一种检测油菜品种的SNP分子标记组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种检测油菜品种的SNP分子标记组合及其应用。本发明专利技术的SNP分子标记组合由19个高质量、单拷贝和高多态SNP分子标记组成，编号为BNGPS1001.K1～BNGPS1019.K1，该SNP分子标记可用于不同油菜品种和遗传家系群体纯度鉴定，具有准确性高、稳定性好、成本低、操作简单、方便快速等优点，有广泛的应用前景。有广泛的应用前景。有广泛的应用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种检测油菜品种的SNP分子标记组合及其应用


[0001]本专利技术涉及油菜育种领域，尤其是涉及一种检测油菜品种的SNP分子标记组合及其应用。

技术介绍

[0002]油菜，十字花科作物，是中国第一大油料作物，也是产油效率最高的油料作物之一。油菜品种的真实性和纯度检测一直是质量管理和品种开发中最重要的技术之一。近年来，市场上的油菜品种不断增多，但是在种子市场上同名异物及同物异名的情况时有发生，甚至一些不合格种子混入市场，造成巨大的经济损失。因此，对品种进行快速准确鉴定，对于假种辨别和产权纠纷具有重要作用。油菜产量性状的杂种优势显著，F1代产量可以超过其中亲值的30%
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60%，因此油菜杂种优势的研究得到国内外的广泛关注。相关技术中，油菜杂交品种研制主要采用细胞质雄性不育（CMS）、细胞核雄性不育（GMS）、自交不亲和（SI）和化学杀雄等途径，在杂交制种中，由于不育系败育不彻底，田间除杂不彻底、温度光照等环境因素影响，导致不育系还可能产生微量花粉，使杂交种中混入假杂种；如油菜波里马细胞质雄性不育系的育性对温度反应较敏感，在温度变化较大的情况下易产生微量花粉，并以自交方式产生不育假杂种，对油菜杂交制种影响较大。为了更好地进行杂交种纯度鉴定需要建立一套准确、快速、高效、低成本的体系，这在油菜杂交种生产中具有重要的实际意义。
[0003]相关技术中，油菜材料品种和纯度鉴定主要依赖于：（1）形态学鉴定，其通常采用田间种植和观察统计、考种分析的方法，是根据幼苗、株型、根、叶、花、花粉、种子等组织或器官的大小、形状、颜色等肉眼可见到的外观形态来鉴定作物的品种，但其缺点也很明显，易受环境和栽培条件影响，准确度和稳定性差。（2）生化标记鉴定，如同工酶和贮藏蛋白SDS
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PAGE电泳技术，是从生理、生化代谢角度分析雄性不育与正常可育植物花药中物质和能量代谢方面的差异，其实验耗时长，检测特异性、灵敏度和分辨力低；不同检测实验室的数据结果很难相互比较验证。（3）DNA分子标记，包括RFLP标记、RAPD标记、AFLP标记和SSR标记法，其中RAPD分子标记对PCR反应条件敏感可靠性不够，RFLP和AFLP分子标记则操作繁琐成本较高，标记数目和多态性有限，而SSR标记法检测方法自动化程度和通量低。
[0004]为了解决上述技术问题，本专利技术筛选出一套共19个SNP分子标记，基于Douglas Array Tape平台的KASP标记检测方法，用于不同油菜品种和遗传材料纯度的快速准确鉴定，具有广泛的应用价值。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种检测油菜品种的SNP分子标记组合，该SNP分子标记组合能够检测油菜品种材料的纯度和真实性。
[0006]本专利技术还提出了扩增上述SNP分子标记组合的引物组。
[0007]本专利技术还提出了一种油菜品种真实性鉴定的方法。
[0008]本专利技术还提出了一种油菜品种纯度鉴定的方法。
[0009]本专利技术还提出了SNP分子标记组合或扩增其分子标记组合的引物组在油菜品种真实性鉴定中的应用。
[0010]本专利技术还提出了SNP分子标记组合或扩增其分子标记组合的引物组在鉴定或辅助鉴定油菜品种纯度鉴定中的应用。
[0011]本专利技术还提出了一种鉴定油菜品种纯度的试剂盒。
[0012]本专利技术还提出了一种SNP引物组或鉴定油菜品种纯度的试剂盒在油菜品种选育中的应用。
[0013]本专利技术还提出了一种基因芯片，包括上述引物组。
[0014]本专利技术的第一方面，提供一种检测油菜品种的SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合包括BNGPS1001.K1、BNGPS1002.K1、BNGPS1003.K1、BNGPS1004.K1、BNGPS1005.K1、BNGPS1006.K1、BNGPS1007.K1、BNGPS1008.K1、BNGPS1009.K1、BNGPS1010.K1、BNGPS1011.K1、BNGPS1012.K1、BNGPS1013.K1、BNGPS1014.K1、BNGPS1015.K1、BNGPS1016.K1、BNGPS1017.K1、BNGPS1018.K1和BNGPS1019.K1，其中：所述BNGPS1001.K1位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第73位，多态性为C或G；所述BNGPS1002.K1位于如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列的第120位，多态性为A或C；所述BNGPS1003.K1位于如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列的第95位，多态性为A或G；所述BNGPS1004.K1位于如SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列的第110位，多态性为T或C；所述BNGPS1005.K1位于如SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列的第77位，多态性为T或C；所述BNGPS1006.K1位于如SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列的第159位，多态性为T或C；所述BNGPS1007.K1位于如SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列的第36位，多态性为A或G；所述BNGPS1008.K1位于如SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列的第162位，多态性为T或C；所述BNGPS1009.K1位于如SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列的第54位，多态性为T或C；所述BNGPS1010.K1位于如SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列的第136位，多态性为A或G；所述BNGPS1011.K1位于如SEQ ID NO.11所示的核苷酸序列的第51位，多态性为T或C；所述BNGPS1012.K1位于如SEQ ID NO.12所示的核苷酸序列的第126位，多态性为A或T；所述BNGPS1013.K1位于如SEQ ID NO.13所示的核苷酸序列的第92位，多态性为A或C；所述BNGPS1014.K1位于如SEQ ID NO.14所示的核苷酸序列的第128位，多态性为T或C；所述BNGPS1015.K1位于如SEQ ID NO.15所示的核苷酸序列的第125位，多态性为A或G；所述BNGPS1016.K1位于如SEQ ID NO.16所示的核苷酸序列的第168位，多态性为A或C；所述BNGPS1017.K1位于如SEQ ID NO.17所示的核苷酸序列的第120位，多态性为A或G；所述BNGPS1018.K1位于如SEQ ID NO.18所示的核苷酸序列的第156位，多态性为A或C；所述BNGPS1019.K1位于如SEQ ID NO.19所示的核苷酸序列的第169位，多态性为A或C。
