【技术实现步骤摘要】
本专利技术生物分子标记领域，尤其涉及一种snp分子标记的应用、其kasp引物组合及应用。
技术介绍
1、辣椒是茄科重要经济作物，在世界各地广泛种植，也是中国主要蔬菜作物之一。在辣椒生产中，目前使用广泛杂种优势选育品质优、产量高的杂交种，而在实际的制种过程中，由于父母本混杂、母本自交、外来花粉干扰、机械混杂等均影响到种子纯度进而影响辣椒的品质与产量，因此辣椒种子纯度的鉴定能高效地提高辣椒育种效率。
2、常规的以田间植株形态学鉴定种子遗传纯度的方法，但该方式受准确性低、鉴定时间长、投入成本高和易受环境影响等因素制约，随着目前分子育种技术体系的完善，辣椒种子纯度鉴定技术也由传统的主要依赖形态鉴定逐步发展形成更精确便捷的分子标记技术鉴定。
3、分子标记技术具有准确性高、遗传稳定、不受环境条件影响等优点，己开始广泛应用于蔬菜品种鉴定与纯度检测中。目前方法使用的分子标记鉴定方法包含：rflp(限制性内切酶片段长度多态性)技术、rapd技术(随机扩增多态性dna)、ssr标记技术(微卫星dna)、snp标记等，但由于rflp操作复杂，对dna质量要求高，费用较高，放射性同位素对人体有害；rapd结果不稳定，重复性较差；ssr引物开发费用高，不适合大规模的商业鉴定；均未达到理想的检测方法的要求。相比其他检测方式，snp标记共显性，具备技术更简单、自动化强、材料要求低、检测通量高及检测成本低等特征，是鉴定品种纯度的有效方法，但目前未有一种针对辣椒的snp标记法来鉴定辣椒品种纯度。
技术实现思路<
1、本专利技术所要解决的技术问题是目前缺乏一种针对辣椒品种纯度的分子标记鉴定方法，克服以上
技术介绍
中提到的不足和缺陷，提供一种检测辣椒品种纯度的snp分子标记的应用、其kasp引物组合及应用。
2、为解决上述技术问题，本专利技术提出的技术方案为：
3、一种检测辣椒品种纯度的snp分子标记的应用，所述snp位点用于辣椒品种鉴定和遗传材料纯度检测；辣椒参考基因组为遵辣一号zunla-1ver2.0，所述snp分子标记对应物理位置如下：
4、snp分子标记cl01对应chr01染色体第108021700位，且该位点多态性碱基为a/c；
5、snp分子标记cl02对应chr02染色体第157077246位，且该位点多态性碱基为c/a；
6、snp分子标记cl03对应chr03染色体第24517147位，且该位点多态性碱基为g/t；
7、snp分子标记cl04对应chr04染色体第214697181位，且该位点多态性碱基为t/c；
8、snp分子标记cl05对应chr05染色体第13201663位，且该位点多态性碱基为t/a；
9、snp分子标记cl06对应chr06染色体第63594725位，且该位点多态性碱基为c/t；
10、snp分子标记cl07对应chr07染色体第130873223位，且该位点多态性碱基为a/t；
11、snp分子标记cl08对应chr08染色体第135048911位，且该位点多态性碱基为a/g；
12、snp分子标记cl09对应chr09染色体第237935181位，且该位点多态性碱基为c/a；
13、snp分子标记cl010对应chr010染色体第182360378位，且该位点多态性碱基为g/a；
14、snp分子标记cl011对应chr011染色体第8654124位，且该位点多态性碱基为t/c；
15、snp分子标记cl012对应chr012染色体第173445772位，且该位点多态性碱基为g/a。
16、在同一个技术构思下，本专利技术还提供一种kasp检测引物组合，每个snp位点的kasp检测引物包括等位基因特异性引物x、y以及通用引物c，每个特异性引物x、y均连接有荧光基团，且x连接的荧光基团与y连接的荧光基团不同；
17、其中seq id no:1，引物primer_x-cl01：5’-gaaggtgaccaagttcatgctaaatgcccatagatcttttgatcaa-3’；
18、seq id no:2，引物primer_y-cl01：5’-gaaggtcggagtcaacggattaaatgcccatagatcttttgatcac-3’；
19、seq id no:3，引物primer_c-cl01：5’-aacttgccaataaactcccacatc-3’；
20、seq id no:4，引物primer_x-cl02：5’-gaaggtgaccaagttcatgctgattaagacagcaaatctctgctaatgac-3’；
21、seq id no:5，引物primer_y-cl02：5’-gaaggtcggagtcaacggattgattaagacagcaaatctctgctaatgaa-3’；
