示；所述T9
‑6‑
1的正向引物序列如SE Q.ID.No.36所示；所述T9
‑6‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.37所示；所述T34
‑6‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.38所示；所述T34
‑6‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.39所示；所述T36
‑6‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.40所示；所述T36
‑6‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.41所示；所述T56
‑6‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.42所示；所述T56
‑6‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.43所示；所述T59
‑6‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.44所示；所述T59
‑6‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.45所示。
[0009]本申请实施例的另一目的在于黄缨菊微卫星分子标记的制备方法，包括：
[0010]RNA的提取与质量检测：提取样本RNA，利用1％琼脂糖凝胶电泳、Nanodrop 2000和Agilent 2100进行总RNA质量检测；
[0011]构建cDNA文库：将总RNA反转录成cDNA，取部分cDNA利用BluePippin进行片段筛选，富集大于4kb的片段，并将筛选片段进行PCR扩增，然后将全长cDNA进行纯化、末端修复和连接接头，得到cDNA文库；
[0012]cDNA文库的质量检查：使用Qubit 2.0荧光计进行定量，然后用Agilent 2100对文库大小进行检测，保证测序文库质量；
[0013]转录组测序：采用PacBio Sequel测序平台的SMRT单分子实时测序技术进行全长转录测序分析本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.黄缨菊微卫星分子标记，其特征在于，所述黄缨菊微卫星分子标记的核苷酸序列如SEQ.ID.No.1
‑
SEQ.ID.No.15中的一种或几种所示。2.黄缨菊微卫星分子标记的特异性引物，其特征在于，所述特异性引物为T22
‑4‑
1、T31
‑4‑
1、T48
‑4‑
1、T60
‑4‑
1、T2
‑5‑
1、T25
‑5‑
1、T29
‑5‑
1、T42
‑5‑
1、T51
‑5‑
1、T5
‑6‑
1、T9
‑6‑
1、T34
‑6‑
1、T36
‑6‑
1、T56
‑6‑
1和T59
‑6‑
1中的一种或几种。3.根据权利要求2所述的黄缨菊微卫星分子标记的特异性引物，其特征在于，所述T22
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.16所示；所述T22
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.17所示；所述T31
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.18所示；所述T31
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.19所示；所述T48
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.20所示；所述T48
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.21所示；所述T60
‑4‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.22所示；所述T60
‑4‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.23所示；所述T2
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.24所示；所述T2
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.25所示；所述T25
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.26所示；所述T25
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.27所示；所述T29
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.28所示；所述T29
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.29所示；所述T42
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.30所示；所述T42
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.31所示；所述T51
‑5‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.32所示；所述T51
‑5‑
1的反向引物序列如SEQ.ID.No.33所示；所述T5
‑6‑
1的正向引物序列如SEQ.ID.No.34所示；所述T5
‑6‑
1的反向引物序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘玉萍，苏旭，郑长远，毛轩睿，周勇辉，马兴东，李小莉，余明君，
申请(专利权)人：青海师范大学，
类型：发明
国别省市：