[0015]根据本专利技术的一些实施例，所述BNGPS1001.K1分子标记的多态性为C或G，位于ChrA01.14854916；所述BNGPS1002.K1分子标记的多态性为A或C，位于ChrA02.8647321；所述BNGPS1003.K1分子标记的多态性为A或G，位于ChrA03.15124575；所述BNGPS1004.K1分子标记的多态性为T或C，位于C本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测油菜品种的SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括BNGPS1001.K1、BNGPS1002.K1、BNGPS1003.K1、BNGPS1004.K1、BNGPS1005.K1、BNGPS1006.K1、BNGPS1007.K1、BNGPS1008.K1、BNGPS1009.K1、BNGPS1010.K1、BNGPS1011.K1、BNGPS1012.K1、BNGPS1013.K1、BNGPS1014.K1、BNGPS1015.K1、BNGPS1016.K1、BNGPS1017.K1、BNGPS1018.K1和BNGPS1019.K1，其中：所述BNGPS1001.K1位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第73位，多态性为C或G；所述BNGPS1002.K1位于如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列的第120位，多态性为A或C；所述BNGPS1003.K1位于如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列的第95位，多态性为A或G；所述BNGPS1004.K1位于如SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列的第110位，多态性为T或C；所述BNGPS1005.K1位于如SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列的第77位，多态性为T或C；所述BNGPS1006.K1位于如SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列的第159位，多态性为T或C；所述BNGPS1007.K1位于如SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列的第36位，多态性为A或G；所述BNGPS1008.K1位于如SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列的第162位，多态性为T或C；所述BNGPS1009.K1位于如SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列的第54位，多态性为T或C；所述BNGPS1010.K1位于如SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列的第136位，多态性为A或G；所述BNGPS1011.K1位于如SEQ ID NO.11所示的核苷酸序列的第51位，多态性为T或C；所述BNGPS1012.K1位于如SEQ ID NO.12所示的核苷酸序列的第126位，多态性为A或T；所述BNGPS1013.K1位于如SEQ ID NO.13所示的核苷酸序列的第92位，多态性为A或C；所述BNGPS1014.K1位于如SEQ ID NO.14所示的核苷酸序列的第128位，多态性为T或C；所述BNGPS1015.K1位于如SEQ ID NO.15所示的核苷酸序列的第125位，多态性为A或G；所述BNGPS1016.K1位于如SEQ ID NO.16所示的核苷酸序列的第168位，多态性为A或C；所述BNGPS1017.K1位于如SEQ ID NO.17所示的核苷酸序列的第120位，多态性为A或G；所述BNGPS1018.K1位于如SEQ ID NO.18所示的核苷酸序列的第156位，多态性为A或C；所述BNGPS1019.K1位于如SEQ ID NO.19所示的核苷酸序列的第169位，多态性为A或C。2.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记组合的引物组。3. 根据权利要求2所述的引物组，其特征在于：所述引物组包含Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物；其中，所述BNGPS1001.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物的序列分别如核苷酸序列SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.21、SEQ ID NO.22所示；所述BNGPS1002.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物的序列分别如核苷酸序列SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.25所示；所述BNGPS1003.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物的序列分别如核苷酸序列SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.28所示；所述BNGPS1004.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物的序列分别如核苷酸序列SEQ ID NO.29、SEQ ID NO.30、SEQ ID NO.31所示；所述BNGPS1005.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物的序列分别如核苷酸序列SEQ ID NO.32、SEQ ID NO.33、SEQ ID NO.34所示；所述BNGPS1006.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Primer Allele Y和通用引物的序列分别如核苷酸序列SEQ ID NO.35、SEQ ID NO.36、SEQ ID NO.37所示；
所述BNGPS1007.K1分子标记的引物组中Primer Allele X、Pr...

【专利技术属性】
技术研发人员：易丽媛，彭佩，田冰川，唐顺学，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：