22、seq id no:6，引物primer_c-cl02：5’-ccactactgtaatatcgtttgctttgtc-3’；
23、seq id no:7，引物primer_x-cl03：5’-gaaggtgaccaagttcatgctaatctgatcttgtgagttcatatattggaag-3’；
24、seq id no:8，引物primer_y-cl03：5’-gaaggtcggagtcaacggattaatctgatcttgtgagttcatatattggaat-3’；
25、seq id no:9，引物primer_c-cl03：5’-aacatggacggaacttattattagtactgg-3’；
26、seq id no:10，引物primer_x-cl04：5’-gaaggtgaccaagttcatgctgagagcagaaaacgttcagctcatat-3’；
27、seq id no:11，引物primer_y-cl04：5’-gaaggtcggagtcaacggattagagcagaaaacgttcagctcatac-3’；
28、seq id no:12，引物primer_c-cl04：5’-atcgaatacagttgatggtttttcg-3’；
29、seq id no:13，引物primer_x-cl05：5’-gaaggtgaccaagttcatgctatttagttgggcaagaattttgatga-3’；
30、seq id no:14，引物primer_y-cl05：5’-gaaggtcggagtcaacggattgatttagttgggcaagaattttgatgt-3’；
31、seq id no:15，引物primer_c-cl05：5’-tgtttaacaa本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测辣椒品种纯度的SNP分子标记的应用，其特征在于，所述SNP分子标记用于检测或辅助检测辣椒品种和辣椒遗传材料纯度；辣椒参考基因组为遵辣一号Zunla-1ver2.0，所述SNP分子标记对应物理位置如下：
2.一种KASP检测引物组合，其特征在于，每个SNP位点的KASP检测引物包括等位基因特异性引物X、Y以及通用引物C，每个特异性引物X、Y均连接有荧光基团，且X连接的荧光基团与Y连接的荧光基团不同；
3.一种如权利要求2所述的KASP检测引物组合的应用，其特征在于，所述KASP检测包括以下步骤：
4.如权利要求3所述的KASP检测引物组合的应用，其特征在于，所述KASP检测采用Douglas Scientific的Array Tape系统进行KASP标记进行检测和验证，Array Tape系统包括用于PCR扩增体系组装的NEXAR、PCR扩增的SOELLEX、荧光信号扫描的ARAYA以及数据分析的INTELLICS。
5.如权利要求3所述的KASP检测引物组合的应用，其特征在于，所述每个KASP检测引物组合由三条引物组成，
6.如权利要求3所述的KASP检测引物组合的应用，其特征在于，所述PCR扩增条件为：94℃预变性15min；94℃变性20s，65℃-57℃退火延伸60s，进行10个循环，每个循环退火延升温度降低0.8℃；然后94℃变性20s，57℃下退火延伸60s，进行30个循环。
...【技术特征摘要】
1.一种检测辣椒品种纯度的snp分子标记的应用，其特征在于，所述snp分子标记用于检测或辅助检测辣椒品种和辣椒遗传材料纯度；辣椒参考基因组为遵辣一号zunla-1ver2.0，所述snp分子标记对应物理位置如下：
2.一种kasp检测引物组合，其特征在于，每个snp位点的kasp检测引物包括等位基因特异性引物x、y以及通用引物c，每个特异性引物x、y均连接有荧光基团，且x连接的荧光基团与y连接的荧光基团不同；
3.一种如权利要求2所述的kasp检测引物组合的应用，其特征在于，所述kasp检测包括以下步骤：
4.如权利要求3所述的kasp检测引物组合的应用，其特征在于，所述kasp检测采用douglas scientific的array tape系统进行kasp标记进行检测和验证，array tape系统包括用于pcr扩增体系组装的nexar、pcr扩增的soell...
【专利技术属性】
技术研发人员：雷雨婷，贾佩陇，吴楠，郭铭凯，唐顺学，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
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